genome.fa.s25.2.7.7.80.10.50.1000.99.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  63843421

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   

This is table  99  of  214  ( 25680 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28808721--28808782	32	1.9	32	100	0	124	17	19	25	37	1.94
28811003--28811039	17	2.2	17	90	0	56	81	0	8	10	0.89
28817601--28818321	359	2.0	359	96	0	1343	25	24	16	33	1.95
28822725--28822812	25	3.5	25	78	6	97	32	20	22	23	1.98
28826883--28826974	31	3.0	31	88	1	141	22	16	15	45	1.84
28833959--28834027	31	2.2	31	94	0	120	36	15	10	37	1.82
28835929--28835959	11	2.8	11	95	0	53	22	0	6	70	1.09
28843701--28843749	25	2.0	25	100	0	98	24	38	12	24	1.90
28849444--28849531	37	2.4	37	88	1	133	44	34	7	13	1.73
28857391--28857474	26	3.3	26	83	3	107	30	30	15	22	1.95
28858463--28858491	12	2.3	13	94	5	51	34	24	0	41	1.55
28860605--28860793	96	2.0	96	85	4	256	39	21	18	20	1.92
28860608--28860793	32	5.8	32	84	2	221	39	21	18	20	1.93
28860607--28860793	64	2.9	64	86	0	257	39	21	18	20	1.92
28861046--28861199	27	5.7	25	73	15	112	22	16	18	41	1.90
28861046--28861199	54	2.8	53	74	13	134	22	16	18	41	1.90
28861073--28861479	27	15.1	27	76	10	273	24	17	17	39	1.91
28863930--28863989	29	2.0	31	90	9	97	40	13	15	31	1.85
28863923--28863996	29	2.5	31	81	16	93	37	13	17	31	1.89
28864378--28864438	27	2.3	27	82	0	68	21	13	26	39	1.90
28864389--28864461	27	2.7	27	89	2	103	17	15	23	43	1.87
28864389--28864474	27	3.2	26	83	6	91	16	15	24	44	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28884102--28884162	3	20.3	3	89	0	59	0	11	32	55	1.36
28884102--28884161	9	6.7	9	90	0	75	0	11	33	55	1.36
28894557--28894624	28	2.4	28	77	0	73	29	25	23	22	1.99
28894735--28894806	26	2.8	26	91	0	117	40	23	20	15	1.91
28894982--28895209	27	8.5	27	87	2	282	19	20	19	40	1.92
28896636--28896678	22	1.9	23	86	13	63	53	0	4	41	1.21
28905308--28905346	3	13.7	3	84	10	55	0	33	0	66	0.92
28913747--28913800	25	2.1	26	83	10	67	59	1	5	33	1.31
28914622--28914699	22	3.7	22	68	13	65	26	1	14	57	1.45
28914999--28915060	27	2.3	27	82	15	76	27	1	9	61	1.37
28914999--28915060	14	4.7	13	75	16	65	27	1	9	61	1.37
28915006--28915062	14	4.1	14	78	17	66	26	1	10	61	1.38
28915298--28915441	43	3.3	43	83	9	195	32	27	15	25	1.95
28919853--28919897	23	2.0	23	82	8	56	35	8	0	55	1.31
28920312--28920352	21	2.0	21	85	0	55	29	39	0	31	1.57
28920372--28920404	14	2.3	15	94	5	59	36	33	0	30	1.58
28920841--28920917	40	1.9	40	91	0	127	20	20	23	35	1.96
28924886--28924949	27	2.4	27	81	5	76	31	14	18	35	1.91
28925577--28925610	17	1.9	18	88	5	52	61	0	0	38	0.96
28934241--28934294	25	2.2	25	93	0	90	35	0	29	35	1.58
28949286--28949345	29	2.1	29	93	0	102	43	13	8	35	1.74
28953019--28953086	29	2.3	29	85	5	93	27	30	13	27	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28952908--28953236	175	1.9	174	96	0	613	30	24	14	30	1.95
28953189--28953267	29	2.7	30	82	13	110	29	30	15	25	1.96
28959739--28959780	21	2.0	21	100	0	84	28	28	19	23	1.98
28973687--28973711	6	4.2	6	100	0	50	0	16	0	84	0.63
28979547--28979591	22	2.0	22	87	8	65	40	2	0	57	1.11
28979974--28980010	18	2.0	19	89	5	58	5	43	0	51	1.24
28980250--28980295	21	2.3	20	78	14	51	32	6	17	43	1.75
28988056--28988150	24	4.0	24	90	0	136	47	7	24	21	1.76
28992714--28992779	20	3.3	20	77	10	64	39	16	10	33	1.83
28992801--28992860	20	3.0	20	83	9	77	33	6	13	46	1.69
28992939--28993052	20	5.7	19	75	19	99	33	12	14	40	1.83
28992945--28993052	40	2.7	38	82	12	128	34	11	13	40	1.81
28993095--28993159	20	3.2	20	71	6	60	35	12	15	36	1.85
28995525--28995636	43	2.6	43	80	8	120	29	30	18	21	1.97
29001780--29001950	43	4.0	42	77	15	172	21	17	27	33	1.96
29001795--29001950	84	1.9	84	82	8	201	22	17	28	31	1.97
29005293--29005408	43	2.7	43	79	12	130	29	31	18	20	1.97
29008043--29008352	43	7.3	43	81	6	326	27	27	18	27	1.98
29008043--29008352	85	3.6	83	81	7	336	27	27	18	27	1.98
29008043--29008352	128	2.4	127	82	6	392	27	27	18	27	1.98
29009805--29009948	71	2.0	71	100	0	288	56	13	4	25	1.55
29011527--29011613	22	4.0	22	69	20	67	34	42	0	22	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29011527--29011592	7	9.1	7	73	5	51	33	43	0	22	1.54
29011560--29011616	14	3.9	15	77	6	55	35	45	0	19	1.50
29011845--29011885	14	2.9	14	80	20	50	41	29	0	29	1.56
29012251--29012398	41	3.6	41	83	5	183	31	27	18	22	1.97
29012239--29012398	82	2.0	82	89	0	248	31	28	17	21	1.96
29018228--29018367	51	2.8	51	90	1	210	30	27	17	25	1.97
29018228--29018411	51	3.6	50	84	3	208	29	26	16	27	1.97
29020481--29020596	56	2.1	56	100	0	232	29	15	18	37	1.91
29022303--29022344	20	2.2	20	86	4	59	40	4	16	38	1.70
29022384--29022503	40	3.0	40	76	11	129	38	7	10	43	1.68
29022390--29022503	20	5.7	20	77	6	106	37	7	11	42	1.70
29041888--29041917	12	2.4	13	94	5	53	33	13	0	53	1.40
29044261--29044300	20	2.0	20	90	0	62	40	10	10	40	1.72
29044398--29044436	20	2.0	20	94	0	69	48	2	0	48	1.15
29045545--29045605	32	1.9	32	96	0	113	52	16	3	27	1.59
29045546--29045632	27	3.0	27	85	8	93	52	16	3	27	1.59
29058583--29058607	5	5.0	5	100	0	50	0	20	0	80	0.72
29061757--29061838	37	2.2	37	93	0	137	40	14	8	36	1.77
29061881--29061956	33	2.3	33	97	0	143	43	15	5	35	1.70
29064266--29064474	92	2.3	91	85	5	260	45	4	3	46	1.41
29064402--29064449	26	1.9	25	84	16	64	45	0	2	52	1.12
29064528--29064738	66	3.4	64	69	22	187	42	3	5	48	1.41
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29064564--29064747	59	3.1	59	66	20	164	43	2	5	48	1.39
29064490--29064782	120	2.4	120	93	4	486	43	2	4	49	1.35
29064615--29064666	15	3.6	15	80	12	56	44	0	1	53	1.11
29064744--29064785	15	2.7	16	82	14	52	45	0	2	52	1.13
29064735--29064776	15	2.9	15	82	10	52	47	0	0	52	1.00
29064719--29065035	157	2.0	157	96	0	589	47	5	3	44	1.41
29064888--29064922	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
29065158--29065209	16	3.2	16	94	0	86	40	32	0	26	1.57
29067278--29067362	33	2.5	33	79	7	91	15	8	37	38	1.77
29070373--29070407	11	3.2	11	87	0	52	37	0	0	62	0.95
29070623--29070661	11	3.5	11	78	0	51	61	7	10	20	1.52
29070615--29070657	22	2.0	22	85	0	59	60	9	9	20	1.55
29075174--29075206	16	2.1	16	94	0	57	60	6	0	33	1.21
29075877--29075952	36	2.1	36	95	0	134	28	13	15	42	1.85
29075884--29075967	36	2.3	35	84	8	89	30	13	15	40	1.85
29081873--29081924	22	2.4	22	93	0	86	40	3	3	51	1.38
29087677--29087793	62	1.9	59	86	5	162	50	3	4	41	1.38
29089449--29089480	15	2.1	15	94	0	55	68	9	6	15	1.36
29092798--29092845	24	2.0	24	100	0	96	37	12	12	37	1.81
29093736--29093979	27	9.1	27	79	3	181	34	16	22	26	1.95
29101501--29101552	21	2.4	21	78	9	52	28	21	21	28	1.98
29102207--29102257	23	2.3	21	80	12	57	9	9	3	76	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29105234--29105766	109	4.9	109	89	1	739	30	17	19	32	1.95
29107775--29108505	227	3.2	226	83	3	864	32	17	23	26	1.97
29107743--29108526	114	6.9	114	85	2	846	32	18	22	26	1.97
29114374--29114425	21	2.5	21	93	0	86	32	15	46	5	1.70
29114834--29114982	42	3.4	43	79	13	160	23	18	24	34	1.96
29114823--29114992	42	3.9	43	77	12	157	25	18	22	32	1.97
29117097--29117319	26	8.6	26	81	2	225	19	15	28	36	1.92
29122131--29122329	70	3.0	63	81	13	229	35	16	6	42	1.72
29122131--29122359	70	3.4	67	81	11	220	35	15	5	43	1.71
29126875--29126911	18	2.1	18	100	0	74	27	32	16	24	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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