genome.fa.s25.2.7.7.80.10.50.1000.53.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  63843421

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   

This is table  53  of  214  ( 25680 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14768002--14768363	54	6.7	54	79	6	227	25	20	18	34	1.96
14768060--14768391	27	12.4	27	85	0	355	25	20	18	35	1.95
14770714--14770930	37	5.9	37	78	7	208	40	28	11	19	1.86
14773548--14773582	6	5.8	6	100	0	70	17	31	0	51	1.45
14774168--14774198	16	1.9	16	100	0	62	45	16	25	12	1.83
14780710--14780753	2	22.0	2	100	0	88	0	50	0	50	1.00
14781464--14781490	14	1.9	14	100	0	54	44	7	40	7	1.60
14787211--14787547	51	6.7	50	80	4	340	29	25	15	29	1.96
14787205--14787547	102	3.4	102	86	2	433	29	25	15	29	1.96
14787205--14787546	153	2.3	149	79	3	380	29	25	14	29	1.95
14794311--14794595	51	5.7	50	82	4	272	30	25	14	29	1.95
14813918--14814039	29	4.2	29	92	0	208	36	14	24	23	1.93
14815785--14815811	8	3.4	8	100	0	54	25	0	0	74	0.83
14824663--14824779	57	2.0	60	81	6	141	27	7	8	56	1.57
14829569--14829617	21	2.3	20	89	6	71	59	0	4	36	1.17
14829567--14829630	31	2.1	31	82	11	78	59	1	3	35	1.23
14829726--14829825	19	5.5	18	74	17	73	61	1	5	33	1.25
14829726--14829836	18	6.1	19	74	18	69	60	0	4	34	1.23
14829908--14829948	18	2.3	17	87	8	55	73	0	2	24	0.96
14830249--14830345	33	2.8	35	72	20	89	49	1	3	46	1.24
14830986--14831028	16	2.7	16	82	7	52	34	0	0	65	0.93
14831161--14831186	11	2.4	11	100	0	52	26	0	0	73	0.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14831889--14831927	3	13.0	3	100	0	78	66	0	0	33	0.92
14833496--14833529	15	2.3	15	89	0	50	50	5	5	38	1.51
14836672--14836722	23	2.2	23	89	6	77	29	9	19	41	1.84
14838386--14838432	5	9.8	5	84	6	62	23	2	34	40	1.67
14843746--14843897	9	16.6	9	69	23	70	33	1	3	61	1.20
14843745--14843803	26	2.2	26	85	8	75	30	1	1	66	1.12
14843746--14843823	18	4.6	16	78	13	84	32	1	2	64	1.15
14843942--14844013	29	2.4	29	81	4	81	23	13	15	47	1.81
14857232--14857273	22	1.9	22	85	0	57	52	2	19	26	1.58
14858092--14858144	19	2.7	21	80	14	67	33	0	7	58	1.26
14862250--14862291	22	1.9	22	85	0	57	52	2	19	26	1.58
14879029--14879064	18	1.9	18	88	5	54	58	2	0	38	1.13
14879039--14879104	30	2.2	29	82	15	80	56	0	0	43	0.99
14879171--14879196	9	2.9	9	100	0	52	42	0	0	57	0.98
14885903--14886090	68	2.8	68	85	0	241	35	15	24	23	1.94
14888874--14889080	27	7.7	27	80	4	229	41	21	15	21	1.90
14888874--14889065	54	3.6	54	86	2	269	42	20	16	20	1.89
14896117--14896163	7	7.3	7	88	7	57	78	12	8	0	0.95
14896090--14896163	6	12.3	6	75	12	55	78	12	8	1	1.02
14896705--14896744	19	2.0	20	85	4	55	77	2	5	15	1.04
14900135--14900174	21	1.9	21	90	10	64	65	5	7	22	1.38
14901092--14901199	37	2.9	37	87	5	155	18	17	29	34	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14913610--14913648	17	2.3	17	86	0	51	2	17	2	76	1.01
14922661--14922755	38	2.5	38	80	0	109	26	12	26	34	1.92
14929268--14929314	11	3.9	12	83	11	53	72	2	4	21	1.12
14932953--14933130	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
14932954--14933109	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
14932950--14933130	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
14934733--14934773	21	2.0	21	81	18	50	12	12	14	60	1.58
14941975--14942031	26	2.2	25	79	11	62	17	26	22	33	1.96
14941982--14942046	26	2.5	27	85	5	80	16	24	24	33	1.96
14942061--14942110	24	2.1	24	88	0	73	16	26	22	36	1.94
14953410--14953453	22	2.0	22	100	0	88	27	22	9	40	1.84
14961648--14961733	20	4.3	20	76	10	86	10	30	18	40	1.84
14965525--14965732	25	8.3	25	75	6	143	35	20	18	25	1.96
14965509--14965691	50	3.6	50	77	3	181	36	24	16	22	1.94
14965552--14965733	75	2.4	75	80	3	188	35	20	18	26	1.95
14968707--14968758	26	2.0	27	84	3	70	26	1	3	67	1.18
14968727--14968773	17	2.9	16	85	14	62	27	0	2	70	0.99
14968717--14968774	16	3.4	16	77	15	55	25	1	1	70	1.06
14968778--14968833	16	3.2	16	76	14	58	39	0	0	60	0.97
14973137--14973174	2	19.0	2	100	0	76	0	0	50	50	1.00
14976676--14976736	30	2.0	30	96	0	113	6	11	26	55	1.59
14978583--14978882	27	11.2	27	83	1	343	18	16	22	43	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14980983--14981026	23	1.9	24	90	9	74	54	0	20	25	1.45
14981525--14981626	37	2.6	38	72	6	89	23	21	24	30	1.99
14983556--14983591	15	2.4	16	86	13	51	19	0	0	80	0.71
14987898--14988256	180	2.0	180	92	0	592	28	18	21	32	1.96
14999948--15000021	24	3.2	23	64	24	57	25	32	12	29	1.92
14999966--15000037	22	3.2	22	67	18	67	26	31	6	34	1.83
14999949--15000056	45	2.4	45	98	0	207	25	30	11	32	1.91
15002186--15002248	30	2.1	30	94	5	110	30	25	9	34	1.88
15002233--15002396	30	5.5	30	73	4	152	19	28	14	37	1.91
15002233--15002394	60	2.7	60	80	4	193	19	29	14	37	1.91
15002203--15002423	90	2.5	89	81	1	264	22	27	14	36	1.92
15002382--15002444	29	2.2	29	85	0	81	26	26	14	31	1.95
15009838--15009997	30	5.4	30	73	5	146	23	28	10	37	1.88
15009804--15009997	90	2.2	89	83	2	237	25	27	9	37	1.87
15009838--15009995	60	2.7	60	80	6	196	23	28	10	37	1.88
15009988--15010044	29	2.0	29	82	0	69	26	21	15	36	1.93
15011181--15011228	21	2.4	20	93	6	80	29	14	16	39	1.88
15012234--15012274	20	2.0	20	95	0	73	60	0	31	7	1.24
15015413--15015471	29	2.0	30	90	3	93	49	11	6	32	1.66
15017149--15017173	6	4.2	6	100	0	50	32	0	16	52	1.44
15024280--15024304	7	3.6	7	100	0	50	40	0	0	60	0.97
15024732--15024761	3	10.0	3	100	0	60	33	33	0	33	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15029040--15029532	114	4.3	114	73	9	333	29	18	23	28	1.98
15030021--15030053	15	2.2	15	94	0	57	21	0	51	27	1.48
15031873--15031928	21	2.6	22	83	5	62	16	0	46	37	1.47
15031869--15031929	29	2.1	28	88	8	88	16	0	42	40	1.48
15034310--15034338	15	1.9	15	100	0	58	13	20	20	44	1.85
15035415--15035464	17	3.2	17	72	21	63	38	6	4	52	1.45
15035456--15035494	16	2.5	15	88	8	60	41	0	5	53	1.23
15035426--15035574	62	2.4	61	80	4	165	36	5	9	48	1.58
15035616--15035676	21	3.0	21	80	7	72	42	11	3	42	1.57
15035713--15035791	21	3.8	21	83	5	97	40	13	6	39	1.71
15035618--15035858	116	2.1	116	99	0	473	43	12	4	39	1.64
15035827--15035889	9	6.7	9	78	7	63	44	15	4	34	1.68
15035734--15035920	101	1.9	95	90	6	293	45	12	3	37	1.59
15035868--15035911	22	2.0	23	86	4	63	54	13	0	31	1.39
15035868--15035964	32	3.2	29	81	11	104	53	12	0	34	1.38
15035868--15035965	20	4.7	20	73	15	74	53	13	0	33	1.40
15036002--15036317	9	34.8	9	77	3	319	49	16	1	32	1.56
15036006--15036317	91	3.4	91	88	0	446	49	16	1	32	1.56
15039716--15039787	37	1.9	37	83	10	94	58	6	5	29	1.47
15041297--15041514	44	5.0	44	79	4	242	28	24	16	29	1.97
15041598--15042065	46	10.4	46	62	12	173	29	22	20	27	1.99
15041522--15042127	135	4.5	135	94	0	998	29	22	20	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15042032--15042608	95	6.0	95	97	0	1055	27	22	20	29	1.98
15043058--15043253	108	1.8	108	90	0	320	47	10	16	25	1.79
15044040--15044096	11	5.0	11	80	6	60	3	3	12	80	0.96
15045239--15045422	62	3.0	62	95	0	323	33	4	20	41	1.74
15047864--15047935	37	1.9	37	83	10	94	58	6	5	29	1.47
15052401--15052451	21	2.4	21	90	0	75	35	15	43	5	1.71
15052831--15052934	42	2.5	42	91	1	172	40	20	22	17	1.91
15052915--15052952	20	1.9	20	94	0	67	52	21	21	5	1.66
15055221--15055262	16	2.4	18	80	7	52	26	30	0	42	1.55
15057402--15057456	24	2.3	23	78	9	65	45	7	32	14	1.72

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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