genome.fa.s22.2.7.7.80.10.50.1000.26.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr2
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  50190067

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          161   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8261069--8261117	20	2.5	20	93	6	84	38	30	10	20	1.86
8261315--8261343	14	2.1	14	100	0	58	41	20	6	31	1.79
8263076--8263130	28	2.0	28	92	0	92	45	16	7	30	1.74
8263076--8263137	28	2.3	27	86	8	83	50	14	6	29	1.68
8265399--8265570	6	27.7	6	68	6	65	55	11	9	23	1.64
8265405--8265582	18	9.6	18	71	11	81	54	11	10	23	1.67
8265401--8265457	30	1.9	30	85	0	78	56	14	5	24	1.59
8265405--8265493	36	2.5	36	84	0	124	57	12	6	23	1.59
8265513--8265564	24	2.2	24	96	0	95	59	9	9	21	1.57
8274089--8274113	8	3.1	8	100	0	50	16	0	0	84	0.63
8274393--8274433	13	3.2	13	80	13	57	60	7	0	31	1.24
8275056--8275142	21	4.1	21	75	7	86	37	22	19	19	1.94
8275415--8275446	16	1.9	17	93	6	57	25	21	0	53	1.46
8278288--8278367	41	2.0	40	87	2	115	31	27	17	23	1.97
8278488--8279071	92	6.3	92	89	2	841	43	16	9	29	1.80
8278488--8279062	123	4.7	123	85	2	762	43	16	9	30	1.80
8278488--8279062	31	18.7	31	86	2	750	43	16	9	30	1.80
8288538--8288694	80	2.0	79	96	1	287	52	5	3	38	1.42
8288747--8288823	14	5.0	15	71	20	52	42	14	9	33	1.77
8288763--8288802	20	2.0	20	90	0	62	50	12	10	27	1.72
8288751--8288817	34	1.9	35	90	3	109	46	13	8	31	1.74
8288800--8288831	15	2.1	16	88	11	50	43	9	12	34	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8289145--8289205	31	1.9	32	83	3	79	32	4	16	45	1.68
8290265--8290324	31	1.9	31	86	6	86	45	10	8	36	1.68
8299724--8300043	114	2.8	114	86	3	450	24	23	26	25	2.00
8299840--8300239	187	2.1	187	89	0	602	26	23	24	26	2.00
8299955--8300114	73	2.2	73	88	0	230	27	21	22	28	1.99
8300027--8300417	114	3.4	114	87	2	561	27	22	23	26	1.99
8299777--8300342	301	1.9	302	87	2	843	24	22	25	27	2.00
8301598--8301678	24	3.2	24	78	13	99	44	0	9	45	1.37
8301595--8301678	28	3.1	28	70	13	86	46	0	9	44	1.36
8301730--8302442	365	2.0	366	93	0	1230	30	14	20	34	1.92
8303104--8303141	18	2.1	18	100	0	76	26	10	15	47	1.78
8303943--8303976	17	2.1	17	94	5	61	44	11	0	44	1.40
8303978--8304796	13	61.5	13	61	13	92	40	10	2	47	1.51
8303968--8304116	53	2.8	52	88	2	217	41	10	2	45	1.52
8304003--8304805	40	19.8	40	96	3	1471	40	10	2	47	1.51
8305000--8305043	23	1.9	23	95	0	79	43	18	0	38	1.50
8306679--8306789	21	5.3	21	87	0	123	35	18	43	3	1.67
8307173--8307400	42	5.3	43	80	8	234	25	19	21	32	1.97
8307235--8307399	85	2.0	85	90	1	260	26	21	21	30	1.98
8307235--8307401	42	4.0	42	88	3	246	25	20	21	31	1.98
8309038--8309079	19	2.3	19	88	8	61	35	9	21	33	1.86
8311727--8311771	19	2.4	19	85	7	56	26	24	11	37	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8314175--8314276	41	2.5	41	88	3	143	28	19	24	27	1.99
8319053--8319462	44	9.2	44	76	8	339	31	19	22	26	1.98
8319051--8319462	177	2.3	178	90	2	648	31	19	22	26	1.98
8319839--8319963	44	2.9	45	78	8	143	30	20	20	28	1.98
8319469--8319953	225	2.2	223	80	5	557	32	18	20	28	1.96
8320035--8320312	89	3.1	88	83	2	342	29	24	22	24	1.99
8320091--8320227	44	3.1	44	68	17	120	29	26	21	22	1.99
8322528--8322911	131	2.9	132	88	1	592	28	20	25	26	1.99
8323218--8323248	14	2.2	14	94	0	53	77	9	0	12	0.99
8323359--8323414	19	2.9	19	94	0	85	37	10	17	33	1.85
8325184--8325221	20	1.9	20	94	0	67	39	13	10	36	1.79
8326247--8326290	23	1.9	23	90	0	70	50	6	22	20	1.72
8341374--8341404	15	2.1	15	93	0	53	45	0	9	45	1.36
8348455--8348497	18	2.4	18	84	0	59	39	0	44	16	1.48
8348455--8348497	12	3.6	12	83	0	50	39	0	44	16	1.48
8348552--8348639	27	3.2	27	81	1	104	23	18	38	19	1.93
8352286--8352337	19	2.7	19	78	3	59	30	11	9	48	1.72
8352377--8352427	21	2.5	21	87	6	70	31	17	17	33	1.94
8379454--8379540	41	2.1	41	97	0	165	45	8	3	42	1.50
8380041--8380093	19	2.7	18	78	21	54	35	7	13	43	1.72
8383547--8383605	25	2.4	25	88	0	82	32	23	20	23	1.98
8385907--8385951	21	2.1	22	91	4	74	40	2	0	57	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8388165--8388206	10	4.2	10	87	6	59	78	0	21	0	0.75
8388173--8388214	7	6.1	7	80	5	50	76	0	23	0	0.79
8396868--8396962	46	2.1	46	95	0	172	40	22	2	35	1.66
8398650--8398759	57	1.9	56	98	0	202	22	13	30	32	1.93
8401478--8402308	46	18.1	46	100	0	1662	39	23	2	34	1.67
8409324--8409565	108	2.2	108	93	0	412	32	26	20	20	1.97
8409438--8409644	75	2.8	75	96	0	378	33	27	18	20	1.96
8409471--8409607	42	3.5	40	72	18	135	32	26	18	22	1.97
8409619--8409672	27	2.0	28	96	3	101	29	29	22	18	1.97
8416486--8416674	102	1.9	101	93	3	326	31	26	21	20	1.98
8417638--8417799	79	2.1	79	90	0	252	30	12	24	32	1.92
8423825--8423861	18	2.1	18	100	0	74	43	18	0	37	1.51
8424020--8424074	14	4.0	14	72	13	60	27	23	18	30	1.97
8434233--8434296	20	3.2	20	93	2	101	50	6	1	42	1.37
8434483--8434548	6	10.8	6	73	15	55	51	4	9	34	1.54
8434480--8434548	17	3.8	18	79	12	70	52	4	8	34	1.52
8434627--8434669	20	2.2	20	87	8	61	69	4	4	20	1.25
8442100--8442126	8	3.4	8	100	0	54	77	0	11	11	0.99
8442234--8442293	14	4.2	14	79	10	52	68	0	8	23	1.16
8442304--8442338	18	1.9	18	100	0	70	62	0	2	34	1.10
8443650--8443804	44	3.6	43	80	7	163	30	19	18	30	1.96
8443650--8443901	137	1.9	136	82	8	322	30	19	18	31	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8455465--8455491	8	3.4	8	100	0	54	77	0	11	11	0.99
8455660--8455694	18	1.9	18	94	0	61	60	0	0	40	0.97
8457948--8458422	80	5.9	80	99	0	923	32	24	16	25	1.96
8464083--8464158	37	2.1	37	92	0	125	22	26	27	23	1.99
8481296--8481471	60	2.8	62	81	8	198	42	18	5	34	1.72
8489364--8489521	59	2.6	60	77	12	187	43	15	6	35	1.72
8491380--8491439	28	2.1	29	87	3	86	31	26	5	36	1.78
8491485--8491546	32	1.9	33	83	6	83	56	19	0	24	1.42
8494813--8494855	16	2.4	18	85	14	63	74	0	0	25	0.82
8497111--8497140	16	1.9	15	93	6	51	50	13	0	36	1.42
8500434--8500466	18	1.9	17	88	11	50	63	18	12	6	1.48
8500842--8500883	16	2.6	16	92	0	66	42	7	2	47	1.43
8500857--8500918	23	2.7	23	82	2	72	48	1	1	48	1.21
8503382--8503472	9	9.6	10	75	13	61	31	3	0	64	1.09
8503399--8503469	27	2.6	28	82	10	85	36	1	0	61	1.05
8503421--8503496	26	2.7	27	79	15	75	32	1	1	64	1.10
8504354--8504401	20	2.5	19	82	3	51	72	6	14	6	1.24
8508578--8508608	3	10.3	3	92	0	53	64	0	3	32	1.09
8508894--8508967	31	2.4	31	88	0	121	10	40	33	14	1.81
8509205--8509256	24	2.1	25	83	16	65	78	0	5	15	0.92
8509221--8509258	19	1.9	19	89	5	58	81	0	5	13	0.85
8509736--8509829	45	2.1	45	97	0	179	36	25	7	30	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8509926--8509989	32	2.0	32	100	0	128	31	18	3	46	1.65
8517913--8517955	14	3.1	14	86	6	52	13	11	0	74	1.07
8519366--8520494	563	2.0	563	97	0	2150	29	16	17	36	1.92
8526159--8526236	39	2.0	39	94	0	138	48	11	6	33	1.65
8528353--8528386	16	2.1	16	88	0	50	55	2	0	41	1.15
8528622--8528655	13	2.6	13	85	0	50	50	14	2	32	1.58
8530295--8530333	20	2.0	19	85	5	51	53	2	2	41	1.28
8530987--8531048	16	3.9	16	75	8	65	38	1	3	56	1.25
8530988--8531049	15	4.1	14	74	14	52	38	1	3	56	1.25
8536503--8536528	6	4.3	6	100	0	52	38	46	0	15	1.46

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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