genome.fa.s22.2.7.7.80.10.50.1000.72.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr2
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  50190067

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          161   

This is table  72  of  161  ( 19208 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22500391--22500541	55	2.7	55	88	2	223	27	13	28	30	1.94
22500391--22500541	82	1.8	82	91	0	248	27	13	28	30	1.94
22501582--22501725	72	2.0	72	98	0	279	21	22	28	27	1.99
22505906--22505967	21	3.0	21	82	0	70	11	30	25	32	1.91
22508829--22508875	21	2.4	19	83	13	67	29	25	23	21	1.99
22508838--22508877	21	1.9	21	100	0	80	30	25	22	22	1.99
22508838--22508890	21	2.5	20	88	8	63	30	24	22	22	1.99
22511673--22511788	57	2.1	56	88	4	162	32	17	25	23	1.96
22514739--22514768	16	1.9	16	93	6	53	36	20	6	36	1.79
22526506--22526545	21	1.9	21	85	10	55	42	0	0	57	0.98
22531695--22531780	22	3.9	22	81	6	84	19	26	16	37	1.93
22531709--22531793	44	1.9	44	81	9	102	18	28	15	37	1.91
22535047--22535114	27	2.5	27	76	11	68	32	16	25	26	1.96
22542664--22542897	51	4.6	51	78	7	251	30	26	17	26	1.97
22542662--22542892	101	2.3	101	84	3	286	30	26	16	25	1.97
22544549--22544576	4	7.0	4	100	0	56	75	0	0	25	0.81
22545936--22545988	23	2.4	22	76	20	56	9	18	1	69	1.25
22555625--22555670	19	2.5	19	79	10	51	19	19	4	56	1.58
22555859--22555916	18	3.0	19	82	12	73	8	22	1	67	1.27
22555914--22555970	20	2.6	21	72	16	53	12	22	1	63	1.38
22560813--22560888	35	2.1	35	87	2	107	30	27	13	28	1.94
22561714--22561784	35	2.0	35	100	0	142	33	15	19	30	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22562823--22562862	8	5.0	8	85	11	55	87	7	0	5	0.66
22562990--22563167	19	10.0	17	67	19	73	66	0	32	1	0.99
22562992--22563063	10	6.6	10	73	17	54	68	0	31	0	0.90
22562992--22563093	24	4.3	23	71	11	73	66	0	33	0	0.92
22562995--22563145	13	11.5	13	65	24	52	67	0	31	1	0.99
22563023--22563114	5	19.0	5	71	9	50	64	0	33	2	1.06
22562995--22563074	34	2.8	28	75	24	85	67	0	32	0	0.91
22563010--22563169	38	4.3	38	80	10	163	67	0	31	1	0.99
22563012--22563112	10	10.5	10	71	16	70	65	0	32	1	1.04
22563839--22563887	19	2.5	19	83	3	53	22	0	10	67	1.20
22563850--22563891	19	2.3	18	92	8	68	21	0	7	71	1.09
22563929--22563997	27	2.5	29	88	6	108	42	11	0	46	1.40
22568742--22568776	18	1.9	18	88	0	52	17	45	5	31	1.71
22568756--22568784	15	1.9	15	100	0	58	24	41	6	27	1.80
22569898--22569949	9	5.8	9	80	15	54	3	1	7	86	0.76
22569901--22569950	7	7.0	7	84	11	57	4	2	8	86	0.78
22569909--22569948	11	3.5	11	87	12	55	5	0	5	90	0.57
22569899--22569959	28	2.1	29	84	6	79	8	1	6	83	0.87
22569951--22570018	27	2.5	28	92	4	113	50	1	8	39	1.43
22574440--22574492	23	2.3	23	90	0	79	39	22	11	26	1.88
22575611--22575700	45	2.0	45	89	4	137	25	16	23	34	1.95
22589551--22589678	29	4.4	29	87	2	170	29	12	28	28	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22589550--22589678	58	2.2	58	89	4	190	29	12	29	28	1.93
22593985--22594045	29	2.1	29	85	8	81	32	14	24	27	1.95
22597678--22597707	13	2.3	13	94	0	51	46	10	0	43	1.37
22598058--22598366	135	2.3	135	81	5	356	22	17	13	46	1.82
22598058--22598366	45	6.9	45	84	3	318	22	17	13	46	1.82
22599916--22600097	49	3.7	49	79	5	213	25	18	27	29	1.98
22599923--22600105	100	1.8	100	93	0	321	24	18	27	29	1.98
22605261--22605621	46	7.8	46	70	15	278	29	28	19	22	1.98
22605268--22605625	93	3.8	93	98	0	671	28	28	20	22	1.98
22605315--22605570	47	5.5	47	73	15	262	29	28	19	22	1.98
22611110--22611281	93	1.8	93	92	2	292	28	29	20	21	1.98
22611103--22611278	46	3.8	45	78	12	180	29	28	20	21	1.98
22611700--22611758	30	1.9	30	82	3	73	25	23	6	44	1.78
22624404--22624460	27	2.1	27	83	0	69	36	17	21	24	1.94
22624593--22624634	22	1.9	22	90	0	66	19	11	26	42	1.85
22624533--22624676	76	1.9	76	86	0	207	24	20	18	36	1.95
22624510--22624923	103	4.0	103	96	1	735	25	20	18	35	1.95
22624635--22624779	76	1.9	76	86	0	209	24	22	18	34	1.96
22624696--22624737	22	1.9	22	90	0	66	19	14	23	42	1.87
22624739--22624882	76	1.9	76	86	0	207	24	21	19	34	1.96
22624799--22624840	22	1.9	22	90	0	66	19	11	26	42	1.85
22624440--22624921	27	18.4	27	77	8	449	24	20	18	36	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22628565--22628825	40	6.6	40	95	1	436	26	26	22	24	2.00
22636887--22637069	79	2.3	81	83	7	223	25	22	27	24	2.00
22636888--22637071	40	4.6	39	79	9	185	25	22	27	24	2.00
22642251--22642401	27	5.6	27	80	6	135	27	29	15	27	1.96
22646891--22647073	79	2.3	81	82	7	214	24	22	28	24	2.00
22646891--22647075	40	4.7	40	82	6	216	23	22	28	24	1.99
22649764--22649987	40	5.6	40	86	6	310	25	26	23	24	2.00
22649764--22649987	83	2.8	80	88	4	317	25	26	23	24	2.00
22653351--22653384	17	1.9	17	88	5	50	17	26	8	47	1.77
22654498--22654548	27	1.9	27	88	4	77	37	21	17	23	1.94
22654567--22654900	27	12.7	27	81	6	382	23	19	19	37	1.94
22654596--22654902	103	3.0	103	93	0	508	24	19	19	37	1.94
22654613--22654900	76	3.7	76	78	12	282	23	19	19	36	1.95
22654565--22654900	130	2.6	128	83	5	410	24	19	19	36	1.95
22660899--22660931	18	1.9	17	88	11	50	42	12	15	30	1.83
22663677--22663707	16	1.9	16	93	0	53	48	9	9	32	1.69
22668488--22668526	20	1.9	20	84	5	51	7	23	15	53	1.67
22670226--22670360	40	3.4	40	90	0	216	28	29	20	21	1.98
22683699--22683929	40	5.8	40	85	5	290	24	22	29	24	1.99
22683699--22683956	119	2.2	119	81	6	283	24	21	28	24	1.99
22688184--22688277	39	2.4	40	89	3	145	29	29	19	21	1.97
22691020--22691060	22	1.9	21	85	5	55	63	9	12	14	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22693504--22693610	54	2.0	54	94	0	187	24	17	27	30	1.97
22694425--22694498	29	2.6	29	79	12	80	25	16	32	25	1.96
22696225--22696334	29	3.8	29	88	0	157	23	10	28	38	1.87
22705254--22705353	27	3.7	27	90	1	157	33	16	15	36	1.89
22705345--22705435	27	3.3	28	81	3	105	46	17	17	18	1.85
22705853--22705948	34	2.8	33	81	6	111	27	20	23	28	1.99
22713227--22713286	30	2.0	30	96	0	111	18	33	15	33	1.92
22724763--22724815	18	2.8	18	91	5	79	52	0	20	26	1.46
22730620--22730656	19	1.9	19	89	10	58	70	0	2	27	1.01
22737471--22737521	25	2.0	25	100	0	102	41	0	15	43	1.47
22742249--22742786	269	2.0	269	97	0	1024	37	15	13	33	1.86
22742807--22742851	15	3.0	15	100	0	90	53	20	0	26	1.46
22750259--22750327	30	2.3	30	97	0	129	21	36	23	18	1.95
22754710--22754755	21	2.2	20	88	7	74	26	26	8	39	1.85
22760600--22760675	36	2.1	36	95	0	134	36	25	10	27	1.89
22761525--22761615	46	2.0	46	95	0	164	21	19	24	34	1.97
22762524--22762597	29	2.5	30	84	6	98	28	16	29	25	1.97
22781952--22782121	45	3.8	45	86	5	206	27	28	20	23	1.99
22786851--22787028	27	6.6	26	82	6	169	25	15	29	29	1.96
22786852--22787007	82	1.9	81	86	3	224	25	15	29	29	1.96
22786848--22787028	82	2.2	81	82	2	220	25	15	28	29	1.96
22788390--22788433	22	1.9	24	86	9	65	20	6	11	61	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22793369--22793467	49	2.0	49	94	0	171	29	29	15	26	1.96
22796778--22797421	322	2.0	322	100	0	1288	30	23	17	28	1.97
22806093--22806211	58	2.0	59	98	1	231	36	30	21	11	1.90
22807530--22807739	40	5.3	40	90	0	269	26	28	20	24	1.99
22807528--22807792	40	6.7	40	85	3	239	27	27	20	24	1.99
22807528--22807792	120	2.2	118	78	7	284	27	27	20	24	1.99
22808009--22808096	44	2.0	44	97	0	167	15	30	9	44	1.78
22808750--22808891	71	2.0	71	98	0	275	40	26	12	21	1.89
22823001--22823041	21	2.0	21	85	9	57	21	9	19	48	1.77
22823010--22823054	21	2.1	21	84	12	56	26	11	20	42	1.85

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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