genome.fa.s22.2.7.7.80.10.50.1000.17.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr2
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  50190067

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          161   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5769015--5769177	52	3.1	52	77	3	157	23	14	25	36	1.93
5769015--5769194	26	6.9	25	72	8	119	23	13	25	36	1.92
5769028--5769194	78	2.1	78	83	0	199	23	13	25	37	1.92
5774094--5774138	24	1.9	24	86	4	65	44	2	2	51	1.26
5774298--5774355	27	2.2	26	78	6	62	24	8	10	56	1.60
5782159--5782202	18	2.4	18	84	0	52	4	34	13	47	1.63
5785477--5785509	6	5.5	6	100	0	66	48	0	33	18	1.48
5785997--5786059	32	2.0	31	90	3	99	42	7	19	30	1.79
5786691--5786730	21	2.0	20	85	5	53	65	2	5	27	1.27
5786746--5786791	24	1.9	24	86	0	65	71	2	4	21	1.14
5796340--5796421	40	2.0	40	88	4	121	36	23	10	29	1.89
5802141--5802350	40	5.3	39	89	4	251	25	21	27	25	1.99
5802088--5802350	120	2.2	120	82	4	318	25	21	27	25	1.99
5802089--5802385	80	3.7	80	82	6	239	26	21	27	24	1.99
5810091--5810300	40	5.3	39	89	4	242	25	21	27	25	1.99
5810038--5810300	120	2.2	120	82	4	309	25	21	27	25	1.99
5810039--5810335	80	3.7	80	81	6	230	26	21	27	24	1.99
5816936--5816971	17	2.1	17	89	0	54	19	2	8	69	1.27
5816958--5816998	17	2.4	17	87	4	55	46	0	0	53	1.00
5817679--5817714	16	2.2	16	90	5	54	47	27	2	22	1.65
5822097--5822176	41	2.0	41	97	0	151	50	21	6	22	1.71
5822550--5822580	14	2.2	14	100	0	62	38	45	0	16	1.47
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5823731--5823849	60	2.0	61	96	1	222	47	10	13	28	1.77
5828962--5829016	21	2.8	19	84	13	60	67	0	9	23	1.19
5829460--5829623	39	4.2	40	82	9	176	14	18	28	39	1.90
5830827--5830865	18	2.2	18	100	0	78	25	0	23	51	1.49
5831451--5831525	21	3.6	21	89	7	116	13	24	20	42	1.87
5831442--5831524	42	2.0	42	90	0	130	13	24	19	43	1.86
5832589--5832627	20	1.9	21	89	5	62	35	15	2	46	1.60
5839235--5839381	47	3.0	50	90	7	246	26	24	7	41	1.81
5841761--5841809	22	2.2	22	92	0	80	32	22	4	40	1.73
5841799--5841827	12	2.4	12	100	0	58	48	6	6	37	1.57
5842886--5843053	25	6.8	25	81	4	169	31	21	20	26	1.98
5843597--5844815	320	3.9	320	81	12	1744	37	18	18	25	1.93
5843957--5844516	280	2.0	280	98	0	1075	38	17	18	25	1.92
5843637--5844815	600	2.0	600	99	0	2313	38	18	18	25	1.93
5852616--5852659	22	2.0	21	86	4	61	20	11	27	40	1.86
5864826--5864942	52	2.5	43	75	22	135	27	11	25	35	1.91
5864840--5864944	52	2.0	52	98	0	201	26	12	26	34	1.92
5880956--5881036	25	3.3	25	72	10	78	29	22	29	18	1.97
5881015--5881083	26	2.7	26	76	0	75	39	21	24	14	1.91
5881744--5881785	20	2.1	20	86	0	57	35	9	2	52	1.47
5885809--5885846	16	2.4	16	95	0	67	36	0	31	31	1.58
5885825--5885915	45	2.0	45	89	2	139	30	5	28	35	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5885825--5885934	45	2.6	43	81	9	138	32	5	29	32	1.80
5886065--5886466	120	3.3	120	94	0	671	49	4	2	43	1.37
5886094--5886414	61	5.3	60	67	17	200	48	5	2	42	1.42
5892092--5892122	6	5.0	6	92	7	53	19	0	16	64	1.29
5904314--5904444	66	2.0	66	98	0	253	30	18	17	33	1.94
5904492--5904639	76	1.9	77	89	4	228	33	9	9	47	1.68
5906782--5906816	5	6.8	5	87	6	52	80	0	20	0	0.72
5906781--5906823	16	2.6	16	88	3	68	79	0	18	2	0.85
5910176--5910203	10	2.8	10	100	0	56	10	32	0	57	1.33
5910418--5910466	24	2.0	24	100	0	98	40	12	20	26	1.87
5911683--5911725	9	4.6	9	80	8	50	25	0	2	72	0.97
5911668--5911732	29	2.4	27	85	10	87	32	1	1	64	1.12
5911737--5911801	20	3.3	19	79	12	69	43	0	6	50	1.27
5913412--5913506	47	2.0	47	97	0	181	26	23	17	32	1.97
5914099--5914196	49	2.0	49	97	0	187	29	19	20	30	1.97
5915031--5915124	47	2.0	47	97	0	179	27	21	20	30	1.98
5915869--5915896	14	2.0	14	100	0	56	21	57	7	14	1.61
5918443--5918500	27	2.1	27	84	6	73	24	27	18	29	1.98
5924633--5924674	16	2.7	15	76	23	50	21	33	0	45	1.52
5931122--5931696	230	2.5	230	99	0	1141	31	18	16	34	1.92
5931582--5932348	381	2.0	381	99	0	1527	32	19	11	36	1.88
5934334--5934532	46	4.6	46	81	13	260	28	22	15	33	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5934424--5934496	36	2.0	36	94	0	128	27	20	16	35	1.94
5934378--5934532	82	1.9	82	97	0	292	29	21	14	34	1.93
5940733--5940798	30	2.2	30	82	10	82	31	4	6	57	1.43
5943430--5943485	20	2.8	19	76	7	58	60	0	3	35	1.14
5951962--5952077	57	2.0	57	94	0	205	29	11	13	45	1.78
5954575--5954694	32	3.8	32	81	9	138	40	11	8	39	1.72
5955472--5955536	32	2.0	32	96	0	121	27	30	15	26	1.96
5955483--5955540	16	3.4	18	72	18	61	27	29	17	25	1.97
5956216--5956263	5	9.6	5	95	0	87	37	0	2	60	1.09
5963815--5963924	37	2.8	39	82	9	134	31	22	20	25	1.98
5964798--5964836	15	2.5	16	87	8	62	0	25	0	74	0.82
5966294--5966463	13	12.8	13	71	18	111	35	16	2	45	1.63
5966294--5966464	27	6.4	27	71	18	101	35	16	2	45	1.62
5966292--5966464	40	4.3	40	88	4	260	34	16	2	45	1.63
5968904--5969094	25	7.6	25	69	15	108	27	17	24	30	1.97
5968905--5969106	50	4.0	50	82	5	230	28	17	23	30	1.97
5974311--5974354	18	2.5	17	78	10	52	40	15	2	40	1.60
5981247--5981327	7	10.9	7	81	13	83	25	3	0	70	1.04
5981247--5981320	4	18.5	4	70	25	50	25	2	0	71	0.99
5981257--5981318	17	3.9	16	85	10	83	27	3	0	69	1.04
5982959--5982994	15	2.5	14	91	8	63	50	0	5	44	1.25
5991364--5991402	20	1.9	21	94	5	71	43	0	0	56	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5991378--5991409	12	2.7	12	95	0	55	43	0	0	56	0.99
5991366--5991498	61	2.2	59	81	10	164	44	3	2	49	1.32
5992046--5992097	25	2.1	25	100	0	104	42	3	15	38	1.65
5994704--5994742	19	2.1	19	90	0	60	46	10	15	28	1.78
5999975--6000097	40	3.2	39	71	15	112	20	22	24	32	1.98
5999998--6000121	35	3.4	35	74	12	124	20	22	22	34	1.97
5999955--6000234	75	3.7	75	85	1	348	22	20	21	36	1.95
6007880--6007978	47	2.1	47	90	0	153	19	13	22	45	1.84
6009947--6010106	42	3.8	42	76	6	144	17	25	16	41	1.89
6009950--6010106	84	1.9	84	81	5	192	17	25	16	40	1.90
6012553--6012585	16	2.1	16	100	0	66	72	12	0	15	1.12
6014554--6014584	15	2.1	15	100	0	62	22	32	6	38	1.80
6017522--6018639	559	2.0	558	97	0	2121	20	28	17	33	1.95
6018507--6018536	15	2.0	15	93	0	51	23	46	6	23	1.75
6023293--6023349	26	2.2	26	81	12	64	43	22	19	14	1.86
6027405--6027443	13	2.7	14	84	15	53	76	2	5	15	1.06
6028646--6028733	39	2.3	39	86	2	124	42	3	6	47	1.47
6035330--6035410	41	1.9	43	90	5	130	67	0	1	30	0.98
6036583--6036643	13	4.6	14	82	11	67	39	18	0	42	1.50
6036568--6036652	40	2.1	40	82	4	100	37	18	1	42	1.58
6036596--6036664	27	2.6	25	82	13	84	33	20	0	46	1.51
6036596--6036664	13	5.2	13	82	6	68	33	20	0	46	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6036585--6036664	40	2.0	40	85	4	108	36	21	0	42	1.53
6043100--6043231	51	2.6	51	85	2	167	26	17	25	30	1.97
6043054--6043237	102	1.8	101	86	3	262	25	17	26	29	1.98
6052544--6052726	51	3.6	51	76	5	165	25	17	26	31	1.97
6052544--6052736	101	1.9	101	86	3	271	24	17	26	30	1.97
6057794--6057842	19	2.6	19	87	9	66	28	10	24	36	1.88
6057807--6057848	19	2.2	19	83	8	50	35	7	26	30	1.83
6065062--6065100	18	2.1	19	85	9	53	2	7	12	76	1.09
6068322--6068406	3	28.3	3	82	0	107	67	1	4	27	1.18
6069365--6069476	44	2.5	44	82	2	136	29	21	18	30	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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