genome.fa.s25.2.7.7.80.10.50.1000.201.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  63843421

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   

This is table  201  of  214  ( 25680 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58888298--58888422	67	1.9	66	89	1	196	28	30	20	20	1.98
58888555--58888662	57	1.9	56	88	1	162	25	27	18	28	1.98
58892656--58892934	46	6.0	46	91	2	418	29	21	8	40	1.83
58893015--58893078	31	2.1	31	96	0	119	34	12	7	45	1.71
58897780--58897847	3	22.7	3	96	0	127	32	1	0	66	1.01
58896522--58897802	363	3.6	360	94	1	2229	24	19	18	36	1.94
58898421--58898599	85	2.1	85	98	0	349	37	8	27	26	1.85
58899861--58900352	47	10.6	47	91	4	698	33	9	29	28	1.88
58900203--58900324	22	5.3	22	62	21	61	33	11	29	25	1.91
58902257--58902294	3	12.7	3	94	0	67	28	0	2	68	1.03
58902616--58902656	3	13.7	3	100	0	82	31	0	0	68	0.90
58902203--58903379	362	3.2	359	92	4	1963	25	17	18	38	1.92
58902977--58903008	3	10.7	3	100	0	64	31	0	0	68	0.90
58903347--58903379	3	11.0	3	100	0	66	33	0	0	66	0.92
58903743--58903781	18	2.2	18	90	0	60	30	10	20	38	1.86
58907845--58907969	43	2.9	43	79	11	148	32	30	19	18	1.95
58907978--58908179	98	2.1	98	97	0	379	32	22	13	30	1.93
58910479--58910521	22	2.0	21	82	8	52	51	6	4	37	1.50
58910762--58910805	22	2.0	23	86	8	65	40	9	6	43	1.63
58912240--58912270	2	15.5	2	100	0	62	0	0	48	51	1.00
58919440--58919472	7	4.7	7	100	0	66	72	0	27	0	0.85
58931955--58932015	31	2.0	31	96	0	113	34	6	26	32	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58932107--58932132	4	6.5	4	100	0	52	50	0	0	50	1.00
58933730--58933784	17	3.2	16	78	14	56	38	0	14	47	1.45
58934271--58934375	21	5.0	21	78	4	106	16	26	15	41	1.87
58934275--58934375	42	2.4	42	85	4	125	15	26	14	42	1.86
58939210--58939252	17	2.5	18	81	11	54	16	6	0	76	0.99
58941251--58941301	23	2.2	23	82	0	57	49	17	25	7	1.74
58942061--58942257	98	2.0	98	94	0	349	24	19	16	39	1.92
58959014--58959065	24	2.2	24	82	0	59	76	1	3	17	1.02
58964721--58964767	21	2.2	22	92	3	78	21	19	38	21	1.94
58986133--58986168	4	9.0	4	100	0	72	25	50	0	25	1.50
58991478--58991668	36	5.0	36	81	12	238	36	12	20	30	1.89
58991442--58991668	82	2.9	81	88	6	310	36	11	21	30	1.89
59002005--59002134	63	2.1	63	97	0	242	41	8	10	40	1.69
59002487--59002587	25	3.9	28	88	8	96	42	1	0	55	1.11
59002516--59002587	5	14.4	5	100	0	144	40	0	0	59	0.97
59003540--59003673	40	3.4	40	74	9	132	26	17	23	32	1.97
59006443--59006467	10	2.5	10	100	0	50	36	0	0	64	0.94
59009948--59009982	2	17.5	2	100	0	70	48	0	51	0	1.00
59011291--59011332	22	2.0	22	85	4	59	28	7	2	61	1.35
59014920--59015163	46	5.6	45	85	10	330	27	21	14	35	1.93
59015055--59015127	36	2.0	36	94	0	128	28	20	13	36	1.91
59015009--59015163	82	1.9	82	94	0	274	28	21	13	36	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59021389--59021427	6	6.5	6	96	0	69	12	0	30	56	1.37
59034553--59034588	16	2.1	18	90	10	58	44	0	0	55	0.99
59041270--59041298	11	2.5	12	88	11	51	27	0	0	72	0.85
59044668--59045072	52	8.1	51	81	10	489	34	14	22	28	1.93
59044654--59045073	98	4.3	98	95	0	741	34	14	22	28	1.93
59045036--59045255	37	6.0	37	94	1	372	37	16	21	24	1.93
59046510--59046677	58	3.0	58	87	10	237	22	13	30	33	1.92
59046529--59046619	28	3.2	28	66	22	80	25	15	31	27	1.95
59046570--59046712	49	2.9	49	93	0	232	23	13	30	32	1.94
59049853--59050257	52	8.1	51	81	10	489	34	14	22	28	1.93
59049839--59050258	98	4.3	98	95	0	741	34	14	22	28	1.93
59050221--59050440	37	6.0	37	94	1	372	37	16	21	24	1.93
59052761--59052816	29	1.9	29	88	0	85	28	17	17	35	1.93
59052755--59052823	29	2.4	29	82	0	84	28	17	17	36	1.93
59060886--59060928	21	2.0	21	100	0	86	30	4	4	60	1.37
59061352--59061393	20	2.1	20	86	8	59	30	0	9	59	1.29
59061335--59061472	66	2.1	66	90	0	213	32	2	11	53	1.49
59061335--59061500	66	2.5	66	86	1	199	31	1	13	53	1.50
59062559--59062601	20	2.2	20	87	8	61	58	0	2	39	1.11
59062772--59062837	11	6.4	10	80	15	64	43	0	1	54	1.09
59080951--59080982	16	2.0	16	100	0	64	50	6	12	31	1.65
59082261--59082303	17	2.7	15	83	13	59	13	4	13	67	1.38
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59083819--59083874	22	2.6	21	86	8	76	39	19	26	14	1.90
59083820--59083887	22	3.0	22	78	18	70	38	20	25	16	1.92
59084765--59084789	13	1.9	13	100	0	50	0	16	0	84	0.63
59087710--59087757	17	2.9	17	90	3	71	27	0	18	54	1.44
59092435--59092618	46	4.0	46	94	0	305	34	9	27	28	1.88
59101981--59102040	31	2.0	30	83	3	75	45	11	5	38	1.63
59110605--59110651	16	2.9	16	81	15	60	70	2	0	27	0.99
59122647--59122692	16	2.8	17	70	9	51	41	4	0	54	1.20
59124380--59124446	22	3.2	21	68	20	59	43	1	1	53	1.19
59124394--59124460	19	3.4	19	69	18	64	43	2	0	53	1.16
59124381--59124469	41	2.2	41	97	0	169	40	2	1	56	1.19
59124387--59124458	22	3.4	21	67	21	60	41	2	1	54	1.23
59124398--59124465	22	3.2	22	67	12	70	41	2	0	55	1.15
59135783--59135831	22	2.2	22	81	0	62	59	8	12	20	1.58
59135792--59135841	22	2.3	22	79	6	57	58	6	18	18	1.59
59147327--59147358	3	11.0	3	93	6	57	65	0	0	34	0.93
59147329--59147357	14	2.1	14	100	0	58	65	0	0	34	0.93
59149168--59149363	44	4.5	44	76	5	200	28	25	17	28	1.97
59164870--59164921	21	2.5	21	84	6	61	44	5	0	50	1.26
59167841--59167906	12	5.5	12	80	5	80	4	24	6	65	1.35
59167841--59167915	24	3.1	24	88	3	98	4	25	5	65	1.31
59175243--59175285	13	3.3	12	87	9	50	46	13	2	37	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59175225--59175288	26	2.4	26	81	2	65	43	17	1	37	1.58
59186228--59186303	38	2.0	38	94	2	136	34	1	17	47	1.56
59186366--59186412	24	2.0	24	82	0	58	4	29	2	63	1.25
59186759--59186815	28	2.0	28	100	0	114	54	14	14	17	1.71
59187233--59187286	21	2.6	21	90	0	90	22	9	38	29	1.85
59189395--59189426	15	2.1	16	94	5	57	75	3	6	15	1.14
59190647--59190714	36	1.9	35	87	3	100	39	14	14	30	1.87
59199247--59199301	21	2.7	20	86	8	74	30	5	32	30	1.80
59207403--59207452	19	2.6	19	83	3	64	54	6	4	36	1.44
59208418--59208445	12	2.3	12	100	0	56	85	0	0	14	0.59
59208748--59208811	28	2.3	28	94	0	110	14	4	42	39	1.66
59210974--59211049	23	3.3	23	92	0	134	30	26	21	22	1.99
59227389--59227436	19	2.7	18	78	9	53	47	4	10	37	1.57
59230179--59231303	587	1.9	587	96	0	2097	35	13	17	34	1.88
59232361--59232423	32	2.0	32	96	0	117	41	6	12	39	1.69
59235342--59235385	21	2.1	22	84	12	58	25	4	4	65	1.30
59235468--59235515	24	2.0	25	84	12	64	64	2	0	33	1.05
59248138--59248327	95	2.0	95	100	0	380	43	13	16	26	1.86
59251447--59251515	16	4.2	16	92	3	120	24	1	37	36	1.65
59251447--59251515	33	2.1	32	94	2	120	24	1	37	36	1.65
59251496--59251586	45	2.0	45	85	2	121	27	6	28	37	1.82
59251751--59251785	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59251734--59252839	120	9.2	120	97	0	1964	47	5	3	43	1.43
59251734--59252839	361	3.1	360	96	0	1991	47	5	3	43	1.43
59251734--59252839	481	2.3	482	96	1	2004	47	5	3	43	1.43
59255859--59255968	33	3.3	33	80	11	127	31	9	17	41	1.80
59255915--59256171	51	5.0	51	96	1	462	28	8	17	44	1.79
59255915--59256171	103	2.5	102	94	2	462	28	8	17	44	1.79
59262775--59264325	775	2.0	775	100	0	3102	30	18	12	37	1.88
59272065--59272114	17	2.7	20	78	18	70	10	0	44	46	1.37
59276705--59276754	17	2.7	20	78	18	70	10	0	44	46	1.37
59283444--59283550	40	2.7	40	88	5	162	36	2	0	60	1.11

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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