genome.fa.s25.2.7.7.80.10.50.1000.85.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  63843421

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
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          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   

This is table  85  of  214  ( 25680 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24119516--24119556	15	2.5	17	85	14	52	43	2	0	53	1.13
24119557--24119751	66	3.1	65	67	21	173	41	2	6	49	1.40
24119515--24119924	120	3.4	120	93	2	693	41	1	5	50	1.37
24119640--24119691	15	3.6	15	80	12	56	44	0	1	53	1.11
24119873--24119921	15	2.9	18	80	20	61	44	0	0	55	0.99
24119873--24119927	15	3.4	16	80	16	53	43	0	1	54	1.10
24120072--24120162	45	2.0	45	85	2	121	37	28	6	27	1.82
24120143--24120211	16	4.2	16	96	3	129	37	37	0	24	1.56
24120143--24120211	33	2.1	32	97	2	129	37	37	0	24	1.56
24120989--24121013	11	2.3	11	100	0	50	68	0	0	32	0.90
24121247--24121306	30	2.0	30	83	3	77	58	8	6	26	1.52
24124985--24125025	21	1.9	21	85	5	55	65	0	0	34	0.93
24130427--24130713	70	4.1	70	84	1	380	22	20	27	28	1.99
24130444--24131178	71	10.4	69	79	7	278	24	20	24	31	1.98
24130853--24131179	143	2.3	139	84	4	397	24	19	22	33	1.97
24130782--24131179	214	1.9	213	83	1	528	25	19	22	32	1.97
24138331--24138368	18	2.2	17	86	13	51	31	7	2	57	1.41
24146932--24147124	50	3.7	50	79	4	161	24	27	21	26	1.99
24154059--24154247	50	3.8	48	77	5	191	21	26	22	29	1.99
24158693--24158738	21	2.3	20	78	14	51	45	17	6	30	1.73
24160097--24160174	30	2.6	30	95	0	138	15	14	33	37	1.87
24160167--24160258	29	3.2	29	84	1	114	20	16	22	40	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24166387--24166459	37	2.0	37	81	2	85	53	20	8	17	1.69
24171314--24171360	21	2.2	21	84	3	58	23	14	25	36	1.93
24176564--24176741	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
24176565--24176720	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
24176561--24176741	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
24179653--24179770	30	3.9	30	90	0	173	27	23	26	22	1.99
24179908--24180004	26	3.7	26	73	0	86	34	23	23	18	1.96
24180199--24180364	27	6.2	27	81	4	149	21	14	19	44	1.86
24180194--24180364	54	3.2	54	87	3	238	20	15	20	43	1.87
24180201--24180363	53	3.1	53	89	2	229	20	14	20	44	1.87
24183296--24183562	133	2.0	133	100	0	534	34	14	25	26	1.94
24185373--24185433	30	2.0	30	100	0	122	19	16	16	47	1.83
24186558--24186621	27	2.4	27	87	10	89	37	23	23	15	1.93
24186781--24186878	27	3.6	27	77	0	106	27	13	18	40	1.88
24186754--24186866	54	2.1	54	84	0	145	30	14	18	37	1.90
24201234--24201262	12	2.3	13	94	5	51	20	6	6	65	1.40
24221074--24221104	16	1.9	16	93	0	53	29	16	25	29	1.96
24236764--24236873	49	2.2	49	81	0	121	23	17	20	39	1.92
24237285--24237330	19	2.4	20	78	10	51	15	15	23	45	1.84
24237454--24237493	21	2.0	21	95	5	73	32	27	5	35	1.79
24244321--24244492	79	2.2	79	83	5	213	25	20	27	26	1.99
24244321--24244490	40	4.3	39	86	7	200	25	21	27	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24251793--24252016	40	5.7	38	82	6	207	24	20	28	26	1.99
24251793--24252014	39	5.6	39	85	4	248	24	21	27	26	1.99
24251793--24252014	79	2.8	79	85	2	266	24	21	27	26	1.99
24251868--24252049	79	2.3	79	84	0	240	25	20	28	25	1.99
24260548--24260768	40	5.6	40	89	2	322	23	20	25	29	1.99
24269023--24269243	40	5.6	40	90	2	322	23	21	26	28	1.99
24274764--24274893	47	2.8	46	82	4	134	22	16	27	33	1.95
24280206--24280427	40	5.6	40	82	6	229	24	21	27	26	1.99
24280206--24280426	120	1.8	119	80	9	261	24	21	27	26	1.99
24282720--24282881	39	4.2	39	91	1	245	26	28	21	23	1.99
24282734--24282881	77	1.9	78	92	1	253	27	28	22	22	1.99
24285535--24285575	20	2.0	20	100	0	82	43	36	0	19	1.51
24293714--24293837	42	2.9	42	85	5	169	32	27	18	21	1.97
24311364--24311540	40	4.5	39	83	7	196	25	19	27	26	1.99
24311370--24311538	78	2.1	80	83	4	209	25	20	27	26	1.99
24318105--24318382	138	2.0	141	97	2	528	24	12	25	36	1.91
24319028--24319199	79	2.2	79	84	3	220	25	21	27	25	1.99
24318975--24319197	40	5.6	39	81	8	209	25	21	27	25	1.99
24319055--24319232	79	2.2	80	80	3	191	25	21	28	24	1.99
24321002--24321057	20	2.7	21	75	13	62	23	12	1	62	1.39
24321095--24321130	10	3.5	10	88	3	54	16	2	2	77	1.00
24324186--24324317	51	2.6	51	82	2	167	31	26	16	25	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24329820--24329913	6	15.7	6	70	0	71	70	4	19	6	1.26
24329820--24329913	18	5.2	18	78	0	98	70	4	19	6	1.26
24338418--24338667	125	2.0	125	100	0	500	21	39	12	27	1.89
24348851--24349025	27	6.4	27	82	3	190	27	14	27	30	1.95
24348852--24349007	82	1.9	81	86	3	224	26	14	28	30	1.95
24348848--24349025	82	2.2	81	81	3	214	27	14	26	30	1.95
24357036--24357186	27	5.6	27	85	3	160	27	15	28	28	1.96
24357035--24357186	55	2.8	54	83	4	171	27	15	28	28	1.96
24357036--24357186	82	1.8	82	81	2	187	27	15	28	28	1.96
24366011--24366050	21	2.0	21	85	5	55	35	5	2	57	1.34
24372799--24372823	13	1.9	13	100	0	50	32	0	28	40	1.57
24373897--24374049	41	3.7	41	89	0	216	19	19	26	34	1.96
24374818--24375387	69	8.3	69	91	0	897	25	9	20	45	1.81
24375076--24375185	22	4.9	22	70	6	85	23	11	20	43	1.85
24375066--24375262	45	4.3	45	69	11	139	24	10	20	44	1.82
24381524--24381640	41	2.9	41	90	1	191	19	20	27	32	1.97
24382485--24382588	45	2.3	45	91	1	163	25	7	19	48	1.75
24382489--24382601	45	2.5	44	85	7	120	26	9	19	44	1.82
24382530--24382794	69	3.9	69	90	3	383	25	8	20	45	1.80
24382580--24382823	45	5.4	45	69	13	133	25	8	20	45	1.80
24382450--24382803	23	15.4	23	65	13	158	25	7	20	45	1.78
24385152--24385201	18	2.7	19	77	20	61	38	6	12	44	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24392931--24393056	45	2.8	45	82	0	153	42	12	20	24	1.87
24393727--24393775	22	2.2	21	82	10	62	69	4	4	22	1.23
24406651--24406701	17	3.1	17	80	5	50	7	7	3	80	1.01
24409271--24409329	20	2.8	20	75	17	59	44	8	1	45	1.44
24409303--24409592	148	1.9	151	85	6	403	44	10	4	40	1.59
24409359--24409578	50	4.4	51	71	17	156	45	11	3	40	1.56
24409303--24409592	149	1.9	151	85	5	401	44	10	4	40	1.59
24410391--24410531	42	3.4	42	82	2	185	39	23	17	19	1.93
24410503--24410560	29	2.0	29	93	6	100	34	20	20	24	1.97
24410461--24410602	71	2.0	71	83	0	176	39	23	16	20	1.92
24410532--24410850	42	7.6	42	87	1	415	37	24	17	20	1.94
24410419--24410644	113	2.0	113	100	0	452	38	23	17	20	1.93
24424062--24424354	144	2.0	145	85	7	400	44	10	4	40	1.60
24424959--24425029	35	2.0	35	94	0	124	36	5	22	35	1.78
24425422--24425461	21	1.9	21	85	10	55	55	2	12	30	1.50
24441623--24441660	14	2.7	14	88	8	51	60	0	2	36	1.11
24444863--24444888	12	2.2	12	100	0	52	23	0	7	69	1.14
24445208--24445627	209	2.0	210	91	1	691	28	21	17	32	1.96
24447380--24447563	50	3.7	50	80	6	196	27	22	26	23	2.00
24454014--24454087	35	2.1	35	100	0	148	33	10	14	40	1.81
24454068--24454106	19	2.1	19	95	0	69	28	10	10	51	1.68
24455397--24455428	11	2.9	11	90	0	55	71	6	0	21	1.07
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24457546--24457608	18	3.4	18	77	18	58	74	0	19	6	1.02
24458529--24458621	19	5.1	19	72	12	86	30	10	12	46	1.76
24458510--24458624	54	2.1	54	95	0	203	31	11	13	43	1.80
24462504--24463052	275	2.0	275	98	0	1053	32	20	15	31	1.93
24467383--24467442	9	6.4	9	80	3	57	21	40	3	35	1.70
24473383--24473592	112	1.9	113	88	3	325	40	8	12	39	1.72
24473496--24473909	156	2.6	156	86	6	552	43	4	9	42	1.57
24473496--24473909	157	2.6	156	86	7	552	43	4	9	42	1.57
24474015--24474039	12	2.1	12	100	0	50	52	0	32	16	1.44
24475591--24475629	20	2.0	20	90	10	62	15	23	5	56	1.59

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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