genome.fa.s22.2.7.7.80.10.50.1000.69.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr2
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  50190067

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          161   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21443272--21443420	50	2.8	53	84	9	171	25	20	29	24	1.99
21447591--21447628	18	2.1	19	85	5	51	26	15	2	55	1.54
21452410--21452587	27	6.6	27	83	3	205	29	26	15	28	1.96
21461630--21461761	27	4.9	27	84	4	178	20	15	20	43	1.88
21461617--21461733	54	2.2	54	83	6	139	23	15	19	41	1.90
21464146--21464191	21	2.2	21	81	11	51	56	13	0	30	1.37
21464560--21464600	21	2.0	21	85	0	55	12	4	21	60	1.50
21464665--21464703	18	2.2	18	86	4	53	23	2	15	58	1.49
21466533--21466579	19	2.5	19	86	6	60	27	19	8	44	1.79
21469294--21469358	12	5.2	12	79	15	62	80	12	6	1	0.97
21469303--21469340	19	2.1	18	90	5	58	78	13	7	0	0.94
21469697--21469836	52	2.7	52	78	4	158	44	18	25	11	1.83
21480256--21480422	51	3.3	51	85	3	221	22	10	15	51	1.73
21480256--21480456	51	4.0	50	81	6	138	22	10	15	51	1.74
21487044--21487143	51	2.0	51	84	4	130	20	35	18	27	1.95
21501378--21501411	18	1.9	18	88	5	52	29	2	8	58	1.43
21501355--21501412	27	2.1	27	84	6	73	27	3	13	55	1.55
21502311--21502368	20	2.8	21	74	10	66	34	20	34	10	1.87
21509871--21510415	27	20.2	27	84	3	668	16	19	19	44	1.87
21519234--21519281	2	24.0	2	100	0	96	0	50	0	50	1.00
21521388--21521498	32	3.5	32	91	0	186	38	22	20	18	1.93
21521741--21521905	27	6.1	27	92	0	224	21	18	22	37	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21521741--21521919	54	3.3	53	89	3	250	22	17	21	37	1.94
21526655--21526691	14	2.7	14	91	4	58	78	8	2	10	1.06
21527228--21527297	35	2.0	35	86	5	97	48	0	2	48	1.16
21527231--21527287	23	2.5	22	80	8	60	50	0	3	45	1.18
21529675--21529720	23	2.0	23	95	0	83	34	6	0	58	1.24
21529774--21529847	27	2.7	27	85	8	98	24	29	28	17	1.97
21529966--21530004	19	2.0	21	85	10	55	23	0	10	66	1.22
21530396--21530481	42	2.0	43	86	4	120	31	19	22	26	1.98
21530499--21530644	42	3.5	42	82	6	170	28	20	23	27	1.99
21531085--21531140	12	4.9	12	74	12	55	1	37	19	41	1.62
21531105--21531173	21	3.3	21	79	4	77	2	37	20	39	1.68
21536643--21537026	9	44.9	9	73	12	249	28	2	21	46	1.65
21536642--21537026	25	15.4	25	76	9	304	28	2	21	46	1.65
21536730--21536760	16	1.9	16	100	0	62	25	6	19	48	1.72
21536643--21537026	34	11.2	36	74	12	249	28	2	21	46	1.65
21536854--21536926	37	2.0	37	94	0	128	30	2	19	47	1.63
21537217--21537354	41	3.1	41	66	28	111	45	5	5	42	1.52
21537219--21537361	43	3.2	43	68	24	132	46	5	6	41	1.52
21537202--21537417	92	2.3	92	100	0	432	45	5	5	43	1.49
21537261--21537400	43	3.1	43	67	25	126	46	5	5	43	1.47
21537386--21537660	121	2.3	121	99	0	541	37	9	13	38	1.78
21540987--21541032	24	2.0	23	83	12	58	52	6	0	41	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21541104--21541163	27	2.2	28	82	8	72	41	6	5	46	1.52
21541424--21541449	7	3.7	7	100	0	52	57	26	0	15	1.38
21542226--21542322	41	2.3	41	83	1	122	34	19	23	22	1.97
21542245--21542386	41	3.4	41	77	6	126	34	20	25	19	1.96
21543244--21543281	18	2.1	18	95	0	67	34	7	47	10	1.67
21549101--21549231	4	31.0	4	74	18	90	0	29	0	70	0.93
21549068--21549209	40	3.6	42	83	12	185	0	29	0	69	0.93
21549040--21549230	74	2.7	73	80	13	202	1	29	0	69	0.96
21549068--21549231	40	4.3	40	82	13	181	1	29	0	69	0.96
21549272--21549324	27	2.0	27	84	0	70	20	26	28	24	1.99
21549389--21549442	23	2.3	23	84	6	65	40	1	11	46	1.50
21549702--21549728	14	1.9	14	100	0	54	11	0	22	66	1.22
21549801--21549848	19	2.5	20	83	13	64	41	0	6	52	1.27
21551940--21551970	15	2.1	15	100	0	62	54	6	12	25	1.62
21552506--21552592	40	2.2	40	85	0	111	20	32	12	34	1.90
21564213--21564283	33	2.2	33	92	0	115	4	38	14	43	1.64
21566614--21566709	36	2.7	36	90	1	140	43	19	6	30	1.76
21575199--21575255	26	2.2	26	80	0	69	36	22	21	19	1.95
21575426--21575477	27	1.9	27	96	0	95	21	26	21	30	1.98
21578168--21578343	91	1.9	90	83	3	228	44	21	6	27	1.76
21578287--21578391	48	2.2	48	84	1	140	45	20	4	28	1.71
21580125--21580184	30	2.0	30	90	0	93	31	30	23	15	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21589280--21589309	14	2.1	15	93	6	53	60	0	40	0	0.97
21589421--21589453	17	1.9	17	93	0	57	21	12	9	57	1.62
21589497--21589541	19	2.4	19	96	0	81	31	17	28	22	1.97
21591846--21591906	31	2.0	31	86	0	86	36	18	6	39	1.76
21593667--21594015	50	6.9	50	77	6	274	28	21	27	22	1.99
21595793--21595837	21	2.1	21	100	0	90	35	8	28	26	1.87
21600513--21600854	50	6.7	50	85	2	380	26	22	28	21	1.99
21600560--21600903	100	3.5	100	82	1	368	27	22	29	20	1.99
21608316--21608388	33	2.2	33	87	0	110	4	39	15	41	1.66
21610164--21610395	56	4.1	56	97	0	437	45	9	22	22	1.81
21616999--21617660	47	14.1	47	98	0	1270	32	8	29	29	1.87
21617779--21617857	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
21627980--21628019	11	3.6	11	100	0	80	37	30	0	32	1.58
21630362--21630401	18	2.2	18	86	4	53	22	27	12	37	1.90
21633452--21633512	27	2.3	27	88	0	86	18	21	39	21	1.93
21633452--21633524	27	2.7	27	82	4	76	20	19	39	20	1.92
21633554--21633624	25	2.7	26	82	8	83	11	12	49	26	1.74
21637700--21637899	37	5.2	37	69	21	160	32	25	18	25	1.97
21637683--21637939	78	3.3	78	99	0	505	32	24	17	24	1.97
21637714--21637916	38	5.2	38	69	21	170	33	24	17	24	1.96
21638852--21638882	16	1.9	16	93	0	53	6	16	0	77	0.97
21645481--21645530	22	2.3	22	96	0	91	26	14	8	52	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21646488--21646538	25	2.0	25	84	0	66	27	13	23	35	1.93
21658598--21658638	20	2.0	20	95	0	73	17	4	19	58	1.56
21658906--21658966	16	3.9	15	68	8	50	31	13	13	42	1.82
21659226--21659252	7	3.9	7	100	0	54	14	11	0	74	1.08
21667237--21667262	12	2.2	12	100	0	52	50	0	7	42	1.31
21671876--21671935	27	2.2	27	81	0	66	43	10	23	23	1.83
21671887--21671946	27	2.2	27	78	0	66	40	11	25	23	1.88
21681611--21681654	18	2.4	18	81	7	54	47	15	4	31	1.66
21682019--21682086	27	2.5	28	82	2	66	47	11	7	33	1.68
21682025--21682093	28	2.5	27	85	2	84	49	8	7	34	1.61
21682082--21682151	26	2.8	24	75	12	68	45	15	4	34	1.66
21687771--21687904	54	2.5	55	79	4	148	34	17	24	23	1.96
21688362--21688440	30	2.6	30	79	0	95	16	15	29	39	1.89
21692212--21692288	20	3.8	20	77	13	86	23	27	0	49	1.50
21697433--21697503	31	2.3	31	95	2	124	23	7	30	38	1.82
21701215--21701241	14	1.9	14	100	0	54	14	25	22	37	1.93
21704964--21705025	30	2.1	30	87	6	90	48	11	8	32	1.68
21711538--21711564	14	1.9	14	100	0	54	14	25	22	37	1.93
21720878--21720999	54	2.3	54	81	7	140	32	13	24	28	1.94
21721154--21721209	30	1.9	29	89	7	87	12	16	23	48	1.80
21721129--21721209	28	2.7	31	79	14	98	14	13	23	48	1.80
21724430--21724508	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21724629--21724778	47	3.2	47	90	0	201	28	30	9	32	1.88
21733709--21733852	33	4.3	33	70	10	94	28	15	27	28	1.96
21733637--21733853	101	2.1	101	89	0	335	28	17	26	27	1.97
21739388--21739458	35	2.0	35	100	0	142	36	5	11	46	1.63
21739531--21739616	21	3.9	22	69	15	61	36	2	1	60	1.17
21739601--21739650	17	2.8	18	84	9	66	26	0	6	68	1.13
21740118--21740181	10	6.5	10	77	15	71	25	3	1	70	1.11
21740118--21740180	19	3.2	18	81	14	72	23	3	1	71	1.09
21740167--21740227	28	2.2	27	80	8	68	40	0	1	57	1.08
21740204--21740246	18	2.2	20	80	12	54	34	0	4	60	1.17

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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