genome.fa.s22.2.7.7.80.10.50.1000.90.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr2
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  50190067

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   

This is table  90  of  161  ( 19208 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28487984--28488641	23	28.7	23	72	12	381	32	3	23	40	1.73
28488057--28488529	184	2.6	183	87	2	673	33	4	22	39	1.74
28493366--28493408	20	2.2	20	83	8	52	23	4	20	51	1.66
28501249--28501279	16	2.0	15	93	6	53	35	0	25	38	1.56
28504501--28504536	16	2.2	16	90	0	54	22	13	13	50	1.77
28504646--28504711	29	2.3	29	79	7	71	34	16	6	42	1.73
28504941--28504984	20	2.3	19	88	11	63	54	0	40	4	1.21
28505067--28505091	13	1.9	13	100	0	50	64	0	36	0	0.94
28505409--28505440	11	2.9	11	90	0	55	87	0	12	0	0.54
28505407--28505443	15	2.5	14	91	8	56	89	0	10	0	0.49
28505409--28505443	7	4.9	7	86	6	52	88	0	11	0	0.51
28505407--28505443	18	2.1	17	90	5	56	89	0	10	0	0.49
28505405--28505442	12	3.1	12	85	14	51	86	0	13	0	0.56
28517679--28518634	79	12.2	77	84	7	1182	27	16	19	35	1.94
28517679--28518634	155	6.1	153	85	6	1167	27	16	19	35	1.94
28519018--28519204	93	2.0	93	98	0	365	24	24	19	32	1.97
28524774--28524818	13	3.6	12	79	8	54	60	2	0	37	1.09
28525371--28525409	20	1.9	21	89	5	62	43	0	0	56	0.99
28526347--28526420	28	2.6	28	89	2	103	29	16	10	43	1.82
28528265--28528336	33	2.2	33	85	7	94	25	0	13	61	1.33
28528531--28528611	30	2.8	29	79	7	94	62	2	0	34	1.08
28528542--28528599	20	2.8	19	84	10	62	60	3	0	36	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28528529--28528613	10	8.8	10	69	14	54	62	2	0	35	1.08
28528569--28528606	20	2.0	20	89	5	60	65	2	0	31	1.06
28530714--28530757	21	2.1	21	100	0	88	38	9	13	38	1.77
28530713--28530768	21	2.8	19	87	10	85	37	8	16	37	1.80
28530726--28530791	23	3.0	23	82	12	77	37	6	16	39	1.74
28530757--28530801	23	2.0	23	86	4	65	33	4	15	46	1.66
28531217--28531256	3	13.3	3	84	10	55	32	0	0	67	0.91
28531201--28531255	15	3.7	15	74	16	53	30	0	1	67	1.01
28531203--28531254	12	4.1	12	80	14	52	28	0	1	69	0.99
28534189--28534226	19	2.0	20	85	15	53	71	2	5	21	1.19
28541427--28541468	20	2.1	20	95	0	75	23	14	28	33	1.94
28552980--28553028	26	1.9	26	83	4	64	48	14	6	30	1.67
28554611--28554664	19	2.8	19	94	0	99	37	16	9	37	1.81
28554588--28554664	38	1.9	40	87	10	113	38	16	7	36	1.78
28557455--28557482	14	2.0	14	100	0	56	14	14	0	71	1.15
28557479--28557552	6	13.2	6	78	18	72	33	1	17	47	1.56
28557480--28557556	11	7.5	11	79	15	94	33	1	18	46	1.57
28557474--28557552	30	2.6	30	83	13	99	32	2	16	48	1.60
28557494--28557555	5	12.0	5	76	17	56	33	1	17	46	1.58
28557480--28557556	20	3.8	21	83	16	108	33	1	18	46	1.57
28559326--28559419	31	3.0	31	93	3	161	32	8	14	43	1.76
28568231--28568326	31	3.1	31	95	3	174	31	9	13	45	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28578933--28578967	10	3.6	10	92	3	54	62	5	0	31	1.18
28591388--28591453	32	2.0	33	85	2	89	33	7	24	34	1.84
28596444--28596665	101	2.2	100	79	10	236	25	16	28	29	1.97
28596480--28596660	51	3.6	51	78	6	163	23	19	27	29	1.98
28596673--28596760	45	2.0	45	93	0	149	26	17	22	34	1.96
28611915--28612109	69	2.8	69	83	3	259	35	17	23	23	1.95
28614673--28614705	14	2.3	15	89	5	50	0	24	0	75	0.80
28616944--28617037	25	3.8	25	78	13	97	28	23	22	25	1.99
28622045--28622081	18	2.1	18	100	0	74	43	10	10	35	1.75
28622272--28622320	19	2.6	18	75	12	53	46	8	2	42	1.45
28629483--28629604	63	2.0	61	96	3	226	29	9	5	55	1.54
28630588--28630626	20	1.9	20	89	5	60	23	20	17	38	1.93
28631518--28631545	7	4.0	7	100	0	56	14	0	0	85	0.59
28634934--28635055	63	1.9	63	91	3	201	38	9	6	45	1.62
28635831--28635881	27	1.9	27	92	4	86	29	1	0	68	1.00
28646526--28646580	23	2.4	23	73	11	58	27	20	21	30	1.98
28657403--28657432	12	2.5	12	100	0	60	6	26	40	26	1.81
28658579--28658665	25	3.5	24	76	6	84	25	21	22	29	1.99
28664074--28664119	24	1.9	24	86	0	65	50	17	8	23	1.74
28666214--28666328	49	2.3	49	80	5	117	23	23	33	20	1.97
28689908--28690015	53	2.0	53	92	0	180	24	27	32	15	1.95
28693416--28693660	27	9.1	26	81	2	238	21	18	19	40	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28693419--28693661	81	3.0	81	83	1	281	21	18	19	39	1.92
28702056--28702133	36	2.2	36	92	0	129	52	8	3	34	1.51
28707284--28707547	40	6.7	40	89	5	360	25	27	21	25	1.99
28714226--28714362	51	2.7	50	82	7	170	29	17	22	30	1.97
28714218--28714362	25	5.8	25	78	4	148	29	18	22	29	1.97
28738832--28738925	29	3.4	28	78	11	86	30	2	1	65	1.11
28738842--28738943	27	3.8	26	71	11	73	33	1	1	62	1.17
28738840--28738925	27	3.1	27	74	14	77	31	2	1	65	1.13
28738861--28738899	19	2.2	17	86	9	51	25	2	0	71	0.98
28739001--28739323	89	3.5	90	80	9	334	32	10	21	36	1.87
28742461--28742543	38	2.2	38	91	0	130	16	18	28	36	1.93
28756149--28757045	449	2.0	448	93	1	1546	32	15	17	34	1.91
28758372--28758585	107	2.0	108	88	4	326	23	18	13	45	1.84
28759084--28759297	107	2.0	108	88	4	326	23	18	13	45	1.84
28757936--28759902	712	2.8	712	98	0	3819	37	12	11	38	1.79
28761971--28762019	24	2.0	24	100	0	98	30	12	4	53	1.57
28766320--28766358	19	2.1	19	85	0	51	66	0	0	33	0.92
28766920--28766956	9	4.1	9	92	0	65	45	13	10	29	1.77
28786905--28786986	42	2.0	42	82	4	103	31	23	14	30	1.94
28786946--28787038	47	2.0	48	86	2	134	33	27	15	23	1.95
28788842--28788972	66	2.0	66	96	0	244	42	13	7	35	1.73
28790146--28790431	44	6.6	44	75	7	223	30	29	17	22	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28790844--28791011	84	2.0	84	100	0	336	28	20	25	26	1.99
28791707--28791733	5	5.4	5	100	0	54	81	0	0	18	0.69
28792300--28792326	14	1.9	14	100	0	54	51	0	7	40	1.30
28794898--28794953	27	2.1	27	83	6	69	41	19	1	37	1.62
28795213--28795247	7	5.0	7	85	0	52	28	51	0	20	1.47
28795361--28795398	14	2.7	14	88	8	51	34	42	0	23	1.55
28795457--28795513	15	3.9	14	75	13	53	38	35	0	26	1.57
28795530--28795562	14	2.3	15	94	5	59	36	33	0	30	1.58
28796356--28796387	16	2.0	16	93	0	55	37	15	6	40	1.73
28799235--28799267	15	2.2	15	94	0	57	30	21	6	42	1.77
28801419--28801450	17	1.9	17	93	6	57	0	12	6	81	0.87
28805664--28805734	36	2.0	35	94	2	124	23	9	29	36	1.87
28806116--28806188	37	2.0	37	91	0	119	30	9	35	24	1.87
28816063--28816125	32	2.0	32	96	0	117	33	17	4	44	1.70
28818520--28818567	23	2.1	23	96	0	87	37	8	20	33	1.83
28819774--28819825	20	2.6	20	93	0	86	50	0	28	21	1.49
28823969--28824033	33	2.0	33	84	6	87	9	26	0	64	1.23
28825113--28825173	20	3.0	20	79	9	70	21	21	19	37	1.94
28836562--28836652	43	2.1	44	95	2	166	51	2	20	25	1.59
28840550--28840596	22	2.1	22	84	7	60	4	21	0	74	0.99
28845145--28845292	27	5.6	26	78	5	127	44	16	16	22	1.86
28849542--28849731	50	3.8	50	77	6	172	22	26	21	30	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28857064--28857348	27	10.6	27	82	3	297	39	12	21	25	1.89
28865619--28865656	20	1.9	19	89	5	58	39	5	7	47	1.55
28880155--28880208	23	2.5	20	78	21	56	44	0	20	35	1.52
28891693--28892049	47	7.6	47	92	0	516	31	8	30	29	1.86
28904288--28904346	30	2.0	30	86	6	84	49	11	6	32	1.66
28910372--28910447	23	3.3	23	88	0	125	30	25	21	23	1.99
28910673--28910711	18	2.2	17	86	13	53	46	20	0	33	1.51
28915933--28916124	50	3.7	51	83	5	208	26	19	29	25	1.98
28925707--28925770	19	3.4	19	80	4	58	43	3	0	53	1.16
28925852--28925889	12	2.8	13	85	14	51	47	0	0	52	1.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161