genome.fa.s25.2.7.7.80.10.50.1000.75.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  63843421

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   

This is table  75  of  214  ( 25680 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21349313--21349366	20	2.7	20	82	0	63	24	20	18	37	1.94
21349313--21349386	30	2.5	30	86	8	98	21	20	18	39	1.93
21349313--21349377	20	3.2	20	71	16	53	23	21	16	38	1.93
21350992--21351066	13	5.5	13	74	13	62	74	4	6	14	1.17
21350992--21351051	15	4.3	14	76	12	61	75	5	5	15	1.15
21351002--21351066	30	2.2	30	83	5	78	73	3	7	15	1.18
21351044--21351119	30	2.6	28	76	8	80	67	7	14	10	1.42
21350992--21351081	43	2.1	42	82	10	103	73	5	7	13	1.23
21352040--21352071	15	2.1	16	94	5	57	71	0	21	6	1.07
21352154--21352187	18	1.9	18	88	5	52	52	2	35	8	1.47
21353453--21353506	20	2.7	20	82	0	63	24	20	18	37	1.94
21353453--21353526	30	2.5	30	86	8	98	21	20	18	39	1.93
21353453--21353517	20	3.2	20	71	16	53	23	21	16	38	1.93
21358949--21358988	18	2.2	18	86	4	53	12	27	0	60	1.33
21360050--21360105	16	3.6	16	87	4	87	23	10	5	60	1.50
21360143--21360179	13	2.8	13	95	0	65	13	0	8	78	0.96
21360497--21360590	46	2.0	46	93	4	163	35	22	18	24	1.96
21365394--21365458	20	3.3	19	73	16	51	38	16	21	23	1.93
21367234--21367296	33	1.9	33	84	12	85	12	26	6	53	1.62
21367311--21367418	6	17.8	6	70	7	76	6	17	2	73	1.17
21367294--21367349	21	2.7	21	72	5	51	8	17	1	71	1.21
21367293--21367403	28	4.2	26	72	18	86	8	18	2	70	1.25
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21367293--21367349	14	4.1	14	75	16	57	8	17	1	71	1.19
21367313--21367369	17	3.9	15	78	19	50	8	19	0	71	1.11
21368548--21368594	20	2.3	20	85	0	67	29	36	12	21	1.91
21370090--21370147	14	4.6	12	76	17	55	70	3	5	20	1.21
21370101--21370147	14	3.4	14	79	2	60	72	4	4	19	1.18
21370090--21370147	26	2.2	26	90	9	91	70	3	5	20	1.21
21371169--21371226	17	3.4	17	78	4	62	72	6	15	5	1.24
21371223--21371283	14	4.2	14	82	16	63	70	1	19	8	1.21
21371352--21371457	48	2.2	47	85	9	135	59	1	24	14	1.45
21373123--21373169	20	2.3	20	85	0	67	29	36	12	21	1.91
21374545--21374610	15	4.6	15	71	16	50	4	15	6	74	1.18
21374588--21374650	12	4.8	12	74	16	54	17	7	3	71	1.23
21374544--21374609	29	2.3	28	82	12	80	4	15	4	75	1.12
21374589--21374650	14	4.5	14	75	15	58	16	8	3	72	1.21
21376939--21376976	10	3.8	10	83	13	51	28	31	18	21	1.97
21376938--21376975	20	1.9	20	94	0	67	28	34	18	18	1.95
21376939--21376999	20	3.0	20	83	9	63	29	27	14	27	1.95
21376949--21376995	10	4.6	10	80	15	51	31	27	14	25	1.95
21377482--21377506	13	1.9	13	100	0	50	16	32	16	36	1.90
21380554--21380607	24	2.2	25	78	15	60	11	22	3	62	1.43
21384349--21384420	18	3.9	18	76	8	65	6	9	5	77	1.11
21384395--21384454	15	3.9	16	78	14	63	15	8	6	70	1.33
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21384412--21384448	13	2.6	14	91	8	58	16	8	2	72	1.19
21384411--21384449	14	2.7	15	84	15	55	15	7	2	74	1.15
21386975--21387039	20	3.3	19	73	16	51	38	16	21	23	1.93
21389923--21389985	21	3.0	21	88	2	81	33	31	4	30	1.78
21396605--21396648	20	2.2	20	83	0	52	25	11	31	31	1.91
21400701--21400765	20	3.3	19	73	16	51	38	16	21	23	1.93
21402031--21402064	18	1.9	18	88	5	52	8	35	2	52	1.47
21402147--21402178	15	2.1	16	94	5	57	6	21	0	71	1.07
21403097--21403233	33	4.6	30	75	19	101	11	10	5	72	1.28
21403121--21403174	16	3.6	15	83	14	67	5	14	5	74	1.19
21403197--21403232	14	2.7	13	91	4	54	8	2	5	83	0.89
21404839--21404903	20	3.3	19	73	16	51	38	16	21	23	1.93
21408046--21408094	25	2.0	25	88	8	73	75	2	8	14	1.12
21408047--21408093	11	3.8	12	83	13	51	76	2	8	12	1.09
21408047--21408094	14	3.7	13	81	16	55	77	2	8	12	1.08
21411289--21411329	17	2.4	18	80	8	50	14	24	4	56	1.58
21411260--21411313	24	2.2	25	78	15	60	11	22	3	62	1.43
21413558--21413614	14	3.9	15	88	6	82	14	7	8	70	1.33
21413559--21413631	28	2.6	28	83	10	96	16	8	6	68	1.36
21413560--21413628	14	4.9	14	82	10	79	14	7	5	72	1.25
21420256--21420310	20	2.7	19	86	10	74	27	29	14	29	1.95
21422292--21422351	12	5.1	12	80	11	70	73	3	5	18	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21422408--21422452	17	2.6	18	85	7	65	73	4	6	15	1.21
21424819--21424873	20	2.8	20	88	0	83	25	29	16	29	1.97
21426934--21426988	20	2.8	20	88	0	83	25	29	16	29	1.97
21428784--21428813	11	2.7	11	94	0	51	76	6	3	13	1.11
21430343--21430372	16	1.9	15	93	6	51	20	3	33	43	1.68
21432633--21432687	20	2.8	20	88	0	83	25	29	16	29	1.97
21434585--21434650	33	2.0	33	82	8	80	33	16	22	27	1.96
21436554--21436593	11	3.7	11	90	3	64	12	2	7	77	1.07
21436552--21436603	10	4.8	11	83	9	54	11	5	5	76	1.13
21437571--21437617	20	2.3	20	85	0	67	29	36	12	21	1.91
21437728--21437763	18	2.0	18	100	0	72	38	5	16	38	1.72
21439390--21439496	56	1.9	56	86	3	153	25	20	13	41	1.88
21440122--21440176	20	2.8	20	88	0	83	29	16	29	25	1.97
21440784--21440808	11	2.3	11	100	0	50	16	0	8	76	1.02
21445286--21445321	13	2.7	13	95	4	63	80	0	8	11	0.90
21449097--21449153	24	2.4	24	72	0	60	21	3	33	42	1.70
21451740--21451781	17	2.4	18	80	7	52	57	4	23	14	1.56
21451757--21451810	23	2.2	25	78	15	60	62	3	22	11	1.43
21452697--21452734	10	3.8	10	83	13	51	28	31	18	21	1.97
21452696--21452733	20	1.9	20	94	0	67	28	34	18	18	1.95
21454464--21454495	13	2.5	13	95	5	57	84	6	3	6	0.86
21455423--21455457	18	1.9	18	88	11	54	57	0	20	22	1.41
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21457100--21457137	10	3.8	10	83	13	51	28	31	18	21	1.97
21457099--21457136	20	1.9	20	94	0	67	28	34	18	18	1.95
21462503--21462599	30	3.2	30	75	2	106	27	26	16	28	1.97
21463498--21463546	20	2.3	20	82	10	53	32	8	14	44	1.74
21464202--21464266	20	3.2	20	77	12	62	80	3	9	7	1.01
21464219--21464267	10	4.9	10	79	16	57	79	2	10	8	1.01
21465293--21465323	12	2.6	12	100	0	62	45	12	16	25	1.83
21467500--21467596	30	3.2	30	75	2	106	27	26	16	28	1.97
21468494--21468542	20	2.3	20	82	10	53	32	8	14	44	1.74
21473867--21473922	20	2.8	21	80	20	66	33	12	23	30	1.92
21475956--21476018	33	1.9	33	84	12	85	12	25	6	55	1.60
21476016--21476071	21	2.7	21	72	5	51	8	17	1	71	1.21
21476015--21476071	14	4.1	14	75	16	57	8	17	1	71	1.19
21476078--21476136	18	3.3	18	80	0	73	5	16	6	71	1.26
21476033--21476140	6	17.7	6	68	5	65	6	19	3	70	1.25
21477177--21477229	15	3.5	15	75	14	56	3	15	5	75	1.13
21477162--21477234	30	2.4	31	79	9	78	8	15	5	71	1.29
21477221--21477257	11	3.4	11	88	0	56	16	5	5	72	1.21
21478613--21478668	20	2.8	21	80	20	66	33	12	23	30	1.92
21480701--21480763	33	1.9	33	84	12	85	12	25	6	55	1.60
21480761--21480816	21	2.7	21	72	5	51	8	17	1	71	1.21
21480760--21480816	14	4.1	14	75	16	57	8	17	1	71	1.19
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21480823--21480881	18	3.3	18	80	0	73	5	16	6	71	1.26
21480778--21480885	6	17.7	6	68	5	65	6	19	3	70	1.25
21481915--21481964	14	3.5	14	75	20	50	4	16	6	74	1.17
21481958--21481992	11	3.2	11	91	0	52	14	5	5	74	1.19
21483347--21483402	20	2.8	21	80	20	66	33	12	23	30	1.92
21485418--21485480	33	1.9	33	84	12	85	12	25	6	55	1.60
21485545--21485611	18	3.6	18	78	9	73	7	17	4	70	1.28
21485495--21485590	6	15.0	6	68	16	50	7	20	3	68	1.27
21486624--21486685	14	4.6	14	69	23	53	4	16	6	72	1.23
21486608--21486684	28	2.7	28	75	13	77	7	14	5	72	1.24

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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