genome.fa.s22.2.7.7.80.10.50.1000.76.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr2
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  50190067

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          161   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23803028--23803055	9	3.1	9	100	0	56	35	10	0	53	1.36
23803913--23804147	116	2.0	116	99	0	461	48	8	7	34	1.63
23808406--23808531	43	2.9	43	83	3	135	34	4	11	50	1.59
23808401--23808531	46	2.9	44	81	11	151	34	4	11	49	1.59
23808486--23808510	13	1.9	13	100	0	50	40	0	16	44	1.47
23810659--23810852	50	3.9	50	78	4	169	28	22	27	21	1.99
23814396--23814529	46	2.9	46	79	2	153	34	25	13	26	1.93
23819438--23819585	40	3.7	40	97	0	269	21	27	20	31	1.98
23822406--23822499	43	2.2	43	86	3	127	37	8	10	43	1.70
23822880--23822926	20	2.5	20	82	6	53	36	4	0	59	1.17
23824929--23825032	51	2.0	51	98	0	199	34	11	12	41	1.79
23824936--23825045	51	2.2	51	89	0	175	35	10	14	39	1.81
23826280--23826328	20	2.4	21	83	10	66	61	2	0	36	1.08
23826280--23826328	19	2.5	20	80	6	55	61	2	0	36	1.08
23826862--23826900	19	2.0	20	90	5	62	46	5	7	41	1.55
23827010--23827060	25	2.1	24	82	10	59	50	1	1	45	1.24
23827020--23827084	27	2.2	30	79	17	75	53	3	6	36	1.41
23827092--23827154	25	2.6	25	87	2	74	58	0	3	38	1.14
23834822--23836819	999	2.0	999	100	0	3996	35	19	14	29	1.92
23837127--23837198	37	1.9	37	97	0	135	38	22	11	27	1.88
23853484--23853545	29	2.1	28	85	5	79	25	14	14	45	1.83
23854573--23854640	31	2.2	31	81	5	75	26	19	10	44	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23854808--23854891	26	2.9	27	80	16	98	45	2	1	51	1.22
23860330--23860705	124	3.0	124	95	0	662	27	15	23	32	1.96
23865158--23865195	20	1.9	20	84	10	51	55	7	2	34	1.43
23866044--23866088	12	3.8	12	79	2	56	60	0	0	40	0.97
23866897--23866926	15	2.0	15	93	0	51	46	3	6	43	1.46
23885148--23885189	22	2.0	22	85	4	59	47	19	4	28	1.69
23888998--23889053	15	3.7	15	72	6	51	64	7	3	25	1.35
23890588--23891119	99	5.4	99	84	4	671	23	21	22	32	1.98
23890588--23891057	49	9.5	49	68	6	268	22	20	23	32	1.98
23890588--23891120	198	2.7	197	89	2	811	23	21	22	32	1.98
23896445--23896499	27	2.0	27	89	0	83	34	18	16	30	1.93
23899573--23899836	40	6.7	40	89	5	360	25	21	27	25	1.99
23899573--23899869	119	2.5	118	81	9	338	26	21	27	25	1.99
23905727--23905786	30	2.0	30	96	0	111	38	13	31	16	1.87
23906858--23906913	15	3.7	15	72	6	51	64	7	3	25	1.35
23913703--23914384	126	5.4	125	87	4	897	29	15	22	31	1.95
23913703--23914385	253	2.7	252	85	4	914	29	15	22	31	1.95
23917452--23918024	22	26.8	22	79	7	581	25	0	29	45	1.56
23917452--23918039	43	13.7	44	83	5	647	25	0	28	45	1.57
23917452--23918039	65	9.2	64	82	7	626	25	0	28	45	1.57
23917508--23917597	8	12.4	8	70	17	54	24	0	28	46	1.53
23918269--23918315	21	2.2	21	85	7	60	2	25	40	31	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23919146--23919183	20	1.9	20	84	10	51	55	7	2	34	1.43
23920119--23920217	51	1.9	51	87	4	146	43	3	27	26	1.69
23920178--23920241	11	5.9	11	76	20	64	42	1	31	25	1.64
23920178--23920236	20	2.8	21	78	19	68	40	1	30	27	1.66
23925969--23926018	18	2.7	18	90	6	73	60	8	0	32	1.26
23926585--23926609	10	2.5	10	100	0	50	16	0	0	84	0.63
23926555--23926592	19	2.0	19	94	0	67	23	0	2	73	0.95
23929470--23929515	18	2.5	18	86	10	58	67	2	2	28	1.14
23935413--23935485	38	1.9	37	86	8	103	31	21	1	45	1.61
23935473--23935516	23	1.9	22	82	17	54	38	22	0	38	1.55
23935615--23935690	23	3.3	23	94	0	134	31	26	19	22	1.98
23940384--23940448	31	2.1	31	88	11	98	61	0	0	38	0.96
23940384--23940448	30	2.1	32	86	11	91	61	0	0	38	0.96
23941431--23941474	18	2.4	18	96	0	79	25	0	29	45	1.54
23947492--23947530	17	2.1	20	86	13	57	20	5	2	71	1.17
23958423--23958632	40	5.3	39	87	5	233	24	21	28	25	1.99
23958370--23958632	120	2.2	120	81	4	300	25	21	27	25	1.99
23958423--23958667	80	3.1	80	81	3	228	25	21	28	24	1.99
23963321--23963607	149	1.9	149	93	0	493	31	10	16	42	1.81
23980739--23981077	59	5.8	59	85	3	438	44	5	4	45	1.45
23980739--23981077	117	2.9	117	91	2	524	44	5	4	45	1.45
23980739--23981115	176	2.2	173	84	4	485	44	5	4	45	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23986881--23987014	66	2.0	65	85	5	180	42	20	25	11	1.85
23987289--23987395	43	2.5	43	82	0	115	36	20	17	25	1.94
23987812--23987885	24	3.0	25	76	7	71	45	0	9	44	1.36
23987964--23988011	20	2.4	20	75	0	51	41	8	18	31	1.80
23988181--23988238	21	2.6	21	76	15	55	31	1	12	55	1.47
23993045--23993162	45	2.6	45	86	0	155	44	18	19	17	1.88
23994592--23994854	40	6.6	40	88	3	325	26	27	20	24	1.99
23999910--23999975	20	3.3	20	77	8	80	13	33	16	36	1.88
24002548--24002810	40	6.6	39	86	4	278	25	27	21	25	1.99
24002548--24002810	120	2.2	119	82	4	307	25	27	21	25	1.99
24002742--24002819	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
24010499--24010790	40	7.3	40	91	3	387	24	28	21	26	1.99
24010573--24010843	120	2.3	120	86	5	379	23	28	22	26	1.99
24010775--24010852	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
24013875--24013906	15	2.1	15	94	0	55	15	0	9	75	1.05
24015578--24015609	17	1.9	16	93	6	55	50	0	3	46	1.17
24028456--24028486	11	2.7	11	95	5	53	29	9	51	9	1.66
24029770--24029814	23	2.0	22	82	4	54	37	6	20	35	1.79
24044739--24045235	257	1.9	257	88	0	742	40	14	20	24	1.90
24047576--24047608	9	3.3	10	87	12	50	54	0	24	21	1.45
24047857--24047932	26	2.9	26	94	0	125	42	11	17	28	1.84
24050793--24051013	40	5.6	40	82	4	225	27	27	21	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24050793--24051013	80	2.8	78	83	7	257	27	27	21	24	1.99
24058757--24058928	40	4.3	40	88	2	222	25	27	21	25	1.99
24058759--24058981	40	5.6	39	83	5	216	25	27	21	25	1.99
24058757--24058981	80	2.8	79	80	7	240	25	27	21	25	1.99
24058913--24058990	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
24062482--24062561	42	1.9	42	89	0	124	35	17	13	33	1.89
24064940--24065010	26	2.7	26	93	0	124	29	22	23	23	1.99
24066208--24066264	10	5.2	11	77	14	64	21	33	0	45	1.52
24066207--24066280	22	3.4	22	87	9	98	24	32	0	43	1.55
24067441--24067465	7	3.6	7	100	0	50	28	0	12	60	1.32
24068100--24068134	18	1.9	18	94	0	61	25	31	8	34	1.86
24068588--24068699	25	4.7	25	75	16	130	41	0	14	44	1.45
24068544--24068700	69	2.3	69	95	1	287	40	0	13	45	1.43
24068695--24068975	23	11.9	23	75	18	265	45	25	0	29	1.57
24068790--24068928	29	5.2	29	73	24	153	44	27	0	28	1.55
24068713--24068975	74	3.7	71	83	11	321	44	25	0	29	1.57
24072172--24072521	122	2.8	124	86	4	517	32	21	16	29	1.95
24072172--24072521	126	2.8	125	87	3	519	32	21	16	29	1.95
24083898--24083946	22	2.2	23	82	10	66	32	6	18	42	1.75
24089382--24089429	23	2.1	23	100	0	96	4	43	4	47	1.41
24090432--24090548	27	4.4	25	81	10	126	48	17	16	17	1.81
24090432--24090548	54	2.2	54	86	6	157	48	17	16	17	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24090723--24090794	26	2.8	26	78	4	83	20	23	23	31	1.98
24098169--24098256	27	3.3	26	88	6	122	47	21	14	15	1.82
24098422--24098502	26	3.1	26	82	3	92	18	22	23	35	1.95
24105576--24105632	19	2.9	19	79	12	62	70	7	3	19	1.26
24116560--24116606	24	2.0	23	84	12	60	72	4	2	21	1.12
24120161--24120200	21	1.9	21	84	0	53	55	5	2	37	1.35
24120843--24120881	2	19.5	2	100	0	78	51	0	0	48	1.00
24126441--24126534	25	3.8	25	77	2	82	24	20	23	31	1.98
24132290--24132330	20	2.0	20	85	0	55	34	2	14	48	1.57
24144185--24144309	27	4.6	27	72	15	105	38	19	11	31	1.87

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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