genome.fa.s22.2.7.7.80.10.50.1000.55.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr2
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  50190067

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          161   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17179523--17179563	21	2.0	21	95	0	73	24	7	14	53	1.66
17180368--17180491	43	2.9	43	83	3	135	32	27	15	25	1.95
17187292--17187460	43	4.0	43	80	6	139	31	26	15	27	1.96
17187998--17188024	14	1.9	14	100	0	54	88	3	7	0	0.61
17189102--17189406	40	7.7	40	91	3	438	24	21	27	26	1.99
17190507--17190560	28	1.9	28	85	7	74	25	22	1	50	1.59
17192699--17192724	6	4.3	6	100	0	52	15	15	15	53	1.73
17197511--17197553	15	2.9	15	78	0	59	25	13	4	55	1.58
17200612--17200638	6	4.5	6	100	0	54	0	81	0	18	0.69
17208848--17208923	9	8.4	9	77	11	84	42	18	9	30	1.81
17208848--17208923	27	2.8	27	84	4	100	42	18	9	30	1.81
17209002--17209045	18	2.4	18	88	7	63	13	2	43	40	1.57
17215139--17215197	21	2.9	21	80	5	68	16	23	16	42	1.89
17221140--17221204	31	2.1	31	85	0	85	38	7	15	38	1.76
17221150--17221211	31	2.0	31	83	0	79	40	8	14	37	1.76
17222196--17222302	50	2.1	50	81	3	126	33	18	24	23	1.97
17225347--17225393	13	3.5	13	77	5	58	8	23	10	57	1.60
17225341--17225396	27	2.1	27	100	0	112	7	26	10	55	1.60
17234587--17234635	23	2.1	23	84	0	62	38	2	0	59	1.09
17242402--17242483	42	2.0	41	97	0	146	36	23	10	28	1.88
17246427--17246529	42	2.5	42	91	0	170	16	34	26	22	1.95
17246857--17246913	29	2.0	29	100	0	114	38	12	3	45	1.59
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17247784--17247826	20	2.2	19	88	12	61	18	18	4	58	1.56
17248418--17248482	25	2.6	25	92	0	103	32	24	21	21	1.98
17252378--17252415	16	2.4	16	90	0	58	42	5	23	28	1.76
17252394--17252489	45	2.2	44	88	5	140	32	5	25	37	1.78
17253023--17253217	23	8.5	23	72	9	121	41	23	4	30	1.73
17253015--17253080	22	3.0	21	73	6	60	45	24	3	27	1.68
17253091--17253217	46	2.7	46	86	1	155	40	22	4	31	1.75
17258040--17258137	45	2.2	46	90	3	155	32	18	19	29	1.96
17260766--17260810	21	2.1	21	100	0	90	28	8	11	51	1.68
17261369--17261524	43	3.7	43	79	10	176	30	16	25	28	1.96
17263338--17263529	52	3.6	52	81	4	240	48	14	7	29	1.71
17270916--17270983	33	2.1	33	100	0	136	42	5	23	27	1.77
17273606--17273720	31	3.7	31	89	1	169	28	6	18	46	1.75
17274073--17274228	78	2.0	78	98	0	303	35	9	23	30	1.87
17284244--17284286	18	2.3	19	88	4	61	34	9	0	55	1.32
17284778--17284808	3	10.3	3	100	0	62	35	0	0	64	0.94
17290396--17290445	9	5.2	10	75	15	52	68	2	0	30	1.01
17290396--17290445	20	2.6	18	84	9	64	68	2	0	30	1.01
17290524--17290556	16	2.0	17	94	5	59	63	0	0	36	0.95
17290915--17290964	18	2.7	18	78	3	55	34	2	0	64	1.05
17290992--17291040	9	5.7	9	85	7	66	30	0	2	67	1.02
17290969--17291073	49	2.1	50	80	5	115	24	0	4	69	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17295011--17295079	34	2.0	34	94	0	120	39	17	2	40	1.64
17298268--17298413	37	4.0	37	93	1	242	24	21	16	36	1.94
17298377--17298645	46	5.6	46	84	10	340	28	22	14	34	1.93
17298420--17298639	52	4.3	52	85	8	299	27	22	14	35	1.93
17298377--17298645	98	2.7	98	93	0	457	28	22	14	34	1.93
17301771--17301916	49	3.0	49	90	1	229	32	29	13	23	1.93
17303169--17303314	37	4.0	37	93	1	242	24	21	16	36	1.94
17303278--17303546	46	5.6	46	84	10	340	28	22	14	34	1.93
17303321--17303540	52	4.3	52	85	8	299	27	22	14	35	1.93
17303278--17303546	98	2.7	98	93	0	457	28	22	14	34	1.93
17309724--17309971	124	2.1	118	84	9	322	36	10	13	39	1.79
17317015--17317075	29	2.1	28	84	3	77	29	14	13	42	1.84
17317294--17317575	125	2.3	125	87	5	401	30	14	21	32	1.93
17320398--17322408	29	68.6	29	81	7	2167	33	1	21	43	1.61
17320466--17320624	80	2.0	80	88	0	237	33	1	24	40	1.66
17320500--17320563	22	2.8	22	78	4	74	29	3	31	35	1.73
17320500--17320593	46	2.1	46	82	6	111	31	2	26	39	1.68
17320398--17322408	121	17.1	120	82	9	1983	33	1	21	43	1.61
17327898--17327956	24	2.5	24	100	0	118	42	3	3	50	1.35
17327948--17328016	5	13.8	5	100	0	138	40	0	0	59	0.97
17330139--17330200	31	2.0	31	96	0	115	37	27	6	29	1.82
17330723--17330906	50	3.7	50	84	0	224	20	29	22	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17330722--17330902	100	1.8	101	86	1	265	20	28	22	28	1.99
17331244--17331300	30	1.9	30	85	0	78	28	22	10	38	1.87
17334435--17334472	14	2.7	14	80	12	51	31	0	13	55	1.38
17334631--17334751	41	3.0	41	80	2	109	18	20	25	35	1.95
17338200--17338721	50	10.6	50	81	4	598	28	19	31	19	1.97
17338198--17338721	97	5.3	97	88	2	672	28	20	31	19	1.97
17345784--17345815	11	2.9	11	90	0	55	9	6	28	56	1.55
17357136--17357217	43	1.9	42	82	2	101	31	7	26	34	1.84
17357443--17357502	6	10.0	6	92	0	93	18	3	15	63	1.44
17357431--17357502	18	4.0	18	87	0	90	19	5	13	61	1.52
17357948--17357991	15	2.9	15	86	0	61	20	9	34	36	1.84
17359678--17359727	25	2.0	25	88	3	75	30	4	20	46	1.69
17359749--17359841	26	3.5	26	81	10	100	26	8	15	49	1.73
17359749--17359841	28	3.5	28	83	7	97	26	8	15	49	1.73
17360514--17360583	21	3.5	21	66	16	58	32	38	15	12	1.86
17360994--17361038	22	2.0	24	86	8	67	46	2	24	26	1.64
17362661--17362720	24	2.5	24	81	5	68	46	3	11	38	1.57
17363999--17364036	14	2.6	15	87	4	51	13	0	10	76	1.02
17364533--17365730	44	27.3	44	71	10	339	27	25	17	28	1.98
17364479--17365573	176	6.2	176	92	1	1779	27	25	18	28	1.98
17364479--17365573	524	2.1	526	91	1	1775	27	25	18	28	1.98
17364572--17366038	88	16.7	88	72	11	755	28	25	17	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17365434--17366036	132	4.6	131	84	6	627	29	25	16	28	1.97
17365532--17366061	44	12.0	44	88	0	756	30	25	16	27	1.97
17368297--17368378	26	2.8	30	70	18	50	14	4	6	74	1.18
17368281--17368377	29	3.4	30	74	14	73	15	5	5	74	1.18
17368334--17368386	27	2.0	27	92	3	90	13	3	7	75	1.15
17373994--17374053	24	2.5	24	81	5	68	46	3	11	38	1.57
17375592--17375661	36	1.9	36	94	0	122	48	24	8	18	1.76
17376019--17376091	3	24.3	3	88	0	110	0	30	0	69	0.88
17376013--17376079	21	3.1	21	97	2	125	1	28	0	70	0.96
17376425--17376453	7	4.1	7	100	0	58	44	0	13	41	1.44
17377032--17377169	46	2.8	49	79	13	149	45	10	10	32	1.74
17377085--17377177	46	2.0	46	91	0	150	46	10	9	33	1.71
17381241--17381446	63	3.3	62	83	6	229	48	18	19	14	1.82
17381241--17381448	21	9.9	21	77	7	181	48	18	19	13	1.81
17388365--17388513	42	3.6	41	82	5	165	19	18	16	45	1.85
17388363--17388534	21	8.2	21	73	2	112	18	19	16	45	1.86
17395269--17395457	21	9.1	21	72	3	123	16	20	15	48	1.82
17395268--17395422	42	3.7	42	80	3	161	16	19	14	49	1.80
17396946--17396997	24	2.2	24	82	0	59	34	11	36	17	1.86
17398596--17398657	21	2.9	22	78	2	72	45	16	19	19	1.86
17400726--17400872	56	2.9	50	80	13	160	45	14	7	31	1.73
17400780--17400869	46	2.0	46	90	0	144	47	13	7	31	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17404324--17404382	31	1.9	31	89	3	93	25	16	6	50	1.70
17408321--17408365	6	7.5	6	97	0	72	37	35	0	26	1.57
17408624--17408696	29	2.5	29	86	2	92	46	15	5	32	1.68
17409746--17409905	60	2.6	61	85	2	214	19	20	20	40	1.92
17418256--17418330	18	4.2	18	73	14	57	21	1	5	72	1.13
17418269--17418354	9	10.1	8	71	27	54	25	2	2	69	1.12
17418266--17418374	34	3.3	34	92	2	168	23	4	1	69	1.17
17418805--17418840	3	12.0	3	100	0	72	66	0	0	33	0.92
17428272--17428301	12	2.5	12	94	0	51	36	20	13	30	1.90
17429085--17429168	41	2.0	41	97	0	159	39	13	14	33	1.84

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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