genome.fa.s22.2.7.7.80.10.50.1000.27.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr2
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  50190067

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          161   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8536480--8536551	35	2.0	36	84	7	94	47	34	0	18	1.49
8537574--8537603	2	15.0	2	92	0	51	0	50	3	46	1.18
8543902--8543997	44	2.1	46	90	3	151	42	19	0	37	1.52
8544059--8544117	28	2.1	28	100	0	118	49	10	27	13	1.74
8550332--8550392	30	2.1	28	82	11	70	54	9	3	32	1.50
8550871--8550950	25	3.2	25	69	25	78	56	2	3	37	1.31
8555890--8555936	22	2.1	23	84	11	62	57	31	2	8	1.41
8568606--8569234	132	4.8	132	83	2	679	30	18	24	26	1.98
8569220--8569337	51	2.3	51	80	0	137	27	21	22	28	1.99
8570929--8571007	3	26.3	3	70	10	54	29	10	1	59	1.38
8571931--8571971	4	10.2	4	100	0	82	24	0	24	51	1.49
8572972--8573989	145	7.0	144	96	2	1864	38	9	22	29	1.85
8577655--8577751	37	2.5	38	81	6	106	29	25	17	26	1.97
8578697--8578932	5	47.4	5	99	0	465	59	0	0	40	0.97
8580036--8580078	10	4.2	10	80	14	52	55	4	9	30	1.52
8581790--8581904	40	2.9	39	80	3	140	41	26	15	16	1.88
8581790--8581918	40	3.3	39	77	7	134	41	27	16	15	1.88
8583682--8583868	67	2.8	66	81	2	232	26	24	27	22	2.00
8583682--8583866	66	2.8	67	83	2	230	26	23	27	22	2.00
8583932--8583996	30	2.2	30	91	0	103	23	30	26	20	1.98
8593388--8593434	25	1.9	24	87	12	69	70	2	10	17	1.26
8593365--8593403	3	13.0	3	84	10	53	64	0	5	30	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8594599--8594660	15	4.3	15	67	22	51	50	6	17	25	1.70
8604465--8604951	88	5.5	88	81	4	543	27	25	24	22	2.00
8604594--8604831	44	5.4	43	68	12	162	28	26	23	21	1.99
8604459--8604959	176	2.8	174	87	1	689	27	24	24	23	2.00
8605611--8605664	19	2.8	19	94	0	99	37	9	16	37	1.81
8605600--8605671	38	2.0	36	84	10	94	37	9	16	36	1.82
8605611--8605687	38	1.9	40	87	10	113	36	7	16	38	1.78
8607038--8607070	12	2.8	12	95	0	57	60	0	0	39	0.97
8607120--8607168	25	1.9	26	87	4	73	59	4	6	30	1.41
8607239--8607324	26	3.3	26	81	3	91	60	6	4	27	1.43
8610042--8610090	25	2.0	25	87	0	71	36	0	18	44	1.50
8612585--8612609	4	6.2	4	100	0	50	52	0	0	48	1.00
8627090--8627371	76	3.7	75	81	2	325	34	22	18	24	1.96
8627038--8627368	76	4.5	76	77	6	288	34	22	18	24	1.96
8627093--8627367	149	1.8	151	82	3	358	34	22	18	24	1.96
8630037--8630092	21	2.7	21	91	0	85	28	8	32	30	1.88
8632960--8633020	25	2.6	25	79	7	74	59	3	34	3	1.30
8633080--8633126	6	7.8	6	92	0	58	40	0	59	0	0.97
8633080--8633113	17	2.0	17	94	0	59	38	0	61	0	0.96
8633083--8633128	12	3.8	12	88	5	67	39	0	60	0	0.97
8633080--8633128	19	2.7	19	87	6	66	40	0	59	0	0.98
8633088--8633136	24	2.0	24	84	7	64	40	0	59	0	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8641957--8641986	14	2.1	14	93	0	51	40	23	0	36	1.55
8648650--8648703	22	2.3	24	78	15	60	35	3	7	53	1.47
8649774--8649808	17	2.1	17	100	0	70	22	11	28	37	1.89
8654253--8654302	22	2.2	22	82	3	55	74	6	4	16	1.17
8654415--8654445	15	2.1	15	93	0	53	64	0	6	29	1.18
8656242--8656332	44	2.1	44	82	0	110	26	21	21	29	1.99
8656264--8656719	143	3.2	143	87	2	648	26	22	20	30	1.98
8656585--8656806	99	2.2	99	87	1	320	27	25	16	31	1.97
8661537--8661641	3	35.0	3	100	0	210	33	0	0	66	0.92
8663942--8663994	20	2.7	19	83	16	65	62	0	1	35	1.06
8668165--8668394	43	5.3	43	93	0	370	27	33	18	21	1.96
8668165--8668414	129	1.9	129	91	0	410	29	33	17	20	1.95
8669021--8669258	23	10.4	23	75	12	179	40	23	6	29	1.80
8669021--8669258	46	5.2	46	74	10	204	40	23	6	29	1.80
8669076--8669289	68	3.1	68	72	15	181	40	23	5	30	1.77
8669030--8669246	114	1.9	114	91	2	301	40	23	5	29	1.78
8679811--8679917	53	2.0	52	98	1	205	44	14	27	14	1.82
8681345--8681494	44	3.4	44	72	9	153	31	20	21	26	1.98
8681127--8681506	87	4.4	86	77	9	357	30	20	21	26	1.98
8686191--8686358	83	2.0	83	95	0	300	33	8	23	33	1.86
8686926--8686969	21	2.0	23	86	8	65	34	4	0	61	1.16
8690091--8690154	23	2.9	22	77	13	69	39	17	18	25	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8693924--8693958	18	1.9	18	88	0	52	57	0	0	42	0.99
8693907--8693960	26	2.1	26	82	6	65	62	0	0	37	0.95
8697259--8697311	16	3.3	16	91	0	88	39	5	32	22	1.78
8697292--8697380	46	2.0	46	93	4	155	28	4	28	39	1.76
8697293--8697397	46	2.5	42	84	12	135	30	3	29	36	1.75
8697540--8697578	17	2.5	15	84	15	60	61	0	0	38	0.96
8697545--8697578	17	2.0	17	100	0	68	58	0	0	41	0.98
8697661--8697694	17	2.0	17	100	0	68	58	0	0	41	0.98
8697525--8698013	117	4.3	116	92	3	773	51	4	1	42	1.32
8697773--8697811	17	2.5	15	84	15	60	61	0	0	38	0.96
8697778--8697811	17	2.0	17	100	0	68	58	0	0	41	0.98
8697844--8697883	20	2.0	21	85	5	55	60	5	0	35	1.19
8697851--8697930	28	2.8	28	81	11	92	56	1	0	42	1.07
8697973--8698036	32	2.0	32	81	0	74	48	3	0	48	1.17
8700457--8700515	29	2.0	29	100	0	118	27	10	10	52	1.67
8710549--8710608	3	20.0	3	89	6	77	5	31	1	61	1.27
8711639--8711738	49	2.1	49	86	1	139	32	16	8	44	1.76
8718558--8718600	13	3.5	13	78	18	56	48	13	0	37	1.43
8718558--8718602	23	2.0	23	95	0	81	48	13	0	37	1.42
8720672--8720712	17	2.2	20	79	16	52	70	0	4	24	1.06
8721551--8721616	13	5.5	13	72	26	65	48	12	0	39	1.40
8721549--8721624	23	3.3	23	87	1	118	47	11	0	40	1.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8725332--8725371	18	2.2	18	90	0	62	37	0	0	62	0.95
8725339--8725388	9	5.1	10	74	13	50	28	0	2	70	0.99
8734176--8734279	39	2.7	38	80	2	111	19	22	21	37	1.94
8738154--8738457	152	2.0	152	98	0	590	34	8	17	39	1.81
8740861--8740900	18	2.3	17	86	4	53	22	2	0	75	0.93
8741132--8741156	10	2.5	10	100	0	50	44	0	0	56	0.99
8742011--8742070	30	2.1	28	81	12	68	33	10	8	48	1.67
8743087--8743126	21	1.9	21	89	0	62	47	15	0	37	1.45
8746760--8746802	11	3.8	11	80	17	52	30	2	4	62	1.28
8746763--8746806	23	1.9	23	90	0	70	31	2	6	59	1.36
8749568--8749607	13	3.0	13	89	7	62	45	35	0	20	1.51
8749568--8749609	14	3.1	14	93	3	68	42	35	0	21	1.53
8749568--8749609	7	6.1	7	86	5	59	42	35	0	21	1.53
8749868--8749924	30	1.9	29	82	10	71	47	5	0	47	1.24
8750017--8750060	16	2.6	16	79	10	52	47	4	0	47	1.22
8756030--8756079	6	8.2	6	77	4	55	46	14	22	18	1.84
8756059--8756161	45	2.3	45	81	8	129	41	19	18	20	1.90
8757524--8757567	16	2.6	16	79	10	52	47	4	0	47	1.22
8768523--8768547	12	2.1	12	100	0	50	68	0	0	32	0.90
8769143--8769207	22	3.2	20	75	16	53	20	1	3	75	1.02
8769165--8769225	22	2.8	21	78	14	61	21	3	3	72	1.14
8769160--8769222	23	2.5	26	80	7	78	20	4	3	71	1.18
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8776003--8776070	30	2.2	30	77	10	75	36	10	2	50	1.52
8781705--8781734	12	2.5	12	94	0	51	53	10	26	10	1.66
8788426--8788468	21	2.0	21	90	0	68	39	4	32	23	1.75
8788456--8788607	51	3.0	51	79	8	157	30	17	24	27	1.97
8788560--8788629	36	1.9	36	91	5	115	25	20	24	30	1.99
8788573--8788865	136	2.2	136	89	4	457	30	20	20	29	1.98
8788745--8789003	50	5.2	50	77	1	268	32	19	20	27	1.97
8788745--8789003	100	2.6	100	87	1	376	32	19	20	27	1.97
8789180--8789384	44	4.6	45	80	5	202	29	19	23	27	1.98
8789180--8789384	89	2.3	89	83	5	236	29	19	23	27	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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