genome.fa.s22.2.7.7.80.10.50.1000.79.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr2
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  50190067

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   

This is table  79  of  161  ( 19208 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24795933--24795978	20	2.3	20	92	0	74	23	32	17	26	1.97
24796826--24796897	33	2.1	34	89	2	110	40	6	12	40	1.70
24801597--24801630	17	2.1	17	88	5	52	2	2	8	85	0.80
24801962--24802001	16	2.5	16	84	11	55	15	2	37	45	1.59
24802768--24802983	44	4.9	43	89	4	308	29	24	17	28	1.97
24802768--24803011	88	2.8	85	81	9	276	28	25	17	28	1.97
24803066--24804223	88	13.2	87	84	3	1306	22	24	24	27	2.00
24803066--24804223	263	4.4	264	84	3	1438	22	24	24	27	2.00
24803066--24804223	351	3.3	350	84	3	1400	22	24	24	27	2.00
24805888--24805959	32	2.3	31	75	18	76	6	11	11	70	1.32
24806024--24806057	14	2.4	14	90	0	50	29	29	11	29	1.92
24815633--24815666	4	8.0	4	90	9	50	23	0	2	73	0.97
24815616--24815675	22	2.7	22	73	19	61	26	0	6	66	1.16
24824687--24824875	40	4.7	40	91	0	288	31	20	26	20	1.98
24833251--24833289	19	2.1	19	85	4	53	5	23	2	69	1.21
24833794--24833840	20	2.3	20	81	0	58	29	34	12	23	1.92
24835344--24835424	44	1.9	41	87	7	117	71	2	14	11	1.24
24835388--24835416	11	2.6	11	100	0	58	79	0	6	13	0.93
24835467--24835501	17	2.1	17	89	10	54	60	0	14	25	1.35
24852871--24852922	23	2.3	22	75	21	54	9	23	1	65	1.32
24853899--24853926	8	3.5	8	100	0	56	89	0	10	0	0.49
24854806--24854840	18	1.9	18	88	11	54	57	0	20	22	1.41
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24859040--24859089	24	2.1	24	84	0	64	22	20	30	28	1.98
24862444--24862610	43	3.9	44	78	13	186	28	14	25	32	1.94
24862444--24862610	86	2.0	85	82	8	205	28	14	25	32	1.94
24864515--24864570	11	5.5	11	71	16	57	35	12	19	32	1.89
24864504--24864570	20	3.3	20	93	0	116	34	11	20	32	1.90
24864619--24864964	24	14.4	24	98	0	667	29	20	21	29	1.98
24865172--24865235	31	2.1	31	84	0	83	39	15	21	23	1.92
24872855--24872921	20	3.3	20	89	0	98	32	13	22	31	1.92
24872970--24873065	24	4.0	24	89	6	142	28	20	21	29	1.98
24872972--24873044	23	3.1	23	94	3	128	28	20	20	30	1.98
24873259--24873322	31	2.1	31	87	0	92	35	14	25	25	1.93
24883598--24883921	93	3.5	93	99	0	630	25	19	26	29	1.99
24883652--24883910	47	5.6	47	76	9	287	26	18	25	29	1.98
24886114--24886151	20	1.9	20	88	0	58	28	2	34	34	1.71
24886113--24886157	20	2.3	19	81	11	54	28	2	35	33	1.70
24888440--24888507	33	2.1	33	88	5	102	23	14	33	27	1.94
24898380--24898840	49	9.6	49	95	2	778	29	29	8	32	1.86
24907804--24907976	49	3.5	48	79	10	174	28	21	27	22	1.99
24913439--24913524	43	2.0	43	88	0	127	27	31	18	22	1.97
24915478--24915570	46	2.0	46	87	0	132	38	13	24	22	1.91
24918947--24918971	5	5.0	5	100	0	50	80	0	20	0	0.72
24922722--24922859	40	3.5	40	88	1	197	25	23	27	23	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24926376--24926552	40	4.4	40	83	4	209	24	22	27	25	2.00
24926376--24926552	80	2.2	80	87	5	243	24	22	27	25	2.00
24927343--24927485	72	2.0	72	95	2	261	44	13	20	20	1.86
24928801--24928968	40	4.2	41	78	15	183	22	24	28	24	1.99
24936985--24937128	40	3.6	39	92	0	225	21	23	29	25	1.99
24936945--24937151	40	5.2	39	84	6	224	22	22	28	26	1.99
24945971--24946095	40	3.2	40	82	5	155	23	22	27	27	1.99
24953322--24953597	48	5.8	48	82	5	326	26	30	17	25	1.97
24960164--24960394	48	4.9	48	77	7	249	29	23	19	26	1.98
24960164--24960394	91	2.5	95	85	4	283	29	23	19	26	1.98
24971180--24971227	24	2.0	24	84	8	62	39	12	6	41	1.68
24971416--24971478	31	2.0	32	93	3	110	34	20	0	44	1.52
24975695--24975959	46	5.7	46	72	16	197	22	18	27	31	1.97
24975743--24975906	47	3.5	47	75	11	183	23	19	27	29	1.98
24975704--24975950	93	2.7	93	90	0	377	22	19	27	30	1.98
24985778--24985822	21	2.2	20	84	4	54	35	0	20	44	1.51
24986308--24986375	26	2.7	25	84	6	75	19	23	22	35	1.96
24986429--24986501	24	3.1	23	77	11	76	15	24	23	36	1.93
25005697--25005904	41	5.1	41	81	4	231	19	28	16	35	1.94
25013431--25013482	17	2.9	17	81	10	68	42	17	13	26	1.86
25015492--25015526	15	2.3	15	90	0	52	5	25	37	31	1.80
25017734--25017899	42	3.9	41	78	6	161	31	25	13	30	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25026520--25026633	52	2.2	52	79	6	124	45	5	9	39	1.59
25027847--25027891	24	1.9	23	86	4	63	40	0	4	55	1.20
25029198--25029238	22	1.9	21	85	5	55	19	29	39	12	1.88
25033227--25033316	47	1.9	47	81	4	110	26	28	14	30	1.95
25033280--25033430	46	3.2	44	78	10	142	23	29	19	27	1.98
25039826--25039864	17	2.3	18	82	13	55	48	0	7	43	1.31
25045433--25045655	46	4.6	46	75	12	159	24	29	18	27	1.98
25045475--25045655	46	3.9	48	76	11	189	24	29	18	28	1.98
25045488--25045658	94	1.8	92	86	7	247	24	28	18	28	1.98
25050157--25050416	40	6.6	40	91	3	411	23	22	27	26	2.00
25057295--25057394	39	2.6	39	77	0	110	36	8	15	41	1.76
25062738--25062775	15	2.6	14	88	8	58	42	2	0	55	1.14
25063653--25063762	54	2.0	54	98	0	211	44	5	22	27	1.75
25066548--25066829	46	5.9	45	74	10	165	25	16	31	26	1.97
25066694--25066824	49	2.7	48	81	8	149	23	19	32	25	1.98
25089735--25089817	16	5.2	16	75	13	50	21	2	2	73	1.06
25089746--25089817	6	13.8	5	79	17	60	22	2	0	75	0.94
25089756--25089812	22	2.6	21	83	8	69	24	3	0	71	1.01
25104239--25104278	21	2.0	21	85	9	57	15	42	17	25	1.88
25118283--25118332	17	3.0	16	75	18	57	48	0	0	52	1.00
25118488--25118540	24	2.3	23	84	9	65	43	3	5	47	1.45
25118498--25118545	24	2.0	24	95	0	87	37	6	4	52	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25118502--25118557	24	2.4	24	84	3	69	41	8	1	48	1.45
25119363--25119442	41	1.9	42	85	10	110	32	1	21	45	1.60
25119380--25119594	88	2.4	90	86	5	305	36	1	20	42	1.61
25119504--25119643	25	5.5	24	81	11	154	36	2	19	42	1.63
25119456--25119541	34	2.7	32	83	5	102	37	1	18	43	1.58
25119504--25119684	78	2.2	80	82	6	215	36	1	19	41	1.62
25119504--25119660	54	3.0	53	72	19	134	35	1	20	42	1.63
25119746--25120123	126	3.0	126	88	1	546	38	16	16	27	1.90
25124234--25124285	25	2.1	24	82	10	61	67	1	1	28	1.12
25124261--25124326	19	3.5	19	73	8	71	63	3	3	30	1.24
25124266--25124346	38	2.1	38	93	0	135	62	2	2	32	1.21
25124501--25124544	21	2.1	21	82	0	52	38	2	25	34	1.68
25139364--25139423	30	2.0	30	90	0	93	38	10	23	28	1.87
25144792--25144914	46	2.6	46	77	7	115	29	22	28	19	1.98
25148988--25149102	55	2.1	55	80	6	126	19	25	35	20	1.95
25151551--25151595	23	2.0	23	100	0	90	48	13	26	11	1.75
25155300--25155560	47	5.6	47	75	13	175	28	19	29	22	1.98
25155338--25155562	47	4.8	47	78	10	212	28	20	29	21	1.98
25160405--25160837	215	2.0	215	93	0	731	31	20	21	27	1.98
25170647--25170709	34	1.9	32	83	6	81	77	14	3	4	1.05
25171886--25171914	13	2.3	13	94	5	51	72	6	6	13	1.26
25180064--25180123	26	2.3	27	80	13	72	48	20	5	26	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25180608--25180724	59	2.0	59	96	0	216	33	24	17	23	1.97
25185985--25186029	23	1.9	23	82	13	56	46	0	4	48	1.22
25186682--25186706	12	2.1	12	100	0	50	16	24	20	40	1.91
25186684--25186794	45	2.5	45	91	2	170	20	18	18	42	1.90
25186774--25186821	6	7.8	6	88	2	60	18	22	16	41	1.90
25188610--25189346	368	2.0	368	100	0	1474	32	19	14	32	1.92
25190855--25190886	15	2.1	16	88	11	50	53	21	3	21	1.60
25198350--25198459	54	2.1	53	89	3	175	27	28	10	33	1.89
25204328--25204499	43	4.0	43	83	3	211	22	29	20	27	1.98
25204329--25204497	87	2.0	86	89	1	257	21	29	20	27	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161