genome.fa.s25.2.7.7.80.10.50.1000.46.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  63843421

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   

This is table  46  of  214  ( 25680 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12553071--12553178	49	2.2	50	83	5	130	28	22	27	21	1.99
12553448--12553486	12	3.2	12	85	0	51	56	5	20	17	1.60
12558948--12559000	26	2.0	27	82	10	65	18	1	9	69	1.25
12565372--12565417	19	2.4	18	85	10	56	71	0	2	26	0.97
12570596--12570678	41	2.0	41	100	0	166	38	14	16	30	1.89
12573714--12573746	17	2.0	17	88	5	50	12	15	6	66	1.42
12577269--12577293	13	1.9	13	100	0	50	36	24	24	16	1.94
12579723--12579757	18	1.9	18	88	0	52	71	8	11	8	1.31
12581052--12581249	27	7.4	27	82	11	221	19	16	20	43	1.88
12581052--12581250	54	3.7	52	86	5	256	19	16	20	43	1.88
12581052--12581249	80	2.5	81	87	4	276	19	16	20	43	1.88
12585624--12585773	41	3.7	41	88	0	210	16	18	27	38	1.92
12586488--12586563	34	2.2	34	97	0	143	40	26	2	30	1.69
12602127--12602170	21	2.1	21	82	0	52	56	2	2	38	1.24
12602532--12602574	2	22.0	2	90	4	61	0	55	0	44	0.99
12602799--12602835	10	3.5	11	82	10	51	62	0	37	0	0.96
12615561--12615664	31	3.4	31	71	12	99	44	11	25	19	1.84
12622240--12622302	24	2.6	24	82	9	67	52	7	6	33	1.56
12622706--12622754	25	2.0	25	83	0	62	73	4	8	14	1.21
12625105--12625154	25	2.0	25	100	0	100	40	24	16	20	1.91
12626107--12626146	18	2.2	19	86	4	55	60	2	2	35	1.24
12630430--12630491	25	2.4	26	89	5	99	41	9	0	48	1.36
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12630556--12630631	27	2.8	26	84	7	98	23	22	34	19	1.97
12630714--12630754	10	3.9	11	78	9	50	68	0	29	2	1.03
12630778--12630820	21	2.0	21	86	8	61	18	0	11	69	1.17
12630872--12630903	3	10.7	3	100	0	64	34	0	0	65	0.93
12634005--12634031	11	2.5	11	100	0	54	40	14	7	37	1.74
12636764--12636818	27	2.0	27	89	0	83	9	30	14	45	1.76
12637549--12637640	3	32.3	3	70	16	54	0	30	0	69	0.89
12637525--12637730	37	5.6	36	75	17	167	0	32	0	67	0.91
12637521--12637691	40	4.2	42	73	18	121	0	30	0	69	0.89
12637581--12637717	10	14.5	10	68	24	61	0	32	0	67	0.91
12637588--12637721	4	34.0	4	73	20	72	0	31	0	68	0.90
12637522--12637690	78	2.2	80	89	7	258	0	30	0	69	0.88
12637520--12637720	78	2.7	75	80	13	234	0	31	0	68	0.90
12637563--12637730	36	4.7	35	75	17	127	0	32	0	67	0.91
12637765--12637843	27	2.9	27	90	0	113	16	30	22	30	1.96
12637900--12637990	27	3.4	27	95	4	166	49	0	10	39	1.38
12639235--12639264	15	2.0	15	100	0	60	33	20	13	33	1.91
12640419--12640457	19	2.0	19	85	5	51	20	46	15	17	1.84
12641338--12641544	103	2.0	103	96	0	378	30	13	13	42	1.83
12652844--12652970	42	3.0	42	83	0	164	45	16	18	18	1.85
12662878--12663064	43	4.3	44	83	6	213	23	26	20	28	1.99
12663383--12663452	21	3.3	21	86	4	97	7	41	17	34	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12663496--12663536	21	2.0	21	85	0	55	2	36	19	41	1.65
12663408--12663602	87	2.2	87	88	3	277	11	29	18	40	1.86
12665999--12666029	16	1.9	16	93	0	53	32	6	25	35	1.82
12667536--12667580	23	2.0	23	82	8	56	40	31	6	22	1.80
12668865--12668962	40	2.4	42	77	8	103	18	16	21	43	1.87
12674766--12674824	21	2.8	20	80	14	57	54	3	1	40	1.27
12674806--12674933	11	11.4	11	77	16	113	55	0	2	42	1.12
12674816--12674950	39	3.4	39	84	4	182	57	0	1	41	1.08
12674917--12674962	16	2.8	17	83	6	58	60	0	0	39	0.97
12675869--12675950	28	2.9	28	83	7	94	40	1	0	58	1.06
12675876--12675914	18	2.1	18	85	9	51	35	2	0	61	1.10
12675869--12675965	30	3.3	28	78	11	97	40	1	1	57	1.12
12675869--12675964	29	3.3	28	81	11	88	40	1	1	57	1.13
12677686--12677752	34	1.9	35	81	3	82	47	2	0	49	1.16
12682787--12683286	168	3.0	166	86	2	678	39	17	20	23	1.92
12686464--12686503	18	2.3	18	87	8	57	65	7	0	27	1.20
12687493--12687551	22	2.7	22	82	7	59	45	13	20	20	1.84
12691730--12691823	9	10.4	9	83	4	127	25	10	22	41	1.86
12703296--12703339	22	2.0	22	91	8	72	20	13	15	50	1.78
12703307--12703354	22	2.2	22	85	3	62	22	18	12	45	1.83
12709008--12709075	18	3.9	17	73	21	61	10	14	0	75	1.06
12709165--12709232	16	4.1	17	78	14	63	7	8	1	82	0.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12709195--12709235	17	2.5	16	84	7	55	4	17	0	78	0.93
12710176--12710221	22	2.0	24	91	8	78	73	0	8	17	1.07
12714634--12714669	17	2.1	18	89	5	56	75	5	13	5	1.17
12715562--12715691	21	6.0	22	86	7	178	16	20	23	39	1.92
12715556--12715691	44	3.2	44	86	7	183	16	19	24	38	1.92
12724140--12724195	25	2.2	25	78	6	60	32	21	25	21	1.98
12724789--12724831	21	2.0	21	86	0	59	41	16	0	41	1.48
12736387--12736583	42	4.7	42	81	6	220	30	26	15	27	1.96
12738821--12738889	24	2.9	24	80	4	68	50	7	5	36	1.54
12740394--12740500	50	2.1	50	83	6	128	27	18	23	30	1.98
12740600--12741102	44	10.8	45	66	19	183	27	21	18	31	1.97
12740551--12741102	142	3.9	142	94	0	946	27	21	18	32	1.96
12742381--12742413	7	4.9	7	88	7	50	18	15	0	66	1.25
12742381--12742413	13	2.5	13	95	5	57	18	15	0	66	1.25
12747622--12747690	24	2.9	23	79	14	61	49	5	7	37	1.55
12747785--12747815	3	10.3	3	100	0	62	67	0	0	32	0.91
12767080--12767129	24	2.1	24	92	0	82	26	34	20	20	1.96
12767269--12767340	29	2.4	30	83	4	83	23	26	36	13	1.93
12768216--12768252	18	2.1	18	94	0	65	54	2	5	37	1.38
12770094--12770286	80	2.4	80	82	5	221	26	29	20	23	1.99
12770064--12770233	40	4.3	40	90	0	234	25	28	21	24	1.99
12770064--12770286	120	1.9	119	81	6	272	26	28	21	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12770218--12770295	40	1.9	41	82	10	97	26	28	21	23	1.99
12777975--12778237	120	2.2	119	82	4	316	26	28	20	24	1.99
12777975--12778184	40	5.3	40	92	0	314	26	29	20	23	1.99
12777978--12778237	80	3.3	80	86	3	267	25	28	21	24	1.99
12778169--12778246	40	1.9	41	82	10	97	26	28	21	23	1.99
12781109--12781247	43	3.2	43	76	6	113	26	17	25	30	1.97
12794533--12794561	5	5.8	5	100	0	58	82	0	0	17	0.66
12803642--12803701	27	2.2	27	78	0	66	38	6	3	51	1.45
12803678--12803727	19	2.6	19	80	0	64	38	8	0	54	1.30
12805803--12805852	24	2.0	25	84	3	66	28	22	8	42	1.81
12808918--12808971	7	7.7	7	80	15	58	85	3	11	0	0.73
12808918--12808971	15	3.9	14	80	14	58	85	3	11	0	0.73
12808929--12808971	19	2.3	19	92	8	70	86	0	13	0	0.58
12808931--12808976	12	3.8	12	83	16	51	82	0	15	2	0.76
12809985--12810390	45	8.8	46	68	17	168	33	18	20	28	1.96
12810023--12810379	182	2.0	180	80	5	405	32	18	20	28	1.96
12810162--12810418	137	1.9	137	82	1	327	34	18	17	29	1.94
12812308--12812360	19	2.8	19	76	0	61	35	7	3	52	1.48
12815907--12815933	7	3.9	7	100	0	54	44	0	0	55	0.99
12816671--12816704	18	1.9	17	88	5	50	26	17	0	55	1.42
12821055--12821181	66	1.9	69	85	8	181	52	2	5	39	1.37
12821397--12821441	15	3.0	15	86	0	63	53	17	22	6	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12821418--12821475	20	2.9	20	80	10	73	53	13	20	12	1.72
12821397--12821475	40	2.0	40	82	5	97	53	15	21	10	1.71
12831309--12831333	7	3.6	7	100	0	50	76	12	0	12	1.04
12831607--12831654	11	4.2	11	78	17	53	77	0	22	0	0.78
12831594--12831675	26	3.2	25	80	13	80	69	1	29	0	0.96
12831807--12831842	7	5.0	7	90	6	54	80	0	19	0	0.71
12832161--12832187	12	2.2	12	100	0	54	85	0	14	0	0.61
12832160--12832208	21	2.3	21	86	6	64	77	0	22	0	0.77
12832603--12832658	17	3.2	17	80	9	67	35	10	8	44	1.71
12832603--12832658	19	3.1	19	85	7	73	35	10	8	44	1.71

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214