genome.fa.s22.2.7.7.80.10.50.1000.41.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr2
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  50190067

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          161   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12509107--12509141	14	2.5	14	90	0	52	42	5	0	51	1.25
12513829--12513871	21	2.0	23	81	9	54	44	11	11	32	1.77
12513903--12513947	21	2.1	23	88	12	69	68	8	8	13	1.38
12515756--12515863	55	2.0	55	100	0	216	38	17	19	24	1.92
12516976--12517110	69	2.0	69	85	5	184	42	14	24	18	1.87
12516961--12517109	34	4.3	35	76	9	146	43	12	24	19	1.86
12517304--12517346	22	2.0	22	86	9	61	34	20	6	37	1.80
12517352--12517396	21	2.1	22	87	4	65	68	0	2	28	1.01
12517833--12517964	50	2.6	50	82	4	151	17	26	20	35	1.95
12517827--12517945	25	4.8	25	75	8	107	16	26	19	36	1.93
12517859--12517991	50	2.7	50	82	5	146	17	24	21	37	1.94
12521032--12521066	18	1.9	18	88	11	54	42	0	2	54	1.15
12521293--12521342	23	2.2	23	82	7	57	64	0	6	30	1.18
12522154--12522193	22	1.9	20	85	10	53	62	2	5	30	1.29
12525898--12526012	38	3.0	38	93	0	194	55	4	13	26	1.56
12533186--12533860	69	9.8	70	79	3	548	36	22	18	22	1.95
12533199--12533860	207	3.2	205	77	4	605	36	23	18	22	1.95
12533215--12533860	277	2.3	275	81	1	720	36	23	18	22	1.95
12537016--12537083	33	2.1	33	94	0	118	25	33	27	13	1.93
12541130--12541171	15	2.9	14	86	13	59	23	0	0	76	0.79
12556611--12556733	40	3.2	40	69	17	123	30	19	18	31	1.96
12556563--12556778	76	2.8	76	85	2	283	27	18	19	33	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12565761--12565874	42	2.7	41	83	4	138	17	20	18	43	1.88
12565797--12565860	21	3.0	21	72	0	65	15	20	18	45	1.86
12565761--12565896	42	3.2	42	82	6	134	16	19	18	45	1.86
12572177--12572371	105	1.9	104	82	4	248	30	17	26	25	1.98
12573250--12573413	88	1.9	88	89	0	256	31	25	25	17	1.97
12573664--12573692	3	9.7	3	100	0	58	31	0	0	68	0.89
12576730--12576783	19	3.1	18	78	10	58	37	0	0	62	0.95
12586718--12586746	2	14.5	2	100	0	58	0	48	0	51	1.00
12592436--12592512	25	3.1	24	85	7	84	40	19	20	19	1.92
12596555--12596626	21	3.4	21	72	0	72	13	25	19	41	1.88
12596540--12596685	42	3.5	41	80	5	148	17	24	17	40	1.91
12596733--12597000	136	2.0	136	95	0	482	38	5	20	35	1.76
12605887--12605920	17	1.9	17	88	5	50	52	0	23	23	1.47
12606062--12606124	27	2.4	27	86	2	83	41	9	15	33	1.80
12610410--12610480	29	2.5	28	81	6	79	69	5	5	19	1.30
12612005--12612086	42	2.0	42	82	4	103	18	18	17	46	1.85
12612051--12612101	21	2.4	21	72	18	52	19	21	15	43	1.88
12617960--12618180	54	4.1	54	83	6	270	18	18	20	42	1.89
12617960--12618179	81	2.7	80	85	4	309	18	18	20	42	1.89
12617959--12618185	27	8.5	26	83	9	242	18	18	20	42	1.90
12619921--12619954	17	1.9	18	88	5	52	35	23	0	41	1.55
12620322--12620346	6	4.2	6	100	0	50	0	16	0	84	0.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12620488--12620520	13	2.4	14	90	5	50	0	15	6	78	0.93
12620382--12620530	73	2.1	72	92	1	244	4	20	5	70	1.23
12620642--12620688	24	2.0	24	82	0	58	29	25	4	40	1.75
12623571--12623636	23	3.0	23	72	12	57	53	3	3	40	1.32
12629009--12629047	19	2.1	19	90	0	60	46	12	2	38	1.56
12634248--12634293	15	3.3	14	79	17	51	71	0	0	28	0.86
12635726--12635872	53	2.8	52	75	6	143	35	16	21	27	1.94
12641392--12641732	171	2.0	171	92	1	576	28	15	11	44	1.81
12642273--12642315	21	2.0	21	100	0	86	62	9	0	27	1.25
12642746--12643076	61	5.5	60	83	5	420	30	12	4	52	1.59
12642746--12643067	121	2.7	121	86	4	438	30	11	4	52	1.58
12643050--12643136	42	2.1	40	83	10	104	33	3	5	57	1.39
12643099--12643152	27	2.0	27	82	10	67	42	3	5	48	1.44
12645650--12645738	25	3.6	25	80	6	99	23	22	20	33	1.97
12645639--12645755	50	2.3	49	74	7	119	21	21	20	36	1.95
12645640--12645747	25	4.3	25	77	2	92	21	22	20	36	1.96
12647396--12647469	39	1.9	38	83	8	96	55	6	6	31	1.52
12657970--12658003	17	2.1	17	88	5	52	52	0	0	47	1.00
12659199--12659223	2	12.5	2	100	0	50	0	0	48	52	1.00
12659221--12659269	4	12.2	4	100	0	98	24	0	24	51	1.49
12675078--12675121	24	1.9	24	90	9	74	56	0	9	34	1.31
12677458--12677530	30	2.5	30	80	8	80	27	2	6	63	1.34
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12678822--12678881	24	2.4	25	91	5	104	36	1	0	61	1.06
12688341--12688378	18	2.2	18	90	4	60	55	0	0	44	0.99
12694476--12694511	14	2.5	15	86	13	58	30	2	0	66	1.06
12697068--12697127	24	2.4	25	80	5	68	68	6	5	20	1.32
12697098--12697533	64	6.9	63	83	7	521	60	1	6	32	1.31
12697210--12697259	22	2.3	23	86	6	68	64	0	4	32	1.12
12697098--12697593	118	4.0	122	80	12	529	59	1	6	32	1.32
12697271--12697377	30	3.4	30	72	22	103	65	0	2	30	1.13
12697283--12697371	22	4.2	23	66	25	61	62	1	3	32	1.19
12697277--12697372	23	4.5	22	67	17	67	64	1	3	31	1.16
12697098--12697581	246	2.0	244	84	4	643	59	1	6	32	1.32
12697946--12697987	22	1.9	22	85	0	57	28	45	14	11	1.80
12700223--12700251	15	1.9	15	100	0	58	68	0	6	24	1.13
12700300--12701483	90	13.2	90	95	1	2034	51	15	7	26	1.68
12705520--12705623	51	2.1	51	92	1	174	36	21	2	39	1.68
12712233--12712495	133	2.0	132	89	0	400	38	15	20	25	1.92
12729241--12729907	333	2.0	333	98	0	1289	26	22	18	32	1.97
12730473--12730516	22	2.0	22	90	0	70	34	11	15	38	1.84
12731529--12731588	22	2.7	23	77	10	61	8	13	0	78	0.96
12741982--12742055	3	24.3	3	81	8	87	70	0	2	27	1.01
12742656--12742693	6	6.7	6	82	11	53	84	2	0	13	0.73
12743571--12743710	44	3.2	44	66	15	126	27	20	20	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12743543--12743752	88	2.4	88	85	3	244	25	23	20	30	1.99
12743667--12744283	132	4.7	132	92	0	968	25	24	19	30	1.98
12743615--12744283	44	15.2	43	63	13	175	25	24	19	30	1.98
12756492--12756538	6	7.7	6	88	4	58	74	0	2	23	0.93
12756492--12756554	28	2.3	28	86	2	83	69	0	4	25	1.07
12757164--12757193	11	2.7	11	100	0	60	76	13	0	10	1.01
12757151--12757212	17	3.6	17	79	12	74	80	8	0	11	0.90
12757151--12757197	11	4.3	11	84	7	51	80	8	0	10	0.89
12760516--12760557	20	2.1	20	100	0	84	14	14	4	66	1.40
12761449--12761512	7	8.7	7	79	16	67	68	0	17	14	1.21
12761461--12761494	17	2.0	17	94	0	59	55	0	23	20	1.43
12762610--12763110	132	3.8	132	94	0	869	30	18	22	27	1.98
12762665--12763110	44	10.1	44	63	9	167	30	18	22	27	1.98
12763132--12763237	45	2.4	45	84	7	128	27	16	31	25	1.96
12763206--12763317	44	2.5	44	82	2	136	32	20	17	29	1.96
12763207--12763472	128	2.1	129	80	5	306	30	21	21	27	1.98
12763163--12763400	44	5.5	43	67	15	125	29	21	21	27	1.99
12769687--12769722	4	9.0	4	100	0	72	50	25	0	25	1.50
12777851--12777900	26	1.9	26	88	8	75	60	4	14	22	1.51
12781027--12781064	20	1.9	20	94	0	67	52	15	7	23	1.69
12781027--12781075	20	2.5	20	86	0	62	46	14	12	26	1.79
12785693--12785847	43	3.7	42	81	10	190	23	18	28	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12785693--12785852	84	1.9	84	84	5	216	23	18	28	30	1.97
12794003--12794205	46	4.3	48	88	7	265	35	14	21	28	1.92
12793937--12794205	98	2.7	98	93	0	457	34	14	22	28	1.93
12794169--12794314	37	4.0	37	93	1	242	36	16	21	24	1.94
12798431--12798459	14	2.0	15	93	6	51	75	0	0	24	0.80
12813037--12813066	15	2.0	15	93	0	51	16	0	16	66	1.25
12814731--12814765	17	2.1	17	94	0	61	42	14	28	14	1.84
12816102--12816233	40	3.3	40	80	7	153	31	22	19	26	1.98
12817109--12817139	16	1.9	16	93	0	53	0	22	0	77	0.77
12817105--12817139	10	3.5	10	92	0	61	0	22	0	77	0.78

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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