genome.fa.s22.2.7.7.80.10.50.1000.71.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr2
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  50190067

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          161   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22123372--22123469	49	2.1	48	81	11	105	16	34	10	37	1.82
22127310--22127345	17	2.1	17	90	10	56	63	2	5	27	1.30
22127570--22127601	3	10.7	3	93	0	55	65	0	3	31	1.08
22136143--22136268	63	2.0	63	96	0	234	19	16	13	50	1.77
22136255--22136279	1	25.0	1	100	0	50	0	0	0	100	0.00
22136810--22137090	97	2.9	96	84	4	370	37	2	18	41	1.64
22138448--22138491	18	2.4	18	88	0	61	45	9	27	18	1.79
22140260--22140312	24	2.3	23	80	6	63	64	1	0	33	1.05
22160572--22160739	80	2.1	82	83	4	207	36	4	9	50	1.54
22161226--22161336	19	5.8	19	91	0	177	38	9	14	36	1.79
22161668--22161693	13	2.0	13	100	0	52	15	0	0	84	0.62
22166391--22166743	180	2.0	180	96	0	652	27	12	27	32	1.93
22167169--22167193	10	2.5	10	100	0	50	92	8	0	0	0.40
22168459--22169019	44	12.8	44	63	10	164	30	20	24	24	1.98
22168459--22169111	132	4.9	132	93	0	1108	30	20	24	24	1.99
22169100--22169641	44	12.5	44	71	10	305	26	21	23	28	1.99
22169184--22169700	89	5.9	89	71	13	364	27	20	24	27	1.99
22169187--22169607	133	3.2	128	74	13	317	27	21	24	26	1.99
22169184--22169694	44	11.7	43	73	15	304	27	21	24	27	1.99
22169103--22169704	217	2.8	217	94	0	1033	27	20	23	27	1.99
22170516--22170559	22	1.9	24	86	9	65	38	4	4	52	1.42
22170551--22170588	19	2.0	19	90	10	60	52	10	0	36	1.36
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22171815--22171865	20	2.5	20	66	12	50	35	23	13	27	1.93
22172526--22172569	20	2.2	20	84	8	54	22	0	9	68	1.18
22176744--22176831	39	2.3	39	84	7	108	38	3	4	53	1.38
22183137--22183195	29	2.1	28	83	3	73	27	0	10	62	1.27
22183163--22183209	23	2.1	23	88	4	69	21	2	12	63	1.39
22187473--22187596	34	3.6	34	78	4	124	32	7	16	44	1.75
22190069--22190120	26	2.0	26	100	0	104	34	0	15	50	1.45
22197223--22197248	13	2.0	13	100	0	52	23	23	0	53	1.46
22213066--22213123	24	2.4	23	77	8	62	17	10	10	62	1.54
22214087--22214146	31	2.0	31	83	3	77	36	6	8	48	1.60
22218978--22219003	5	5.2	5	100	0	52	57	0	42	0	0.98
22219179--22219227	26	1.9	25	83	4	62	22	4	8	65	1.37
22229053--22229114	31	2.0	31	100	0	124	32	29	6	32	1.83
22229726--22229758	16	1.9	18	88	11	52	45	6	15	33	1.70
22232142--22232195	21	2.6	21	88	8	76	37	9	14	38	1.79
22232145--22232195	20	2.5	21	87	9	70	37	9	13	39	1.78
22232721--22232747	13	2.1	13	100	0	54	37	7	7	48	1.59
22238101--22238169	32	2.0	37	83	13	94	50	13	7	28	1.67
22240269--22251893	219	53.4	219	95	2	20556	29	18	24	27	1.98
22240269--22251893	864	13.3	868	95	2	20092	29	18	24	27	1.98
22250744--22251781	180	5.8	180	98	0	1952	29	20	24	25	1.99
22250744--22251781	270	3.8	270	98	0	1952	29	20	24	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22250760--22251827	44	23.8	44	77	8	749	29	19	24	26	1.99
22259846--22259933	44	2.0	44	93	0	149	20	19	13	46	1.83
22264567--22264591	7	3.6	7	100	0	50	88	0	12	0	0.53
22264704--22264741	11	3.2	12	92	7	60	0	52	0	47	1.00
22285648--22285691	15	2.9	15	80	12	54	68	2	22	6	1.25
22287362--22287398	16	2.3	16	86	13	58	40	0	0	59	0.97
22287384--22287419	18	1.9	18	88	5	54	58	0	0	41	0.98
22288143--22288183	15	2.7	15	88	0	64	58	2	12	26	1.46
22288604--22288717	56	2.0	56	94	0	201	42	10	13	34	1.78
22308171--22308195	10	2.5	10	100	0	50	32	16	28	24	1.96
22319251--22319275	12	2.1	12	100	0	50	24	8	0	68	1.16
22331659--22331710	22	2.4	22	77	6	61	36	7	5	50	1.55
22332627--22332662	8	4.5	8	92	0	54	38	0	0	61	0.96
22332864--22332893	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
22333691--22333766	36	2.1	35	80	7	82	22	36	15	25	1.93
22334119--22334288	28	6.0	28	73	6	135	25	25	23	25	2.00
22334229--22334275	15	3.3	15	70	11	53	19	23	27	29	1.98
22334200--22334310	57	1.9	57	81	3	134	22	26	25	26	2.00
22335086--22335115	13	2.3	13	94	0	51	36	3	6	53	1.44
22347532--22347593	29	2.1	30	84	3	81	16	17	8	58	1.62
22352682--22352727	23	2.0	23	86	0	65	28	15	15	41	1.87
22358033--22358220	41	4.6	40	81	8	207	34	24	17	23	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22358027--22358220	84	2.3	83	88	4	277	33	23	19	23	1.97
22363632--22363713	42	2.0	42	82	4	103	29	25	14	30	1.95
22365851--22366047	41	4.7	42	81	8	215	33	25	18	22	1.96
22365896--22366048	83	1.8	83	95	0	279	33	26	18	22	1.96
22365851--22366088	124	1.9	127	80	6	279	32	25	18	24	1.97
22378009--22378053	15	3.0	15	90	0	63	31	0	26	42	1.56
22381888--22381913	8	3.2	8	100	0	52	26	38	0	34	1.57
22383022--22383078	30	1.9	30	82	7	71	33	28	14	24	1.94
22386382--22386419	21	1.9	20	89	10	60	52	0	23	23	1.47
22386422--22386476	17	3.4	17	69	19	53	38	0	38	23	1.55
22386780--22386816	18	2.0	19	94	5	67	32	0	45	21	1.52
22388616--22388903	51	5.7	51	76	4	278	29	15	26	29	1.96
22388616--22388897	102	2.8	102	88	1	397	29	15	25	29	1.96
22394577--22394666	28	3.2	28	77	12	94	34	31	16	17	1.93
22398155--22398185	15	2.0	16	93	6	55	25	16	6	51	1.68
22399908--22400029	9	13.3	9	66	22	58	63	0	2	33	1.14
22399920--22399967	19	2.5	20	86	6	71	60	2	0	37	1.09
22399920--22400033	19	6.0	19	71	17	69	59	0	2	36	1.17
22399939--22400033	38	2.5	37	81	8	120	58	0	3	37	1.14
22400281--22400324	11	4.2	11	88	11	74	27	0	0	72	0.85
22400281--22400325	20	2.2	20	100	0	90	28	0	0	71	0.87
22400281--22400408	9	13.4	9	72	17	73	29	0	2	67	1.09
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22400281--22400353	20	3.7	19	82	10	76	30	1	0	68	0.98
22400348--22400395	19	2.5	20	86	6	71	31	0	6	62	1.20
22400513--22400813	92	3.4	86	81	9	299	34	8	16	39	1.79
22402234--22402264	15	2.1	14	94	5	53	19	9	0	70	1.14
22404811--22404843	6	5.5	6	100	0	66	18	18	15	48	1.81
22404868--22404895	6	4.7	6	100	0	56	17	17	14	50	1.79
22407375--22407464	27	3.2	27	78	7	92	32	23	24	20	1.98
22407570--22407661	28	3.3	28	93	3	150	30	6	28	34	1.82
22418829--22418861	7	4.7	7	85	14	50	3	9	0	87	0.63
22420427--22420481	27	2.0	27	85	0	74	40	36	18	5	1.74
22420448--22420500	24	2.2	24	86	6	72	28	37	22	11	1.89
22420351--22420536	84	2.2	84	78	7	200	37	35	19	8	1.81
22422072--22422096	12	2.1	12	100	0	50	16	44	0	40	1.47
22426300--22426351	21	2.5	21	78	6	61	50	21	9	19	1.76
22428737--22428807	20	3.5	20	73	3	61	56	15	9	18	1.66
22431950--22431995	18	2.6	18	92	0	74	34	26	10	28	1.90
22434368--22434456	21	4.1	21	84	5	90	53	10	23	12	1.68
22434368--22434436	21	3.3	21	87	2	95	55	8	24	11	1.64
22438422--22438946	274	1.9	275	97	0	998	24	20	18	36	1.95
22438972--22439006	18	1.9	18	88	0	52	45	20	20	14	1.85
22442584--22442634	21	2.5	21	84	9	61	35	0	1	62	1.06
22467391--22467436	14	3.1	15	81	12	51	30	0	2	67	1.03
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22468315--22468356	22	2.0	22	95	4	77	42	0	0	57	0.99
22471869--22471984	30	3.9	30	79	2	108	18	25	25	30	1.98
22471903--22471997	30	3.2	30	76	11	95	13	29	27	29	1.94
22472396--22472443	23	2.0	24	84	4	62	35	0	6	58	1.23
22473496--22473693	99	2.0	99	97	0	378	40	7	15	36	1.75
22474205--22474255	24	2.1	24	100	0	102	35	23	7	33	1.84
22487923--22488005	10	8.2	10	75	1	76	40	13	24	21	1.89
22489106--22489176	26	2.7	26	86	4	90	25	29	19	25	1.99
22490216--22490245	16	1.9	16	93	6	53	30	0	20	50	1.49
22500391--22500541	27	5.5	27	89	2	212	27	13	28	30	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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