genome.fa.s25.2.7.7.80.10.50.1000.67.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  63843421

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
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          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   

This is table  67  of  214  ( 25680 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19038858--19038887	15	2.0	15	100	0	60	6	13	20	60	1.55
19053211--19053314	35	3.0	35	74	5	86	50	0	10	37	1.43
19054788--19055163	50	7.5	50	68	10	187	22	19	24	33	1.97
19054687--19056122	100	14.4	100	88	2	1884	22	21	23	32	1.98
19057276--19057358	44	1.9	44	85	7	116	27	28	14	28	1.95
19057465--19057527	12	5.5	11	77	9	63	0	23	0	76	0.79
19057463--19057527	23	2.8	24	78	17	75	0	24	0	75	0.81
19057483--19057524	20	2.0	21	90	4	68	0	26	0	73	0.83
19057464--19057573	12	8.3	12	68	19	51	1	15	4	78	1.00
19057523--19057573	22	2.4	22	81	12	61	3	3	9	82	0.93
19070927--19070980	16	3.4	16	92	0	90	35	1	35	27	1.68
19071310--19071361	15	3.6	15	80	12	56	53	1	0	44	1.11
19071451--19071485	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
19071550--19071601	15	3.6	15	80	12	56	53	1	0	44	1.11
19071680--19071721	15	2.9	15	82	10	52	52	0	0	47	1.00
19071203--19071846	120	5.4	120	97	0	1182	49	5	2	42	1.38
19071862--19072069	91	2.3	90	88	4	299	46	4	4	44	1.42
19071906--19072050	47	3.1	47	66	14	113	49	4	2	43	1.35
19075746--19075811	20	3.2	20	66	26	57	42	4	9	43	1.56
19075737--19075847	41	2.7	41	98	1	213	45	4	9	40	1.58
19075766--19075832	21	3.2	21	66	26	61	44	4	11	38	1.62
19075860--19075884	13	1.9	13	100	0	50	20	16	8	56	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19075849--19075954	52	2.1	52	87	1	151	33	12	5	49	1.64
19077041--19077074	5	6.8	5	100	0	68	58	41	0	0	0.98
19078892--19078961	20	3.6	18	70	14	50	32	17	32	17	1.93
19078899--19078982	39	2.2	39	93	0	141	33	17	32	16	1.93
19087381--19087410	2	15.0	2	92	0	51	46	0	3	50	1.18
19090839--19090877	14	2.8	13	84	7	51	33	17	7	41	1.79
19092078--19092277	109	1.9	107	84	4	267	33	20	16	30	1.94
19092735--19092784	12	4.2	12	89	2	57	66	2	4	28	1.21
19092735--19092784	3	17.0	3	76	12	50	66	2	4	28	1.21
19093447--19093484	16	2.4	16	86	4	51	81	0	13	5	0.85
19093447--19093489	16	2.7	15	82	10	50	81	0	13	4	0.84
19093454--19093493	18	2.2	19	86	4	55	82	0	10	7	0.84
19103520--19103726	104	2.0	103	96	0	378	29	14	25	31	1.94
19108497--19109270	385	2.0	385	96	0	1424	30	19	19	30	1.96
19117462--19117527	27	2.4	27	89	0	96	30	9	25	34	1.87
19124191--19124224	16	2.2	16	94	5	61	17	11	5	64	1.45
19135702--19135731	15	2.0	15	93	0	51	43	0	23	33	1.54
19153354--19153812	147	3.1	144	79	9	507	31	23	16	28	1.96
19153354--19153813	51	9.4	51	77	10	417	31	23	16	28	1.96
19153344--19153813	198	2.4	193	83	6	574	31	23	15	28	1.96
19164586--19164619	16	2.1	16	88	0	50	44	20	14	20	1.87
19168162--19168244	39	2.1	39	80	10	98	39	8	1	50	1.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19168371--19168489	41	3.1	41	61	32	100	21	13	10	55	1.67
19168396--19168506	32	3.2	32	64	24	80	20	14	9	55	1.66
19168373--19168519	73	2.0	73	100	0	294	21	13	9	55	1.67
19172740--19172776	18	2.0	20	85	15	53	40	2	0	56	1.13
19173324--19173367	19	2.3	19	88	0	61	56	27	2	13	1.49
19176002--19176399	90	4.4	90	90	5	602	50	10	9	30	1.68
19175997--19176386	185	2.1	186	90	3	619	50	10	9	30	1.68
19176563--19176615	14	4.0	13	79	13	54	39	1	0	58	1.09
19176556--19176615	18	3.0	20	76	14	61	40	1	0	58	1.08
19176704--19176738	17	2.1	17	94	0	61	37	11	2	48	1.54
19177127--19177186	19	3.1	19	75	13	68	50	15	16	18	1.79
19177699--19177724	7	3.7	7	100	0	52	53	15	15	15	1.73
19178255--19178308	18	2.9	18	72	5	54	64	3	0	31	1.11
19180383--19180414	16	1.9	17	93	6	57	71	3	0	25	1.00
19185739--19185791	25	2.1	25	100	0	106	41	16	15	26	1.88
19190188--19190232	20	2.3	20	85	11	58	55	22	4	17	1.60
19190453--19190604	31	4.7	31	78	10	153	41	16	9	32	1.80
19192693--19192765	38	1.9	38	91	0	119	45	10	9	34	1.72
19206335--19206412	19	4.1	19	68	14	54	43	1	1	53	1.16
19212830--19213877	353	3.0	354	96	0	1940	20	17	20	41	1.90
19216654--19216798	71	2.0	71	94	0	254	29	18	21	30	1.97
19220633--19220665	15	2.1	16	88	5	50	60	0	0	39	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19221233--19221314	41	2.0	41	83	4	103	57	2	2	37	1.25
19221675--19221720	23	2.0	23	83	8	58	34	2	0	63	1.07
19230249--19230330	23	3.5	24	78	9	89	32	9	17	40	1.82
19232719--19232941	39	5.7	40	84	8	255	25	21	26	25	2.00
19232799--19232960	40	4.1	40	85	7	129	24	22	29	24	1.99
19232771--19232974	79	2.6	79	83	6	211	25	21	27	25	1.99
19240643--19240866	40	5.7	40	85	7	264	25	21	27	25	2.00
19240643--19240866	79	2.8	81	84	8	273	25	21	27	25	2.00
19240643--19240899	79	3.3	79	81	9	215	26	21	27	24	1.99
19259228--19259437	39	5.3	39	93	1	323	24	21	28	25	1.99
19260283--19260400	13	9.1	13	71	3	67	33	7	22	37	1.82
19260283--19260400	26	4.5	26	80	4	121	33	7	22	37	1.82
19260285--19260401	52	2.2	52	83	3	155	33	7	21	37	1.82
19262917--19262968	20	2.6	20	87	0	59	44	25	21	9	1.82
19267605--19267645	17	2.5	16	84	7	55	36	0	4	58	1.20
19268636--19268678	21	2.0	21	90	0	68	25	13	25	34	1.93
19272669--19272825	54	2.9	54	85	2	219	31	18	14	35	1.91
19273332--19273367	18	2.0	18	88	0	54	77	2	16	2	1.00
19282478--19282718	50	4.8	50	83	1	279	21	28	22	27	1.99
19288006--19288200	50	3.9	50	78	4	162	23	27	21	27	1.99
19293623--19293755	50	2.7	50	84	0	185	19	30	23	26	1.98
19305872--19305946	34	2.1	34	80	9	80	34	8	24	33	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19305972--19306001	11	2.7	11	94	0	51	40	6	23	30	1.80
19307469--19307626	46	3.4	45	79	3	147	34	15	21	29	1.94
19320432--19320557	49	2.6	50	82	6	143	26	25	19	28	1.99
19320482--19320608	49	2.6	50	80	2	139	25	28	19	25	1.99
19323972--19324098	68	1.9	68	86	0	182	38	18	22	19	1.93
19323972--19324119	68	2.2	68	82	0	161	37	20	20	20	1.94
19331818--19331869	24	2.2	24	89	0	77	50	3	23	23	1.66
19331920--19331964	21	2.1	21	87	0	63	15	28	13	42	1.85
19331941--19332090	42	3.6	42	86	0	183	16	26	16	41	1.88
19332012--19332073	21	3.0	21	68	0	61	16	30	17	35	1.92
19334842--19334907	13	5.0	13	72	17	64	51	3	10	34	1.52
19334850--19334933	40	2.1	40	90	0	132	50	4	10	34	1.58
19338071--19338150	37	2.2	37	97	0	151	30	21	7	41	1.80
19339578--19339613	18	1.9	19	88	5	56	11	5	13	69	1.34
19340480--19340674	43	4.6	42	79	10	200	21	15	26	36	1.93
19340480--19340715	85	2.8	84	89	0	328	23	15	25	36	1.94
19354564--19354685	61	2.0	61	100	0	244	32	24	6	36	1.81
19360367--19360411	23	2.0	23	86	4	65	40	4	15	40	1.67
19360379--19360426	23	2.1	23	84	7	62	37	4	12	45	1.61
19368504--19368661	56	2.8	56	86	0	226	31	8	15	44	1.77
19370008--19370036	14	2.0	15	93	6	51	27	6	0	65	1.18
19370186--19370261	9	8.7	9	77	12	61	64	2	0	32	1.07
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19370185--19370245	25	2.4	25	78	13	70	63	1	0	34	1.04
19372738--19372771	6	5.7	6	100	0	68	50	0	0	50	1.00
19374637--19374860	44	5.1	44	80	2	225	28	20	16	33	1.95
19378409--19378474	26	2.6	25	80	7	69	37	22	24	15	1.92
19388093--19388117	5	5.0	5	100	0	50	80	0	0	20	0.72
19389720--19389865	41	3.6	41	92	0	247	31	30	21	16	1.95
19389983--19390449	47	9.3	47	72	13	353	38	16	6	38	1.75
19389970--19390291	98	3.4	96	93	3	567	38	15	7	39	1.75
19390164--19390466	163	1.9	163	92	1	518	38	15	6	39	1.73
19395841--19395894	18	3.1	17	78	19	58	57	5	0	37	1.22

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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