genome.fa.s22.2.7.7.80.10.50.1000.78.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr2
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  50190067

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          161   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24501376--24501579	81	2.5	81	77	7	200	41	18	8	30	1.81
24502048--24502103	27	2.1	27	90	6	87	19	23	23	33	1.97
24506318--24506399	27	3.0	27	83	0	110	39	15	8	36	1.78
24506381--24506532	27	5.7	26	78	8	128	41	22	8	27	1.83
24506381--24506531	53	2.8	53	82	5	178	41	22	8	27	1.83
24506433--24506545	53	2.1	53	85	6	149	44	19	9	26	1.82
24508468--24508523	27	2.1	27	93	0	94	17	23	25	33	1.96
24510650--24510870	112	2.0	108	87	3	316	50	17	14	17	1.78
24510825--24510877	25	2.1	26	89	3	81	47	18	9	24	1.78
24510955--24510989	13	2.9	12	88	12	54	25	14	17	42	1.86
24513011--24513140	49	2.6	50	84	4	174	27	23	29	20	1.98
24513406--24513444	20	2.0	20	90	10	62	56	5	23	15	1.59
24516084--24516142	22	2.6	22	80	17	68	35	8	0	55	1.30
24529803--24529849	17	2.8	17	76	0	58	63	2	29	4	1.25
24552218--24552345	44	3.0	43	86	5	181	23	25	3	47	1.66
24554070--24554137	34	2.0	35	85	2	93	42	14	8	33	1.77
24554700--24555118	18	22.9	18	71	13	232	46	9	12	31	1.74
24554684--24555131	17	24.4	18	68	17	124	45	9	12	32	1.74
24554908--24555057	75	2.0	75	82	2	185	46	8	12	33	1.71
24554895--24555064	92	1.8	92	82	2	216	48	8	12	30	1.72
24555485--24555525	13	3.2	13	89	3	57	0	19	7	73	1.07
24555488--24555532	15	2.9	15	90	3	63	0	20	8	71	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24555495--24555542	13	3.7	12	81	15	51	0	12	10	77	1.00
24555495--24555544	15	3.5	15	86	10	61	0	12	12	76	1.04
24555566--24555598	15	2.2	15	89	10	50	0	12	0	87	0.53
24555846--24555961	30	3.9	30	83	1	144	43	3	22	31	1.70
24555845--24555961	60	2.0	59	86	1	162	43	3	22	30	1.69
24555957--24555985	15	1.9	15	100	0	58	24	0	0	75	0.80
24560285--24560312	3	9.3	3	100	0	56	67	0	0	32	0.91
24561001--24561049	25	2.0	25	88	11	75	46	2	2	48	1.25
24566617--24566766	51	2.9	51	94	0	273	28	26	4	40	1.74
24570953--24571072	56	2.1	56	98	0	231	45	9	23	22	1.81
24572200--24572382	79	2.3	81	83	7	223	24	22	27	24	2.00
24572201--24572384	40	4.6	40	82	9	207	24	22	28	24	2.00
24572253--24572417	79	2.1	79	83	6	201	26	21	27	24	1.99
24575703--24575748	19	2.4	19	89	7	67	50	4	0	45	1.21
24581026--24581161	49	2.8	49	81	9	152	30	21	22	25	1.98
24581017--24581161	50	2.9	49	81	9	152	31	20	23	25	1.98
24584473--24584550	32	2.5	32	87	6	106	28	32	19	20	1.97
24587589--24587637	23	2.1	23	92	0	80	44	12	14	28	1.81
24587623--24587658	16	2.2	16	90	0	54	44	13	13	27	1.82
24592595--24592649	27	2.0	27	82	10	67	47	1	9	41	1.46
24595447--24595494	8	6.1	8	80	20	57	60	0	2	37	1.09
24596798--24596894	27	3.6	27	91	2	149	27	13	28	29	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24598812--24598839	7	4.0	7	100	0	56	71	0	0	28	0.86
24607190--24607270	26	3.1	26	81	0	99	41	20	20	16	1.89
24607465--24607739	27	10.2	26	73	13	116	23	16	18	41	1.89
24607477--24607739	54	4.9	54	80	5	273	22	16	19	41	1.90
24607465--24607739	81	3.4	80	85	6	360	23	16	18	41	1.89
24609104--24609263	81	2.0	81	97	0	302	47	11	21	19	1.80
24612281--24612342	32	1.9	32	93	6	108	61	16	3	19	1.48
24612787--24612969	91	2.0	91	96	2	341	41	20	6	31	1.77
24618664--24618696	14	2.4	14	100	0	66	36	21	21	21	1.95
24622584--24622616	11	2.8	12	90	9	50	78	3	0	18	0.87
24624746--24624842	25	3.9	25	71	14	85	23	22	19	34	1.97
24624746--24624858	50	2.3	49	83	4	147	23	23	20	32	1.98
24647717--24647783	25	2.7	25	85	0	80	31	19	25	23	1.98
24655326--24655533	29	7.2	29	81	0	245	37	11	27	23	1.88
24655327--24655533	58	3.6	58	84	2	299	38	11	28	22	1.88
24655327--24655533	87	2.4	87	85	0	279	38	11	28	22	1.88
24663129--24663162	18	1.9	18	88	5	52	11	2	11	73	1.20
24666501--24666551	24	2.1	25	85	3	68	35	0	37	27	1.57
24667214--24667260	13	3.6	13	77	11	60	42	2	2	53	1.25
24669596--24669655	30	2.0	31	93	3	104	41	1	18	38	1.60
24669597--24669665	30	2.2	30	87	7	93	40	2	18	37	1.66
24669740--24669789	26	1.9	26	91	0	82	22	22	32	24	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24669766--24669961	43	4.6	42	76	12	177	23	14	25	36	1.93
24669766--24669996	42	5.5	43	77	10	183	23	14	25	35	1.93
24669804--24669996	85	2.3	84	90	1	305	23	15	25	35	1.94
24672729--24672781	23	2.3	23	93	0	88	37	3	22	35	1.72
24672989--24673172	89	2.1	89	92	0	305	21	22	28	27	1.99
24673161--24673215	23	2.4	23	93	0	92	21	25	27	25	2.00
24677256--24677330	25	3.2	25	64	14	68	53	6	8	32	1.56
24677257--24677347	46	2.0	45	95	2	164	54	6	6	31	1.52
24677266--24677339	22	3.3	22	66	26	64	56	8	5	29	1.51
24682965--24682991	13	2.1	13	100	0	54	14	7	14	62	1.51
24683907--24683952	19	2.4	19	96	0	83	52	0	13	34	1.40
24687392--24687569	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
24687413--24687568	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
24695455--24695632	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
24695476--24695631	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
24700320--24700380	25	2.4	25	88	0	77	26	1	16	55	1.50
24700396--24700458	21	3.0	22	72	6	58	23	0	34	41	1.55
24700628--24700669	14	2.9	14	89	3	66	23	0	38	38	1.55
24702012--24702229	109	2.0	109	99	0	427	15	14	20	49	1.80
24703304--24703392	23	4.0	22	85	9	112	43	1	2	52	1.20
24703389--24703416	12	2.3	12	100	0	56	50	7	0	42	1.30
24703407--24703497	23	3.8	23	76	12	94	40	18	1	39	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24703595--24703667	12	5.5	14	68	20	50	50	12	0	36	1.40
24703669--24704128	9	52.2	9	74	14	338	45	20	1	32	1.61
24703617--24704140	157	3.5	156	76	13	362	46	19	1	32	1.59
24703863--24704126	43	6.3	40	73	14	132	44	21	1	32	1.61
24704600--24704647	22	2.2	22	88	3	71	20	6	27	45	1.75
24709426--24709497	21	3.4	21	92	0	117	33	18	47	1	1.57
24709920--24710002	43	1.9	44	85	2	114	33	16	21	27	1.95
24710015--24710041	9	3.0	9	100	0	54	33	22	22	22	1.97
24710113--24710156	22	2.0	22	86	0	61	47	27	15	9	1.76
24710644--24710732	5	17.8	5	100	0	178	59	0	0	40	0.97
24719334--24719475	29	4.9	29	79	3	124	37	14	26	21	1.92
24719334--24719436	29	3.5	29	84	4	127	36	13	29	20	1.91
24719334--24719476	59	2.4	57	81	7	153	37	13	27	21	1.92
24725710--24725744	16	2.1	17	89	5	54	37	8	17	37	1.80
24735722--24735784	31	2.0	31	87	6	92	25	19	6	49	1.71
24738119--24738178	27	2.2	27	93	0	102	48	23	3	25	1.66
24739607--24739636	13	2.3	13	94	0	51	50	0	30	20	1.49
24742039--24742161	28	4.4	28	86	2	158	26	12	28	33	1.92
24742039--24742161	55	2.2	57	85	2	160	26	12	28	33	1.92
24743361--24743499	69	2.0	69	97	0	260	33	15	25	25	1.95
24746054--24746092	20	1.9	21	89	5	62	23	28	12	35	1.91
24746482--24746507	13	2.0	13	100	0	52	46	0	7	46	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24760547--24760595	22	2.2	23	82	10	66	30	8	18	42	1.79
24762730--24762798	33	2.1	34	83	2	86	34	14	20	30	1.92
24763816--24763845	16	1.9	15	93	6	51	3	13	0	83	0.77
24767069--24767115	25	1.9	24	82	4	58	53	10	17	19	1.72
24773706--24773760	15	3.8	15	85	2	69	1	21	1	74	1.01
24775801--24775835	17	2.1	17	88	0	52	25	8	5	60	1.49
24778507--24778544	19	2.0	20	94	5	69	36	10	34	18	1.85
24779628--24779679	27	1.9	27	84	7	70	7	21	5	65	1.40
24781885--24782175	158	1.9	156	82	7	376	26	11	29	32	1.91
24785945--24785982	20	1.9	19	89	5	58	31	15	26	26	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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