genome.fa.s25.2.7.7.80.10.50.1000.29.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  63843421

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
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This is table  29  of  214  ( 25680 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8032715--8032763	25	2.0	25	100	0	98	30	12	20	36	1.89
8033707--8033777	36	2.0	34	83	5	88	40	19	7	32	1.79
8033713--8033808	34	2.7	35	79	9	97	40	20	8	30	1.82
8033981--8034085	41	2.6	41	93	3	176	20	28	20	30	1.98
8044885--8044925	22	1.9	21	85	14	57	24	2	19	53	1.57
8050223--8050281	30	2.0	30	89	0	91	57	8	3	30	1.45
8051252--8051320	18	3.9	16	76	22	66	65	1	0	33	1.02
8051252--8051321	8	8.0	8	75	17	50	65	1	0	32	1.01
8052642--8054388	628	2.7	623	86	5	2303	38	11	19	30	1.87
8058550--8058575	5	5.2	5	100	0	52	57	0	42	0	0.98
8059074--8059329	88	2.8	90	92	2	408	42	5	20	31	1.76
8060895--8060978	39	2.1	40	93	2	143	61	0	2	35	1.09
8060943--8060968	11	2.4	11	100	0	52	53	0	7	38	1.30
8060935--8061035	30	3.4	30	80	2	123	63	0	3	32	1.13
8060915--8061042	59	2.2	60	92	2	215	62	0	3	34	1.11
8060954--8061042	19	4.5	20	79	9	94	62	0	3	33	1.11
8063681--8063746	22	3.0	22	86	2	89	9	31	27	31	1.88
8086601--8086637	7	5.4	7	96	3	67	29	24	0	45	1.53
8086773--8086906	64	2.1	64	97	1	250	24	11	11	51	1.72
8087417--8087513	48	2.0	48	97	0	185	44	8	11	36	1.70
8087436--8087519	21	3.3	27	66	20	81	44	8	11	35	1.72
8088037--8088082	6	7.7	6	95	0	83	32	0	17	50	1.47
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8091246--8091279	16	2.1	16	100	0	68	38	14	17	29	1.90
8091732--8091767	18	2.0	18	88	0	54	72	0	0	27	0.85
8093823--8093883	30	2.0	30	93	0	104	27	34	26	11	1.91
8102114--8102170	28	2.0	28	86	6	80	40	7	24	28	1.81
8122457--8122503	16	2.8	16	78	18	51	65	0	29	4	1.11
8126970--8127128	61	2.6	62	82	5	180	26	22	23	27	2.00
8128310--8128372	25	2.4	27	84	10	78	53	12	15	17	1.72
8129073--8129105	6	5.5	6	96	0	57	60	0	0	39	0.97
8134650--8134704	23	2.4	23	84	3	76	50	1	5	41	1.36
8134993--8135045	20	2.8	18	75	13	52	45	15	5	33	1.69
8135532--8135587	27	2.1	26	93	3	94	58	3	23	14	1.51
8143956--8143980	5	5.0	5	100	0	50	80	0	20	0	0.72
8148254--8148328	34	2.2	33	84	9	98	24	30	1	44	1.62
8148254--8148331	11	7.0	11	74	21	74	24	29	1	44	1.62
8148254--8148331	22	3.5	22	81	18	99	24	29	1	44	1.62
8150193--8150232	18	2.2	18	86	0	53	17	30	7	45	1.76
8150703--8151682	23	43.8	22	77	8	879	48	25	0	25	1.57
8150699--8151730	45	23.2	44	79	8	875	48	25	0	25	1.57
8150838--8150920	28	3.1	29	70	28	85	48	31	1	19	1.57
8150724--8151730	244	4.1	247	79	10	445	48	25	0	25	1.57
8154331--8154380	21	2.4	21	77	9	59	34	2	4	60	1.27
8154414--8154444	16	1.9	16	93	0	53	32	0	0	67	0.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8156308--8156405	51	1.9	51	85	4	135	45	4	24	25	1.70
8156381--8156436	11	5.2	11	82	2	69	44	1	28	25	1.64
8156371--8156436	33	2.0	33	85	5	89	45	1	28	24	1.62
8157988--8158141	40	3.8	40	80	5	143	35	20	22	22	1.96
8158005--8158141	40	3.4	41	82	4	145	37	20	21	21	1.95
8158179--8158493	41	7.7	41	91	0	452	22	22	24	30	1.99
8158526--8158691	88	1.9	89	96	1	307	41	3	6	48	1.47
8158983--8159015	14	2.3	15	94	5	59	30	0	33	36	1.58
8160234--8160276	19	2.2	20	87	4	61	79	4	2	13	1.00
8165567--8165668	43	2.4	43	83	3	134	32	16	29	21	1.95
8166119--8166155	20	1.9	19	89	10	58	43	0	32	24	1.55
8166481--8166517	9	4.1	9	85	0	56	29	8	13	48	1.71
8166568--8166598	9	3.4	9	90	0	53	38	22	12	25	1.90
8174379--8174442	13	4.9	13	79	7	67	37	26	4	31	1.77
8176276--8176301	4	6.5	4	100	0	52	26	0	23	50	1.50
8180619--8180664	21	2.1	22	88	4	67	6	6	13	73	1.22
8182612--8182637	12	2.2	12	100	0	52	7	15	30	46	1.74
8182818--8183208	73	5.4	73	81	2	428	25	20	25	28	1.99
8182821--8183211	145	2.7	144	85	3	484	26	20	25	27	1.99
8183217--8183241	10	2.5	10	100	0	50	56	0	8	36	1.29
8183421--8183488	22	3.1	21	77	8	73	16	5	41	36	1.72
8183508--8183576	15	4.6	15	81	3	77	21	1	33	43	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8183531--8183573	8	5.6	8	86	10	54	25	0	32	41	1.56
8183666--8183747	14	5.9	14	75	5	58	19	1	34	45	1.58
8183735--8183946	103	2.1	102	94	0	379	28	4	29	37	1.77
8183863--8183921	24	2.4	24	78	10	66	25	5	37	32	1.78
8183767--8183970	103	2.0	102	82	3	250	31	4	27	35	1.78
8184188--8184486	116	2.6	113	81	9	340	22	15	19	42	1.88
8184605--8184673	25	2.9	24	78	6	68	21	36	0	42	1.53
8186847--8187142	9	31.4	9	75	11	227	48	15	1	33	1.56
8186873--8187142	63	4.1	63	83	11	328	49	15	1	34	1.52
8186844--8187142	27	10.6	28	81	10	254	48	15	1	33	1.55
8192609--8192662	21	2.6	21	88	5	74	35	18	42	3	1.68
8193058--8193158	42	2.4	42	90	4	168	19	20	23	35	1.96
8193250--8193293	22	2.0	22	90	0	70	45	27	18	9	1.79
8196380--8196424	23	2.0	22	83	12	56	13	2	13	71	1.25
8196651--8196770	44	2.7	44	80	2	143	22	25	22	29	1.99
8196780--8196940	87	1.9	87	80	7	193	25	21	21	32	1.98
8196981--8197392	87	4.7	87	90	0	608	25	24	21	28	1.99
8197022--8197158	43	3.2	43	66	17	111	24	19	24	31	1.98
8198620--8198657	7	5.4	7	81	12	51	13	15	0	71	1.16
8211791--8211864	30	2.6	28	76	20	80	18	8	12	60	1.55
8213212--8213254	13	3.3	13	76	0	50	34	20	18	25	1.96
8218520--8218566	14	3.3	14	85	5	58	42	4	10	42	1.59
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8219380--8219419	14	2.9	14	88	0	53	35	7	17	40	1.78
8219403--8219441	20	2.0	20	100	0	78	30	10	15	43	1.80
8220671--8220696	10	2.6	10	100	0	52	57	23	0	19	1.40
8222025--8222132	57	1.9	57	82	3	137	48	21	15	14	1.81
8225539--8225632	34	2.8	34	81	0	116	37	28	10	23	1.88
8227692--8227721	13	2.3	13	100	0	60	50	20	0	30	1.49
8227918--8227965	25	1.9	25	86	0	69	20	25	20	33	1.97
8233210--8233404	51	3.8	51	82	4	241	25	13	27	33	1.94
8233214--8233405	102	1.9	102	89	2	296	25	14	27	33	1.94
8238402--8238456	27	2.0	27	89	0	83	38	18	20	23	1.93
8242162--8242207	20	2.3	20	88	7	67	15	23	4	56	1.57
8243879--8243947	6	11.0	6	89	9	75	17	1	7	73	1.12
8245762--8245825	30	2.1	30	88	0	92	23	29	29	17	1.97
8245937--8246032	45	2.1	45	88	0	138	44	23	19	11	1.83
8256373--8256467	46	2.1	44	84	5	127	37	4	22	35	1.73
8262439--8262602	59	2.8	59	80	0	184	32	10	30	26	1.90
8270091--8270303	107	2.0	107	90	3	340	34	18	15	30	1.92
8273856--8273943	45	2.0	44	88	2	131	39	12	21	26	1.89
8274783--8274994	105	2.0	105	97	0	397	45	20	8	25	1.79
8287322--8287648	163	2.0	161	89	3	496	36	13	14	35	1.85
8290838--8290955	39	3.0	39	92	2	184	16	3	27	51	1.61
8291599--8291635	13	2.8	13	91	0	65	35	0	8	56	1.29
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8291585--8291633	13	3.5	14	83	13	57	36	2	6	55	1.37
8297041--8297382	171	2.0	171	95	0	612	25	21	10	41	1.86
8301529--8301704	43	4.1	43	85	2	221	31	28	15	23	1.96
8304073--8304213	43	3.3	42	84	2	183	27	31	17	24	1.97
8304482--8304568	43	2.0	43	88	0	129	44	10	11	33	1.74
8309203--8309286	21	4.0	21	75	14	75	35	35	1	27	1.65
8309330--8309386	21	2.9	18	78	16	60	52	17	15	14	1.75
8309716--8309742	13	2.1	13	100	0	54	37	22	7	33	1.82
8309865--8310081	41	5.3	40	77	8	195	28	29	20	22	1.98
8309865--8310078	82	2.6	82	85	1	268	28	29	19	22	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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