genome.fa.s25.2.7.7.80.10.50.1000.52.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  63843421

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   

This is table  52  of  214  ( 25680 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14377784--14377821	2	19.0	2	94	0	67	47	0	2	50	1.15
14379254--14379299	7	6.6	7	84	0	56	26	50	0	23	1.50
14379412--14379456	7	6.4	7	81	0	54	31	44	2	22	1.65
14379404--14379443	21	1.9	21	85	10	55	30	45	0	25	1.54
14379412--14379456	14	3.2	14	93	6	74	31	44	2	22	1.65
14379437--14379587	81	1.8	80	86	8	214	42	26	1	29	1.64
14379675--14379707	14	2.3	15	94	5	59	36	33	0	30	1.58
14380195--14380273	41	1.9	41	86	0	113	27	30	18	22	1.98
14382317--14382348	16	2.0	16	93	0	55	65	0	6	28	1.16
14382477--14382505	13	2.2	13	100	0	58	68	0	0	31	0.89
14382649--14382680	3	10.7	3	100	0	64	68	0	0	31	0.90
14384285--14384747	100	4.7	100	82	4	479	24	19	21	34	1.97
14384385--14384746	50	7.3	50	73	7	315	24	19	21	34	1.96
14384474--14384608	49	2.8	48	72	17	116	23	17	20	39	1.92
14384389--14384746	199	1.8	198	88	0	554	24	19	21	34	1.97
14384189--14384754	99	5.7	99	78	5	525	23	19	21	34	1.97
14384839--14385000	44	3.5	44	67	19	121	29	20	17	32	1.96
14384822--14385020	98	2.0	98	96	0	362	27	21	17	33	1.96
14387447--14387496	21	2.6	19	81	12	57	10	4	10	76	1.15
14392347--14392378	16	2.0	16	93	0	55	65	0	6	28	1.16
14392510--14392538	13	2.2	13	100	0	58	68	0	0	31	0.89
14392680--14392738	3	19.3	3	96	3	109	67	0	0	32	0.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14395240--14395272	13	2.3	15	90	10	52	30	0	12	57	1.35
14399079--14399321	50	4.8	50	82	3	274	22	30	20	26	1.99
14401219--14401292	31	2.4	31	82	13	82	52	10	2	33	1.50
14402017--14402053	16	2.3	16	86	13	58	59	0	0	40	0.97
14402093--14402140	15	2.9	16	77	17	53	56	2	0	41	1.11
14402198--14402259	29	2.1	29	82	8	72	33	14	4	46	1.66
14408119--14408213	42	2.3	42	83	0	118	21	28	22	28	1.99
14410442--14410493	3	17.3	3	100	0	104	0	32	0	67	0.91
14410669--14410758	10	9.7	9	73	16	60	65	0	2	32	1.05
14410667--14410730	28	2.3	27	82	12	69	62	0	3	34	1.11
14410681--14410738	19	3.2	18	78	7	64	63	0	1	34	1.04
14410665--14410759	18	5.6	18	71	25	66	64	0	2	33	1.06
14410770--14410823	9	5.9	9	73	4	54	64	1	1	31	1.14
14411066--14411125	19	3.2	19	83	6	79	30	5	0	65	1.14
14411028--14411124	28	3.5	28	80	7	108	32	4	0	62	1.14
14411038--14411115	9	8.3	10	75	12	67	29	3	0	66	1.09
14411066--14411136	10	7.3	10	74	16	60	28	5	0	66	1.14
14411066--14411136	18	3.7	20	81	9	85	28	5	0	66	1.14
14411066--14411137	20	3.7	20	76	10	78	29	5	0	65	1.15
14411584--14411631	22	2.2	22	82	14	55	54	2	4	39	1.32
14412646--14412697	22	2.2	23	83	16	63	48	0	1	50	1.12
14416179--14416243	33	2.0	33	93	0	112	32	24	9	33	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14419295--14419346	21	2.5	21	79	14	63	34	0	1	63	1.06
14419295--14419349	24	2.3	24	84	12	69	34	0	1	63	1.05
14422485--14423158	336	2.0	336	100	0	1348	32	20	13	34	1.91
14441283--14441431	25	6.0	25	70	12	101	20	25	19	34	1.96
14441284--14441420	49	2.8	50	83	3	161	20	26	18	34	1.96
14442224--14442380	80	2.1	73	84	13	203	26	7	21	44	1.79
14442241--14442400	80	2.0	80	98	0	311	25	7	23	44	1.79
14443873--14443933	27	2.3	27	91	0	95	9	32	32	24	1.88
14443960--14444018	31	1.9	31	86	3	84	35	1	0	62	1.05
14446538--14446587	20	2.6	20	84	12	61	24	30	0	46	1.53
14446559--14446644	42	2.0	42	88	0	127	24	25	4	45	1.72
14449236--14449271	9	4.0	9	92	0	63	0	13	0	86	0.58
14449237--14449273	18	2.1	18	100	0	74	0	16	0	83	0.64
14454587--14454664	27	2.9	27	82	0	102	41	20	20	17	1.91
14456170--14456338	27	6.3	27	80	6	191	40	23	15	20	1.90
14456175--14456324	53	2.8	53	79	8	171	41	22	16	20	1.90
14456728--14456786	29	1.9	31	86	10	86	32	15	11	40	1.83
14469468--14469534	28	2.4	28	80	12	75	44	1	1	52	1.19
14469468--14469535	29	2.4	29	76	14	70	45	1	1	51	1.19
14469794--14470100	103	3.0	101	95	1	551	38	11	19	30	1.86
14477616--14477713	45	2.2	45	94	3	171	31	10	29	28	1.90
14477830--14477864	16	2.2	16	89	0	52	34	0	8	57	1.29
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14478208--14478237	6	5.0	6	91	0	51	63	0	36	0	0.95
14478900--14478962	29	2.1	30	83	13	78	28	6	11	53	1.60
14490374--14490577	75	2.7	75	82	0	219	46	19	3	30	1.68
14496895--14497006	50	2.2	50	82	0	134	26	14	22	36	1.92
14501543--14501680	43	3.3	43	77	8	138	31	15	26	27	1.96
14506946--14506990	23	2.0	23	82	8	56	33	4	11	51	1.58
14507034--14507058	2	12.5	2	100	0	50	0	0	48	52	1.00
14507578--14507760	83	2.2	83	87	3	253	28	20	21	28	1.98
14507578--14507760	42	4.4	41	86	4	251	28	20	21	28	1.98
14514519--14514547	12	2.4	12	100	0	58	31	24	0	44	1.54
14514823--14514964	67	2.1	69	84	5	180	34	20	15	29	1.93
14517606--14517667	11	5.9	11	71	16	51	35	33	1	29	1.67
14517606--14517667	21	3.0	21	85	7	81	35	33	1	29	1.67
14517628--14517662	10	3.4	10	84	7	52	34	34	0	31	1.58
14525332--14525358	4	6.8	4	100	0	54	22	0	0	77	0.76
14529729--14529762	17	1.9	18	94	5	61	38	32	23	5	1.79
14537118--14537177	8	7.2	8	71	14	50	40	0	0	60	0.97
14589339--14589372	18	1.9	18	94	5	61	50	0	8	41	1.34
14593001--14593101	34	3.0	34	78	13	88	68	1	4	24	1.20
14593018--14593101	34	2.5	33	83	11	91	69	2	3	25	1.17
14593633--14593673	18	2.1	20	86	13	59	34	14	0	51	1.43
14597640--14597670	16	2.0	16	93	6	55	58	9	0	32	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14601998--14602069	25	2.9	25	81	8	92	29	18	23	29	1.97
14609452--14609737	154	1.9	154	85	0	401	40	16	19	23	1.91
14637813--14637964	27	5.6	27	92	3	232	30	28	13	27	1.94
14637813--14637989	55	3.2	55	89	0	246	31	29	12	26	1.93
14647573--14647599	11	2.5	11	100	0	54	7	0	0	92	0.38
14650695--14650753	29	2.0	29	96	0	109	27	11	13	47	1.78
14654323--14654354	5	6.4	5	100	0	64	18	0	0	81	0.70
14669901--14669967	2	33.5	2	100	0	134	0	49	0	50	1.00
14673605--14673728	59	2.1	60	84	4	162	36	5	16	41	1.72
14674034--14674111	36	2.2	36	97	0	147	37	12	8	41	1.75
14679246--14679302	28	2.0	27	89	6	78	29	3	0	66	1.08
14680479--14680517	18	2.2	17	86	13	53	33	0	20	46	1.51
14680743--14680818	23	3.3	23	88	0	116	25	21	23	30	1.99
14682786--14682821	17	2.1	17	94	0	63	22	19	5	52	1.66
14703069--14703246	50	3.6	50	81	3	164	26	22	29	21	1.99
14710590--14710828	50	4.7	50	76	8	180	26	19	28	25	1.99
14739810--14739883	19	3.5	21	75	13	62	33	8	17	40	1.79
14739825--14739883	23	2.6	23	79	10	59	33	6	18	40	1.77
14740236--14740875	322	2.0	322	99	0	1271	32	16	11	40	1.84
14743119--14743313	66	2.9	66	85	5	250	32	13	21	32	1.92
14743277--14743334	22	2.6	22	83	0	71	29	12	22	36	1.90
14747778--14747841	18	3.5	18	69	12	58	23	9	7	59	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14747775--14747849	37	2.0	37	92	0	123	24	9	8	58	1.56
14747829--14747857	15	1.9	15	100	0	58	34	3	6	55	1.44
14753620--14753665	13	2.9	17	72	24	55	15	39	26	19	1.91
14753890--14753965	13	6.1	13	65	9	50	56	0	1	42	1.07
14753890--14753966	22	3.3	22	74	15	73	57	0	1	41	1.07
14756806--14756859	23	2.5	20	78	21	56	35	20	0	44	1.52
14756896--14756987	45	2.0	45	89	0	139	33	21	17	27	1.96
14756991--14757129	51	2.7	51	84	4	190	30	27	17	23	1.97
14759250--14759319	27	2.6	27	78	10	81	37	15	7	40	1.75
14767588--14767673	28	3.1	27	83	5	109	34	23	24	17	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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