genome.fa.s25.2.7.7.80.10.50.1000.92.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  63843421

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   

This is table  92  of  214  ( 25680 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26429309--26429337	10	3.0	10	95	5	51	31	20	10	37	1.86
26431298--26431355	25	2.4	23	72	10	62	77	8	3	10	1.10
26431747--26431776	15	2.0	15	93	0	51	50	13	13	23	1.77
26432286--26432328	7	6.3	7	86	13	63	67	0	16	16	1.24
26432289--26432328	20	2.0	20	90	9	64	70	0	15	15	1.18
26433709--26434049	44	7.3	44	67	19	136	32	18	19	29	1.96
26433709--26434049	142	2.4	142	92	0	574	32	18	19	29	1.96
26434067--26434425	50	7.2	50	73	3	292	33	22	19	24	1.97
26434067--26434576	100	5.1	100	79	4	494	33	22	19	23	1.97
26438614--26438661	15	3.4	14	83	13	62	25	20	12	41	1.87
26440626--26440662	17	2.2	17	90	9	58	83	5	0	10	0.79
26440639--26440679	13	3.2	13	83	16	50	78	7	4	9	1.10
26440629--26440687	26	2.4	23	73	18	57	77	8	3	10	1.08
26441618--26441660	7	6.3	7	86	13	63	67	0	16	16	1.24
26441621--26441660	20	2.0	20	90	9	64	70	0	15	15	1.18
26443042--26443382	142	2.4	142	92	0	565	31	18	20	29	1.96
26443169--26443262	44	2.1	44	86	0	134	30	21	21	26	1.98
26443400--26443865	50	9.3	50	71	4	301	33	22	19	24	1.97
26443400--26443909	100	5.1	100	80	5	523	33	22	19	24	1.97
26449933--26449966	9	3.8	9	88	11	52	41	2	32	23	1.69
26461993--26462138	75	1.9	75	82	8	181	26	12	9	52	1.69
26470605--26470673	27	2.7	25	80	8	84	20	28	18	31	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26476829--26477013	79	2.3	81	83	7	227	24	22	27	24	2.00
26476830--26477013	40	4.6	40	82	9	207	25	22	27	24	2.00
26476882--26477046	79	2.1	79	83	6	201	26	21	27	24	1.99
26479531--26479590	14	4.1	14	76	19	68	38	18	5	38	1.73
26482235--26482278	23	1.9	22	82	17	54	36	25	0	38	1.56
26482323--26482416	45	2.1	45	91	0	152	31	24	18	25	1.97
26482418--26482605	50	3.7	50	78	3	207	29	28	17	24	1.97
26482420--26482603	101	1.8	101	89	2	289	29	27	17	25	1.98
26484991--26485046	20	2.8	21	75	22	57	35	1	16	46	1.57
26487235--26487296	30	2.1	30	81	3	72	37	6	24	32	1.81
26487480--26487518	18	2.2	17	86	13	53	33	0	20	46	1.51
26487740--26487858	23	5.3	23	87	8	172	21	21	26	31	1.98
26487739--26487858	44	2.6	45	92	5	206	22	20	25	30	1.98
26490529--26490616	28	3.1	28	91	1	140	28	22	23	25	1.99
26490715--26490771	26	2.2	26	80	0	69	42	22	17	17	1.89
26490949--26491161	27	7.9	28	76	8	174	21	15	19	43	1.88
26490958--26491161	54	3.8	54	78	5	218	20	16	19	44	1.87
26490958--26491176	81	2.7	81	84	2	262	20	16	19	43	1.88
26494604--26494946	40	8.6	40	91	2	485	24	20	27	27	1.99
26502635--26502977	40	8.6	40	91	2	485	24	20	27	27	1.99
26509275--26509368	28	3.4	28	86	2	127	28	23	23	24	1.99
26509479--26509550	26	2.8	26	89	0	99	45	19	16	18	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26509598--26509663	32	2.1	32	91	0	105	28	16	19	34	1.94
26509728--26510132	27	15.1	26	77	8	147	19	16	20	43	1.87
26509770--26510131	27	13.5	27	78	4	284	19	15	20	44	1.87
26509771--26510128	108	3.3	108	84	2	445	19	15	20	44	1.86
26510781--26510849	35	2.0	35	86	11	97	59	8	26	5	1.50
26510987--26511706	365	2.0	366	89	1	1102	34	31	10	24	1.88
26513894--26513939	21	2.1	23	84	8	60	36	15	10	36	1.82
26514369--26514500	50	2.6	52	78	7	144	37	12	15	34	1.86
26520143--26520262	40	3.0	40	78	3	107	35	22	19	22	1.96
26520189--26520273	40	2.1	40	80	4	91	38	21	18	21	1.93
26525999--26526041	7	6.3	7	86	13	63	67	0	16	16	1.24
26526002--26526041	20	2.0	20	90	9	64	70	0	15	15	1.18
26527416--26527748	140	2.4	138	92	2	558	32	18	19	28	1.96
26527767--26528124	50	7.2	50	71	4	247	33	21	19	24	1.97
26527744--26528306	199	2.8	200	79	4	533	32	23	20	24	1.98
26527746--26528285	100	5.4	100	77	6	452	32	22	20	24	1.98
26528881--26528911	14	2.2	14	94	0	53	74	9	16	0	1.07
26537646--26537689	23	1.9	22	82	17	54	36	25	0	38	1.56
26537734--26537827	45	2.1	45	91	0	152	31	24	18	25	1.97
26537833--26538014	50	3.6	50	78	5	206	30	27	17	24	1.97
26537831--26538013	100	1.8	100	89	2	287	31	27	17	24	1.97
26541054--26541213	41	3.9	41	76	14	166	23	19	27	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26545160--26545218	20	2.9	19	79	16	66	25	28	11	33	1.91
26547743--26547804	30	2.1	30	81	3	72	37	6	24	32	1.81
26547989--26548027	18	2.2	17	86	13	53	33	0	20	46	1.51
26548253--26548372	23	5.3	23	84	6	154	23	20	25	31	1.98
26548252--26548372	45	2.6	45	90	2	188	23	19	24	31	1.98
26555693--26555741	20	2.5	20	81	15	66	12	24	6	57	1.58
26557095--26557272	27	6.6	27	83	5	180	29	27	15	27	1.96
26557116--26557271	82	1.9	81	86	3	224	28	27	16	27	1.97
26565147--26565332	41	4.6	41	89	3	261	24	24	26	24	2.00
26565149--26565302	81	1.9	82	90	4	249	24	24	25	25	2.00
26574164--26574210	22	2.2	22	85	11	62	40	6	10	42	1.65
26574455--26575057	152	4.0	152	96	0	1019	42	15	8	33	1.76
26577968--26578138	40	4.3	38	74	16	125	24	25	21	28	1.99
26578001--26578145	40	3.7	40	77	7	134	24	26	22	26	2.00
26586146--26586239	40	2.3	40	90	3	145	25	28	22	23	1.99
26588954--26589076	22	5.3	22	62	27	58	32	13	29	25	1.93
26588938--26589122	47	3.9	47	91	0	289	33	11	28	26	1.92
26589327--26589478	37	4.1	38	93	3	247	23	19	30	26	1.98
26597544--26597655	27	4.2	26	84	11	136	37	23	24	15	1.93
26597544--26597655	54	2.1	54	86	3	154	37	23	24	15	1.93
26611027--26611091	28	2.3	28	86	0	85	32	10	24	32	1.90
26617333--26617358	6	4.3	6	100	0	52	0	19	46	34	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26618294--26618408	55	2.1	56	80	8	128	35	22	23	18	1.95
26618319--26618388	27	2.5	28	86	4	88	35	24	22	17	1.95
26618327--26618407	27	2.9	27	78	7	83	33	23	23	19	1.97
26618514--26618578	28	2.3	28	91	0	103	30	9	27	32	1.88
26627110--26627142	16	2.1	16	88	11	50	60	12	0	27	1.32
26631945--26632029	43	2.0	43	82	13	104	27	29	18	24	1.98
26640722--26640761	19	2.1	19	100	0	80	47	10	5	37	1.59
26645691--26645897	27	7.6	27	91	3	315	26	14	28	30	1.95
26645691--26645897	55	3.8	55	96	0	360	26	14	28	30	1.95
26653009--26653243	28	8.5	28	93	2	370	26	14	28	31	1.94
26653009--26653243	55	4.3	55	94	1	382	26	14	28	31	1.94
26653009--26653243	83	2.8	83	92	1	375	26	14	28	31	1.94
26657846--26657992	40	3.7	40	89	3	224	17	19	28	34	1.94
26659220--26659273	27	2.0	27	85	0	72	38	7	14	38	1.75
26665181--26665239	27	2.2	27	100	0	118	16	3	6	72	1.20
26671424--26671476	26	2.0	26	100	0	106	37	18	11	32	1.87
26675907--26676000	28	3.3	29	89	2	138	29	31	14	23	1.95
26685186--26685237	26	2.0	27	88	3	79	26	34	23	15	1.94
26692093--26692315	40	5.6	40	82	3	200	25	22	27	24	2.00
26692093--26692350	80	3.3	79	80	4	243	25	22	27	24	1.99
26692169--26692350	79	2.3	80	85	1	242	26	21	28	24	1.99
26695210--26695387	27	6.6	27	80	5	162	28	28	16	26	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26695210--26695387	54	3.3	55	79	10	195	28	28	16	26	1.97
26695231--26695388	82	1.9	81	85	3	219	27	27	17	27	1.97
26703102--26703279	27	6.6	27	79	3	115	28	28	16	26	1.97
26703102--26703279	54	3.3	55	80	10	204	28	28	16	26	1.97
26703123--26703278	82	1.9	81	85	3	215	28	28	16	26	1.97
26706954--26707214	39	6.7	40	85	8	301	24	26	22	26	2.00
26706954--26707212	77	3.3	76	82	13	280	24	26	22	26	2.00
26714881--26715144	40	6.7	40	87	6	326	25	27	21	25	2.00
26717279--26717307	9	3.0	10	90	10	51	58	0	20	20	1.39
26736308--26736372	32	2.0	32	100	0	130	40	6	12	41	1.67

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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