genome.fa.s22.2.7.7.80.10.50.1000.77.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr2
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  50190067

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          161   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24144777--24144828	27	1.9	27	88	0	77	15	19	26	38	1.91
24147603--24147655	23	2.4	22	76	20	56	9	18	1	69	1.25
24152836--24152871	14	2.5	15	86	9	56	13	5	0	80	0.88
24153654--24153747	49	1.9	49	93	0	161	26	25	6	41	1.79
24155160--24155531	189	2.0	189	92	0	618	39	22	13	24	1.90
24159555--24159587	16	2.0	17	94	5	59	0	18	0	81	0.68
24159554--24159587	12	2.7	13	90	9	61	0	20	0	79	0.73
24169979--24170056	23	3.3	23	78	5	77	30	11	16	41	1.84
24170981--24171110	42	3.1	42	81	6	113	20	23	36	20	1.95
24170993--24171110	21	5.6	21	73	9	89	20	24	35	19	1.96
24171206--24171252	21	2.2	22	82	14	55	36	27	23	12	1.91
24179730--24179814	26	3.2	26	93	5	134	17	11	15	55	1.69
24183870--24184021	51	3.0	50	91	2	236	26	7	11	55	1.61
24185293--24185355	21	3.0	21	88	2	81	33	31	4	30	1.78
24186620--24186678	27	2.2	27	96	0	109	44	5	23	27	1.74
24190097--24190245	50	3.0	49	91	3	228	27	7	10	55	1.60
24196264--24196293	14	2.1	14	100	0	60	23	0	36	40	1.55
24199426--24199462	15	2.5	15	80	20	51	78	0	13	8	0.96
24209477--24209509	17	1.9	17	93	0	57	39	15	9	36	1.79
24210688--24210712	10	2.5	10	100	0	50	60	0	0	40	0.97
24218271--24218741	235	2.0	235	100	0	942	43	15	15	26	1.86
24220962--24221032	29	2.4	30	81	6	83	23	26	25	23	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24221084--24221156	14	5.1	14	69	14	51	21	21	28	27	1.99
24221140--24221200	29	2.1	29	84	0	77	22	26	27	22	1.99
24221192--24221249	27	2.1	28	84	9	75	24	24	25	25	2.00
24222826--24222997	79	2.2	79	84	3	220	25	21	27	25	1.99
24222773--24222995	40	5.6	39	81	8	209	25	21	27	25	1.99
24222853--24223030	79	2.2	80	80	3	191	25	21	28	24	1.99
24223911--24223962	14	3.9	13	75	10	52	21	28	28	21	1.98
24227883--24227919	11	3.5	11	85	7	58	70	0	0	29	0.88
24227883--24227924	21	2.0	22	95	4	77	69	0	0	30	0.89
24228106--24228161	22	2.5	22	82	0	67	62	8	10	17	1.52
24228106--24228145	11	3.6	11	86	0	53	60	7	10	22	1.54
24228779--24228855	27	2.9	26	75	12	77	51	6	7	33	1.56
24228793--24228841	25	2.0	25	84	8	64	55	4	6	34	1.44
24230651--24230701	21	2.5	21	76	20	54	35	0	3	60	1.15
24232045--24232197	74	2.1	75	98	1	299	25	16	25	32	1.97
24232281--24232343	28	2.2	28	85	0	81	38	1	3	57	1.24
24232568--24232629	32	1.9	32	83	0	79	40	17	11	30	1.85
24245532--24245655	28	4.4	28	83	0	131	34	14	23	27	1.94
24245560--24245753	28	7.0	28	78	5	112	34	17	20	28	1.95
24246049--24246173	61	2.0	61	98	0	241	33	16	19	30	1.94
24248698--24248774	37	2.1	37	100	0	154	35	5	27	32	1.79
24250573--24250616	23	1.9	22	82	17	54	38	22	0	38	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24250790--24250976	51	3.7	52	78	8	197	31	27	17	24	1.97
24251201--24251264	30	2.1	30	82	0	74	31	25	4	39	1.76
24257077--24257226	57	2.6	57	88	2	221	24	9	29	37	1.86
24257380--24257479	28	3.6	28	80	2	121	29	14	26	31	1.94
24257460--24257535	28	2.7	28	85	0	107	32	10	21	35	1.87
24264201--24264514	86	3.6	84	85	6	380	30	14	11	44	1.79
24264433--24264593	79	2.0	78	84	7	209	31	11	11	45	1.76
24269184--24269208	5	5.0	5	100	0	50	40	0	0	60	0.97
24274838--24274885	22	2.2	21	77	3	51	50	22	4	22	1.67
24285005--24285035	16	2.0	16	93	6	55	70	3	6	19	1.22
24284983--24285051	10	7.1	9	75	22	52	73	1	4	20	1.07
24285702--24285757	28	2.0	28	89	3	87	42	10	1	44	1.49
24285744--24286010	144	1.9	144	84	4	369	40	8	6	44	1.61
24286813--24286979	42	4.0	41	84	5	194	36	25	17	19	1.94
24293294--24293331	19	2.0	19	94	0	67	39	5	18	36	1.73
24307738--24307772	15	2.3	15	90	5	52	57	5	2	34	1.37
24310490--24310674	79	2.3	81	84	7	236	24	22	27	25	2.00
24310491--24310674	40	4.6	40	83	9	216	24	22	27	25	2.00
24310543--24310707	79	2.1	79	84	6	210	26	21	27	25	1.99
24318463--24318647	79	2.3	81	84	7	236	24	22	27	25	2.00
24318464--24318647	40	4.6	40	83	9	216	24	22	27	25	2.00
24318516--24318680	79	2.1	79	84	6	210	26	21	27	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24330544--24330601	30	1.9	30	82	0	71	13	31	31	24	1.94
24338904--24338941	6	6.2	6	82	17	51	81	2	0	15	0.80
24338905--24338931	14	1.9	14	100	0	54	81	3	0	14	0.82
24338909--24338961	24	2.2	25	80	16	58	79	3	3	13	1.01
24340413--24340442	15	1.9	16	93	6	53	66	16	3	13	1.37
24344498--24344523	12	2.2	12	100	0	52	19	0	7	73	1.07
24346688--24346868	91	2.0	91	98	0	353	27	28	9	35	1.88
24348155--24348318	69	2.3	70	90	4	251	30	29	19	20	1.97
24355390--24355545	33	4.6	34	69	24	105	35	28	19	17	1.94
24355284--24355548	102	2.6	103	88	0	406	31	29	20	18	1.96
24362547--24362572	9	2.9	9	100	0	52	30	34	0	34	1.58
24377344--24377381	15	2.5	15	87	8	51	42	13	0	44	1.43
24385923--24385993	35	2.0	35	100	0	142	49	2	8	39	1.48
24390205--24390237	17	1.9	17	93	0	57	63	15	6	15	1.49
24400558--24401034	237	2.0	236	98	0	927	33	14	13	37	1.86
24405642--24405671	16	1.9	16	93	6	53	30	0	20	50	1.49
24412590--24413391	401	2.0	401	100	0	1604	34	13	21	30	1.92
24418483--24418557	26	2.9	26	88	2	98	32	16	12	40	1.84
24418702--24418773	6	12.0	6	89	0	81	15	22	1	61	1.42
24418703--24418780	18	4.3	18	86	0	93	15	21	1	61	1.41
24418867--24418914	19	2.5	19	96	0	87	16	18	4	60	1.51
24424519--24424578	24	2.5	24	76	17	70	30	1	0	68	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24428897--24428925	15	1.9	15	100	0	58	55	0	0	44	0.99
24442459--24442530	27	2.7	27	78	6	76	33	15	18	33	1.92
24450238--24450378	44	3.2	43	79	10	151	32	5	22	39	1.78
24451855--24451894	17	2.4	17	100	0	80	30	27	7	35	1.84
24451900--24451929	11	2.7	11	94	0	51	50	3	6	40	1.45
24456668--24456808	50	2.8	51	80	7	164	26	17	24	31	1.97
24459733--24459873	40	3.5	40	94	0	255	26	17	23	32	1.96
24462693--24462785	43	2.2	43	88	3	143	26	18	25	29	1.98
24462707--24462958	85	3.0	84	82	7	303	26	21	21	30	1.98
24462750--24462977	43	5.3	43	89	3	309	26	22	20	30	1.98
24468923--24468965	21	2.0	21	81	0	50	51	4	4	39	1.44
24469042--24469096	27	2.0	27	85	0	74	58	0	5	36	1.21
24474249--24474313	13	5.1	13	74	10	71	26	6	30	36	1.81
24474249--24474313	25	2.5	26	80	11	89	26	6	30	36	1.81
24479719--24479743	9	2.8	9	100	0	50	44	0	12	44	1.41
24482516--24482639	43	2.9	43	84	4	169	28	25	18	27	1.98
24482599--24482673	38	1.9	39	86	2	107	30	24	18	26	1.98
24483043--24483138	43	2.3	43	85	1	122	45	10	12	31	1.76
24485472--24485574	29	3.5	29	68	15	84	66	7	13	11	1.43
24487107--24487266	7	22.7	7	74	13	69	41	37	0	20	1.57
24487165--24487245	21	3.9	21	81	0	81	39	41	0	18	1.51
24487232--24487260	15	1.9	15	100	0	58	44	34	0	20	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24487379--24487945	82	6.9	82	85	3	698	28	29	22	19	1.98
24487379--24487945	123	4.6	123	86	3	700	28	29	22	19	1.98
24487379--24487945	41	13.9	41	85	4	611	28	29	22	19	1.98
24487992--24488079	39	2.3	39	89	0	131	18	19	28	34	1.95
24489910--24489971	22	2.8	22	87	0	88	37	30	19	12	1.89
24501366--24501447	27	3.0	27	85	7	121	40	15	6	37	1.73
24501360--24501502	54	2.7	54	83	3	155	39	18	7	34	1.79
24501456--24501571	27	4.3	27	77	6	101	40	18	11	30	1.85
24501369--24501517	54	2.8	53	78	8	149	40	17	8	34	1.79
24501369--24501523	27	5.8	27	78	11	104	41	17	7	33	1.78

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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