genome.fa.s22.2.7.7.80.10.50.1000.59.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr2
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  50190067

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          161   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18490764--18490936	45	3.9	45	89	2	260	35	17	21	24	1.95
18493952--18493984	15	2.2	15	94	0	57	51	0	12	36	1.39
18495783--18495827	22	2.0	22	86	0	63	31	26	15	26	1.96
18499841--18499878	15	2.5	15	95	4	67	26	26	5	42	1.76
18501017--18501045	13	2.3	13	94	5	51	58	3	0	37	1.15
18510767--18510806	18	2.2	18	90	0	62	75	5	20	0	0.99
18514059--18514169	55	2.0	55	100	0	222	44	3	14	37	1.63
18535539--18535576	18	2.1	19	85	14	53	63	10	10	15	1.52
18537216--18537299	40	2.1	40	90	0	132	57	10	17	14	1.65
18538144--18538206	6	10.2	6	80	13	56	74	3	0	22	0.96
18538164--18538203	12	3.5	11	93	6	62	72	0	0	27	0.85
18538164--18538206	17	2.5	17	92	3	68	74	0	0	25	0.82
18539565--18539601	11	3.3	11	85	7	56	64	8	8	18	1.45
18539565--18539598	12	2.9	12	91	4	52	64	8	5	20	1.43
18539783--18539847	29	2.2	29	80	0	67	78	1	6	13	1.01
18539800--18539841	8	5.1	8	86	13	59	83	0	2	14	0.75
18539815--18539847	7	4.7	7	85	14	50	87	0	0	12	0.53
18539804--18539847	14	3.1	14	90	6	70	84	0	2	13	0.73
18545155--18545212	21	2.8	21	78	0	62	41	17	20	20	1.90
18545140--18545221	21	3.9	21	70	12	60	46	15	20	17	1.84
18545619--18545658	19	2.1	19	100	0	80	40	10	10	40	1.72
18551787--18551859	27	2.7	27	86	0	92	15	17	26	41	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18551788--18551870	27	3.1	27	82	3	78	16	16	25	40	1.90
18555597--18556742	43	26.7	43	95	0	1843	24	31	17	26	1.97
18558110--18558592	25	19.3	25	73	15	219	33	1	20	44	1.60
18558110--18558677	9	66.7	9	66	19	231	32	1	20	44	1.63
18558117--18558195	41	1.9	41	89	5	124	26	3	24	45	1.70
18558140--18558658	16	31.8	16	67	21	142	32	1	20	45	1.60
18558116--18558211	41	2.3	40	82	7	120	29	3	25	42	1.70
18558261--18558592	71	4.8	69	85	8	455	35	0	18	45	1.54
18558263--18558592	138	2.4	138	97	2	619	35	0	18	45	1.54
18558644--18558670	12	2.2	12	100	0	54	33	0	14	51	1.43
18558646--18558689	21	2.1	21	83	8	54	34	2	15	47	1.58
18558673--18558701	12	2.4	12	100	0	58	41	0	10	48	1.37
18558684--18558964	63	4.5	63	100	0	562	38	1	11	49	1.48
18564733--18564780	22	2.2	22	84	0	60	41	41	0	16	1.48
18564793--18564834	22	1.9	22	85	9	59	30	35	0	33	1.58
18564946--18564984	21	1.9	20	89	5	60	38	41	2	17	1.64
18564995--18565043	21	2.3	22	82	3	64	38	28	4	28	1.75
18565423--18566036	229	2.7	228	85	3	795	32	20	17	29	1.96
18565470--18566205	231	3.2	225	80	5	737	30	21	17	31	1.96
18576587--18576623	17	2.1	18	90	5	58	45	5	5	43	1.49
18578920--18578951	10	3.4	10	83	16	50	78	0	12	9	0.97
18578915--18578951	17	2.2	16	90	9	56	78	0	10	10	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18578915--18578959	18	2.5	18	92	7	74	77	2	8	11	1.07
18579646--18580277	85	7.4	85	68	11	279	26	19	22	31	1.98
18579644--18580270	44	14.6	43	71	9	354	26	19	22	31	1.98
18579644--18580277	129	4.9	129	89	1	943	26	19	22	31	1.98
18580291--18580386	50	1.9	50	89	0	147	27	14	23	34	1.94
18580478--18581130	45	14.5	44	81	6	731	30	22	16	30	1.96
18580478--18581126	90	7.2	89	87	2	813	31	22	16	30	1.96
18581245--18581499	50	5.1	49	68	5	172	25	18	21	34	1.96
18581167--18581510	100	3.4	99	86	2	447	25	21	21	31	1.98
18582342--18582424	38	2.2	38	85	8	107	45	9	20	24	1.80
18582356--18582432	38	2.0	38	95	5	138	44	10	19	25	1.83
18582790--18582837	12	4.0	12	89	5	71	6	14	0	79	0.92
18582791--18582837	17	2.7	18	81	15	55	6	14	0	78	0.93
18583268--18583303	14	2.6	13	87	12	54	2	0	11	86	0.68
18587936--18587980	18	2.5	18	85	7	56	75	2	6	15	1.11
18587936--18587971	17	2.2	17	90	9	58	75	0	8	16	1.04
18588754--18588798	20	2.2	20	84	7	56	53	6	6	33	1.53
18590050--18590166	51	2.4	50	79	12	125	58	4	3	34	1.35
18590255--18590289	17	2.1	17	88	0	52	57	2	5	34	1.37
18594245--18594283	18	2.0	20	85	9	55	46	7	7	38	1.61
18601912--18602237	46	7.6	45	84	10	377	35	13	21	29	1.91
18604770--18604804	17	2.1	17	88	0	52	34	5	20	40	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18611359--18611456	25	4.0	24	74	11	90	23	22	23	30	1.99
18612066--18612157	30	3.0	30	88	3	121	33	21	23	20	1.97
18612265--18612328	26	2.5	26	79	5	76	37	25	21	15	1.93
18612498--18612729	27	8.7	27	84	4	238	19	15	19	45	1.85
18612498--18612729	53	4.4	54	87	4	258	19	15	19	45	1.85
18631093--18631432	169	2.0	169	100	0	680	31	17	16	35	1.92
18632066--18632117	24	2.2	24	85	0	68	36	5	9	48	1.60
18648236--18648267	12	2.6	12	95	5	55	71	0	15	12	1.14
18648165--18648274	57	1.9	58	81	5	134	48	8	16	27	1.74
18663114--18663160	19	2.5	20	80	13	55	46	0	34	19	1.50
18674142--18674195	23	2.3	23	84	6	74	38	22	11	27	1.88
18674142--18674205	23	2.8	22	75	15	67	39	23	10	26	1.88
18674309--18674353	18	2.6	17	82	6	54	26	35	15	22	1.94
18674317--18674353	18	2.1	18	89	0	56	27	40	13	18	1.88
18674709--18674766	21	2.7	22	82	10	68	36	18	13	31	1.90
18675299--18675343	18	2.5	18	85	7	56	17	17	20	44	1.87
18675318--18675355	17	2.2	18	85	4	51	21	15	18	44	1.86
18675800--18675899	48	2.1	49	88	1	148	35	4	21	40	1.72
18678164--18678224	21	2.9	21	80	0	59	29	22	22	24	1.99
18686415--18687914	749	2.0	749	99	0	2982	28	16	21	33	1.95
18695268--18695319	24	2.2	24	89	0	77	55	9	1	32	1.43
18705576--18705701	26	4.9	26	85	6	159	33	14	20	31	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18713128--18713224	33	3.0	33	77	13	103	29	22	25	21	1.99
18713160--18713218	30	1.9	31	93	3	102	28	23	28	18	1.98
18713570--18713711	27	5.3	27	79	2	144	19	18	19	42	1.89
18714817--18714858	12	3.4	12	75	18	50	26	40	4	28	1.76
18715882--18716017	40	3.4	39	78	8	141	41	21	16	20	1.91
18716066--18716329	41	6.6	41	84	4	367	22	22	24	30	1.99
18716066--18716327	118	2.2	120	86	4	359	22	22	24	30	1.99
18717129--18717184	7	8.1	7	80	4	51	17	1	41	39	1.60
18717473--18717505	16	2.1	16	94	0	57	12	6	45	36	1.66
18717594--18717656	20	3.1	20	77	11	74	50	0	4	44	1.23
18717597--18717656	10	5.8	10	78	11	59	48	0	5	46	1.24
18717994--18718057	32	2.0	32	96	0	119	18	14	25	42	1.88
18719319--18719347	15	1.9	15	100	0	58	34	20	17	27	1.95
18721235--18721269	16	2.2	16	94	0	61	14	11	14	60	1.60
18722591--18722860	43	6.3	43	75	9	212	22	19	31	26	1.98
18722611--18722859	85	2.9	86	84	3	324	24	19	30	25	1.98
18731499--18731596	23	4.3	23	85	0	115	36	28	18	16	1.92
18739887--18739948	30	2.1	30	93	0	106	22	3	14	59	1.49
18740584--18740629	19	2.4	19	76	20	51	54	2	0	43	1.12
18746689--18746758	17	3.8	17	74	17	68	35	2	0	61	1.11
18746742--18746834	11	8.9	11	68	23	58	37	2	0	60	1.09
18746692--18746834	40	3.5	40	93	3	225	35	2	0	61	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18748379--18748418	21	1.9	20	85	10	53	62	5	0	32	1.17
18751927--18751964	20	1.9	20	88	0	58	42	7	5	44	1.56
18752018--18752063	18	2.6	18	78	0	56	50	2	0	47	1.13
18755848--18756241	50	7.8	50	77	7	368	25	15	27	31	1.96
18755852--18756045	102	1.9	101	88	1	289	24	17	27	31	1.97
18755850--18756241	101	3.9	100	79	6	362	25	16	27	31	1.96
18755848--18756194	151	2.3	152	96	0	651	24	16	27	31	1.96
18762379--18762416	2	19.0	2	94	0	67	0	47	2	50	1.15
18763938--18764076	72	1.9	72	91	1	226	28	15	14	41	1.86
18764455--18764777	109	3.0	110	89	5	521	30	16	15	37	1.90

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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