genome.fa.s25.2.7.7.80.10.50.1000.80.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  63843421

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   

This is table  80  of  214  ( 25680 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22602488--22602536	24	2.0	24	100	0	98	42	4	20	32	1.71
22603128--22603169	19	2.3	18	84	8	50	54	0	0	45	0.99
22605171--22605413	50	4.7	50	86	3	288	27	21	27	23	1.99
22613114--22613246	67	2.0	68	83	7	173	47	4	3	44	1.41
22617633--22617697	16	3.9	16	76	15	53	38	1	3	56	1.24
22618468--22618507	21	2.0	21	85	5	55	40	7	47	5	1.54
22624873--22624973	27	3.6	27	86	4	139	29	22	10	36	1.89
22628787--22628825	19	2.2	17	86	9	51	46	2	7	43	1.46
22630194--22630234	20	2.1	19	86	9	55	58	0	9	31	1.31
22631094--22631178	6	14.0	6	70	7	55	70	2	17	9	1.24
22631082--22631227	18	7.9	18	72	9	80	67	1	18	12	1.29
22631082--22631141	24	2.6	24	85	12	74	73	1	16	8	1.16
22646542--22646585	23	1.9	22	82	17	54	36	25	0	38	1.56
22646720--22646909	51	3.8	50	79	6	204	32	24	17	26	1.97
22648968--22649014	23	2.1	23	84	7	62	51	12	4	31	1.59
22654345--22654387	16	2.7	16	96	0	77	18	11	4	65	1.42
22654427--22654458	12	2.7	12	100	0	64	12	0	6	81	0.87
22655454--22655500	23	2.1	23	84	7	62	51	12	4	31	1.59
22660439--22660507	35	2.0	35	97	0	129	33	10	14	42	1.79
22660457--22660576	54	2.2	54	93	0	204	31	10	14	43	1.79
22671683--22671749	27	2.5	27	90	4	100	35	14	19	29	1.92
22679718--22679747	4	7.5	4	92	0	51	73	0	0	26	0.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22680499--22680545	23	2.1	23	88	4	69	25	4	23	46	1.70
22682770--22682800	14	2.2	14	94	0	53	48	12	0	38	1.42
22683623--22683679	30	1.9	30	92	0	96	14	29	38	17	1.89
22684541--22684577	17	2.2	17	90	9	58	0	13	2	83	0.74
22685546--22685584	6	6.5	6	87	0	60	79	2	0	17	0.84
22687265--22687320	7	7.6	7	75	25	53	73	1	1	23	1.03
22687267--22687333	4	17.5	4	73	11	52	73	1	4	20	1.09
22690428--22690620	50	3.9	50	78	3	176	28	22	27	21	1.99
22690491--22690611	49	2.4	50	82	4	147	30	19	26	23	1.98
22690822--22690849	12	2.3	12	100	0	56	57	7	17	17	1.62
22697446--22697474	12	2.4	12	100	0	58	27	34	6	31	1.83
22705493--22705523	14	2.2	14	94	0	53	48	12	0	38	1.42
22707527--22707823	50	5.8	50	81	3	292	28	21	26	23	1.99
22713785--22713827	22	1.9	23	85	4	61	58	9	0	32	1.30
22713843--22713882	18	2.2	18	86	8	55	32	5	0	62	1.17
22736825--22737105	50	5.5	50	81	6	280	24	28	19	27	1.99
22737033--22737125	48	1.9	48	80	4	107	26	26	21	24	1.99
22741033--22741146	25	4.6	25	82	5	115	33	21	23	21	1.97
22741065--22741149	25	3.4	25	88	0	125	34	21	25	18	1.96
22746733--22746759	14	1.9	14	100	0	54	7	0	33	59	1.25
22762021--22762119	20	4.9	20	82	4	110	39	20	30	10	1.85
22771803--22771892	44	2.0	44	97	0	171	34	25	13	26	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22776897--22776938	20	2.0	21	90	4	68	23	28	16	30	1.96
22776987--22777015	13	2.1	14	93	6	51	27	0	13	58	1.36
22781871--22781912	20	2.0	21	86	4	59	26	28	14	30	1.95
22781961--22781989	13	2.1	14	93	6	51	27	0	13	58	1.36
22785498--22785833	23	14.5	23	65	11	116	46	13	1	38	1.53
22785529--22786341	92	8.8	90	80	6	801	45	16	1	36	1.57
22785466--22786016	185	3.0	186	84	2	628	45	15	1	37	1.56
22785582--22786332	184	4.1	184	88	1	939	45	17	1	36	1.58
22787094--22787127	12	2.8	12	100	0	68	61	14	23	0	1.33
22787149--22787184	15	2.3	16	90	4	56	5	27	0	66	1.13
22787441--22787481	2	20.5	2	100	0	82	48	0	51	0	1.00
22787481--22787510	2	15.0	2	100	0	60	0	0	50	50	1.00
22788022--22788062	23	1.9	23	85	14	61	41	9	0	48	1.36
22791806--22792004	107	1.9	106	90	3	319	32	25	13	29	1.94
22792764--22792839	5	14.4	5	70	10	53	73	2	3	19	1.11
22792787--22792839	11	4.8	11	77	13	56	79	1	1	16	0.92
22796789--22796865	16	4.4	16	72	20	64	35	5	12	46	1.65
22796829--22796866	16	2.4	16	95	0	67	34	2	13	50	1.55
22798638--22798668	15	2.1	15	93	0	53	38	6	22	32	1.80
22799099--22799268	85	2.0	85	96	0	313	35	11	8	44	1.71
22800227--22800283	19	2.7	20	82	15	62	50	0	3	45	1.18
22804447--22804513	34	1.9	35	84	3	91	35	5	10	47	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22806603--22806634	15	2.1	16	94	5	57	34	0	0	65	0.93
22812297--22812389	18	5.2	18	88	0	141	32	16	23	27	1.96
22812297--22812389	36	2.6	36	91	0	159	32	16	23	27	1.96
22829843--22829896	25	2.2	25	82	0	63	25	20	18	35	1.95
22830676--22830754	25	3.2	25	80	7	79	26	21	20	31	1.98
22830692--22830758	25	2.7	25	81	9	82	28	23	20	26	1.99
22833816--22833936	27	4.5	27	88	4	163	25	26	18	29	1.98
22833819--22833970	27	5.6	27	86	5	146	25	25	16	32	1.96
22836907--22836988	42	2.0	42	87	4	121	21	29	21	26	1.99
22837778--22837825	22	2.2	22	85	7	62	29	20	6	43	1.76
22842212--22842396	79	2.3	80	82	7	216	25	22	27	24	2.00
22842213--22842396	40	4.6	39	80	9	203	25	22	27	24	2.00
22842213--22842429	79	2.7	79	80	7	192	26	21	27	24	1.99
22858381--22858584	40	5.1	38	81	8	196	25	21	27	25	1.99
22858382--22858565	79	2.3	81	83	7	234	25	21	27	25	1.99
22858382--22858598	79	2.7	79	81	7	201	26	21	27	24	1.99
22867078--22867461	50	7.7	50	88	3	517	27	21	29	21	1.98
22876630--22876758	49	2.7	46	84	10	147	39	18	24	17	1.91
22876633--22876758	22	5.3	24	82	10	145	38	19	24	17	1.92
22883844--22883969	22	5.3	24	81	10	120	38	19	25	15	1.92
22883888--22883979	25	3.7	26	75	10	75	36	20	26	16	1.93
22885034--22885073	5	7.6	5	83	10	53	60	0	0	40	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22885034--22885074	16	2.6	16	92	0	73	60	0	0	39	0.96
22885039--22885068	8	3.8	8	90	0	51	60	0	0	40	0.97
22888472--22888516	23	1.9	24	86	4	65	15	8	4	71	1.28
22891431--22891651	25	8.6	25	69	17	114	38	23	13	24	1.91
22891509--22891627	26	4.6	26	73	12	93	37	25	12	24	1.90
22891424--22891606	50	3.6	51	87	2	217	39	24	13	22	1.90
22891509--22891653	78	1.9	77	85	7	204	37	24	13	25	1.91
22897209--22897243	6	5.7	6	96	3	61	71	14	0	14	1.15
22900248--22900294	21	2.3	21	85	3	60	48	17	0	34	1.47
22902098--22902143	24	2.0	24	87	12	69	21	19	26	32	1.97
22905087--22905204	39	3.0	39	91	2	175	16	33	16	33	1.92
22905112--22905173	20	3.2	20	73	13	74	14	40	17	27	1.89
22905070--22905184	19	5.9	20	70	12	78	14	33	18	33	1.91
22907227--22907275	10	4.8	10	85	11	55	32	0	4	63	1.13
22915441--22915474	18	1.9	18	88	5	52	73	8	5	11	1.24
22926579--22926708	63	2.1	63	98	0	251	44	8	26	20	1.80
22928010--22928133	29	4.2	29	69	13	72	36	16	20	25	1.94
22928093--22928234	61	2.3	60	82	5	169	34	16	21	26	1.95
22928022--22928197	90	2.0	90	85	4	239	36	15	21	26	1.93
22928100--22928234	60	2.2	61	85	1	173	33	17	21	27	1.96
22937609--22937638	12	2.5	12	94	0	51	6	30	40	23	1.80
22940572--22940619	23	2.1	23	100	0	96	39	16	12	31	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22943095--22943287	50	3.7	50	80	4	197	26	21	29	22	1.99
22943550--22943588	20	2.0	20	89	0	60	53	2	25	17	1.56
22949420--22949448	15	1.9	15	100	0	58	27	13	0	58	1.36
22949736--22949925	49	3.7	50	82	5	184	26	22	28	22	1.99
22950190--22950228	20	2.0	20	89	0	60	53	2	25	17	1.56
22966553--22966730	27	6.6	27	85	3	214	30	28	14	26	1.95
22966574--22966729	82	1.9	81	89	3	242	30	28	14	26	1.95
22976271--22976389	58	2.1	58	95	0	211	17	15	20	47	1.83
22978205--22978293	43	2.1	43	89	0	133	32	28	15	23	1.95
22982832--22982883	21	2.4	21	75	15	52	36	42	0	21	1.53

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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