genome.fa.s22.2.7.7.80.10.50.1000.7.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr2
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  50190067

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          161   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2173210--2173351	63	2.3	59	82	7	151	26	13	14	46	1.81
2184580--2184659	32	2.5	32	95	2	144	17	18	31	32	1.94
2184580--2184688	32	3.5	31	83	7	114	21	16	32	30	1.95
2188614--2188690	32	2.5	31	82	4	91	29	31	18	20	1.96
2192378--2192407	2	15.0	2	92	0	51	50	3	0	46	1.18
2192858--2192955	27	3.5	28	90	2	135	26	13	28	31	1.94
2192886--2192968	27	3.0	27	87	5	96	30	12	25	32	1.92
2209053--2209082	14	2.1	15	93	6	53	36	20	20	23	1.95
2218954--2219217	40	6.7	40	89	5	360	25	21	27	25	1.99
2218954--2219250	119	2.5	118	81	9	338	26	21	27	25	1.99
2221316--2221427	57	2.0	57	89	0	170	28	15	25	31	1.95
2224701--2224885	79	2.3	81	83	9	229	24	22	27	25	2.00
2224702--2224885	40	4.6	39	81	11	189	25	22	27	25	2.00
2224702--2224918	79	2.7	79	80	9	194	26	22	27	24	2.00
2226820--2226898	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
2227016--2227357	47	7.2	47	88	2	486	29	30	8	31	1.87
2227016--2227357	96	3.6	96	91	0	517	29	30	8	31	1.87
2227016--2227357	143	2.4	144	89	2	514	29	30	8	31	1.87
2228789--2228813	13	1.9	13	100	0	50	32	16	20	32	1.94
2239355--2239388	14	2.5	14	95	4	61	67	0	11	20	1.21
2242246--2242337	39	2.4	39	92	1	150	35	7	10	45	1.68
2242639--2242693	26	2.1	26	100	0	110	38	27	3	30	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2247099--2247198	51	1.9	52	91	2	166	39	18	13	30	1.88
2249269--2249631	197	1.8	196	92	0	618	30	20	14	34	1.92
2252310--2252368	25	2.4	25	88	0	82	25	37	11	25	1.90
2256471--2256718	27	9.2	27	85	4	331	19	13	19	47	1.82
2262968--2263002	18	1.9	18	94	0	61	71	2	14	11	1.25
2269541--2269573	12	2.8	12	95	4	59	54	0	30	15	1.41
2277468--2277645	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
2277489--2277644	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
2285657--2285834	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
2285678--2285833	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
2289576--2289623	18	2.7	18	87	3	71	68	0	18	12	1.20
2295163--2296274	40	27.8	40	96	0	1994	27	21	27	23	1.99
2299470--2299576	39	2.8	39	81	1	99	51	12	11	25	1.72
2299740--2299809	36	1.9	36	82	0	86	30	32	14	22	1.94
2301670--2301801	50	2.6	51	77	8	142	37	10	17	34	1.84
2302585--2302733	39	3.8	38	74	7	120	34	8	9	46	1.67
2306322--2306388	21	3.1	21	82	4	71	34	32	2	29	1.73
2306700--2306758	17	3.6	17	72	25	56	74	5	6	13	1.19
2309638--2309806	79	2.1	79	85	0	221	23	21	30	24	1.99
2309585--2309806	40	5.6	39	81	4	203	24	21	29	24	1.99
2309660--2309841	79	2.3	79	81	0	213	25	20	29	24	1.99
2312073--2312121	21	2.5	19	87	12	64	77	2	16	4	1.01
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2312073--2312135	18	3.3	19	82	10	58	76	3	12	7	1.13
2316236--2316288	21	2.5	21	90	3	79	33	33	1	30	1.69
2319892--2320063	40	4.3	40	84	5	206	26	27	20	25	1.99
2319892--2320063	79	2.2	80	82	5	206	26	27	20	25	1.99
2319892--2320116	80	2.8	79	79	8	224	26	27	20	25	1.99
2320048--2320125	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
2332568--2332739	40	4.3	40	88	2	222	25	27	21	25	1.99
2332570--2332792	40	5.6	39	83	5	216	25	27	21	25	1.99
2332568--2332792	80	2.8	79	80	7	240	25	27	21	25	1.99
2332724--2332801	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
2334485--2334529	21	2.2	20	84	4	54	40	15	2	42	1.59
2336679--2336903	40	5.7	40	85	5	269	25	28	21	24	1.99
2336681--2336903	119	1.9	120	83	6	292	25	27	21	24	1.99
2338032--2338151	56	2.1	56	96	0	222	22	23	10	44	1.83
2356836--2356888	14	3.8	13	79	18	54	54	1	0	43	1.11
2359936--2360108	46	3.7	46	77	10	190	21	20	27	29	1.98
2359933--2360103	93	1.8	93	91	0	279	21	21	28	28	1.98
2360332--2360369	19	2.0	20	85	15	53	36	0	23	39	1.55
2361877--2361939	30	2.1	30	96	0	117	57	15	3	23	1.53
2369934--2370024	47	2.0	46	97	0	164	28	9	21	38	1.86
2371523--2371595	33	2.3	33	80	4	87	16	20	6	56	1.63
2378851--2378880	12	2.5	12	94	0	51	10	33	20	36	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2382681--2382903	79	2.8	79	84	7	283	24	27	22	25	2.00
2382681--2382903	39	5.7	40	86	6	289	24	27	22	25	2.00
2391143--2391203	23	2.5	24	76	5	61	44	16	19	19	1.87
2391245--2391307	27	2.4	26	86	7	83	33	22	26	17	1.96
2392919--2393017	39	2.5	39	80	3	110	28	9	21	41	1.83
2399819--2399942	29	4.3	29	90	1	196	30	31	13	24	1.94
2400153--2400188	16	2.2	16	90	9	56	5	22	19	52	1.66
2400290--2400317	14	2.0	14	100	0	56	42	21	7	28	1.79
2412540--2412582	12	3.6	12	90	0	59	30	34	13	20	1.92
2412534--2412587	24	2.2	24	86	0	81	25	38	18	16	1.92
2423484--2423606	42	2.9	43	75	9	117	25	16	22	35	1.94
2429050--2429178	55	2.3	55	85	1	168	31	24	15	27	1.96
2431498--2431589	40	2.3	41	84	3	116	30	23	15	30	1.95
2448003--2448094	37	2.5	37	83	0	112	21	10	27	40	1.87
2470033--2470084	23	2.2	24	83	10	63	36	0	28	34	1.58
2473315--2473374	30	2.0	30	83	3	77	31	23	6	38	1.81
2475604--2475665	31	2.0	32	87	3	90	20	24	19	35	1.96
2479311--2479394	28	3.2	28	65	25	83	23	16	29	29	1.96
2479263--2479487	49	4.5	49	86	5	283	26	18	26	28	1.98
2485930--2486074	40	3.6	40	85	4	184	25	24	26	24	2.00
2489201--2489251	27	1.9	26	84	4	66	19	27	17	35	1.94
2489291--2489350	27	2.3	27	85	2	77	21	23	20	35	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2493780--2493832	21	2.5	21	78	0	61	22	22	24	30	1.99
2498500--2498561	27	2.3	28	78	18	69	46	3	45	4	1.40
2500361--2500404	22	2.0	22	100	0	88	31	13	31	22	1.93
2508515--2508596	33	2.4	35	75	15	84	26	3	21	47	1.67
2513014--2513080	29	2.3	29	84	5	91	28	29	13	28	1.94
2512902--2513229	174	1.9	174	94	0	575	31	24	14	30	1.94
2513182--2513260	29	2.7	30	82	13	110	30	30	13	25	1.94
2520551--2520618	29	2.3	29	82	5	84	27	32	13	26	1.93
2520440--2520767	174	1.9	174	92	0	548	31	24	14	30	1.94
2520720--2520798	29	2.7	30	78	13	101	30	29	13	26	1.94
2534012--2534710	72	9.6	73	87	3	1014	31	17	20	31	1.95
2534012--2534717	147	4.8	146	91	2	1055	31	17	20	31	1.95
2534011--2534708	219	3.2	220	93	1	1152	31	17	20	31	1.95
2535565--2535618	24	2.2	25	96	3	101	74	18	3	3	1.12
2535565--2535626	24	2.5	25	87	7	65	72	19	4	3	1.17
2535565--2535632	29	2.5	30	86	13	94	69	22	4	4	1.25
2535562--2535632	25	2.6	29	86	8	98	70	21	4	4	1.22
2538711--2539067	93	3.8	93	97	0	660	29	27	19	23	1.98
2538702--2539063	46	7.8	46	75	15	343	29	27	19	23	1.98
2552095--2552135	21	1.9	22	90	5	66	29	29	0	41	1.56
2552303--2552380	40	2.0	40	81	0	93	34	25	11	28	1.91
2552255--2552416	88	1.8	88	80	2	191	31	22	15	30	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2552343--2552513	48	3.5	49	81	5	152	29	28	15	26	1.96
2552397--2552513	49	2.4	48	85	1	153	27	32	16	23	1.96
2557348--2557406	31	1.9	31	82	0	73	23	25	27	23	2.00
2562689--2562745	30	1.9	30	100	0	114	31	17	19	31	1.95
2571641--2571721	25	3.2	25	65	6	63	37	9	20	32	1.86
2571625--2571729	52	2.0	52	98	0	201	39	9	22	28	1.86
2579174--2579245	35	2.1	35	94	2	128	50	16	13	19	1.79
2579961--2580036	40	1.9	40	94	0	134	35	15	19	28	1.93
2585287--2585398	43	2.6	43	94	0	188	32	15	19	33	1.93
2586427--2586465	21	1.9	20	85	15	53	23	0	28	48	1.51

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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