genome.fa.s22.2.7.7.80.10.50.1000.28.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr2
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  50190067

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          161   

This is table  28  of  161  ( 19208 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8789999--8790033	6	6.0	6	86	6	54	17	2	0	80	0.84
8789986--8790033	17	2.8	17	82	14	55	14	6	2	77	1.06
8789999--8790033	11	3.1	11	91	4	52	17	2	0	80	0.84
8791002--8791050	25	2.0	25	84	8	64	38	14	2	44	1.56
8794044--8794083	15	2.7	15	84	0	53	75	7	0	17	1.03
8797189--8797257	28	2.5	28	95	2	122	36	13	0	50	1.41
8797683--8797717	18	1.9	18	88	0	52	40	11	0	48	1.39
8797713--8797761	18	2.7	18	77	3	53	48	0	10	40	1.37
8798317--8798368	27	1.9	27	96	0	95	15	32	23	28	1.95
8798424--8798510	27	3.3	27	93	1	149	54	0	5	40	1.25
8803297--8803370	20	3.7	20	90	0	103	9	28	22	39	1.85
8813900--8813940	22	2.0	20	86	13	57	68	0	12	19	1.21
8822352--8822399	21	2.2	21	82	13	62	35	4	18	41	1.70
8822355--8822398	22	2.0	22	86	8	63	34	4	20	40	1.73
8823075--8823210	30	4.5	30	91	0	218	18	37	31	12	1.88
8823117--8823171	17	3.5	17	69	19	55	21	40	27	10	1.87
8824042--8824072	14	2.2	14	94	0	53	38	0	12	48	1.42
8831307--8831376	25	2.8	25	76	4	70	20	2	4	72	1.14
8831323--8831373	18	2.8	18	77	14	59	21	3	3	70	1.20
8831303--8831373	37	1.9	36	86	13	101	19	2	4	73	1.13
8833010--8833068	25	2.3	24	82	8	64	22	5	6	66	1.36
8832989--8833028	5	7.6	5	89	10	62	17	0	5	77	0.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8833808--8833837	11	2.6	11	94	5	51	26	30	13	30	1.94
8836805--8836842	18	2.1	18	85	14	51	57	2	23	15	1.51
8838754--8838801	25	1.9	25	82	0	60	16	4	2	77	1.03
8847851--8847900	23	2.2	23	88	0	73	26	8	22	44	1.80
8854153--8854204	26	2.0	26	100	0	104	19	7	11	61	1.53
8858248--8858297	16	3.2	16	94	5	93	36	6	24	34	1.80
8858910--8858967	12	4.8	12	75	8	55	43	1	18	36	1.61
8858932--8858993	12	5.3	11	76	14	61	43	4	17	33	1.71
8859003--8859315	156	2.0	156	92	1	520	33	12	15	38	1.85
8861944--8861983	20	2.0	20	85	5	53	35	0	7	57	1.27
8863437--8863467	3	10.3	3	100	0	62	0	35	0	64	0.94
8864027--8864062	5	7.2	5	100	0	72	0	58	0	41	0.98
8865142--8865171	3	10.0	3	100	0	60	33	33	0	33	1.58
8869125--8869279	78	2.0	77	94	3	276	38	26	10	24	1.87
8869661--8869694	9	3.8	9	92	0	59	11	14	0	73	1.10
8876890--8876981	22	4.2	22	88	0	112	30	27	0	42	1.56
8876931--8877033	52	2.0	51	83	9	129	33	32	0	34	1.58
8876983--8877024	22	1.9	22	90	0	66	33	33	0	33	1.58
8878725--8878759	18	2.0	18	88	5	54	48	20	0	31	1.50
8878713--8878806	23	3.8	24	75	13	77	45	25	0	28	1.54
8878741--8879201	28	15.8	28	71	16	186	44	22	1	31	1.60
8878749--8879272	91	5.8	90	84	9	687	44	23	0	31	1.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8878749--8879272	177	2.9	176	86	6	748	44	23	0	31	1.60
8879067--8879221	28	5.5	27	81	13	179	45	23	0	30	1.58
8879051--8879279	63	3.8	61	74	17	190	44	24	0	30	1.57
8879216--8879272	28	2.0	28	93	6	98	42	29	0	28	1.56
8879181--8879262	40	2.0	41	85	2	112	42	30	0	26	1.56
8885097--8885266	50	3.4	50	69	6	137	24	25	20	30	1.99
8885123--8885399	99	2.8	99	89	1	403	24	24	21	29	1.99
8885131--8885399	50	5.4	50	67	5	159	24	24	20	30	1.99
8907998--8908062	32	2.0	32	90	0	103	32	18	9	40	1.82
8909265--8909313	3	16.3	3	100	0	98	67	0	0	32	0.91
8912680--8912710	16	2.0	15	93	6	53	64	12	9	12	1.50
8914964--8915000	18	2.1	18	89	0	56	59	13	5	21	1.54
8918189--8918214	5	5.2	5	100	0	52	38	0	23	38	1.55
8921615--8921657	18	2.4	18	88	0	59	51	2	0	46	1.13
8930670--8930723	3	18.0	3	100	0	108	33	0	33	33	1.58
8931134--8931170	6	5.8	6	96	3	56	13	0	0	86	0.57
8931133--8931184	7	7.4	7	89	10	72	15	0	1	82	0.75
8931134--8931174	13	3.2	13	86	13	66	14	0	0	85	0.60
8931134--8931184	26	1.9	25	88	11	75	15	0	1	82	0.76
8938843--8938899	28	2.0	28	96	0	105	17	10	28	43	1.82
8942969--8943010	15	2.8	15	85	0	57	52	11	2	33	1.51
8943567--8943598	16	2.1	16	94	5	57	28	0	6	65	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8945046--8945092	3	15.7	3	100	0	94	65	0	34	0	0.93
8950666--8950770	25	4.2	25	77	7	97	33	21	23	20	1.97
8962593--8962697	24	4.3	25	72	11	74	35	18	27	19	1.94
8962631--8962711	24	3.3	25	75	11	69	33	20	28	17	1.95
8962654--8962711	25	2.4	24	82	8	64	31	24	29	15	1.95
8966974--8967004	9	3.4	9	90	0	53	25	12	22	38	1.90
8967333--8967358	7	3.7	7	100	0	52	15	69	0	15	1.20
8967426--8967486	19	3.4	19	76	19	58	22	27	0	49	1.50
8967455--8967494	20	2.0	20	85	9	55	22	30	0	47	1.52
8969309--8969360	3	17.0	3	77	18	54	61	3	1	32	1.25
8969297--8969363	8	7.8	8	77	22	57	59	2	4	32	1.32
8969309--8969360	14	3.9	13	82	12	54	61	3	1	32	1.25
8969324--8969360	14	2.6	14	91	0	56	62	5	2	29	1.31
8969309--8969388	22	3.7	22	77	12	76	61	5	2	31	1.31
8972140--8972228	44	2.0	44	100	0	178	24	13	22	39	1.90
8982024--8982110	37	2.4	37	92	0	138	27	19	16	36	1.93
8984449--8984492	2	22.0	2	100	0	88	50	50	0	0	1.00
8991737--8991775	21	1.9	20	84	5	51	41	0	53	5	1.23
8995629--8995745	41	2.9	41	86	0	153	29	23	15	31	1.95
8995723--8995777	28	2.0	28	92	7	94	29	29	10	30	1.91
8995681--8995814	69	1.9	69	92	0	223	28	23	14	32	1.95
8995752--8995832	41	2.0	41	95	0	144	29	22	14	33	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8998674--8998727	23	2.4	22	79	14	56	48	3	3	44	1.38
9000006--9000203	102	1.9	102	98	0	387	27	31	13	26	1.94
9002867--9002913	22	2.2	21	88	7	69	61	2	2	34	1.20
9002874--9002931	22	2.9	20	85	10	66	56	3	1	37	1.26
9002864--9002932	19	3.4	21	78	11	65	59	2	1	36	1.21
9002862--9002939	19	3.9	19	77	14	59	58	3	1	35	1.24
9003240--9003266	14	1.9	14	100	0	54	44	14	7	33	1.73
9003257--9003281	9	2.8	9	100	0	50	44	12	12	32	1.78
9003493--9003548	25	2.2	26	78	12	62	23	28	0	48	1.51
9004812--9004836	12	2.1	12	100	0	50	28	32	0	40	1.57
9004810--9004929	51	2.4	49	87	4	159	27	29	0	43	1.55
9004930--9004992	30	2.2	30	91	5	103	36	0	0	63	0.95
9005408--9005450	23	1.9	23	95	4	79	37	0	0	62	0.95
9005638--9005679	16	2.6	16	92	0	66	42	7	2	47	1.43
9005653--9005714	23	2.7	23	82	2	72	48	1	1	48	1.21
9006663--9006687	7	3.6	7	100	0	50	28	0	12	60	1.32
9007845--9007869	10	2.5	10	100	0	50	44	8	0	48	1.32
9010876--9011076	105	1.9	106	90	1	323	36	17	13	32	1.89
9012327--9012380	18	2.9	19	78	8	58	42	16	0	40	1.48
9012818--9012889	35	2.1	35	100	0	144	27	16	16	38	1.90
9013652--9013722	27	2.6	27	81	0	88	30	23	16	28	1.97
9016005--9016126	2	64.0	2	75	9	112	1	55	0	42	1.09
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9018947--9018984	11	3.2	12	81	11	51	78	18	2	0	0.86
9019710--9019749	16	2.5	17	80	19	50	35	5	0	60	1.19
9020864--9020898	17	2.1	17	100	0	70	31	17	11	40	1.85
9048033--9048087	16	3.4	16	80	14	60	34	0	1	63	1.05
9048040--9048077	13	2.8	13	82	17	51	31	0	0	68	0.90
9048041--9048077	18	2.1	18	90	10	58	32	0	0	67	0.91
9051939--9052003	16	4.1	16	89	0	103	21	33	4	40	1.74
9053506--9053547	20	2.2	19	86	4	57	23	7	7	61	1.47
9054163--9054211	19	2.5	20	76	6	55	59	2	0	38	1.09
9055230--9055310	3	26.0	3	75	16	67	32	3	1	62	1.20

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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