genome.fa.s22.2.7.7.80.10.50.1000.48.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr2
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  50190067

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          161   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14637197--14637403	103	2.0	102	96	0	378	53	11	4	30	1.56
14643750--14643817	32	2.1	33	94	2	120	38	17	2	41	1.65
14652844--14652882	20	1.9	21	85	15	55	15	10	2	71	1.23
14665334--14665375	15	2.7	16	82	14	52	45	0	2	52	1.13
14665325--14665366	15	2.9	15	82	10	52	47	0	0	52	1.00
14665503--14665607	44	2.5	40	76	15	113	31	29	4	34	1.78
14665501--14665610	45	2.6	44	81	8	131	31	29	5	33	1.80
14665589--14665658	16	4.4	16	96	0	104	32	35	0	31	1.58
14665969--14666040	31	2.4	30	86	4	99	34	11	12	41	1.78
14666079--14666134	29	1.9	29	85	7	78	44	0	7	48	1.30
14671198--14671261	33	1.9	33	84	6	85	18	20	15	45	1.86
14675507--14675546	19	2.1	19	95	0	71	37	17	17	27	1.92
14677570--14677604	13	2.7	13	100	0	70	37	22	17	22	1.94
14681910--14682024	31	3.6	31	80	6	106	22	18	13	45	1.85
14687038--14687067	14	2.1	15	93	6	53	20	23	20	36	1.95
14697950--14697989	18	2.2	18	86	4	53	57	0	35	7	1.27
14704159--14704214	24	2.5	22	76	5	58	44	7	0	48	1.30
14705971--14706010	21	1.9	21	85	10	55	32	0	0	67	0.91
14706580--14706630	21	2.5	21	78	15	61	39	1	17	41	1.61
14709316--14709348	3	11.3	3	93	6	59	30	0	0	69	0.88
14718969--14719720	138	5.5	138	91	2	1162	40	8	6	44	1.60
14719420--14719632	67	3.1	67	63	17	166	40	7	7	44	1.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14720609--14720667	11	5.4	11	74	8	57	35	44	3	16	1.65
14720609--14720667	22	2.7	22	83	0	73	35	44	3	16	1.65
14721051--14721113	31	2.0	31	96	0	117	31	15	19	33	1.93
14733377--14733420	23	1.9	22	82	17	54	36	25	0	38	1.56
14733465--14733551	45	1.9	45	88	4	131	34	22	17	25	1.96
14733563--14733700	51	2.7	51	78	6	163	31	27	16	24	1.97
14742651--14742685	14	2.6	14	90	4	54	22	0	8	68	1.16
14745726--14745803	36	2.2	36	97	0	147	57	12	14	15	1.65
14748430--14748484	22	2.5	22	84	0	65	29	20	25	25	1.99
14751394--14751444	26	2.0	26	100	0	102	39	9	15	35	1.81
14765075--14765643	285	2.0	282	98	1	1111	32	13	13	40	1.83
14765636--14765665	3	10.3	3	92	7	53	70	0	0	30	0.88
14768528--14768587	28	2.1	28	87	0	84	31	15	16	36	1.90
14773961--14774067	20	5.3	20	75	4	81	14	29	16	39	1.88
14774206--14774232	7	3.9	7	100	0	54	44	0	14	40	1.46
14776590--14776618	13	2.2	13	100	0	58	41	0	0	58	0.98
14777046--14777081	16	2.2	16	90	9	56	13	11	0	75	1.06
14785442--14785484	13	3.1	14	84	12	54	60	0	0	39	0.97
14790649--14790721	25	3.0	24	82	7	85	31	19	27	21	1.97
14793936--14794470	267	2.0	267	90	1	831	39	17	24	19	1.92
14804112--14804153	22	1.9	22	85	9	59	45	26	0	28	1.54
14804518--14804610	3	31.0	3	97	0	177	0	32	0	67	0.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14804633--14804672	21	1.9	21	84	0	53	20	25	10	45	1.81
14812194--14812245	21	2.5	22	87	6	72	30	0	0	69	0.89
14814965--14815016	15	3.6	15	80	12	56	44	0	1	53	1.11
14814903--14815132	120	1.9	120	100	0	460	41	1	6	49	1.40
14814913--14815100	61	3.1	61	70	14	208	42	1	7	48	1.40
14815094--14815135	15	2.7	16	82	14	52	45	0	2	52	1.13
14815085--14815126	15	2.9	15	82	10	52	47	0	0	52	1.00
14815336--14815387	16	3.2	16	91	0	86	36	34	0	28	1.58
14816304--14816352	25	2.0	25	84	15	66	53	0	0	46	1.00
14817519--14817563	20	2.2	21	84	11	67	13	13	17	55	1.69
14819423--14819585	45	3.6	45	83	2	168	39	15	19	25	1.91
14819468--14819714	45	5.5	46	79	8	204	43	14	20	21	1.88
14819468--14819714	46	5.5	45	81	8	225	43	14	20	21	1.88
14821041--14821110	26	2.7	27	88	6	108	28	28	21	21	1.99
14831280--14831324	21	2.1	21	87	0	63	46	0	20	33	1.51
14831922--14831957	16	2.2	16	100	0	72	38	0	13	47	1.44
14837287--14837358	26	2.8	26	80	0	81	31	20	9	37	1.85
14844273--14844302	15	2.0	15	93	0	51	33	36	6	23	1.81
14845614--14845807	104	1.9	104	100	0	388	37	13	7	42	1.72
14847858--14847948	3	30.3	3	89	0	83	34	9	1	54	1.41
14848567--14848645	40	2.0	40	97	0	149	36	18	17	26	1.94
14853450--14853588	74	1.9	74	82	5	174	34	16	15	33	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14853440--14853588	37	4.0	37	80	5	158	33	16	15	34	1.91
14861703--14861844	47	3.1	47	86	4	198	23	21	11	42	1.86
14861708--14861842	45	3.0	45	88	2	189	24	22	11	40	1.88
14863175--14863233	21	2.7	22	89	10	95	33	28	25	11	1.91
14863159--14863269	23	5.0	23	81	7	88	36	23	21	18	1.95
14863526--14863627	51	2.0	51	96	0	186	42	23	1	32	1.65
14864037--14864151	41	2.8	42	81	5	128	25	16	23	34	1.95
14867882--14868227	124	2.8	124	96	0	640	28	15	21	34	1.94
14871084--14871263	55	3.3	55	93	2	299	44	5	11	38	1.63
14871258--14871633	29	13.3	29	89	6	556	30	0	25	44	1.54
14871265--14871633	82	4.4	85	95	2	597	29	0	25	44	1.54
14873945--14874010	31	2.2	30	94	2	114	62	0	1	36	1.05
14874011--14874123	51	2.2	51	95	0	199	41	0	29	29	1.56
14874475--14874672	43	4.5	43	81	5	202	23	17	28	30	1.97
14879965--14880016	27	1.9	27	88	0	77	15	28	17	38	1.90
14880120--14880272	45	3.4	45	79	7	182	25	23	8	42	1.82
14896563--14896671	41	2.7	41	88	0	146	26	20	23	29	1.99
14897025--14897093	18	3.3	18	70	30	57	34	5	14	44	1.69
14897036--14897110	25	3.2	25	78	18	106	30	8	16	45	1.75
14897021--14897110	45	2.0	45	100	0	180	33	6	15	44	1.73
14897021--14897089	20	3.2	20	77	18	84	36	5	14	43	1.70
14898627--14898651	5	5.0	5	100	0	50	20	0	0	80	0.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14905318--14905424	53	2.0	53	96	3	198	40	12	25	22	1.88
14911855--14911879	5	5.0	5	100	0	50	20	0	0	80	0.72
14912295--14912342	2	24.0	2	100	0	96	50	50	0	0	1.00
14913260--14913399	41	3.4	41	86	2	194	20	24	6	49	1.72
14913561--14913599	20	2.0	20	84	0	51	51	2	5	41	1.38
14917528--14917570	17	2.5	17	84	0	59	27	32	23	16	1.96
14921797--14921825	15	1.9	15	100	0	58	27	27	13	31	1.94
14922663--14922691	15	1.9	15	100	0	58	27	27	13	31	1.94
14923530--14923558	15	1.9	15	100	0	58	27	27	13	31	1.94
14921499--14924099	866	3.0	867	99	0	5098	38	19	10	30	1.87
14950116--14950206	45	2.0	45	93	0	155	31	24	17	26	1.97
14950212--14950385	47	3.5	49	91	5	271	31	27	17	24	1.97
14958610--14958652	13	3.4	13	80	6	61	23	37	18	20	1.94
14960107--14960132	13	2.0	13	100	0	52	30	7	30	30	1.85
14965041--14965072	16	2.0	16	93	0	55	25	15	0	59	1.36
14965196--14965294	46	2.2	43	82	12	119	32	25	19	23	1.97
14965300--14965490	51	3.8	51	79	8	237	30	27	17	24	1.97
14965298--14965482	101	1.8	102	90	3	302	30	27	17	24	1.97
14965293--14965516	101	2.2	102	81	5	276	29	28	16	25	1.97
14977181--14977220	22	2.0	21	85	14	57	55	15	2	27	1.53
14977875--14977991	43	2.7	43	74	12	123	29	29	21	18	1.97
14984078--14984169	26	3.5	26	83	0	130	16	14	31	38	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14989078--14989190	12	9.8	12	69	20	55	39	1	4	53	1.31
14989078--14989194	37	3.4	37	70	19	99	38	2	4	54	1.34
14989078--14989153	11	6.8	11	72	21	52	40	1	2	55	1.22
14991199--14991230	9	3.6	9	91	0	55	25	3	18	53	1.59
14991206--14991376	91	1.9	90	90	3	272	36	7	9	47	1.63
14992079--14992131	27	2.0	27	88	0	79	37	18	22	20	1.94
14995745--14995792	24	2.0	24	84	8	62	45	0	14	39	1.45
15003057--15003115	25	2.5	24	89	8	93	54	6	3	35	1.44
15003365--15003416	27	1.9	27	88	0	77	17	26	34	21	1.95
15004573--15004622	18	2.9	17	84	3	64	52	0	2	46	1.12

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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