genome.fa.s25.2.7.7.80.10.50.1000.9.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  63843421

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   

This is table  9  of  214  ( 25680 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2722971--2723016	15	3.0	15	84	12	58	4	17	2	76	1.06
2723025--2723097	5	14.6	5	76	20	64	56	4	0	39	1.19
2723026--2723068	19	2.3	19	92	8	70	58	0	0	41	0.98
2723032--2723096	24	2.6	25	80	9	71	58	4	0	36	1.19
2729515--2729558	22	2.0	23	81	4	54	65	2	0	31	1.05
2729800--2729852	21	2.5	21	93	0	88	30	39	9	20	1.84
2742785--2742832	21	2.3	21	78	7	53	6	16	4	72	1.20
2742976--2743022	24	1.9	25	86	4	69	48	4	0	46	1.21
2745361--2745407	24	2.0	23	84	12	60	51	4	14	29	1.62
2745717--2745759	23	2.0	23	86	9	63	11	4	39	44	1.62
2747612--2747678	19	3.4	19	70	22	57	37	4	1	56	1.29
2747618--2747677	20	3.0	20	73	9	68	36	5	1	56	1.31
2748170--2748232	32	2.0	32	81	6	74	41	9	7	41	1.67
2749762--2749799	16	2.3	17	90	4	60	5	26	5	63	1.37
2760182--2760223	6	6.8	6	81	13	50	76	2	2	19	1.01
2760185--2760223	17	2.2	19	86	9	55	76	2	2	17	1.01
2763413--2763455	18	2.4	18	88	0	59	41	44	2	11	1.53
2766582--2766624	14	2.9	15	80	12	54	34	2	0	62	1.08
2768343--2768407	27	2.4	28	82	15	82	38	10	1	49	1.47
2768477--2768555	27	2.9	27	90	0	122	30	21	31	16	1.95
2768629--2768698	19	3.7	19	82	3	97	37	10	0	52	1.35
2768634--2768704	37	1.9	37	100	0	142	39	11	0	49	1.39
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2768924--2768962	19	2.1	19	85	4	53	35	7	0	56	1.28
2769177--2769246	19	3.7	19	82	3	97	37	10	0	52	1.35
2769182--2769252	37	1.9	37	100	0	142	39	11	0	49	1.39
2769481--2769540	18	3.3	18	81	4	84	38	11	0	50	1.39
2769470--2769540	37	1.9	37	97	0	133	38	11	0	50	1.38
2769465--2769534	19	3.7	19	80	3	88	35	10	0	54	1.34
2768929--2769806	288	3.0	289	97	1	1634	32	13	10	43	1.78
2769759--2769797	19	2.1	19	85	4	53	35	7	0	56	1.28
2769764--2769806	18	2.3	19	84	4	52	39	11	0	48	1.40
2769803--2769861	19	3.2	19	80	4	84	49	0	11	38	1.40
2770056--2770126	37	1.9	37	100	0	142	49	0	11	39	1.39
2770062--2770130	19	3.7	19	82	5	97	52	0	10	37	1.36
2770205--2770256	27	1.9	27	92	0	86	15	32	21	30	1.94
2770207--2770265	27	2.2	27	84	0	73	15	28	25	30	1.96
2770316--2770376	24	2.4	24	86	8	77	49	1	9	39	1.46
2770743--2770808	19	3.3	20	79	8	64	60	1	1	36	1.15
2779512--2779597	18	4.8	18	89	0	127	29	20	15	34	1.93
2779510--2779597	36	2.4	36	94	0	149	28	20	15	35	1.94
2788053--2788121	31	2.2	32	79	7	79	47	5	5	40	1.51
2796415--2796590	90	2.0	90	91	0	289	35	17	13	34	1.89
2798944--2798996	24	2.2	24	86	6	72	52	1	0	45	1.11
2800788--2801391	50	12.5	49	81	5	561	33	18	24	22	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2800832--2801391	98	5.8	97	80	7	523	33	19	24	22	1.97
2804338--2804399	21	2.7	23	82	12	74	50	0	17	32	1.47
2804484--2804523	19	2.1	19	90	0	62	65	0	5	30	1.14
2808328--2808540	95	2.2	94	85	5	266	18	24	20	36	1.95
2808342--2808541	49	4.2	49	81	4	246	18	23	20	38	1.93
2815593--2815958	197	1.9	196	79	6	418	27	25	19	27	1.99
2816219--2816365	60	2.5	60	80	4	163	27	19	17	36	1.94
2818528--2818579	12	4.8	11	77	20	56	65	0	0	34	0.93
2818534--2818579	20	2.3	20	100	0	92	65	0	0	34	0.93
2819014--2819062	23	2.1	23	88	0	71	36	8	16	38	1.78
2822993--2823037	11	3.7	11	78	21	54	68	0	0	31	0.89
2823478--2823554	27	2.9	26	75	9	75	62	1	1	35	1.12
2823480--2823554	25	2.9	27	68	11	66	61	1	1	36	1.13
2830880--2830905	6	4.3	6	100	0	52	80	0	0	19	0.71
2832982--2833099	43	2.7	42	84	6	146	32	7	18	41	1.79
2852600--2852961	46	8.6	44	83	12	371	28	21	14	35	1.93
2852736--2852925	36	5.0	36	84	12	245	28	20	13	37	1.91
2852643--2852961	82	3.9	82	83	13	397	29	21	13	35	1.92
2852689--2852925	118	2.0	118	94	0	411	29	20	13	36	1.91
2863074--2863120	24	2.0	24	87	8	69	19	0	27	53	1.45
2866053--2866143	44	2.1	44	95	0	164	29	13	10	46	1.77
2867151--2867306	50	3.2	50	69	12	151	46	17	12	23	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2867131--2867361	97	2.4	97	94	0	410	48	16	12	22	1.80
2867341--2867394	26	2.1	26	100	0	108	66	3	11	18	1.37
2867869--2867912	22	2.0	22	91	4	72	68	13	18	0	1.22
2868538--2868600	27	2.3	27	81	8	74	53	4	3	38	1.38
2870444--2870758	44	7.2	44	65	11	160	28	18	24	28	1.98
2870379--2871235	132	6.5	132	89	3	1133	29	18	24	28	1.98
2870379--2871235	390	2.2	394	85	5	1144	29	18	24	28	1.98
2875249--2875534	60	4.9	60	78	15	321	12	30	13	44	1.81
2875254--2875534	116	2.4	116	93	3	474	12	30	13	43	1.81
2879258--2879282	9	2.8	9	100	0	50	64	0	0	36	0.94
2882639--2882672	6	5.7	6	89	0	50	14	0	50	35	1.44
2882637--2882677	12	3.4	12	86	0	55	19	0	48	31	1.49
2883115--2883404	99	2.9	99	89	5	435	46	16	12	24	1.81
2883531--2883565	4	8.8	4	100	0	70	77	0	0	22	0.78
2884535--2884596	27	2.3	29	75	16	78	54	6	3	35	1.42
2885634--2885717	40	2.1	40	100	0	168	32	16	4	46	1.68
2886551--2886728	60	3.0	59	85	4	227	13	31	11	43	1.79
2891007--2891065	31	1.9	31	85	0	82	38	10	16	33	1.83
2891971--2892043	13	5.7	13	75	18	55	47	4	1	46	1.30
2893350--2893406	23	2.4	23	80	8	62	26	0	15	57	1.38
2896218--2896258	18	2.2	19	86	4	57	17	2	2	78	0.98
2896274--2896314	11	3.7	11	80	0	55	19	14	9	56	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2896351--2896413	30	2.1	30	90	0	99	23	3	14	58	1.50
2897179--2897212	17	2.0	17	88	0	50	35	0	2	61	1.11
2902098--2902171	21	3.5	21	84	0	94	31	24	27	17	1.97
2902887--2902914	5	5.6	5	100	0	56	0	17	0	82	0.68
2902888--2902931	16	2.8	16	86	3	54	0	29	0	70	0.88
2905618--2905656	18	2.2	18	85	0	51	74	2	2	20	1.06
2905806--2905869	27	2.4	26	86	2	92	40	3	6	50	1.43
2910718--2910764	24	2.0	24	84	16	62	31	0	17	51	1.46
2914447--2914521	29	2.6	30	87	4	100	41	9	17	32	1.81
2917755--2917796	22	1.9	22	95	0	75	69	0	0	30	0.89
2917981--2918034	22	2.5	22	84	0	72	16	0	14	68	1.21
2921964--2922014	21	2.4	22	80	3	59	41	5	15	37	1.72
2922199--2922234	18	1.9	19	88	5	56	63	8	0	27	1.23
2928170--2928195	12	2.2	12	100	0	52	61	30	7	0	1.24
2931179--2931272	27	3.5	27	89	2	136	19	24	34	22	1.97
2932388--2932425	18	2.1	18	95	0	67	34	5	47	13	1.65
2937008--2937530	162	3.3	161	73	14	547	29	9	8	52	1.64
2936918--2937547	319	2.0	321	95	0	1138	30	10	8	51	1.64
2938044--2938111	27	2.5	27	85	4	84	19	32	27	20	1.97
2947376--2947448	29	2.6	29	88	2	103	41	4	12	42	1.61
2947376--2947457	29	2.9	28	85	5	101	42	3	12	41	1.60
2952386--2952468	43	1.9	43	85	0	112	22	22	3	50	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2961707--2961746	3	13.3	3	100	0	80	67	0	32	0	0.91
2962115--2962179	31	2.1	31	94	0	112	36	6	9	47	1.60
2965113--2965140	12	2.3	12	100	0	56	46	14	7	32	1.71
2966035--2966059	13	1.9	13	100	0	50	48	12	0	40	1.40
2998309--2998366	24	2.3	26	88	8	84	53	1	5	39	1.33
3001471--3001537	34	1.9	35	90	3	109	38	7	5	47	1.56
3001465--3001541	14	5.0	15	71	20	52	41	7	6	44	1.59
3008399--3008437	20	2.0	20	85	10	53	43	15	5	35	1.69
3011988--3012044	20	2.8	20	84	7	71	47	3	10	38	1.55
3013093--3013148	19	2.9	19	79	10	69	19	17	23	39	1.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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