genome.fa.s25.2.7.7.80.10.50.1000.83.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  63843421

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   

This is table  83  of  214  ( 25680 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23380029--23380240	41	5.2	41	87	2	318	28	33	17	20	1.96
23385177--23385352	45	3.9	45	81	0	208	31	18	17	31	1.95
23385171--23385389	90	2.4	90	82	0	267	32	16	17	32	1.93
23392703--23392740	20	1.9	20	89	10	60	60	5	0	34	1.19
23400396--23400558	81	2.0	81	89	0	245	49	16	12	22	1.79
23405490--23405611	49	2.5	49	77	6	131	27	19	27	24	1.99
23408213--23408269	23	2.5	23	88	0	78	38	24	8	28	1.85
23415290--23415427	50	2.7	50	83	7	152	26	20	29	23	1.99
23421036--23421069	17	2.1	16	88	5	50	76	14	0	8	1.01
23422313--23422603	50	5.8	51	77	11	257	29	20	27	22	1.99
23422385--23422553	93	1.8	93	89	0	266	27	22	28	21	1.99
23422435--23422521	43	2.0	43	81	0	102	26	25	28	19	1.99
23424103--23424156	27	2.0	27	100	0	108	48	18	3	29	1.65
23428955--23429093	68	2.0	68	94	0	242	48	7	25	17	1.74
23433025--23433155	56	2.3	56	88	3	183	23	27	9	38	1.86
23434203--23434276	36	2.1	36	81	0	85	41	14	18	24	1.89
23450706--23450929	27	8.3	27	86	2	256	43	20	18	16	1.88
23450706--23450929	81	2.8	81	83	2	290	43	20	18	16	1.88
23451258--23451348	28	3.2	28	89	7	139	24	24	23	28	1.99
23454214--23454452	40	6.0	40	80	3	248	33	17	27	20	1.95
23477062--23477237	27	6.5	26	84	2	163	27	15	27	30	1.96
23477060--23477237	54	3.3	54	79	7	191	27	15	27	29	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23477061--23477216	82	1.9	81	87	6	226	27	15	27	29	1.96
23477057--23477237	82	2.2	81	82	4	222	27	15	27	29	1.96
23486785--23486823	12	3.2	12	85	0	51	20	23	5	51	1.67
23487071--23487166	50	1.9	51	86	2	140	21	30	21	26	1.99
23501317--23501350	17	2.1	16	88	5	50	76	14	0	8	1.01
23506258--23506333	28	2.8	28	84	9	86	51	11	6	30	1.64
23517713--23517766	27	2.0	27	100	0	108	55	11	7	25	1.61
23520515--23520543	12	2.5	12	94	5	51	41	20	0	37	1.53
23521812--23522537	243	3.0	242	87	3	1014	25	23	11	39	1.89
23524082--23524111	15	2.0	15	100	0	60	26	13	20	40	1.89
23527668--23527717	17	3.0	17	77	8	50	68	4	2	26	1.18
23527704--23527729	12	2.2	12	100	0	52	69	0	0	30	0.89
23527668--23527734	34	2.0	34	82	11	84	67	4	1	26	1.19
23529738--23529884	27	5.5	26	76	14	131	30	15	25	27	1.96
23529697--23529884	53	3.5	52	76	8	164	30	15	25	28	1.96
23530978--23531137	27	5.9	27	92	0	248	25	21	15	38	1.92
23533863--23534017	27	5.7	27	70	9	93	32	13	22	30	1.93
23537185--23537346	41	4.0	41	90	1	236	29	20	27	22	1.99
23537182--23537381	41	4.9	41	86	1	231	31	20	26	22	1.98
23543158--23543182	13	1.9	13	100	0	50	8	0	24	68	1.16
23550122--23550264	68	2.1	68	98	0	277	28	31	14	25	1.95
23552094--23552137	18	2.4	19	88	7	65	4	15	2	77	1.04
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23552094--23552127	6	5.5	6	93	6	59	2	14	0	82	0.79
23556965--23557142	27	6.6	27	81	3	169	29	29	15	25	1.96
23556991--23557141	82	1.9	81	88	4	232	29	28	15	26	1.96
23563883--23564058	27	6.5	27	82	3	174	30	28	14	26	1.95
23563883--23564058	54	3.2	55	81	7	207	30	28	14	26	1.95
23563902--23564057	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
23574204--23574289	27	3.2	27	81	6	102	34	40	11	12	1.80
23574532--23574575	22	2.0	23	82	13	56	34	2	2	61	1.21
23574503--23574578	23	3.1	22	71	21	55	31	3	1	63	1.21
23575678--23575744	28	2.3	30	77	15	86	34	2	4	58	1.34
23589371--23589415	23	1.9	23	90	4	72	55	6	0	37	1.26
23590738--23591114	140	2.7	140	85	2	499	25	20	21	32	1.98
23592356--23592434	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
23592553--23593032	47	10.1	47	91	1	744	27	29	9	32	1.89
23592553--23593032	96	5.0	94	92	2	753	27	29	9	32	1.89
23596351--23596507	40	3.9	40	88	0	215	26	28	21	24	1.99
23596493--23596625	40	3.4	39	79	8	144	24	27	22	24	2.00
23596933--23597011	29	2.7	29	86	5	106	27	32	15	24	1.95
23598797--23598875	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
23598994--23599758	143	5.4	142	94	2	1216	28	29	9	32	1.88
23598994--23599758	47	16.1	47	93	1	1235	28	29	9	32	1.88
23603543--23604003	35	12.8	35	77	7	375	25	20	16	37	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23603543--23604066	37	14.5	37	74	13	349	25	20	16	37	1.93
23603605--23604062	73	6.3	72	80	4	415	24	20	16	37	1.93
23603584--23604062	146	3.3	144	80	5	466	25	20	16	38	1.93
23606899--23606937	20	2.1	17	86	13	51	69	2	5	23	1.21
23607117--23607378	131	2.0	131	93	0	443	34	20	14	29	1.93
23619489--23619750	39	6.6	39	86	5	302	25	21	27	25	2.00
23627484--23627720	38	6.3	38	86	10	296	24	21	28	25	1.99
23642288--23642536	39	6.3	39	92	2	376	24	21	27	25	1.99
23642236--23642536	117	2.6	119	83	8	391	25	21	27	25	1.99
23656094--23656774	335	2.0	335	95	0	1227	37	23	11	28	1.89
23662466--23662490	13	1.9	13	100	0	50	12	16	16	56	1.68
23663868--23663950	42	2.0	42	97	0	157	33	19	8	38	1.82
23672037--23672207	39	4.3	39	85	2	209	26	21	26	25	1.99
23671987--23672207	79	2.8	79	82	9	227	26	21	27	25	1.99
23671984--23672207	40	5.7	40	82	5	242	25	21	26	25	2.00
23672040--23672240	79	2.6	79	82	5	185	27	19	26	25	1.99
23673768--23673850	42	2.0	42	100	0	166	32	19	9	38	1.84
23700972--23701149	27	6.6	27	85	3	214	26	14	28	30	1.95
23700973--23701128	82	1.9	81	89	3	242	26	14	28	30	1.95
23700969--23701149	82	2.2	81	84	2	238	27	14	27	30	1.95
23708228--23708405	27	6.6	27	85	3	214	26	14	28	30	1.95
23708229--23708384	82	1.9	81	89	3	242	26	14	28	30	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23708225--23708405	82	2.2	81	84	2	238	27	14	27	30	1.95
23709366--23709428	23	2.7	22	73	23	58	11	22	1	65	1.33
23709392--23709448	29	2.0	29	82	6	71	12	24	1	61	1.40
23709411--23709447	18	2.2	16	90	9	56	10	21	2	64	1.37
23713222--23713249	6	4.7	6	100	0	56	32	35	14	17	1.90
23713222--23713256	18	1.9	18	88	0	52	34	31	14	20	1.92
23719249--23719321	37	1.9	37	84	13	96	32	23	1	42	1.63
23719309--23719352	23	1.9	22	82	17	54	38	25	0	36	1.56
23719396--23719490	45	2.1	45	92	0	154	31	25	18	24	1.98
23719495--23719625	51	2.6	51	85	4	176	33	25	16	24	1.96
23724354--23724776	212	2.0	212	93	0	729	29	23	17	29	1.97
23731966--23732011	22	2.0	23	91	4	76	39	0	10	50	1.38
23733021--23733054	17	2.0	17	88	11	52	35	8	8	47	1.66
23734444--23734489	23	2.0	23	100	0	92	34	8	17	39	1.80
23737725--23738058	38	8.7	38	71	12	180	38	29	19	12	1.89
23737833--23737876	22	2.0	22	86	0	61	45	29	13	11	1.79
23737795--23737975	60	3.0	60	80	4	186	40	29	17	12	1.86
23742395--23742579	40	4.7	40	81	9	202	24	22	28	24	1.99
23742395--23742579	79	2.3	80	82	9	218	24	22	28	24	1.99
23742448--23742612	79	2.1	79	83	6	201	26	21	27	24	1.99
23750325--23750509	40	4.7	40	81	9	202	24	22	28	24	1.99
23750325--23750509	79	2.3	80	82	9	218	24	22	28	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23750378--23750542	79	2.1	79	83	6	201	26	21	27	24	1.99
23781572--23781639	22	3.1	22	86	0	91	38	30	20	10	1.86
23781483--23781667	38	4.7	38	76	9	174	37	28	20	14	1.91
23781583--23781643	22	2.8	22	89	0	95	39	29	19	11	1.87
23781685--23781834	38	3.9	38	83	0	183	36	28	21	14	1.92
23781688--23781834	76	1.9	76	88	0	222	37	27	20	14	1.91
23785267--23785507	23	10.5	23	87	0	302	40	18	11	29	1.86
23786191--23786405	40	5.3	40	82	5	238	34	27	13	24	1.93
23786196--23786405	80	2.6	80	91	2	323	34	27	13	24	1.93
23793376--23793414	20	2.0	20	90	10	62	15	23	5	56	1.59

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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