genome.fa.s22.2.7.7.80.10.50.1000.3.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr2
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  50190067

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   

This is table  3  of  161  ( 19208 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
645120--645146	14	1.9	14	100	0	54	0	7	3	88	0.61
645624--645721	49	2.0	49	93	0	169	24	24	19	31	1.98
651435--651696	39	6.7	40	88	7	337	24	27	22	25	2.00
652775--652799	13	1.9	13	100	0	50	0	8	4	88	0.64
658686--658956	50	5.6	49	77	12	222	25	26	19	28	1.99
658685--658909	98	2.3	96	83	8	269	24	26	20	28	1.99
658685--658956	96	2.8	99	79	11	276	25	26	19	28	1.99
658685--658956	146	1.9	148	88	3	415	25	26	19	28	1.99
664744--665914	50	23.5	50	95	2	2062	25	26	19	28	1.99
668272--668417	40	3.7	40	84	7	181	23	22	27	26	2.00
668272--668450	80	2.2	80	81	6	195	25	21	26	25	2.00
673826--673874	18	2.6	19	78	18	57	22	2	2	73	1.04
673825--673874	22	2.3	22	83	10	66	22	2	2	74	1.03
680557--680604	25	1.9	25	87	8	71	20	20	22	35	1.96
680797--680858	31	2.1	30	82	11	74	43	8	16	32	1.77
684815--684893	37	2.1	37	92	0	131	15	11	31	41	1.82
689219--689355	45	3.1	45	80	2	143	23	18	26	32	1.97
703198--703248	21	2.4	21	90	0	75	33	3	15	47	1.64
706671--706755	42	2.0	42	97	0	161	37	9	5	47	1.60
706915--706984	24	3.0	23	81	8	70	37	4	5	52	1.45
712644--712678	7	5.0	7	86	13	54	68	0	17	14	1.21
714154--714242	44	2.0	44	84	0	115	31	21	22	24	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
714026--715006	142	6.9	142	96	0	1692	32	18	21	28	1.96
714438--714957	44	11.1	44	69	16	307	32	18	21	27	1.97
714546--714947	98	4.2	96	67	20	277	32	19	20	27	1.97
714878--714977	44	2.3	44	80	3	121	33	20	19	28	1.96
715074--715448	50	7.5	50	76	2	376	32	23	19	24	1.97
715054--715464	100	4.1	100	95	0	723	31	23	19	25	1.98
717137--717191	24	2.3	24	84	6	67	38	5	7	49	1.54
720680--720723	22	2.0	22	82	4	54	45	25	18	11	1.82
724911--724945	18	1.9	18	88	11	54	22	20	0	57	1.41
725879--725915	11	3.2	12	85	14	51	13	5	8	72	1.24
735554--735592	20	2.0	20	85	10	53	38	10	10	41	1.73
741147--741206	27	2.2	27	100	0	120	30	0	13	56	1.37
749327--749641	53	6.0	52	84	4	339	31	13	23	31	1.94
749327--749644	79	4.0	81	85	4	391	31	13	23	31	1.93
749326--749636	132	2.4	132	87	2	446	31	13	23	31	1.93
749327--749644	27	12.0	27	80	9	352	31	13	23	31	1.93
749806--749876	27	2.6	27	78	8	81	45	11	22	21	1.83
754782--754928	50	2.9	52	83	5	201	26	15	27	30	1.96
754840--754921	26	3.2	26	64	27	66	25	12	26	35	1.91
754928--755014	45	1.9	45	88	0	129	26	16	21	35	1.94
757587--757676	3	30.3	3	73	6	76	63	3	5	27	1.33
757570--757670	15	6.9	14	75	5	69	62	3	4	28	1.34
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
759047--759156	35	3.1	35	88	2	168	43	28	10	18	1.82
762143--762331	51	3.7	50	83	6	247	30	26	16	25	1.97
762145--762329	101	1.8	101	89	3	291	30	25	17	25	1.97
762489--762520	16	2.0	16	93	0	55	37	15	6	40	1.73
764822--764866	17	2.8	16	80	12	56	57	0	2	40	1.11
768059--768103	13	3.5	13	84	0	63	44	11	13	31	1.78
768059--768109	26	2.0	26	96	0	93	45	11	13	29	1.79
768059--768125	26	2.6	26	85	4	73	44	16	11	26	1.82
768328--768376	19	2.5	20	83	12	66	42	4	0	53	1.20
768426--768501	38	2.1	36	82	5	89	50	1	0	48	1.09
771180--771220	3	14.0	3	94	5	75	31	0	0	68	0.90
771649--771682	17	2.0	17	88	0	50	26	2	5	64	1.30
775283--775322	20	2.0	20	95	0	71	32	25	12	30	1.92
782132--782177	23	2.0	23	95	0	83	36	13	32	17	1.88
783335--783729	100	4.0	100	94	0	657	30	20	23	25	1.99
783382--783755	50	7.5	50	70	4	268	30	20	24	24	1.99
785918--785951	17	2.0	17	88	0	50	26	2	5	64	1.30
790013--790063	25	2.0	26	96	3	95	43	0	0	56	0.99
790692--790716	8	3.1	8	100	0	50	24	0	0	76	0.80
797905--797951	24	1.9	25	83	12	62	53	19	8	19	1.70
803331--803361	13	2.4	13	94	0	53	25	3	9	61	1.42
803457--803708	50	5.1	50	92	0	380	24	21	33	20	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
850354--850383	10	3.0	10	100	0	60	40	0	40	20	1.52
855746--855779	16	2.2	16	89	5	52	8	41	0	50	1.34
857053--857097	22	2.0	22	83	8	56	28	2	20	48	1.61
868968--869039	36	2.0	36	86	0	99	15	20	12	51	1.75
873967--874000	16	2.2	16	94	5	61	52	14	5	26	1.64
888990--889033	11	3.6	11	80	19	52	45	18	6	29	1.75
896330--896477	40	3.7	40	93	0	242	30	21	27	20	1.98
900816--900863	20	2.3	21	82	10	55	31	22	31	14	1.94
900824--900863	21	2.0	20	85	5	53	30	20	32	17	1.95
921195--921232	17	2.2	18	86	13	53	18	26	0	55	1.43
927206--927382	27	6.5	27	80	3	167	26	15	29	28	1.96
927206--927361	82	1.9	81	85	3	215	26	16	29	27	1.96
929865--929983	59	2.0	59	95	0	211	30	5	15	48	1.67
933051--933091	21	2.0	21	85	0	55	31	4	0	63	1.15
933314--933345	16	2.0	16	93	0	55	25	15	0	59	1.36
933569--933763	51	3.8	51	75	8	209	30	25	17	26	1.97
933572--933755	101	1.8	102	85	3	264	30	23	18	27	1.97
940563--940957	47	8.4	47	95	0	655	33	8	28	28	1.87
941076--941154	37	2.1	37	86	4	106	25	17	30	26	1.97
946783--946821	19	2.1	19	95	0	69	51	10	10	28	1.68
946773--946898	54	2.3	54	91	0	207	45	14	8	31	1.75
946837--946873	19	1.9	19	88	0	56	54	10	5	29	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
949192--949235	19	2.3	19	100	0	88	0	45	25	29	1.54
952880--952918	19	2.1	19	95	0	69	51	10	10	28	1.68
952870--952995	54	2.3	54	91	0	207	45	14	8	31	1.75
952934--952970	19	1.9	19	88	0	56	54	10	5	29	1.57
957659--957719	25	2.4	25	81	10	72	39	3	0	57	1.15
968426--968479	27	2.0	27	81	0	63	37	24	16	22	1.94
968274--968593	168	1.9	168	95	0	577	34	25	11	28	1.91
970847--970908	10	5.9	10	74	10	52	33	32	3	30	1.74
970847--970909	21	3.0	21	88	2	90	33	33	3	30	1.74
980731--980755	12	2.1	12	100	0	50	76	8	0	16	1.02
982797--982852	26	2.2	26	100	0	112	30	7	19	42	1.78
990202--990231	15	2.0	15	100	0	60	46	6	6	40	1.56
993255--993308	25	2.2	25	83	12	67	55	0	1	42	1.10
993972--994033	30	2.1	30	84	6	81	50	9	6	33	1.61
1002160--1002221	20	3.0	20	72	9	52	51	14	4	29	1.63
1002271--1002304	9	3.8	9	88	0	50	47	8	0	44	1.34
1009558--1009697	43	3.3	43	84	0	199	30	29	18	22	1.97
1017054--1017113	22	2.7	22	81	0	75	28	16	26	28	1.97
1019893--1019933	16	2.4	17	88	8	57	24	7	2	65	1.30
1019992--1020193	43	4.7	43	89	0	305	30	30	17	21	1.96
1021127--1021589	23	20.3	23	69	15	248	40	23	5	30	1.77
1021135--1021587	91	5.0	91	77	7	384	41	23	5	30	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1021179--1021587	137	3.0	137	94	1	703	41	23	4	30	1.75
1021925--1022008	39	2.1	39	84	4	105	52	4	11	30	1.59
1025329--1025391	22	2.8	22	92	7	101	55	6	11	26	1.59
1026468--1026663	41	4.8	41	82	3	243	28	23	26	21	1.99
1028678--1028898	40	5.6	40	79	8	211	24	20	27	27	1.99
1036597--1036806	40	5.3	39	89	4	242	25	21	27	25	1.99
1036544--1036806	120	2.2	120	82	4	309	25	21	27	25	1.99
1036545--1036841	80	3.7	80	81	6	230	26	21	27	24	1.99
1041455--1041480	12	2.2	12	100	0	52	76	7	0	15	0.99
1041495--1041538	14	3.1	15	77	12	56	79	0	18	2	0.83

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
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