genome.fa.s22.2.7.7.80.10.50.1000.23.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr2
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  50190067

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          161   

This is table  23  of  161  ( 19208 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7480665--7480695	3	10.3	3	100	0	62	0	32	0	67	0.91
7486654--7486692	15	2.6	15	79	0	51	33	2	2	61	1.23
7495704--7495748	23	2.0	23	86	4	65	37	6	17	37	1.76
7495691--7495751	19	2.9	21	81	11	72	36	6	18	39	1.76
7503157--7503298	44	3.2	43	83	8	162	28	21	21	28	1.99
7503213--7503320	44	2.5	44	87	0	144	34	17	22	25	1.96
7503157--7503318	88	1.8	88	80	5	193	30	19	21	27	1.98
7503449--7503582	45	3.0	45	68	6	119	26	20	25	27	1.99
7503415--7503647	89	2.6	89	83	0	295	24	20	25	29	1.99
7503626--7503931	44	7.0	44	65	14	150	27	19	27	25	1.99
7503615--7504024	130	3.1	131	90	2	635	27	19	27	25	1.99
7504451--7504504	19	2.8	19	94	0	90	37	9	18	35	1.83
7505369--7505401	15	2.1	16	88	5	50	30	6	0	63	1.18
7505797--7506173	188	2.0	188	100	0	754	28	15	18	37	1.92
7509958--7509994	3	12.3	3	100	0	74	0	32	0	67	0.91
7512540--7512685	47	3.1	47	94	0	256	23	30	15	30	1.96
7513414--7513603	95	2.0	95	90	2	301	27	18	17	35	1.94
7523680--7523712	8	4.1	8	100	0	66	24	0	0	75	0.80
7523670--7523715	3	16.0	3	78	17	53	26	0	0	73	0.83
7524737--7524844	41	2.6	41	79	0	117	21	25	17	35	1.95
7536076--7536124	26	1.9	25	87	4	71	20	28	10	40	1.85
7544157--7544181	13	1.9	13	100	0	50	48	12	0	40	1.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7548131--7548170	2	20.0	2	100	0	80	0	50	0	50	1.00
7549938--7549974	16	2.2	17	86	13	51	54	0	2	43	1.14
7550058--7550094	16	2.2	17	86	13	51	54	0	2	43	1.14
7549687--7550095	120	3.4	120	97	1	750	48	4	3	43	1.40
7550077--7550244	47	3.7	46	73	18	170	47	2	2	47	1.33
7550092--7550263	91	1.9	92	87	6	260	47	2	2	47	1.32
7561234--7561392	34	4.5	34	66	16	99	47	23	6	22	1.75
7561234--7561296	23	2.7	24	79	16	87	52	22	7	17	1.70
7561263--7561308	22	2.1	22	84	8	58	58	19	4	17	1.55
7561206--7561402	107	1.8	107	97	2	378	44	24	6	24	1.76
7561341--7561402	23	2.7	23	80	5	81	53	22	6	17	1.67
7561946--7562000	27	2.0	27	96	0	101	45	7	30	16	1.74
7562770--7562812	24	1.9	22	86	13	61	46	13	20	18	1.83
7581102--7581131	15	2.0	15	100	0	60	33	0	40	26	1.57
7585373--7585424	25	2.1	25	100	0	104	50	3	26	19	1.65
7586335--7586409	37	2.0	37	94	0	132	29	25	22	22	1.99
7601616--7601640	12	2.1	12	100	0	50	52	8	0	40	1.31
7603518--7603794	84	3.3	84	87	1	389	37	24	14	23	1.92
7603520--7603794	41	6.6	40	77	7	253	37	24	14	23	1.92
7605954--7605983	15	1.9	16	93	6	53	43	10	0	46	1.37
7607342--7607397	17	3.2	18	74	20	57	62	5	1	30	1.28
7612419--7612457	10	4.1	9	86	6	51	35	0	2	61	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7612426--7612475	24	2.1	24	85	14	68	34	0	6	60	1.21
7623059--7623182	50	2.5	50	80	7	153	25	23	30	20	1.98
7623467--7623516	16	3.4	16	73	21	54	54	6	26	14	1.63
7623462--7623516	28	2.0	28	92	0	92	54	5	25	14	1.61
7625185--7625425	50	4.7	50	78	4	180	23	28	21	26	1.99
7628021--7628136	61	2.0	60	86	8	166	50	5	3	41	1.42
7628124--7628180	20	2.9	20	82	12	73	56	1	3	38	1.27
7628027--7628152	61	2.1	57	83	12	148	51	4	3	40	1.39
7628117--7628168	25	2.1	25	85	7	70	55	0	1	42	1.10
7637755--7637793	19	2.0	21	90	10	64	46	0	0	53	1.00
7654018--7654082	34	1.9	34	87	0	94	30	13	16	38	1.88
7655181--7655209	9	3.2	9	100	0	58	48	10	10	31	1.71
7655280--7655377	20	4.8	20	73	19	85	57	6	0	36	1.24
7655344--7655376	10	3.3	10	95	0	57	63	0	0	36	0.95
7665019--7665068	25	2.0	25	92	0	82	56	6	12	26	1.58
7666746--7666772	3	9.0	3	100	0	54	66	0	0	33	0.92
7666942--7666966	11	2.3	11	100	0	50	36	0	64	0	0.94
7668841--7668882	19	2.2	20	82	4	50	30	7	11	50	1.66
7680828--7681335	44	11.6	43	71	14	319	28	19	23	27	1.98
7681043--7681335	89	3.3	86	77	13	292	29	19	23	27	1.98
7681043--7681335	133	2.2	132	90	0	460	29	19	23	27	1.98
7680738--7681203	217	2.1	217	90	0	745	28	19	23	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7682917--7682941	13	1.9	13	100	0	50	32	0	0	68	0.90
7685297--7685325	6	4.8	6	100	0	58	34	17	17	31	1.93
7690337--7690467	43	3.1	43	77	9	144	36	23	16	22	1.94
7690475--7690761	51	5.7	50	75	5	256	32	27	16	24	1.96
7690473--7690758	101	2.8	101	93	1	466	32	26	16	24	1.96
7694225--7694282	29	2.0	29	96	0	107	27	25	13	32	1.94
7694778--7694826	24	2.0	24	84	7	64	14	32	12	40	1.83
7700481--7700539	21	2.9	21	87	5	77	38	15	28	16	1.89
7705751--7705794	21	2.0	22	83	12	56	47	4	0	47	1.22
7706789--7706841	16	3.3	16	91	0	88	37	3	33	24	1.74
7706823--7706911	44	2.0	46	91	4	146	29	4	29	37	1.77
7706823--7706920	46	2.3	44	84	11	125	30	4	30	34	1.76
7707062--7707197	25	5.1	25	72	13	112	55	2	0	41	1.17
7707174--7707209	18	2.1	17	90	10	56	61	0	0	38	0.96
7707202--7707231	15	1.9	16	93	6	53	50	6	0	43	1.28
7711438--7711472	17	2.1	17	88	0	52	42	0	5	51	1.25
7711607--7711670	27	2.4	27	86	0	83	25	31	34	9	1.87
7711697--7711764	29	2.4	28	82	7	82	26	16	13	44	1.84
7712765--7712874	49	2.2	50	82	6	134	65	5	8	20	1.40
7712796--7712880	17	5.1	17	68	12	59	65	5	9	18	1.41
7712817--7713426	158	3.8	158	89	4	935	55	8	7	27	1.58
7713287--7713348	16	3.8	16	73	12	54	62	3	6	27	1.35
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7712817--7713426	317	1.9	319	91	2	996	55	8	7	27	1.58
7713797--7713824	10	2.8	10	100	0	56	71	0	0	28	0.86
7714864--7714939	38	2.0	38	97	0	143	15	5	25	53	1.62
7715936--7715976	21	2.0	21	90	0	64	60	4	4	29	1.38
7720325--7720350	13	2.0	13	100	0	52	38	23	0	38	1.55
7722193--7722248	30	1.9	28	82	13	69	60	10	14	14	1.58
7725020--7725205	80	2.3	80	83	9	229	27	27	20	23	1.99
7725022--7725205	40	4.6	40	83	7	205	27	27	21	23	1.99
7727312--7727361	18	2.6	19	87	9	66	4	20	2	74	1.08
7727318--7727361	19	2.4	17	82	14	52	4	18	2	75	1.09
7733769--7733815	23	2.1	21	85	14	60	25	0	29	44	1.54
7748181--7748214	17	2.0	17	88	0	50	29	14	5	50	1.67
7748551--7748584	18	1.9	17	88	5	50	26	5	5	61	1.42
7764735--7764858	46	2.8	46	91	3	200	27	22	16	33	1.96
7764820--7765033	37	5.8	37	97	0	392	27	20	13	39	1.89
7767559--7767608	26	1.9	26	83	0	64	60	4	2	34	1.27
7779529--7779571	17	2.5	17	82	17	61	41	6	0	51	1.29
7779535--7779567	17	1.9	17	100	0	66	42	9	0	48	1.35
7782206--7782245	20	2.0	20	90	0	62	40	5	7	47	1.54
7784720--7784762	21	2.0	23	86	9	63	44	16	0	39	1.48
7788850--7789163	78	4.0	78	99	0	610	36	3	18	41	1.69
7794194--7794234	21	2.0	21	85	0	55	41	14	4	39	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7812261--7812440	41	4.4	41	85	2	229	18	24	8	48	1.76
7812261--7812440	81	2.2	81	86	2	245	18	24	8	48	1.76
7814017--7814114	47	2.1	47	100	0	196	26	6	20	46	1.73
7814487--7814553	27	2.5	27	92	4	109	62	11	1	23	1.37
7814683--7814730	18	2.8	17	78	12	53	45	0	0	54	0.99
7816943--7817387	223	2.0	223	94	0	773	29	12	24	33	1.92
7821788--7821861	36	2.1	36	87	5	105	40	10	21	27	1.86
7826110--7826139	7	4.4	7	91	8	53	26	0	0	73	0.84
7826110--7826139	13	2.2	14	94	5	53	26	0	0	73	0.84
7827662--7827740	37	2.1	37	88	4	115	25	30	18	25	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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