genome.fa.s25.2.7.7.80.10.50.1000.6.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  63843421

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   

This is table  6  of  214  ( 25680 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1738474--1738614	44	3.1	44	66	26	123	42	9	5	41	1.62
1738464--1738649	91	2.0	91	98	0	363	41	9	4	43	1.59
1750142--1750176	15	2.2	16	90	5	54	54	0	0	45	0.99
1753484--1753513	10	2.9	10	95	5	51	50	6	3	40	1.45
1756705--1756900	57	3.3	57	89	5	268	31	21	24	22	1.98
1757034--1757229	67	2.9	67	90	1	295	24	18	29	28	1.98
1762003--1762029	7	3.9	7	100	0	54	44	0	0	55	0.99
1762643--1762672	7	4.3	7	95	0	51	23	0	3	73	0.98
1763414--1763461	17	2.8	17	100	0	96	41	10	0	47	1.37
1767566--1767641	39	2.0	38	82	7	91	38	3	2	55	1.33
1767833--1767876	16	2.8	16	78	0	52	22	22	2	52	1.58
1778869--1779265	210	1.9	211	88	1	600	37	14	17	30	1.89
1785042--1785102	19	3.1	19	81	9	70	47	1	0	50	1.10
1785330--1785396	13	5.5	13	69	16	54	38	23	5	31	1.79
1785633--1785664	6	5.3	6	96	0	55	37	15	28	18	1.92
1796628--1796689	30	2.1	29	87	3	88	33	17	17	30	1.94
1809963--1810000	20	1.9	20	88	0	58	55	21	0	23	1.44
1813775--1814091	46	7.1	46	85	8	424	34	14	20	30	1.93
1813811--1813883	36	2.0	36	94	0	128	36	12	21	28	1.90
1820465--1820532	30	2.3	30	87	5	93	45	14	13	26	1.82
1826993--1827028	18	2.0	18	100	0	72	50	11	11	27	1.72
1828190--1828290	29	3.5	29	89	2	132	21	13	20	43	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1832333--1832366	17	2.0	17	94	0	59	41	0	14	44	1.45
1837828--1837862	17	2.1	17	89	10	54	20	2	5	71	1.19
1842511--1842549	19	2.1	19	85	9	53	43	2	0	53	1.14
1851634--1851697	28	2.3	28	78	7	69	12	9	6	71	1.29
1851704--1851773	22	3.2	22	85	4	79	40	2	0	57	1.14
1851767--1851835	31	2.2	33	84	5	88	42	5	0	52	1.25
1851767--1851847	31	2.5	31	76	8	72	39	4	1	54	1.30
1851841--1851944	35	3.0	34	72	16	90	44	1	2	50	1.27
1851869--1851901	13	2.5	13	90	0	57	42	0	0	57	0.98
1851860--1851901	13	3.6	12	81	12	52	45	0	0	54	0.99
1851887--1851939	22	2.4	22	81	12	63	43	3	3	49	1.38
1855435--1855476	15	2.7	15	79	17	50	61	0	2	35	1.09
1855444--1855479	15	2.4	15	90	9	56	63	0	0	36	0.94
1855457--1855501	21	2.1	22	83	4	56	55	2	0	42	1.12
1855464--1855534	23	3.2	23	78	11	76	56	2	0	40	1.14
1855464--1855534	21	3.3	21	76	7	70	56	2	0	40	1.14
1855587--1855664	22	3.5	22	74	10	61	55	2	1	41	1.22
1855587--1855668	21	3.7	22	75	12	69	56	2	1	40	1.20
1855674--1855714	17	2.4	17	87	0	55	75	4	9	9	1.17
1856321--1856393	37	1.9	39	86	5	105	60	0	1	38	1.06
1862102--1862169	31	2.2	31	81	5	84	63	0	5	30	1.18
1863863--1864616	89	8.5	89	87	1	1003	26	24	18	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1865579--1865603	13	1.9	13	100	0	50	56	8	24	12	1.62
1865976--1866010	7	5.0	7	86	13	54	14	17	0	68	1.21
1865976--1866010	13	2.5	15	86	13	56	14	17	0	68	1.21
1865975--1866022	21	2.3	21	78	7	53	14	16	2	66	1.34
1871438--1871479	17	2.5	17	92	0	75	40	23	23	11	1.88
1872707--1872748	3	14.0	3	94	0	75	64	0	2	33	1.07
1875792--1875866	21	3.8	20	73	21	61	54	2	0	42	1.14
1875792--1875868	28	2.6	28	78	11	75	54	2	0	42	1.14
1877885--1877924	19	2.0	21	85	9	57	7	30	10	52	1.62
1885123--1885221	28	3.6	28	88	2	155	34	22	17	26	1.95
1898074--1898433	102	3.5	104	91	3	546	31	18	19	29	1.96
1898417--1898733	115	2.9	109	80	12	335	30	19	18	30	1.96
1898519--1898740	107	2.1	106	89	5	340	31	21	18	29	1.96
1905442--1905481	19	2.1	19	100	0	80	22	25	15	37	1.93
1906406--1906460	25	2.2	24	90	9	85	56	3	3	36	1.34
1910264--1910336	38	1.9	38	83	5	94	35	1	5	57	1.30
1910264--1910335	37	1.9	39	83	8	96	34	1	5	58	1.30
1914009--1914120	40	2.9	37	73	12	102	27	18	22	31	1.97
1917596--1917780	40	4.7	40	91	1	282	18	31	17	31	1.95
1917596--1917780	79	2.3	80	88	0	282	18	31	17	31	1.95
1920584--1920697	43	2.7	43	79	6	117	28	27	18	25	1.98
1921693--1921737	19	2.4	19	100	0	90	40	17	8	33	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1923241--1923287	24	2.0	24	91	0	76	38	19	25	17	1.92
1923308--1923380	26	2.9	24	82	9	83	35	19	26	19	1.95
1935018--1935052	4	8.8	4	100	0	70	25	0	22	51	1.48
1943189--1943233	16	2.8	16	80	12	56	48	0	2	48	1.13
1956562--1956668	17	5.7	17	70	18	61	37	0	0	61	1.02
1956618--1956666	21	2.3	20	90	10	80	34	0	0	65	0.93
1956578--1956679	32	3.3	32	73	13	122	38	0	0	60	1.03
1961603--1961628	13	2.0	13	100	0	52	53	0	0	46	1.00
1961602--1961673	20	3.6	20	77	17	62	50	1	4	44	1.30
1963139--1963165	11	2.5	11	100	0	54	14	0	22	62	1.31
1963400--1963465	4	16.5	4	100	0	132	25	0	24	50	1.50
1967343--1967424	41	2.0	42	85	7	114	21	21	13	42	1.87
1967372--1967444	21	3.5	20	77	7	74	20	21	12	45	1.84
1968093--1968132	21	1.9	21	94	0	71	62	0	2	35	1.09
1968124--1968204	17	4.5	17	82	11	90	64	0	0	35	0.94
1968138--1968179	11	3.9	11	93	3	68	69	0	0	30	0.89
1968138--1968179	21	2.0	21	95	0	75	69	0	0	30	0.89
1968106--1968196	38	2.3	40	87	7	125	64	0	1	34	1.01
1968138--1968256	10	12.2	10	68	21	74	67	0	0	31	1.03
1968222--1968260	17	2.3	17	86	0	51	66	2	0	30	1.05
1975641--1975693	21	2.5	22	81	3	63	32	1	5	60	1.31
1975664--1975709	14	3.2	15	82	14	53	26	0	6	67	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1977509--1977550	22	1.9	22	85	0	57	71	7	7	14	1.29
1977908--1977952	20	2.1	21	84	8	56	48	2	0	48	1.13
1978501--1978535	5	6.8	5	87	6	52	2	22	0	74	0.95
1983435--1983522	41	2.1	41	91	0	140	34	15	20	29	1.94
1986932--1986997	26	2.5	27	87	9	100	39	21	24	15	1.91
1988843--1988878	14	2.5	14	95	4	63	38	0	0	61	0.96
1995446--1995514	29	2.4	29	83	13	81	42	1	4	52	1.30
1998253--1998289	5	7.4	5	100	0	74	21	0	18	59	1.38
1999910--1999958	21	2.3	21	92	0	80	18	20	42	18	1.89
1999921--1999967	21	2.3	20	85	7	60	27	25	34	12	1.92
2003799--2003868	24	2.9	24	97	0	131	8	35	21	34	1.84
2005940--2006088	60	2.6	55	78	11	138	57	12	8	22	1.62
2022323--2022351	12	2.3	13	94	5	51	65	0	0	34	0.93
2022544--2022580	19	1.9	19	88	0	56	59	27	2	10	1.44
2022803--2022852	17	2.8	18	93	6	84	42	44	0	14	1.44
2022829--2022853	13	1.9	13	100	0	50	40	48	0	12	1.40
2022834--2022950	39	3.0	39	94	1	209	50	28	2	18	1.60
2023083--2023145	17	3.5	17	69	12	54	34	3	12	49	1.57
2023080--2023154	37	2.0	37	94	0	114	36	4	14	45	1.64
2023153--2023183	9	3.4	9	95	0	53	25	9	22	41	1.84
2027894--2027951	7	8.3	7	92	0	71	32	39	8	18	1.82
2033320--2033396	29	2.6	29	79	4	82	49	15	12	22	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2039812--2039849	18	2.1	18	90	9	60	31	18	15	34	1.92
2047857--2047894	20	1.9	20	94	0	67	52	7	5	34	1.53
2049637--2049721	30	2.9	29	75	5	100	48	10	9	31	1.70
2049637--2049764	59	2.2	59	84	4	161	48	10	10	29	1.73
2050499--2050789	121	2.4	120	91	2	467	53	4	0	41	1.25
2050532--2050691	31	5.3	31	64	20	88	53	4	0	41	1.25
2050705--2050765	21	2.9	21	76	13	54	59	4	0	36	1.19
2050913--2050971	29	2.1	28	87	6	84	47	6	10	35	1.64
2054446--2054640	89	2.2	90	83	4	234	32	17	21	28	1.96
2084580--2084609	14	2.1	15	93	6	53	40	0	0	60	0.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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