genome.fa.s22.2.7.7.80.10.50.1000.68.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr2
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  50190067

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          161   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21115594--21115630	19	2.0	19	89	5	58	5	8	62	24	1.44
21117514--21117887	185	2.0	185	99	0	739	20	19	12	47	1.82
21123418--21123465	21	2.3	20	76	16	53	50	2	4	43	1.33
21123781--21123885	51	2.1	51	96	0	192	28	28	0	42	1.56
21123883--21123950	29	2.4	29	90	2	102	32	0	0	67	0.91
21125032--21125056	7	3.6	7	100	0	50	28	0	12	60	1.32
21125708--21125742	18	1.9	18	88	0	52	25	34	8	31	1.86
21126144--21126325	68	2.6	70	92	3	296	36	3	14	45	1.61
21126328--21126479	30	5.1	29	92	5	218	44	28	1	26	1.63
21126492--21126617	55	2.3	55	100	0	252	38	11	4	45	1.62
21126601--21126625	10	2.5	10	100	0	50	44	8	0	48	1.32
21127352--21127696	124	2.8	124	93	0	600	32	21	15	30	1.95
21127873--21127934	29	2.2	28	80	5	72	43	14	16	25	1.86
21128247--21128280	18	1.9	18	88	5	52	29	0	5	64	1.17
21137070--21137186	60	2.0	60	88	6	175	40	5	8	46	1.57
21139532--21139623	23	3.6	26	74	15	93	41	2	3	53	1.29
21142104--21142152	17	2.7	18	76	20	57	46	0	16	36	1.47
21144600--21144640	21	2.1	19	86	9	55	43	2	0	53	1.13
21147758--21147800	18	2.4	18	96	0	77	51	0	2	46	1.13
21147876--21147921	19	2.3	20	88	7	76	45	15	10	28	1.79
21147908--21147942	14	2.5	14	90	0	52	34	17	5	42	1.73
21150136--21150165	2	15.0	2	100	0	60	0	50	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21151254--21151349	48	2.0	48	100	0	192	20	22	10	45	1.81
21154636--21154662	13	2.1	13	100	0	54	48	22	7	22	1.75
21159248--21159276	15	1.9	15	100	0	58	34	17	6	41	1.76
21163644--21163691	22	2.2	21	85	3	60	29	6	6	58	1.47
21164106--21164288	40	4.5	40	90	4	278	36	3	0	60	1.13
21164106--21164273	81	2.1	80	93	1	282	33	3	0	62	1.12
21164500--21164594	29	3.4	27	75	13	86	31	11	1	55	1.42
21169281--21169321	14	2.9	14	96	0	73	80	7	0	12	0.90
21169277--21169321	22	2.0	21	84	16	56	80	6	0	13	0.91
21169280--21169396	60	1.9	59	83	10	148	74	5	10	10	1.21
21169672--21169720	24	2.0	24	100	0	98	44	20	8	26	1.79
21172809--21172863	27	2.0	27	100	0	110	45	7	10	36	1.67
21179104--21179135	5	6.4	5	100	0	64	40	37	0	21	1.54
21182595--21182665	35	2.0	35	91	5	117	56	8	15	19	1.65
21183692--21183762	35	2.0	35	91	5	117	56	8	15	19	1.65
21198247--21198297	25	2.0	26	88	3	77	41	7	25	25	1.82
21204760--21204798	14	2.8	15	88	11	57	41	5	17	35	1.72
21206163--21206223	32	1.9	32	96	0	113	50	18	3	27	1.62
21206163--21206236	32	2.5	30	87	10	100	51	18	2	27	1.60
21206164--21206250	27	3.0	27	83	11	77	51	18	3	26	1.62
21220398--21220443	21	2.1	22	84	4	58	39	2	2	56	1.24
21227113--21227158	17	2.8	17	80	9	51	39	0	4	56	1.19
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21237615--21237647	17	1.9	17	100	0	66	27	0	6	66	1.15
21237627--21237651	13	1.9	13	100	0	50	28	0	8	64	1.22
21237957--21237990	16	2.2	16	89	5	52	26	8	14	50	1.72
21242242--21242271	13	2.2	14	94	5	53	43	13	0	43	1.43
21244947--21244994	18	2.9	15	85	14	60	79	4	0	16	0.89
21244947--21244994	5	8.8	5	86	13	60	79	4	0	16	0.89
21246743--21246789	10	4.8	10	77	15	53	70	2	2	25	1.10
21251559--21251616	30	1.9	30	85	0	80	13	29	36	20	1.91
21252818--21252854	18	2.1	18	94	0	65	29	10	35	24	1.89
21263569--21263618	21	2.4	20	80	9	55	36	40	4	20	1.71
21263602--21263633	13	2.4	14	94	5	57	37	37	6	18	1.76
21265905--21265980	10	7.7	10	81	15	88	42	0	0	57	0.98
21265920--21265984	15	4.5	15	77	12	64	46	0	0	53	1.00
21265905--21265976	29	2.5	28	84	8	90	41	0	0	58	0.98
21265905--21265981	39	2.0	39	85	10	104	42	0	0	57	0.99
21266173--21266219	22	2.1	22	81	14	53	70	8	21	0	1.14
21267148--21267206	27	2.2	28	79	14	70	22	0	28	49	1.50
21273141--21273299	5	32.2	5	90	7	200	44	0	0	55	1.04
21273887--21273930	23	1.9	24	90	9	74	54	0	20	25	1.45
21276858--21277021	35	4.6	36	79	1	179	14	13	32	40	1.84
21282165--21282788	50	12.7	49	83	5	664	20	33	19	26	1.97
21282165--21282792	97	6.4	97	82	7	727	20	33	19	26	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21282165--21282792	147	4.3	147	89	1	884	20	33	19	26	1.97
21285992--21287367	687	2.0	686	99	0	2716	34	12	21	30	1.91
21292842--21292866	12	2.1	12	100	0	50	16	0	24	60	1.36
21293424--21293619	86	2.3	85	81	5	216	42	17	8	31	1.79
21293721--21293788	20	3.3	20	76	13	68	61	0	2	35	1.11
21293720--21293812	10	9.5	11	68	23	50	63	0	3	33	1.10
21293721--21293820	19	5.1	20	75	11	82	63	0	3	34	1.10
21293720--21293820	40	2.6	38	81	12	109	62	0	2	34	1.11
21294037--21294125	43	2.1	43	85	8	119	34	2	1	61	1.15
21294014--21294097	36	2.3	35	82	10	98	33	2	2	61	1.21
21294077--21294132	19	3.1	17	78	12	58	32	0	0	67	0.91
21294083--21294141	19	3.2	18	80	7	64	33	1	0	64	1.04
21296458--21296650	64	3.0	64	99	0	377	36	10	8	44	1.70
21311403--21311444	19	2.2	19	100	0	84	42	14	14	28	1.84
21311483--21311539	30	1.9	30	85	0	78	40	1	24	33	1.66
21311876--21312145	50	5.4	50	87	3	334	27	22	30	20	1.98
21311876--21312168	100	2.9	100	86	0	379	27	20	30	21	1.98
21311876--21312147	150	1.8	149	87	3	402	26	22	30	20	1.98
21311876--21312207	150	2.2	149	82	4	393	28	20	29	21	1.98
21312431--21312469	20	2.0	20	89	0	60	53	2	25	17	1.56
21315376--21315427	26	2.0	26	85	7	70	34	7	17	40	1.78
21322485--21322529	21	2.2	20	84	15	56	60	17	2	20	1.47
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21334622--21334725	18	5.6	18	69	18	70	67	1	22	8	1.28
21341443--21341479	9	4.1	9	89	0	56	24	2	18	54	1.57
21344924--21344957	6	5.5	6	89	3	50	58	0	23	17	1.38
21348243--21348466	79	2.8	77	82	8	254	25	27	21	25	1.99
21348243--21348466	40	5.7	40	85	6	253	25	27	21	25	1.99
21349544--21349568	13	1.9	13	100	0	50	0	8	4	88	0.64
21350373--21350495	61	2.0	61	98	0	237	31	9	17	41	1.82
21353416--21353765	177	2.0	177	94	0	619	39	8	15	36	1.77
21356602--21356692	25	3.6	25	81	0	83	38	17	18	25	1.92
21359156--21359225	30	2.3	30	87	4	97	21	22	34	21	1.97
21361267--21361417	56	2.8	53	76	6	131	33	13	25	27	1.93
21361528--21361613	30	2.9	30	79	6	77	24	15	19	40	1.90
21363547--21363579	17	2.0	17	94	5	59	48	0	15	36	1.45
21377447--21377617	86	2.0	86	94	2	299	26	15	19	39	1.91
21386126--21386216	47	1.9	47	93	0	155	34	16	21	27	1.95
21387810--21387954	40	3.6	40	85	4	193	25	24	26	23	2.00
21410076--21410133	25	2.4	25	85	2	91	36	13	25	24	1.92
21410884--21410951	24	2.9	23	75	12	59	44	1	2	51	1.25
21410839--21411007	63	2.7	62	86	8	204	42	1	2	53	1.26
21411110--21411203	44	2.1	44	88	7	136	34	27	6	31	1.82
21411185--21411255	16	4.4	16	87	0	97	29	25	7	38	1.82
21411479--21411546	27	2.5	28	76	11	70	30	14	11	42	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21412895--21412932	19	2.1	19	90	5	60	44	0	0	55	0.99
21412885--21412940	11	5.5	10	75	14	53	42	1	0	55	1.10
21412878--21412941	29	2.2	30	91	2	103	40	1	0	57	1.08
21412876--21412956	30	2.6	31	88	7	112	40	1	0	58	1.06
21412923--21412977	21	2.5	22	85	5	67	36	1	3	58	1.26
21413373--21413434	20	3.1	20	81	9	65	59	6	0	33	1.23
21413700--21413735	18	2.0	18	88	0	54	52	19	8	19	1.70
21419896--21419922	14	1.9	14	100	0	54	37	25	14	22	1.93
21423593--21423628	15	2.5	14	86	8	54	44	8	0	47	1.33
21433380--21433409	14	2.1	14	93	0	51	0	16	0	83	0.65

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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