genome.fa.s22.2.7.7.80.10.50.1000.73.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr2
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  50190067

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          161   

This is table  73  of  161  ( 19208 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22828362--22828401	20	2.0	21	90	5	64	17	15	2	65	1.39
22840508--22840551	12	3.7	12	90	0	61	9	34	36	20	1.84
22858923--22858993	27	2.7	26	84	6	90	21	23	23	30	1.99
22864665--22864728	28	2.3	28	83	0	83	29	18	23	28	1.98
22864823--22864876	26	2.1	25	89	3	81	35	24	24	16	1.95
22866957--22867463	85	6.0	85	100	0	1014	28	25	7	38	1.82
22868723--22869043	40	8.1	40	91	0	491	25	28	21	24	1.99
22869097--22869171	38	2.0	38	86	5	107	24	26	18	30	1.98
22871473--22871655	79	2.3	81	82	7	214	24	27	22	25	2.00
22871471--22871655	40	4.7	40	80	7	216	24	27	22	24	2.00
22873122--22873297	56	3.1	56	98	0	334	22	23	9	44	1.82
22874578--22874959	40	9.6	40	80	6	305	25	28	21	25	1.99
22874578--22874798	79	2.8	79	89	0	316	24	29	21	23	1.99
22874578--22874959	80	4.8	80	81	4	339	25	28	21	25	1.99
22877011--22877193	79	2.3	81	82	7	214	24	27	22	25	2.00
22877009--22877193	40	4.7	40	80	7	216	24	27	22	24	2.00
22878660--22878835	56	3.1	56	97	0	325	22	22	9	44	1.82
22879737--22879800	26	2.4	26	84	5	74	32	20	10	35	1.87
22879908--22879989	27	3.0	26	80	5	83	18	24	21	35	1.96
22879930--22879982	28	1.9	27	88	3	79	18	24	18	37	1.94
22891558--22891717	40	4.0	40	96	0	284	28	27	21	22	1.99
22909739--22910036	28	10.5	28	77	9	248	27	12	27	32	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22909944--22910050	28	3.9	27	87	6	108	29	11	24	34	1.90
22910204--22910614	205	2.0	205	99	0	804	32	9	26	31	1.88
22911303--22911416	55	2.1	55	80	3	122	22	34	21	21	1.97
22915032--22917479	816	3.0	816	93	2	4019	33	20	13	33	1.91
22918124--22918338	106	2.0	106	92	1	360	28	12	18	40	1.87
22918488--22918553	34	1.9	34	90	0	105	27	4	25	42	1.74
22918898--22918949	25	2.1	25	92	0	86	28	9	13	48	1.74
22919840--22920151	92	3.4	92	100	0	624	48	3	19	28	1.64
22920238--22920281	18	2.5	19	85	10	58	54	4	2	38	1.33
22920238--22920295	17	3.3	18	79	13	59	51	3	1	43	1.28
22926820--22926915	15	6.6	14	71	25	51	57	3	1	38	1.22
22926854--22926904	5	10.2	5	95	0	93	58	0	1	39	1.09
22929563--22929676	6	18.3	6	70	20	74	50	15	15	18	1.79
22929572--22929676	31	3.5	31	82	12	132	50	15	16	18	1.78
22929580--22929647	25	2.7	25	90	0	109	47	16	19	17	1.83
22929608--22929665	19	3.4	19	67	30	58	48	17	15	18	1.82
22929813--22929907	27	3.5	26	87	5	118	36	20	24	18	1.95
22930072--22930133	22	2.8	23	85	7	83	33	20	22	22	1.97
22930581--22930811	27	8.6	27	85	0	318	24	20	21	33	1.97
22930860--22930924	27	2.4	27	89	0	103	32	12	18	36	1.88
22930902--22931385	108	4.5	108	95	0	815	31	8	21	38	1.83
22930903--22931378	27	17.6	27	83	0	583	31	8	21	38	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22930902--22931378	54	8.8	54	88	0	704	31	8	21	38	1.83
22938397--22938461	15	4.4	15	79	9	71	13	15	10	60	1.60
22940290--22940440	76	2.0	76	98	0	293	42	7	18	31	1.79
22940928--22941100	46	3.7	46	78	13	210	21	21	27	28	1.99
22940925--22941095	93	1.8	93	96	0	315	21	21	28	28	1.99
22943262--22943333	21	3.4	21	84	0	99	19	36	25	19	1.95
22950129--22950184	16	3.5	16	80	0	67	48	5	14	32	1.66
22950453--22950499	16	2.9	16	78	12	51	40	0	0	59	0.97
22950453--22950485	15	2.1	16	88	5	50	39	0	0	60	0.97
22965805--22966048	49	4.9	49	83	4	310	25	17	27	29	1.98
22965807--22966048	100	2.4	99	85	4	328	25	17	26	29	1.98
22968055--22968180	51	2.7	45	77	15	139	24	19	28	26	1.99
22975047--22975146	50	2.0	50	94	0	173	22	25	19	34	1.96
22985988--22986165	27	6.6	27	83	3	205	26	15	27	29	1.96
22985989--22986144	82	1.9	81	88	3	233	26	16	27	29	1.96
22985985--22986165	82	2.2	81	83	2	229	27	16	27	29	1.96
22990831--22990888	29	2.0	29	100	0	116	37	6	37	17	1.76
23005750--23005856	37	2.9	36	77	6	115	44	14	14	26	1.83
23007699--23008266	284	2.0	284	99	0	1127	38	18	15	27	1.91
23008457--23008640	40	4.6	40	88	2	264	27	25	22	25	2.00
23016644--23016907	40	6.6	40	92	1	424	27	25	22	24	2.00
23017910--23018008	28	3.5	29	87	9	134	27	14	28	30	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23032632--23032824	105	1.8	105	100	0	386	27	18	12	40	1.87
23033067--23033215	74	2.0	74	100	0	298	48	13	17	20	1.80
23036365--23036460	3	31.0	3	74	10	77	60	4	4	31	1.35
23036351--23036456	44	2.4	43	78	6	115	60	3	6	29	1.40
23036397--23036469	38	1.9	38	81	10	87	63	4	4	28	1.32
23036771--23036817	19	2.5	19	83	10	53	65	0	31	2	1.04
23044396--23044446	26	2.0	26	84	7	68	35	3	13	47	1.62
23053928--23054721	63	12.6	63	100	0	1588	21	12	22	43	1.86
23064612--23064671	31	1.9	31	100	0	120	23	15	25	36	1.93
23072426--23072630	27	7.6	27	83	2	207	40	19	7	32	1.80
23072669--23072810	27	5.3	27	86	0	194	35	19	19	24	1.95
23073492--23073554	31	2.0	32	87	3	92	20	23	19	36	1.95
23073744--23073818	6	12.3	6	71	18	57	17	17	13	52	1.75
23073716--23073810	37	2.6	37	82	0	118	21	17	11	49	1.78
23075769--23075945	27	6.6	27	90	1	239	41	18	8	32	1.80
23075769--23075991	80	2.8	80	83	2	250	40	19	8	31	1.81
23075769--23075972	27	7.6	26	84	6	167	40	19	8	31	1.82
23075972--23076028	27	2.2	26	83	3	69	36	29	3	29	1.74
23076012--23076153	27	5.3	27	82	1	151	36	18	19	26	1.94
23076012--23076152	54	2.6	54	84	4	187	36	17	19	26	1.94
23076714--23076922	67	3.1	67	86	2	265	19	27	22	31	1.98
23077074--23077135	25	2.5	25	83	0	79	19	16	14	50	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23077068--23077192	6	20.3	6	69	16	69	18	17	13	50	1.78
23077068--23077178	31	3.6	31	72	9	100	18	18	13	50	1.78
23077097--23077166	19	3.7	19	77	11	81	15	18	15	50	1.79
23077090--23077183	37	2.5	37	85	0	125	17	19	13	50	1.79
23079788--23079826	16	2.5	15	84	8	51	69	10	2	17	1.28
23091160--23091337	40	4.5	40	79	8	186	25	21	27	25	1.99
23091212--23091377	79	2.1	78	79	10	178	25	21	25	26	2.00
23095192--23095241	26	1.9	26	84	8	66	2	46	0	52	1.12
23095202--23095246	13	3.5	13	80	14	58	2	42	0	55	1.12
23095393--23095475	35	2.2	37	79	14	91	20	3	1	74	1.03
23095411--23095445	4	8.5	4	93	6	61	22	0	0	77	0.78
23097288--23097345	30	1.9	30	82	6	73	25	34	24	15	1.95
23098034--23098103	34	2.1	34	100	0	140	30	8	25	35	1.86
23101661--23101730	27	2.6	27	90	2	113	31	27	12	28	1.93
23115111--23115185	25	3.2	25	64	30	65	48	21	5	25	1.71
23117786--23117854	21	3.3	21	80	8	61	13	26	27	33	1.93
23118725--23118792	34	2.0	34	97	0	127	23	33	2	39	1.70
23120035--23120164	43	3.0	43	83	4	174	22	33	21	23	1.98
23120043--23120169	42	3.0	42	87	1	182	22	33	22	22	1.97
23129368--23129418	26	2.0	26	84	0	66	35	17	25	21	1.95
23129412--23129476	22	3.0	22	81	0	76	44	16	20	18	1.87
23129468--23129638	32	5.4	32	82	6	204	38	21	19	20	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23129846--23130697	27	31.6	27	84	3	921	25	21	19	34	1.96
23132669--23132840	43	4.1	42	74	9	136	28	13	26	31	1.94
23135987--23136105	47	2.5	47	84	0	157	27	30	8	33	1.86
23136311--23136471	40	4.1	40	79	10	170	24	27	22	25	2.00
23138961--23139060	50	2.0	50	94	0	173	26	23	1	50	1.56
23154896--23154943	24	2.0	24	87	0	69	16	10	27	45	1.80
23155896--23156000	55	1.9	54	90	3	158	32	14	28	23	1.94
23163380--23163669	27	10.8	27	82	4	327	17	14	21	45	1.84
23172494--23172527	16	2.2	15	89	5	50	44	0	0	55	0.99
23173184--23173242	25	2.4	24	83	13	75	37	1	1	59	1.18

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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