genome.fa.s22.2.7.7.80.10.50.1000.60.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr2
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  50190067

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          161   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18764490--18764825	109	3.1	106	76	13	326	31	15	14	38	1.88
18770891--18770959	30	2.3	30	82	0	75	26	36	21	15	1.94
18774636--18774676	15	2.8	15	88	3	57	73	0	4	21	1.02
18776169--18776215	25	1.9	25	91	4	78	46	27	12	12	1.78
18779591--18779648	25	2.3	25	80	14	66	29	0	5	65	1.14
18779613--18779661	19	2.6	18	78	12	53	26	2	8	63	1.34
18781500--18781542	20	2.2	20	91	0	68	25	18	18	37	1.94
18791725--18791756	16	1.9	17	93	6	57	31	0	12	56	1.37
18807910--18807940	7	4.4	7	100	0	62	87	0	0	12	0.55
18809572--18809695	5	23.4	5	72	19	51	73	3	4	18	1.15
18809611--18809677	16	4.3	15	76	14	64	77	0	7	14	0.97
18809632--18809696	11	6.1	11	70	20	57	76	1	3	18	0.99
18809614--18809690	37	2.1	38	87	7	113	76	1	6	15	1.05
18809618--18809677	31	1.9	32	86	10	88	78	0	6	15	0.95
18821315--18821349	16	2.2	16	90	10	54	34	17	0	48	1.47
18823906--18823937	3	10.7	3	100	0	64	34	0	34	31	1.58
18830087--18830437	47	7.4	47	95	1	603	32	7	29	29	1.86
18847422--18847454	14	2.3	15	89	5	50	0	21	0	78	0.75
18850018--18850050	17	1.9	17	88	11	50	48	3	9	39	1.50
18851011--18851347	43	7.8	43	85	2	417	24	28	21	25	1.99
18851665--18851719	21	2.6	21	88	0	74	5	43	16	34	1.71
18851686--18851883	87	2.3	87	88	3	283	10	30	19	39	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18851767--18851817	21	2.4	21	86	0	66	3	41	17	37	1.68
18856489--18856519	16	1.9	16	100	0	62	32	9	25	32	1.88
18871297--18871353	15	3.9	14	75	6	51	24	0	7	68	1.14
18874850--18874910	27	2.2	28	79	2	70	44	6	4	44	1.51
18874858--18874910	28	1.9	27	84	3	70	45	7	3	43	1.50
18875096--18875127	15	2.2	15	94	5	57	53	6	3	37	1.42
18875110--18875159	19	2.7	19	87	6	68	48	8	14	30	1.72
18878321--18878363	21	2.0	23	81	9	54	32	11	11	44	1.77
18886102--18886314	108	2.0	108	98	0	408	33	15	23	27	1.95
18886480--18886571	45	2.0	45	93	0	157	31	18	32	17	1.94
18891551--18891580	15	1.9	16	93	6	53	43	0	0	56	0.99
18902793--18902817	13	1.9	13	100	0	50	36	0	8	56	1.29
18902975--18903109	50	2.7	50	81	0	162	27	22	25	23	2.00
18912693--18912880	50	3.6	50	79	4	160	27	21	26	24	1.99
18920034--18920211	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
18920035--18920190	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
18920031--18920211	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
18928057--18928234	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
18928058--18928213	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
18928054--18928234	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
18931136--18932044	466	2.0	466	94	0	1611	40	10	20	28	1.86
18932174--18932205	15	2.1	15	100	0	64	31	18	15	34	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18940054--18940104	23	2.2	23	92	0	84	41	21	9	27	1.84
18946986--18947026	19	2.2	19	86	4	57	24	4	7	63	1.40
18965436--18965706	135	2.0	135	93	0	461	25	17	11	45	1.83
18966173--18966203	16	1.9	16	93	0	53	9	3	9	77	1.10
18988533--18988757	40	5.7	40	84	5	269	24	21	28	25	1.99
18988614--18988776	40	4.1	40	88	3	136	23	22	29	24	1.99
18988572--18988790	80	2.8	80	82	6	216	26	21	27	25	1.99
19001263--19001462	93	2.2	86	82	10	231	37	17	9	36	1.82
19001573--19001648	30	2.6	29	81	8	91	60	0	2	36	1.11
19001585--19001627	22	1.9	23	85	4	61	60	0	2	37	1.10
19001573--19001640	29	2.3	29	85	5	84	58	0	1	39	1.07
19001789--19001859	21	3.3	21	68	14	63	22	5	4	67	1.29
19001780--19001874	44	2.1	45	96	1	174	22	6	4	67	1.31
19005554--19005678	43	2.9	43	76	10	128	22	16	28	32	1.95
19009757--19009804	24	2.0	24	84	12	62	64	10	2	22	1.35
19012989--19013030	22	1.9	22	85	0	57	19	23	28	28	1.98
19016867--19017009	61	2.3	61	80	2	171	37	11	25	25	1.90
19017109--19017165	27	2.1	27	81	9	64	29	15	26	28	1.96
19023476--19023529	25	2.2	25	89	0	81	46	24	20	9	1.79
19026948--19026976	8	3.6	8	100	0	58	75	0	0	24	0.80
19027457--19027507	23	2.2	23	92	0	84	27	9	21	41	1.84
19030064--19030105	21	2.0	21	86	9	59	52	28	11	7	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19032274--19032876	41	14.7	41	100	0	1206	26	21	31	19	1.98
19041075--19041343	41	6.6	41	96	0	459	28	21	30	19	1.97
19046651--19047215	293	1.9	291	88	1	812	32	15	21	30	1.94
19048173--19048220	24	1.9	25	83	8	62	16	4	14	64	1.43
19057005--19057074	25	2.8	25	88	0	104	34	21	21	22	1.97
19080541--19080600	27	2.2	27	87	0	84	10	15	38	36	1.80
19081104--19081158	23	2.5	23	94	5	96	10	21	3	63	1.42
19084217--19084246	13	2.2	14	94	5	53	20	0	10	70	1.16
19085212--19085303	46	2.0	46	91	0	148	28	18	25	28	1.98
19089306--19089347	22	2.0	22	95	4	77	16	28	19	35	1.93
19091303--19091393	20	4.6	20	70	10	69	15	35	19	29	1.93
19092024--19092185	82	2.0	82	97	0	306	24	16	15	43	1.87
19093216--19093243	13	2.2	13	100	0	56	25	7	14	53	1.66
19095643--19095687	21	2.1	21	83	0	54	2	31	0	66	1.04
19095896--19096560	215	3.0	215	82	9	786	26	19	13	40	1.89
19096596--19096640	18	2.6	17	77	19	56	0	28	2	68	1.01
19097077--19097128	19	2.6	19	85	11	61	67	1	26	3	1.18
19100077--19100144	28	2.5	28	90	2	111	52	10	1	35	1.44
19102190--19102270	37	2.2	38	95	2	146	41	2	2	53	1.27
19102410--19102651	19	11.2	21	68	22	112	54	13	0	31	1.42
19102463--19102653	19	10.2	19	70	20	127	54	12	0	32	1.38
19102463--19102571	21	4.9	22	78	15	109	55	12	0	32	1.38
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19102463--19102597	70	2.0	68	82	8	166	55	14	0	30	1.39
19102525--19102687	80	2.0	81	88	5	240	56	13	0	29	1.42
19102808--19102856	3	17.3	3	83	12	68	0	34	0	65	0.93
19102804--19102853	11	4.6	11	83	16	61	0	34	0	66	0.92
19102804--19102865	14	4.4	14	89	4	81	0	35	0	64	0.94
19107587--19107619	14	2.4	14	85	5	50	66	0	15	18	1.25
19116199--19116241	21	2.0	21	86	0	59	79	0	13	6	0.93
19116793--19117932	89	12.7	89	91	1	1611	26	23	18	31	1.98
19116793--19117932	181	6.4	179	89	2	1610	26	23	18	31	1.98
19119205--19119237	13	2.3	15	85	15	52	12	15	0	72	1.12
19119205--19119237	7	4.7	7	85	14	50	12	15	0	72	1.12
19124615--19124655	21	1.9	22	85	5	57	73	2	17	7	1.17
19125223--19125284	32	1.9	32	86	0	88	33	24	3	38	1.71
19128805--19128844	16	2.5	17	88	12	66	35	5	30	30	1.79
19128826--19128918	44	2.1	44	88	6	134	32	4	25	37	1.76
19129032--19129160	56	2.3	56	78	9	136	50	4	0	44	1.28
19135514--19135646	49	2.7	48	78	10	142	36	21	21	20	1.95
19135636--19135751	48	2.4	48	81	5	144	23	25	28	23	1.99
19148680--19148711	7	4.6	7	96	0	55	3	0	9	87	0.64
19149318--19149454	68	2.0	68	88	2	204	23	21	33	21	1.97
19158903--19158942	21	1.9	21	85	10	55	40	0	10	50	1.36
19159772--19159817	24	1.9	24	82	8	58	41	8	17	32	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19166303--19166345	21	2.1	20	82	4	50	48	2	0	48	1.14
19173890--19174240	132	2.7	132	89	0	549	28	18	23	29	1.98
19174217--19174324	44	2.5	44	87	3	155	29	14	25	30	1.95
19175787--19175856	28	2.5	27	75	11	70	30	21	25	22	1.99
19176052--19176236	32	5.8	32	87	1	255	39	21	18	21	1.93
19176415--19176469	24	2.3	23	81	9	74	45	23	9	21	1.80
19176505--19176874	27	13.7	27	84	1	447	24	20	20	35	1.96
19182037--19182269	115	2.0	115	100	0	466	23	18	27	29	1.98
19187992--19188067	27	3.1	23	75	18	73	42	2	6	48	1.43
19188502--19188561	28	2.1	28	96	0	111	33	6	8	51	1.58

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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