genome.fa.s22.2.7.7.80.10.50.1000.63.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr2
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  50190067

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   

This is table  63  of  161  ( 19208 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19746337--19746448	14	7.4	14	69	20	64	47	29	2	20	1.64
19746337--19746385	14	3.4	14	88	5	71	46	32	0	20	1.51
19746618--19747017	41	9.9	41	88	2	592	31	28	20	18	1.97
19747075--19747190	40	3.0	40	80	2	137	23	22	20	33	1.97
19754073--19754110	11	3.5	11	85	7	51	76	0	2	21	0.91
19754074--19754110	10	3.6	10	92	3	56	75	0	2	21	0.92
19754430--19754476	14	3.0	16	78	15	53	29	0	4	65	1.11
19754437--19754476	14	2.6	15	84	15	55	30	0	2	67	1.04
19755231--19755258	6	4.7	6	100	0	56	32	0	0	67	0.91
19755231--19755266	18	2.0	18	88	0	54	30	2	0	66	1.06
19761804--19762041	84	2.8	84	96	0	449	34	26	17	21	1.95
19761806--19762038	41	5.6	40	82	8	295	35	26	17	21	1.95
19764179--19764242	27	2.4	27	83	0	83	23	10	29	35	1.89
19764480--19764715	41	5.8	41	85	2	332	22	19	30	27	1.97
19765061--19765097	15	2.5	15	91	4	58	24	0	35	40	1.55
19765124--19765177	15	3.6	16	79	16	55	24	1	38	35	1.66
19765453--19765519	21	3.2	20	70	12	55	20	1	29	47	1.59
19768762--19768817	27	2.1	27	83	6	69	26	8	1	62	1.35
19769965--19770055	43	2.1	43	87	2	130	34	10	9	45	1.73
19770406--19770533	43	3.0	43	78	6	136	25	18	25	30	1.98
19770505--19770561	28	2.0	28	86	0	78	29	17	26	26	1.97
19770461--19770604	71	2.0	72	89	4	220	27	17	25	29	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19770533--19770615	43	1.9	43	87	4	123	27	13	25	33	1.93
19770718--19770760	22	2.0	22	90	0	68	48	27	13	9	1.73
19774163--19774478	41	7.7	41	92	1	499	17	22	30	30	1.96
19775012--19775043	7	4.6	7	92	0	55	12	0	53	34	1.39
19775012--19775051	21	1.9	21	84	0	53	17	0	50	32	1.47
19775646--19775699	27	2.0	27	100	0	108	55	3	18	22	1.58
19780502--19780549	22	2.0	23	84	11	62	54	2	2	41	1.24
19780602--19780710	43	2.6	43	86	4	141	22	16	33	28	1.95
19780720--19780802	42	1.9	42	82	4	103	30	26	19	24	1.98
19782816--19782998	79	2.3	81	82	7	214	25	22	27	24	2.00
19782817--19783000	40	4.6	40	80	9	198	25	22	28	23	2.00
19782869--19783033	79	2.1	79	82	6	192	26	21	27	24	1.99
19793443--19793510	33	2.1	33	97	0	127	25	11	16	47	1.80
19796727--19796761	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
19796871--19796905	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
19797067--19797161	45	2.1	45	88	1	138	32	27	5	34	1.79
19797142--19797193	16	3.2	16	88	0	77	34	34	0	30	1.58
19798059--19798090	6	5.3	6	100	0	64	18	18	31	31	1.95
19801156--19801211	18	3.2	18	72	10	53	60	1	1	35	1.17
19805289--19805344	4	13.2	4	78	17	60	73	1	0	25	0.93
19807122--19807182	30	2.0	30	90	0	95	13	29	32	24	1.93
19808975--19809056	6	13.5	6	75	10	60	79	6	4	9	1.05
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19815078--19815138	30	2.0	30	83	0	77	14	29	32	22	1.94
19817232--19817271	14	2.8	14	96	3	71	7	5	25	62	1.42
19822133--19822163	15	2.1	15	100	0	62	38	6	32	22	1.80
19823121--19823163	22	2.0	22	90	0	68	48	4	0	46	1.22
19837336--19837429	46	2.0	46	91	0	152	25	19	20	35	1.96
19844834--19844910	25	3.0	25	81	5	75	32	23	23	20	1.98
19845982--19846274	111	2.7	111	89	3	434	33	20	16	30	1.94
19846321--19846360	20	2.1	18	86	13	53	57	2	15	25	1.50
19846673--19846703	3	10.3	3	92	0	53	64	0	3	32	1.09
19848143--19848248	50	2.1	50	85	0	140	33	19	16	31	1.94
19848226--19848598	50	7.5	49	70	10	209	23	21	22	31	1.98
19848226--19848799	100	5.8	98	83	4	598	23	21	21	32	1.98
19848882--19850492	46	35.2	46	86	1	2097	29	26	16	27	1.97
19851708--19851761	9	6.6	9	75	16	55	11	11	0	77	0.99
19851709--19851758	15	3.3	15	76	23	59	12	12	0	76	1.04
19851724--19851762	11	3.4	11	86	13	60	10	10	0	79	0.94
19852556--19852607	19	2.7	18	91	5	77	1	17	0	80	0.80
19852561--19852602	13	3.3	13	83	9	52	0	16	0	83	0.65
19852602--19852639	8	4.8	8	87	12	60	7	0	13	78	0.94
19852572--19852614	19	2.3	19	91	0	68	2	11	2	83	0.83
19852561--19852660	11	9.2	11	70	6	51	5	8	5	82	0.96
19855364--19855396	9	3.8	9	84	8	50	9	0	3	87	0.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19859377--19859416	3	13.3	3	94	0	71	65	0	2	32	1.06
19861486--19861585	42	2.4	42	94	0	173	24	28	12	36	1.91
19872838--19872919	3	27.3	3	71	18	55	60	4	2	31	1.30
19874245--19874603	43	8.6	43	72	9	285	29	23	19	28	1.98
19874107--19874616	126	4.0	126	91	0	768	27	23	20	28	1.99
19879290--19879354	27	2.5	25	87	9	87	64	3	15	16	1.41
19879309--19879366	27	2.1	27	87	0	80	63	8	12	15	1.50
19890691--19890728	3	12.7	3	100	0	76	68	0	31	0	0.90
19891143--19891177	15	2.3	15	90	9	54	42	20	14	22	1.88
19891552--19891614	19	3.3	20	82	8	78	38	0	1	60	1.07
19891903--19891969	25	2.5	26	77	15	66	17	1	19	61	1.43
19892208--19892256	16	3.1	16	80	8	64	42	6	28	22	1.77
19892211--19892263	16	3.3	15	79	10	61	43	5	28	22	1.76
19892245--19892338	44	2.1	44	88	4	134	30	5	28	35	1.80
19892445--19892489	22	2.1	22	91	4	74	55	2	0	42	1.12
19892451--19892653	28	6.9	29	67	23	97	54	2	0	41	1.22
19892513--19892713	61	3.3	60	73	12	212	50	4	1	42	1.35
19892482--19892747	120	2.2	120	98	0	514	51	3	1	42	1.28
19894898--19895002	51	2.1	50	87	5	149	41	20	10	27	1.84
19895260--19895711	227	2.0	227	96	0	832	33	19	23	23	1.97
19907334--19907372	21	1.9	21	84	5	53	64	0	5	30	1.15
19907908--19907966	25	2.3	26	83	11	70	54	3	18	23	1.59
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19909867--19909923	25	2.3	25	90	0	96	50	7	17	24	1.70
19910071--19910101	13	2.4	13	94	0	53	67	3	9	19	1.33
19912655--19912708	25	2.2	25	86	0	72	37	14	18	29	1.91
19912672--19912727	25	2.2	25	80	0	67	32	23	17	26	1.97
19915398--19915432	18	1.9	18	88	0	52	82	0	11	5	0.82
19916552--19916628	30	2.6	28	78	11	82	25	27	23	23	2.00
19919186--19919212	14	1.9	14	100	0	54	74	0	7	18	1.05
19920435--19920500	27	2.5	27	81	16	77	43	1	18	36	1.59
19920417--19920539	13	9.4	13	71	15	92	42	0	17	39	1.55
19933470--19933512	22	2.0	22	85	0	59	32	23	9	34	1.87
19950659--19950728	25	2.8	25	86	0	104	21	22	21	34	1.97
19956993--19957024	15	2.1	16	88	11	50	34	12	9	43	1.75
19957022--19957061	20	2.0	20	90	0	62	27	10	12	50	1.72
19957007--19957073	34	1.9	35	90	3	109	31	8	13	46	1.74
19957001--19957077	14	5.0	15	71	20	52	33	9	14	42	1.77
19958100--19958197	40	2.5	40	87	0	133	27	16	18	37	1.92
19959093--19959196	52	2.0	52	98	0	199	34	8	21	35	1.84
19961223--19961302	27	3.0	27	82	8	85	30	18	12	38	1.88
19962585--19962637	26	2.0	26	85	0	70	16	13	26	43	1.85
19963633--19963657	12	2.1	12	100	0	50	24	36	24	16	1.94
19963818--19963871	9	5.6	9	91	8	72	40	27	9	22	1.84
19963816--19963868	11	5.2	11	90	9	78	43	28	9	18	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19963915--19964012	17	5.4	17	64	13	52	50	13	4	32	1.60
19963876--19964033	37	4.3	38	89	4	227	47	13	5	33	1.65
19968034--19968070	6	6.2	6	96	0	56	40	0	43	16	1.48
19968067--19968098	8	4.0	8	100	0	64	37	0	25	37	1.56
19968250--19968289	16	2.5	16	91	0	62	27	5	35	32	1.79
19972653--19972677	12	2.1	12	100	0	50	24	36	24	16	1.94
19972837--19972906	9	7.8	9	96	0	122	37	30	10	22	1.87
19980049--19980073	3	8.3	3	100	0	50	68	32	0	0	0.90
19981437--19981473	9	4.1	9	92	0	65	29	10	13	45	1.77
19981704--19981739	16	2.3	16	90	4	56	36	19	0	44	1.51

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161