genome.fa.s25.2.7.7.80.10.50.1000.28.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  63843421

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  28  of  214  ( 25680 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7829435--7829501	27	2.5	27	90	0	98	16	29	28	25	1.97
7829435--7829511	27	2.9	27	84	3	84	14	32	25	27	1.94
7829572--7829636	28	2.4	28	92	2	105	49	1	9	40	1.44
7829723--7829808	28	3.1	28	93	3	147	40	8	0	51	1.32
7829796--7829836	19	2.2	19	90	0	64	75	14	0	9	1.04
7829873--7829941	27	2.6	27	88	0	102	24	28	26	20	1.99
7830227--7830252	3	8.7	3	100	0	52	34	0	0	65	0.93
7830258--7830375	61	1.9	62	83	13	154	33	0	11	54	1.37
7830982--7831027	18	2.6	18	85	0	65	26	4	47	21	1.69
7833406--7833434	14	2.1	14	100	0	58	55	0	6	37	1.27
7835699--7835741	17	2.6	16	81	7	50	4	9	4	81	0.97
7835742--7835810	27	2.5	27	86	6	95	46	1	10	42	1.46
7835742--7835810	28	2.5	28	88	6	106	46	1	10	42	1.46
7835845--7835885	19	2.2	19	86	8	57	68	4	0	26	1.10
7836609--7836750	4	35.2	4	69	23	59	0	28	0	70	0.92
7836604--7836756	10	16.0	10	66	24	64	0	29	0	69	0.93
7836646--7836753	18	6.1	18	83	11	127	0	28	0	70	0.94
7836604--7836738	56	2.5	53	79	16	145	0	28	0	70	0.93
7836635--7836714	28	2.9	27	75	17	83	1	31	0	67	0.99
7836668--7836767	34	2.9	34	78	15	107	0	34	0	66	0.92
7836576--7836739	52	3.2	52	80	10	171	0	30	0	68	0.94
7836658--7836770	59	1.9	58	82	7	138	0	32	0	67	0.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7836805--7836872	27	2.5	27	85	0	91	22	29	25	23	1.99
7836939--7836984	23	2.0	23	95	0	83	58	0	6	34	1.24
7838471--7838537	34	2.0	34	85	5	91	49	7	2	40	1.46
7839531--7839563	16	2.1	16	94	0	57	45	9	12	33	1.73
7843949--7843974	13	2.0	13	100	0	52	15	23	15	46	1.83
7845520--7845584	24	2.6	26	78	7	71	35	21	24	18	1.96
7854141--7854165	2	12.5	2	100	0	50	0	0	48	52	1.00
7855008--7855044	19	2.1	18	90	10	58	27	21	16	35	1.94
7860321--7860361	16	2.6	16	88	11	59	78	0	0	21	0.76
7860321--7860361	5	8.0	5	84	15	57	78	0	0	21	0.76
7880265--7880356	34	2.6	35	84	3	123	19	9	28	42	1.83
7881808--7881835	12	2.3	12	100	0	56	21	0	0	78	0.75
7898040--7898112	30	2.5	28	85	8	101	34	1	0	64	1.02
7898054--7898122	30	2.3	31	90	7	106	31	2	0	65	1.08
7898039--7898132	42	2.3	40	87	7	127	32	2	0	64	1.05
7898062--7898125	11	4.6	14	71	22	55	37	3	0	59	1.13
7899249--7899305	19	3.0	19	94	0	96	31	26	10	31	1.90
7899584--7899658	36	2.1	36	80	9	82	54	1	5	38	1.31
7900707--7900748	21	2.0	21	100	0	84	38	19	4	38	1.73
7903936--7903990	22	2.6	21	74	5	56	12	10	16	60	1.60
7904574--7904608	17	2.1	17	88	0	52	37	0	0	62	0.95
7909029--7909180	75	2.0	75	100	0	304	36	13	15	33	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7909349--7909540	41	4.7	41	87	3	271	27	22	20	29	1.99
7909637--7909687	26	2.0	26	84	0	66	58	5	11	23	1.55
7909947--7909980	14	2.3	15	90	5	52	35	0	29	35	1.58
7910004--7910057	21	2.5	20	77	11	54	20	0	44	35	1.52
7910050--7910240	89	2.1	89	86	1	258	25	2	29	42	1.66
7910074--7910249	89	2.0	89	88	0	262	24	1	30	43	1.64
7910639--7910672	16	2.1	16	88	5	50	70	2	2	23	1.15
7912194--7912304	19	5.8	19	90	0	159	40	8	12	38	1.73
7912201--7912304	38	2.7	38	95	0	181	41	7	11	39	1.70
7912194--7912330	19	6.9	21	87	4	114	39	7	13	39	1.73
7912293--7912337	23	2.0	23	86	4	65	33	4	15	46	1.66
7912839--7912884	17	2.5	17	86	10	56	28	0	2	69	1.00
7912851--7912887	17	2.1	18	95	5	67	24	0	0	75	0.80
7912833--7912886	15	3.5	15	76	16	56	25	0	1	72	0.95
7912927--7912987	21	2.8	21	85	5	68	29	1	4	63	1.24
7912947--7912990	21	2.1	21	95	0	79	29	2	4	63	1.26
7917772--7917830	9	6.3	9	78	20	50	84	5	10	0	0.76
7917781--7917832	13	4.1	14	78	16	60	82	3	13	0	0.80
7917782--7917832	6	8.2	6	81	18	52	82	3	13	0	0.81
7919152--7919273	23	5.3	23	86	0	181	31	26	20	22	1.98
7919152--7919271	46	2.6	46	94	0	204	30	26	20	21	1.98
7921981--7922073	43	2.2	43	94	3	161	33	20	20	25	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7921837--7922205	175	2.1	175	92	1	605	30	18	22	28	1.97
7922012--7923358	132	10.2	132	92	0	2183	29	18	23	28	1.97
7923722--7923832	19	5.8	19	89	0	159	40	8	12	38	1.73
7923723--7923832	38	2.9	38	95	0	193	40	8	11	39	1.72
7923735--7923858	19	6.2	21	85	4	120	39	6	14	39	1.72
7923821--7923865	23	2.0	23	86	4	65	33	4	15	46	1.66
7924362--7924413	15	3.3	15	81	5	59	21	1	1	75	1.00
7924452--7924532	25	3.3	25	81	5	85	28	1	4	65	1.21
7924574--7924625	21	2.5	22	75	18	56	36	3	3	55	1.36
7925574--7925689	57	2.0	57	94	0	205	30	20	18	31	1.96
7937207--7937866	335	2.0	336	88	1	993	32	24	13	29	1.94
7944550--7944592	22	2.0	22	90	4	70	46	2	9	41	1.48
7944672--7944699	8	3.5	8	100	0	56	50	0	0	50	1.00
7945761--7945797	16	2.2	17	90	9	58	27	0	13	59	1.35
7947303--7947343	22	1.9	22	85	5	57	17	7	14	60	1.55
7952584--7952651	16	4.2	16	73	17	52	25	4	0	70	1.05
7952685--7952763	3	26.7	3	80	5	72	36	3	1	58	1.24
7956440--7956519	41	2.0	41	92	0	133	35	5	17	42	1.71
7957509--7957536	12	2.3	12	100	0	56	46	0	28	25	1.53
7961312--7961361	22	2.3	22	82	6	66	42	16	6	36	1.72
7975235--7975276	22	1.9	22	90	0	66	73	2	0	23	0.94
7976137--7976198	29	2.1	28	85	5	79	24	14	16	45	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7976482--7976532	22	2.3	22	100	0	102	27	31	0	41	1.56
7976570--7976635	10	6.5	10	77	3	60	31	0	0	68	0.90
7976570--7976635	31	2.2	31	94	2	116	31	0	0	68	0.90
7976728--7976757	15	2.1	15	93	6	53	26	0	0	73	0.84
7977716--7977740	7	3.6	7	100	0	50	28	0	12	60	1.32
7978830--7978898	25	2.7	24	78	10	75	46	4	10	39	1.58
7978894--7978942	18	2.7	17	81	12	53	48	18	0	32	1.48
7978920--7979000	29	2.8	29	96	0	144	44	27	0	28	1.55
7978901--7979047	76	1.9	76	95	0	267	45	24	0	29	1.53
7978948--7979141	47	4.1	47	95	0	343	46	25	0	27	1.53
7978977--7979112	18	8.3	18	68	21	102	47	24	0	28	1.52
7979089--7979151	29	2.2	29	100	0	126	44	31	0	23	1.54
7979149--7979281	55	2.4	55	97	0	248	39	11	5	44	1.63
7979221--7979340	37	3.3	37	65	19	106	39	12	5	43	1.64
7979203--7979365	73	2.2	73	97	0	308	39	11	4	44	1.61
7979258--7979303	18	2.6	18	92	0	83	41	6	4	47	1.49
7979276--7979468	55	3.3	55	72	19	183	40	8	5	45	1.58
7979331--7979365	18	1.9	18	88	0	52	40	8	2	48	1.49
7979387--7979476	10	8.5	10	68	24	51	41	7	4	46	1.53
7979331--7979476	65	2.2	65	89	6	215	41	7	4	45	1.53
7982580--7982929	125	2.8	124	91	2	562	32	21	15	30	1.94
7987086--7987151	30	2.2	30	83	0	87	43	12	4	39	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7991908--7991943	15	2.4	15	90	0	63	38	13	5	41	1.68
8006871--8006911	19	2.2	19	82	4	57	46	2	2	48	1.28
8007058--8007114	27	2.2	27	81	6	73	54	8	0	36	1.32
8007917--8007959	5	8.0	5	85	10	50	60	0	0	39	0.97
8009739--8009772	6	5.7	6	96	0	59	17	26	0	55	1.42
8011217--8011256	20	2.0	20	90	9	64	40	0	2	57	1.12
8013079--8013120	16	2.5	17	76	7	50	50	9	0	40	1.35
8013306--8013478	84	2.1	84	88	2	258	25	17	15	41	1.88
8023192--8023234	21	2.0	21	81	0	50	23	13	20	41	1.88
8024353--8024458	53	2.0	53	92	0	176	41	12	13	33	1.81

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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