genome.fa.s22.2.7.7.80.10.50.1000.86.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr2
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  50190067

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          161   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27182998--27183036	20	2.0	20	94	0	69	38	5	0	56	1.22
27190183--27190224	13	3.2	13	86	3	57	45	0	2	52	1.13
27195098--27195450	40	8.8	40	92	0	580	31	19	26	22	1.98
27205115--27205378	40	6.6	40	93	1	388	23	20	28	26	1.99
27205076--27205378	80	3.8	80	88	3	389	23	20	28	27	1.99
27205076--27205378	120	2.5	119	86	4	396	23	20	28	27	1.99
27208025--27208138	37	3.1	37	94	0	192	21	25	25	28	1.99
27208025--27208156	37	3.6	37	88	2	169	21	23	28	27	1.99
27208025--27208179	74	2.1	74	81	2	177	23	25	25	26	2.00
27215452--27215540	45	2.0	45	93	0	151	32	21	19	26	1.97
27215551--27215736	51	3.7	49	77	5	183	31	27	16	24	1.96
27225412--27225477	34	2.0	31	88	8	96	30	21	24	24	1.99
27228586--27229025	50	8.6	50	75	5	326	23	27	20	28	1.99
27228628--27228978	100	3.5	100	74	9	368	23	27	20	28	1.99
27228586--27229026	205	2.2	205	94	0	765	23	26	20	28	1.99
27235431--27235480	18	2.7	18	87	3	55	24	24	36	16	1.94
27235446--27235488	18	2.4	18	96	3	79	16	25	37	20	1.93
27235446--27235494	18	2.7	18	90	6	64	18	30	32	18	1.95
27241127--27241484	44	8.0	44	75	9	278	30	22	17	29	1.97
27241565--27241862	44	6.9	44	68	13	172	26	21	21	30	1.98
27241521--27241862	129	2.7	129	86	2	454	27	21	21	30	1.98
27241872--27242124	45	5.7	45	85	5	334	22	22	27	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27241870--27242134	89	3.0	89	90	1	424	21	22	27	28	1.99
27242970--27243015	19	2.4	20	82	10	60	23	0	2	73	0.94
27245825--27245861	18	2.1	18	94	0	65	16	0	8	75	1.02
27247047--27247138	27	3.4	27	80	0	112	23	17	26	32	1.97
27251000--27251044	22	2.1	22	88	12	67	57	2	6	33	1.37
27251079--27251118	18	2.3	18	86	4	55	65	0	2	32	1.06
27251080--27251134	17	3.2	16	80	10	56	61	1	3	32	1.24
27253199--27253255	28	2.0	28	96	0	105	26	15	10	47	1.78
27255533--27255579	24	2.0	24	83	8	60	53	6	6	34	1.52
27257425--27257739	44	7.0	43	72	12	231	28	22	19	29	1.98
27257867--27258025	41	3.8	41	69	8	140	28	20	20	30	1.98
27257877--27258072	85	2.3	85	91	2	322	27	19	22	30	1.98
27257788--27258065	129	2.2	127	79	5	290	28	20	20	31	1.97
27257788--27258065	44	6.5	43	70	9	176	28	20	20	31	1.97
27258075--27258480	45	9.1	45	80	7	479	22	23	25	28	1.99
27258075--27258481	89	4.6	89	93	0	670	22	23	25	28	1.99
27258758--27258811	24	2.2	24	93	0	90	29	22	12	35	1.91
27259712--27259746	10	3.4	10	88	4	52	0	11	2	85	0.69
27259709--27259748	16	2.5	17	84	12	57	0	15	2	82	0.77
27261935--27262157	40	5.6	40	85	3	245	24	21	27	26	1.99
27262010--27262192	79	2.3	80	82	1	226	25	21	27	25	1.99
27267896--27268140	87	2.8	87	79	5	228	26	22	21	29	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27267987--27268655	174	3.9	174	83	5	738	27	21	20	30	1.98
27268062--27268655	174	3.5	174	85	4	780	27	21	19	30	1.98
27267840--27268395	218	2.6	214	84	4	553	26	21	20	31	1.98
27268366--27268878	214	2.4	214	87	4	705	28	23	19	29	1.98
27268066--27268701	347	1.8	341	82	6	803	27	21	19	30	1.98
27268709--27268984	87	3.2	87	74	6	326	26	21	19	32	1.97
27268619--27269006	172	2.2	171	92	1	641	26	23	19	30	1.98
27268674--27268955	85	3.3	85	75	5	334	28	21	18	30	1.97
27267892--27268955	44	24.6	44	69	12	279	27	21	19	30	1.98
27270247--27270294	7	7.0	7	77	13	55	14	16	0	68	1.21
27270247--27270294	21	2.3	21	89	3	80	14	16	0	68	1.21
27271184--27271236	18	2.8	18	78	16	63	5	11	7	75	1.18
27271160--27271262	54	1.9	53	86	7	147	6	11	5	75	1.17
27271141--27271262	47	2.6	45	73	15	104	6	12	4	76	1.14
27271178--27271259	17	4.6	17	67	15	51	3	13	6	76	1.10
27275372--27275674	114	2.8	109	87	4	405	33	20	16	29	1.94
27276916--27276955	17	2.4	17	91	0	62	17	22	50	10	1.76
27279573--27279770	48	4.1	48	82	0	216	27	21	28	22	1.99
27279595--27279768	96	1.8	96	86	2	251	27	21	29	21	1.98
27280619--27280643	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
27281947--27282017	21	3.4	21	76	7	63	56	21	1	21	1.50
27285222--27285293	21	3.4	21	83	7	74	31	20	6	40	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27301554--27301618	32	2.1	32	97	2	123	47	12	9	30	1.72
27304418--27304473	17	3.3	17	97	0	103	30	32	0	37	1.58
27305044--27305082	20	1.9	21	89	5	62	53	17	0	28	1.44
27307277--27307377	27	3.7	27	81	5	96	35	19	11	32	1.89
27307285--27307387	54	1.9	54	83	0	134	37	18	10	33	1.85
27307284--27307388	27	3.9	27	78	5	95	38	19	10	32	1.85
27307374--27307426	27	2.0	27	85	7	72	37	18	15	28	1.91
27307815--27307906	28	3.3	28	87	1	123	15	22	23	38	1.92
27315923--27316018	25	3.8	25	92	2	147	26	23	26	23	2.00
27325815--27325859	18	2.5	18	77	0	54	42	8	8	40	1.67
27329853--27329879	3	9.0	3	100	0	54	66	0	33	0	0.92
27337722--27337764	19	2.2	20	84	12	63	32	18	0	48	1.48
27340034--27340071	20	1.9	20	94	0	67	23	2	5	68	1.23
27353512--27353594	27	3.1	28	81	6	82	28	24	18	28	1.98
27379073--27379122	18	2.8	18	84	6	57	44	16	6	34	1.72
27390584--27390887	40	7.7	39	85	6	310	25	21	27	25	1.99
27390584--27390885	120	2.5	119	83	5	351	25	21	27	25	1.99
27398571--27398795	40	5.7	40	81	10	239	24	21	27	26	1.99
27398571--27398795	79	2.8	79	79	10	253	24	21	27	26	1.99
27405817--27405893	3	25.7	3	100	0	154	32	0	0	67	0.91
27406698--27406753	22	2.5	23	76	2	60	16	7	1	75	1.11
27407507--27407562	25	2.3	25	84	9	71	57	5	16	21	1.59
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27411231--27411283	24	2.3	23	78	15	56	56	3	15	24	1.55
27412756--27412956	44	4.7	43	74	9	176	27	22	20	29	1.99
27412756--27412996	129	1.9	129	83	1	313	27	21	20	30	1.98
27412967--27413123	50	3.1	48	75	8	145	28	19	19	32	1.96
27415321--27415375	5	11.0	5	100	0	110	40	0	0	60	0.97
27421406--27421529	59	2.1	59	98	0	239	62	10	4	22	1.46
27426022--27426206	79	2.3	82	84	7	238	25	27	22	24	2.00
27426003--27426206	40	5.1	40	82	8	238	25	27	22	25	2.00
27433998--27434221	79	2.8	79	86	6	301	25	27	22	24	2.00
27433998--27434221	40	5.7	40	87	6	289	25	27	22	24	2.00
27441344--27441396	9	6.1	9	76	22	51	45	0	0	54	0.99
27441406--27441485	32	2.6	32	75	13	89	33	0	2	63	1.08
27445609--27445648	21	2.0	20	85	5	53	12	5	40	42	1.64
27446229--27446340	44	2.5	45	82	4	138	29	19	19	31	1.97
27446373--27446763	50	7.8	50	67	4	223	25	24	21	28	1.99
27446347--27446758	100	4.1	100	90	1	587	25	23	21	29	1.99
27450978--27451024	15	3.4	14	82	11	53	17	12	0	70	1.17
27451516--27451603	1	88.0	1	67	0	50	4	4	6	84	0.88
27451516--27451601	10	9.6	9	74	13	63	4	4	6	83	0.89
27451516--27451600	13	6.4	13	75	14	59	4	4	7	83	0.90
27459458--27459513	16	3.4	16	80	9	60	71	1	1	25	1.05
27459508--27459565	27	2.1	27	81	6	64	53	1	6	37	1.38
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27459670--27459745	27	2.7	29	76	8	75	51	5	7	35	1.54
27460723--27460762	21	2.0	20	85	5	53	12	5	40	42	1.64
27460996--27461025	15	1.9	16	93	6	53	30	3	0	66	1.07
27461227--27461407	91	2.0	91	100	0	362	33	9	5	51	1.57
27464909--27464955	14	3.4	14	72	21	53	42	0	0	57	0.98
27467663--27467925	40	6.6	40	88	3	325	24	20	27	26	1.99
27467702--27467960	80	3.3	80	85	3	256	25	20	27	25	1.99
27471349--27471410	27	2.3	28	83	5	83	24	38	20	16	1.92
27475714--27475751	19	2.1	18	90	5	58	65	0	18	15	1.27
27477921--27477945	12	2.1	12	100	0	50	8	0	16	76	1.02

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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