genome.fa.s25.2.7.7.80.10.50.1000.88.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  63843421

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   

This is table  88  of  214  ( 25680 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25035230--25036372	85	13.4	85	77	5	841	18	32	30	18	1.95
25053865--25053942	19	4.4	19	73	18	62	42	11	6	39	1.67
25053842--25053974	51	2.6	51	84	0	185	42	12	6	39	1.67
25057836--25058020	40	4.7	40	87	5	241	25	28	22	23	1.99
25057836--25058020	79	2.3	81	85	6	245	25	28	22	23	1.99
25065760--25065945	40	4.7	40	87	5	234	25	27	22	23	2.00
25078971--25079024	27	2.0	27	81	3	63	18	7	22	51	1.70
25084003--25084164	43	3.8	43	78	6	175	20	33	27	18	1.96
25084017--25084179	86	1.9	86	83	2	211	19	33	27	19	1.96
25084119--25084305	85	2.2	86	84	0	241	17	32	31	19	1.95
25085905--25086089	79	2.3	81	83	7	227	24	22	27	24	2.00
25085906--25086089	40	4.6	40	82	9	207	25	22	27	24	2.00
25085958--25086122	79	2.1	79	83	6	201	26	21	27	24	1.99
25087477--25088648	43	27.6	41	66	9	186	18	32	30	19	1.96
25087502--25087616	42	2.7	43	76	8	126	17	30	31	20	1.96
25087453--25087867	85	4.9	85	76	4	311	20	32	27	19	1.96
25087862--25088519	85	7.7	85	79	1	611	18	32	30	18	1.95
25087900--25088691	42	18.6	42	67	11	166	17	32	30	19	1.95
25087862--25088519	170	3.9	170	79	1	699	18	32	30	18	1.95
25087862--25088519	255	2.6	254	82	2	793	18	32	30	18	1.95
25087659--25088674	213	4.8	213	72	9	503	18	32	29	19	1.96
25087744--25088649	128	7.1	128	71	9	479	17	32	30	19	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25088488--25088702	85	2.5	85	83	2	270	17	31	31	19	1.95
25088287--25088704	213	2.0	213	83	4	531	17	30	31	19	1.95
25090246--25090541	43	6.9	42	75	6	263	21	31	27	19	1.97
25090246--25090541	85	3.5	84	77	7	283	21	31	27	19	1.97
25090246--25090539	128	2.3	127	79	5	313	21	31	27	19	1.97
25097889--25098429	85	6.3	85	75	4	392	19	34	28	17	1.95
25097851--25098429	43	13.6	42	69	9	267	19	34	28	17	1.95
25097973--25098429	170	2.7	169	82	1	475	19	33	28	17	1.95
25103569--25103726	43	3.7	42	81	9	196	18	34	29	17	1.94
25103737--25104640	43	21.2	42	68	10	304	18	30	31	19	1.96
25103828--25104496	213	3.1	210	80	6	687	17	30	32	19	1.95
25103828--25104578	128	5.9	126	74	9	474	17	30	32	19	1.95
25103751--25104639	298	3.0	293	79	8	1004	17	30	31	19	1.95
25103828--25104579	213	3.5	211	79	7	686	17	30	32	19	1.95
25103564--25104639	85	12.6	85	76	5	648	18	31	30	19	1.96
25104644--25104709	24	2.8	24	88	0	96	15	33	40	10	1.81
25112736--25113073	43	7.9	42	80	6	360	21	31	27	18	1.97
25112736--25113071	128	2.6	127	85	4	417	21	31	27	18	1.97
25112736--25113073	85	4.0	84	80	6	362	21	31	27	18	1.97
25114990--25115489	40	12.6	40	87	4	647	25	20	27	27	1.99
25114990--25115489	120	4.2	120	92	2	769	25	20	27	27	1.99
25123172--25123674	40	12.6	40	88	3	674	25	20	27	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25123172--25123674	120	4.2	120	93	1	796	25	20	27	27	1.99
25133033--25133077	20	2.2	20	100	0	90	35	28	15	20	1.93
25133234--25133276	18	2.3	19	84	15	54	30	6	2	60	1.35
25138590--25138815	90	2.4	93	83	8	255	46	11	6	34	1.67
25139986--25140072	44	2.0	44	93	0	147	49	19	11	19	1.78
25150859--25150934	34	2.2	34	92	0	125	35	7	11	44	1.70
25167665--25167702	19	2.0	19	89	0	58	21	26	15	36	1.93
25182277--25182382	25	4.3	25	75	3	90	35	22	21	19	1.96
25182337--25182420	25	3.4	25	74	11	75	39	20	25	15	1.91
25184583--25184692	41	2.7	41	88	0	166	22	23	20	33	1.97
25192080--25192554	50	9.5	50	69	1	306	21	24	23	30	1.99
25192050--25192614	100	5.7	100	90	0	853	22	24	22	30	1.99
25192122--25192604	50	9.7	50	69	1	304	21	25	23	29	1.99
25194050--25194093	22	2.0	22	86	8	63	15	11	0	72	1.11
25198912--25198942	16	1.9	16	93	0	53	51	9	0	38	1.35
25202202--25202367	83	2.0	83	100	0	332	43	12	9	34	1.75
25206598--25206720	61	2.0	61	88	3	185	35	21	14	27	1.93
25207226--25207320	50	2.0	48	87	8	140	29	4	13	52	1.59
25207464--25207505	20	2.1	20	100	0	84	47	14	19	19	1.82
25210500--25210573	37	2.0	37	100	0	148	37	13	18	29	1.90
25215560--25215605	15	3.1	14	81	9	56	10	23	0	65	1.24
25241505--25241542	19	1.9	20	89	10	60	39	5	7	47	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25265983--25266037	22	2.4	22	82	14	67	30	0	18	50	1.47
25267074--25267119	24	1.9	24	81	0	56	39	6	23	30	1.80
25273683--25273709	14	1.9	14	100	0	54	18	7	7	66	1.40
25278118--25278157	19	2.1	19	85	0	53	60	5	5	30	1.40
25282112--25282150	14	2.8	14	88	0	60	43	2	23	30	1.67
25284143--25284197	27	2.0	27	92	0	92	25	7	14	52	1.67
25289168--25289232	16	4.1	16	89	0	103	40	4	33	21	1.74
25289483--25289799	100	3.2	99	89	5	487	50	5	1	42	1.36
25289649--25289695	12	3.8	12	78	10	58	55	0	0	44	0.99
25293808--25293877	35	2.0	35	94	0	122	22	31	5	40	1.78
25297287--25297531	40	6.2	40	78	0	258	21	25	17	35	1.95
25297976--25298042	16	4.2	16	83	7	82	44	4	29	20	1.71
25298254--25298295	15	2.7	16	82	14	52	52	2	0	45	1.13
25298263--25298304	15	2.9	15	82	10	52	52	0	0	47	1.00
25298369--25298422	15	3.6	16	76	18	55	50	1	0	48	1.11
25298489--25298542	15	3.6	16	76	18	55	50	1	0	48	1.11
25298634--25298668	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
25298252--25298789	120	4.5	120	96	0	943	49	5	2	43	1.38
25298771--25299120	47	7.6	45	68	18	199	47	4	3	44	1.38
25298805--25299137	91	3.7	91	96	0	594	47	3	3	45	1.36
25299109--25299175	15	4.0	16	75	21	66	55	1	0	43	1.09
25299092--25299172	35	2.3	35	97	2	153	53	2	1	43	1.22
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25298830--25299146	44	7.0	44	67	17	184	48	3	2	45	1.34
25299001--25299229	126	1.8	128	95	1	417	49	3	3	44	1.35
25299097--25299154	19	3.2	19	72	22	70	53	3	0	43	1.17
25301853--25301920	33	2.1	33	94	0	118	45	13	30	10	1.76
25308953--25308989	18	2.1	18	94	0	65	21	27	13	37	1.91
25309514--25309564	23	2.2	23	85	0	66	41	17	9	31	1.82
25315231--25315285	29	2.0	27	82	13	67	60	10	14	14	1.60
25323536--25323781	120	2.0	121	87	3	354	23	26	14	35	1.94
25323537--25323781	40	6.1	40	82	2	269	24	26	14	35	1.94
25333770--25333847	33	2.4	33	82	4	104	42	32	8	16	1.79
25341246--25341623	190	2.0	190	86	0	531	25	11	26	37	1.90
25347071--25347259	51	3.7	50	86	5	231	25	13	25	35	1.92
25347591--25347648	29	2.0	27	84	15	73	17	6	18	56	1.62
25354306--25354364	23	2.6	22	86	13	84	16	8	22	52	1.70
25355174--25355237	31	2.1	31	90	0	101	32	17	1	48	1.56
25355280--25355368	37	2.4	37	96	0	169	44	13	6	34	1.70
25355438--25355501	33	1.9	33	100	0	128	42	15	6	35	1.72
25357085--25357111	11	2.5	11	100	0	54	22	7	18	51	1.70
25358766--25359027	39	6.7	40	86	7	310	24	26	22	26	2.00
25366793--25367054	39	6.7	40	87	7	319	24	27	22	25	2.00
25366793--25367054	118	2.2	119	83	11	326	24	27	22	25	2.00
25369772--25369979	44	4.6	44	68	16	129	45	3	4	46	1.41
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25369772--25369979	91	2.3	91	92	0	335	45	3	4	46	1.41
25369894--25369954	28	2.2	28	85	5	81	45	0	3	50	1.17
25370006--25370314	59	5.2	56	67	22	175	42	3	4	50	1.39
25370116--25370150	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
25370240--25370291	15	3.6	15	80	12	56	44	0	1	53	1.11
25370068--25370375	61	5.1	61	67	13	242	42	2	6	49	1.40
25370369--25370410	15	2.7	16	82	14	52	45	0	2	52	1.13
25370360--25370401	15	2.9	15	82	10	52	47	0	0	52	1.00
25369995--25370407	120	3.4	120	96	0	729	42	2	5	49	1.38
25370610--25370647	16	2.4	16	86	0	58	28	34	2	34	1.71

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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