genome.fa.s22.2.7.7.80.10.50.1000.45.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr2
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  50190067

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          161   

This is table  45  of  161  ( 19208 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13681058--13681092	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
13680889--13681205	157	2.0	157	95	0	562	47	4	2	44	1.38
13686159--13686571	205	2.0	205	98	0	790	27	20	21	30	1.98
13687487--13687620	18	7.9	18	66	17	72	58	2	0	38	1.19
13694936--13694969	5	7.2	5	87	12	54	61	0	0	38	0.96
13694937--13694962	13	2.0	13	100	0	52	69	0	0	30	0.89
13694931--13694967	18	2.1	18	94	0	65	67	0	2	29	1.04
13699941--13699987	15	3.1	15	93	0	76	38	12	21	27	1.90
13701846--13701896	18	2.7	19	84	6	59	31	0	0	68	0.90
13702490--13702523	17	2.0	17	100	0	68	47	5	5	41	1.52
13703930--13703976	21	2.2	22	81	11	53	4	17	0	78	0.90
13708151--13708215	22	3.0	22	82	10	73	21	16	10	50	1.75
13710988--13711189	30	6.8	30	78	10	134	25	25	12	35	1.92
13710988--13711221	90	2.6	91	79	8	225	25	26	12	35	1.92
13718549--13718714	30	5.6	30	74	11	99	25	22	11	40	1.87
13720569--13720690	64	1.9	62	83	6	156	50	2	4	42	1.34
13726474--13726515	18	2.3	19	84	12	52	4	14	0	80	0.86
13726472--13726514	22	1.9	23	86	13	63	4	13	0	81	0.84
13727448--13727557	43	2.5	45	76	18	122	25	24	19	30	1.98
13727470--13727563	43	2.2	43	90	0	152	25	27	21	25	1.99
13728688--13728729	18	2.3	19	84	12	52	4	14	0	80	0.86
13728686--13728728	22	1.9	23	86	13	63	4	13	0	81	0.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13729684--13730232	43	12.8	43	87	4	718	24	27	20	26	1.99
13730551--13730609	21	2.8	20	72	10	55	8	40	15	35	1.77
13730590--13730758	87	1.9	87	89	4	261	12	30	18	38	1.88
13733781--13733825	23	2.0	23	82	8	56	40	31	6	22	1.80
13734556--13734600	23	2.0	23	82	8	56	40	31	6	22	1.80
13733453--13736042	772	3.2	781	92	5	4139	38	17	9	34	1.82
13735342--13735386	23	2.0	23	82	8	56	40	31	6	22	1.80
13735848--13736401	277	2.0	277	99	0	1090	34	9	9	46	1.68
13736561--13736639	41	1.9	41	89	0	122	30	29	20	20	1.97
13737384--13737633	131	1.9	131	93	1	430	29	16	16	37	1.91
13739231--13739608	188	2.0	189	90	0	587	27	20	22	29	1.99
13740920--13740964	18	2.4	19	85	14	67	22	6	20	51	1.70
13747708--13747742	2	18.0	2	88	5	54	48	2	0	48	1.16
13748199--13748463	85	3.1	87	82	5	290	28	27	18	25	1.98
13748199--13748477	128	2.2	129	81	3	321	28	27	17	25	1.98
13748210--13748477	43	6.3	43	81	2	290	28	27	17	25	1.98
13752245--13752309	33	2.0	33	96	3	123	43	24	16	15	1.87
13753776--13753811	7	5.1	7	93	0	63	27	55	0	16	1.42
13753766--13753811	21	2.2	20	81	11	56	30	50	2	17	1.58
13754135--13754177	14	3.1	14	86	0	59	44	37	0	18	1.50
13754115--13754587	236	2.0	236	97	0	883	40	21	4	33	1.73
13755154--13755386	41	5.7	41	89	0	358	30	27	20	22	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13755443--13755557	40	2.9	38	81	7	131	23	23	19	33	1.97
13763428--13763463	7	5.0	7	86	6	54	13	13	2	69	1.30
13763428--13763464	15	2.5	15	86	4	58	16	13	2	67	1.34
13763428--13763471	22	2.0	22	90	0	70	15	11	2	70	1.26
13764584--13764634	24	2.1	25	85	10	70	54	13	7	23	1.65
13767885--13768100	105	2.1	100	84	5	272	32	16	24	26	1.96
13774275--13774302	13	2.2	13	100	0	56	50	0	35	14	1.43
13776678--13776743	26	2.5	25	74	13	62	46	0	0	53	1.00
13776678--13776755	28	3.0	26	72	20	72	47	0	0	52	1.00
13778461--13778610	21	7.1	21	73	3	113	16	26	16	40	1.89
13778460--13778610	42	3.6	42	82	3	178	16	25	16	41	1.89
13783329--13783445	41	2.9	41	96	0	216	28	31	22	17	1.97
13785281--13785313	17	2.0	17	88	5	50	33	6	39	21	1.78
13787257--13787333	8	9.1	8	69	18	50	31	3	0	64	1.11
13787292--13787367	40	1.9	40	86	5	109	38	2	0	59	1.12
13787313--13787356	22	2.0	23	86	8	65	36	2	0	61	1.09
13787334--13787382	9	5.1	10	74	18	50	46	6	0	46	1.27
13787288--13787378	19	4.8	18	74	15	67	38	3	0	58	1.15
13798919--13798967	20	2.5	20	100	0	98	26	30	32	10	1.89
13802523--13802674	73	2.1	73	97	0	286	32	11	19	36	1.88
13805414--13805442	15	1.9	15	100	0	58	31	13	27	27	1.94
13814231--13814421	92	2.1	92	91	0	310	31	14	23	29	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13823207--13823250	23	1.9	23	81	9	54	47	6	2	43	1.42
13836878--13836926	9	5.4	9	92	0	71	24	6	22	46	1.74
13839034--13839077	17	2.6	17	96	0	79	54	6	27	11	1.61
13839303--13839598	50	5.8	50	82	4	292	27	21	28	23	1.99
13846880--13847110	116	2.0	115	99	0	444	34	24	19	21	1.96
13847570--13847594	13	1.9	13	100	0	50	60	16	0	24	1.36
13850958--13851023	30	2.2	30	86	0	87	21	33	21	24	1.97
13857158--13857187	15	1.9	16	93	6	53	23	6	10	60	1.52
13858769--13858901	42	3.2	42	83	3	162	27	18	26	28	1.98
13858771--13858919	42	3.6	41	83	2	147	27	20	25	26	1.99
13861977--13862034	25	2.3	25	90	0	98	36	18	24	20	1.95
13865889--13865951	29	2.2	30	80	8	76	55	3	3	38	1.32
13865919--13865958	17	2.3	17	86	4	53	57	0	2	40	1.12
13865898--13865961	29	2.2	29	88	2	94	57	1	3	37	1.24
13865919--13865975	24	2.4	24	82	14	73	57	0	1	40	1.09
13870814--13870864	18	2.9	17	83	11	59	74	0	9	15	1.06
13870815--13870864	26	1.9	26	87	0	73	74	0	10	16	1.08
13872123--13872374	129	2.0	129	92	0	423	30	17	20	32	1.95
13880118--13880160	18	2.4	18	88	0	68	32	25	0	41	1.56
13881242--13881359	41	2.9	41	97	1	218	22	29	21	26	1.99
13887624--13887734	41	2.7	41	95	1	195	23	30	20	25	1.99
13889655--13889760	37	2.9	37	90	2	162	25	22	16	35	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13889723--13889841	52	2.2	52	92	2	193	26	23	14	36	1.93
13893837--13893871	17	2.1	17	94	0	61	45	17	11	25	1.81
13895125--13895157	15	2.2	15	89	10	50	0	12	9	78	0.95
13895371--13895484	57	2.0	57	96	0	210	23	14	16	44	1.85
13894658--13896228	804	2.0	803	85	3	2129	17	17	14	50	1.79
13895428--13897292	373	4.9	370	75	10	1693	17	17	13	50	1.78
13896294--13896340	21	2.2	22	88	11	71	8	17	4	70	1.29
13896301--13896334	17	2.1	15	89	10	50	2	17	5	73	1.16
13896714--13896753	17	2.5	15	84	15	53	7	20	0	72	1.08
13896717--13896759	21	2.0	22	86	13	63	11	18	0	69	1.17
13895837--13897296	795	1.8	792	92	1	2449	18	18	13	50	1.78
13897089--13897135	21	2.2	22	88	11	71	8	17	4	70	1.29
13897096--13897129	17	2.1	15	89	10	50	2	17	5	73	1.16
13897007--13897579	283	2.0	286	88	5	854	15	19	12	52	1.75
13897746--13897785	17	2.5	15	84	15	53	2	20	5	72	1.15
13897749--13897791	21	2.0	22	86	13	63	6	18	4	69	1.29
13897305--13902584	370	14.0	370	75	9	4032	16	17	15	50	1.78
13897305--13902584	744	7.0	738	76	10	4479	16	17	15	50	1.78
13899702--13899899	96	2.1	96	86	5	276	21	11	20	47	1.80
13899798--13902585	745	3.8	745	85	4	3519	17	17	15	50	1.79
13901551--13901589	16	2.4	17	83	12	55	2	12	2	82	0.89
13904006--13904040	12	2.8	12	95	4	61	5	14	8	71	1.29
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13904962--13905106	61	2.4	58	76	16	132	33	14	7	44	1.74
13905730--13905805	9	8.2	9	79	5	71	40	0	0	59	0.98
13905731--13905807	28	2.7	28	78	6	84	40	0	0	59	0.97
13905730--13905805	19	4.1	18	76	5	71	40	0	0	59	0.98
13905882--13905925	19	2.2	21	88	8	65	65	4	6	22	1.35
13906187--13906217	16	2.0	16	93	6	55	48	0	6	45	1.28
13906662--13906830	68	2.4	68	81	6	180	42	5	17	34	1.73
13910704--13910737	13	2.6	13	90	0	50	38	8	26	26	1.85
13910750--13910797	25	1.9	25	83	8	62	45	2	18	33	1.61
13910760--13910820	13	4.7	13	78	13	63	42	1	16	39	1.58

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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