genome.fa.s22.2.7.7.80.10.50.1000.88.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr2
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  50190067

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   

This is table  88  of  161  ( 19208 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27935549--27935848	150	2.0	150	92	0	501	33	23	16	26	1.96
27936080--27936133	19	2.8	19	97	0	99	37	9	16	37	1.81
27952314--27952412	28	3.5	28	88	1	135	32	25	13	29	1.93
27964898--27965082	79	2.3	81	84	7	236	24	22	27	25	2.00
27964899--27965082	40	4.6	40	83	9	216	24	22	27	25	2.00
27964951--27965115	79	2.1	79	84	6	210	26	21	27	25	1.99
27969797--27969854	21	2.8	21	81	5	73	18	29	22	29	1.98
27971052--27971155	23	4.4	23	79	10	88	27	21	18	32	1.96
27972130--27972266	65	2.1	65	93	0	229	25	27	24	21	1.99
27975306--27975425	56	2.1	56	98	0	231	45	9	23	22	1.81
27976928--27977506	49	12.1	48	91	4	791	32	9	28	29	1.88
27976928--27977506	96	6.0	96	90	3	873	32	9	28	29	1.88
27977216--27977307	47	2.2	39	81	16	96	30	9	31	28	1.89
27984330--27984505	46	3.8	46	79	12	216	20	21	29	28	1.98
27984327--27984498	93	1.8	93	96	0	317	20	21	29	27	1.98
27992625--27992899	49	5.6	49	98	0	514	32	7	30	30	1.85
27992871--27992906	18	2.0	18	88	0	54	36	0	25	38	1.56
27992884--27992915	16	2.0	16	93	0	55	31	3	31	34	1.73
27992835--27992959	65	2.0	63	87	3	178	31	8	31	29	1.86
27993084--27993156	37	2.0	37	88	0	110	19	19	34	27	1.96
27994976--27995285	40	7.8	40	89	2	426	23	20	29	27	1.99
28004865--28004933	25	2.8	25	77	0	75	21	23	21	33	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28006567--28006964	47	8.5	47	94	0	643	28	29	8	32	1.87
28016295--28016378	44	1.9	43	95	0	141	27	26	11	33	1.91
28018742--28018796	28	2.0	27	82	6	67	43	1	1	52	1.22
28019610--28019634	12	2.1	12	100	0	50	56	0	16	28	1.41
28025472--28025618	40	3.7	40	94	0	258	21	27	20	29	1.98
28035726--28035841	20	5.8	20	73	9	92	13	27	18	40	1.88
28035726--28035834	40	2.7	40	84	0	146	12	28	18	40	1.87
28037080--28037109	11	2.7	11	89	0	51	10	6	26	56	1.57
28051630--28051672	18	2.4	18	84	7	52	65	0	18	16	1.28
28051617--28051711	13	7.8	12	68	26	58	63	4	20	12	1.45
28051616--28051720	45	2.3	46	80	3	124	63	3	20	12	1.43
28051641--28051675	18	1.9	18	100	0	70	57	0	20	22	1.41
28061322--28061361	20	2.0	20	85	5	53	30	25	22	22	1.99
28071954--28071988	18	1.9	18	100	0	70	40	8	28	22	1.84
28083029--28083136	56	2.0	55	87	3	155	30	15	26	26	1.96
28083488--28083536	20	2.5	20	83	3	64	59	6	22	12	1.55
28087234--28087383	72	2.1	72	92	0	255	44	10	5	40	1.62
28099239--28099568	166	2.0	167	95	0	590	30	20	17	32	1.95
28101890--28101935	23	2.0	24	86	4	67	17	17	0	65	1.28
28107130--28107241	53	2.1	53	91	0	188	25	11	16	46	1.81
28108939--28108978	19	2.2	18	90	4	62	42	15	5	37	1.68
28121045--28121091	24	2.0	23	87	4	67	65	2	2	29	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28122228--28122260	14	2.3	15	89	5	50	60	6	0	33	1.21
28123381--28123461	28	2.9	27	80	5	90	56	6	16	20	1.61
28124731--28125065	51	6.6	51	76	9	312	28	14	26	30	1.95
28124727--28125068	102	3.4	101	82	8	412	28	15	26	30	1.96
28125430--28126129	366	1.9	366	92	1	1170	38	10	19	32	1.84
28126202--28126915	370	1.9	370	100	0	1428	32	10	16	40	1.83
28128201--28128277	32	2.4	32	79	10	86	35	5	5	54	1.45
28128306--28128358	11	5.2	11	78	13	51	69	0	3	26	1.05
28129916--28129961	24	1.9	24	81	0	56	28	8	2	60	1.38
28131575--28131621	15	3.1	15	84	6	58	57	0	2	40	1.11
28131607--28131643	11	3.4	11	96	0	65	54	0	5	40	1.24
28131542--28131653	43	2.6	45	75	15	126	61	0	2	35	1.10
28132341--28132699	197	1.8	197	83	2	479	45	10	13	30	1.77
28132578--28133211	164	3.9	163	76	15	637	46	8	13	32	1.73
28134954--28135452	35	14.1	35	76	6	385	32	3	30	33	1.74
28149780--28149830	21	2.5	20	81	9	66	19	15	25	39	1.91
28149795--28149838	21	2.1	21	83	8	54	18	15	27	38	1.91
28152503--28152545	22	2.0	22	85	0	59	20	20	18	39	1.93
28156424--28156479	27	2.1	27	96	0	103	30	7	3	58	1.42
28156576--28156601	12	2.2	12	100	0	52	61	0	7	30	1.24
28158029--28159134	228	4.9	228	82	3	1089	31	22	23	23	1.99
28158029--28159168	456	2.5	455	81	2	1273	30	22	23	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28166906--28166980	25	3.2	25	60	21	61	41	4	17	37	1.68
28166902--28166995	46	2.0	46	100	0	188	42	4	17	36	1.68
28171762--28171866	40	2.7	40	83	4	115	34	20	27	18	1.95
28175900--28176093	62	3.1	59	76	18	185	50	4	4	40	1.42
28177203--28177270	34	2.0	34	82	5	84	22	26	22	29	1.99
28178132--28178156	12	2.1	12	100	0	50	44	0	16	40	1.47
28185685--28185746	26	2.4	26	91	0	97	38	12	12	35	1.82
28192206--28194045	466	4.0	464	88	3	2720	20	34	6	38	1.79
28194438--28194516	20	4.0	20	75	9	72	46	17	6	29	1.73
28194432--28194514	39	2.1	40	82	6	98	45	15	7	31	1.73
28202802--28202886	20	4.2	20	72	10	66	49	15	7	28	1.70
28202797--28202887	40	2.3	40	83	7	114	48	14	7	29	1.71
28203293--28203338	23	2.0	23	91	0	74	32	15	8	43	1.77
28215516--28215573	30	1.9	30	89	0	89	41	3	24	31	1.71
28215785--28215816	13	2.5	13	94	0	55	31	0	12	56	1.37
28215911--28216147	50	4.7	50	96	1	370	27	25	29	17	1.97
28216019--28216147	26	5.0	26	61	17	72	28	26	26	18	1.98
28216027--28216107	25	3.2	25	63	16	67	27	27	27	18	1.98
28216045--28216124	25	3.2	25	63	16	65	30	30	23	16	1.96
28220345--28220376	13	2.5	13	94	0	55	31	0	12	56	1.37
28232968--28233008	21	2.0	21	95	0	73	24	7	24	43	1.79
28236253--28236405	27	5.7	27	87	0	162	28	22	12	36	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28236245--28236405	54	3.0	54	82	0	196	28	21	13	36	1.92
28236744--28236787	22	2.0	22	82	8	54	34	34	2	29	1.70
28241036--28241076	17	2.4	18	80	12	50	56	34	0	9	1.32
28242489--28242518	3	10.3	3	92	7	53	63	0	0	36	0.95
28245382--28246043	331	2.0	331	98	0	1270	31	23	21	23	1.98
28247048--28247076	9	3.3	9	90	9	51	79	10	0	10	0.94
28247080--28247138	6	10.0	6	81	9	50	76	0	16	6	1.00
28247088--28247140	17	3.1	17	80	2	61	75	0	18	5	0.99
28249722--28249998	50	5.5	50	82	3	351	33	20	19	26	1.97
28249616--28249998	100	3.9	100	88	4	555	33	21	20	25	1.97
28249964--28250032	34	2.0	34	97	0	129	37	18	26	17	1.93
28249922--28250081	84	1.9	84	94	0	284	31	19	24	25	1.98
28250101--28250280	50	3.6	50	74	8	177	33	18	21	26	1.96
28250045--28250285	100	2.5	95	78	9	261	32	21	21	24	1.98
28249616--28250260	279	2.3	281	82	8	734	33	20	21	25	1.97
28250091--28250306	50	4.3	50	71	8	152	34	18	19	26	1.96
28250357--28250391	18	1.9	18	94	0	61	25	37	11	25	1.90
28250375--28251006	132	4.8	132	93	0	994	32	18	22	27	1.97
28251188--28251229	17	2.4	18	80	11	52	54	35	0	9	1.33
28253328--28253368	2	20.5	2	100	0	82	0	0	51	48	1.00
28257670--28257701	6	5.3	6	100	0	64	15	53	0	31	1.43
28260432--28260488	30	1.9	30	85	3	80	42	3	24	29	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28260822--28261121	50	5.9	50	86	5	402	24	22	32	21	1.98
28260822--28261122	106	2.9	104	85	8	414	24	22	32	21	1.98
28283684--28283737	26	2.0	27	85	3	74	16	5	7	70	1.30
28289873--28289917	19	2.3	20	88	11	67	64	4	0	31	1.13
28292245--28292292	23	2.2	21	85	10	62	68	4	2	25	1.18
28292996--28293023	9	3.1	9	100	0	56	32	0	21	46	1.52
28294627--28294689	17	3.5	16	79	16	54	47	0	25	26	1.52
28296036--28296060	8	3.1	8	100	0	50	88	0	0	12	0.53
28296365--28296404	19	2.1	19	100	0	80	35	30	5	30	1.79
28299073--28299159	43	2.0	43	93	0	147	41	8	6	43	1.61

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161