genome.fa.s22.2.7.7.80.10.50.1000.25.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr2
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  50190067

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          161   

This is table  25  of  161  ( 19208 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8099198--8099266	25	2.7	25	81	4	75	27	26	20	26	1.99
8103829--8103864	6	6.0	6	96	0	54	0	61	0	38	0.96
8105056--8105084	13	2.2	13	100	0	58	13	17	13	55	1.70
8107560--8107603	16	2.8	16	78	0	52	47	4	29	18	1.68
8107560--8107736	78	2.3	78	100	0	354	42	6	23	27	1.78
8107638--8107681	16	2.8	16	78	0	52	47	4	29	18	1.68
8107835--8107985	58	2.6	59	82	8	184	52	2	1	43	1.26
8107827--8107994	58	2.9	58	77	13	168	52	2	2	42	1.27
8110053--8110652	81	7.4	81	97	0	1076	26	28	22	23	1.99
8118465--8118688	40	5.6	40	88	3	308	26	27	22	23	2.00
8118465--8118689	81	2.8	80	89	4	328	26	27	22	23	2.00
8124367--8124500	44	3.0	45	81	4	153	35	13	23	27	1.93
8125038--8126082	522	2.0	522	86	3	1449	39	10	18	32	1.84
8127792--8127847	27	2.1	27	100	0	112	39	17	14	28	1.89
8130335--8130360	3	8.7	3	100	0	52	65	0	0	34	0.93
8133489--8133556	16	4.2	16	92	0	109	27	0	35	36	1.58
8133489--8133556	32	2.1	32	97	0	127	27	0	35	36	1.58
8133537--8133627	45	2.0	44	82	2	110	30	5	27	36	1.80
8133780--8133821	15	2.9	15	82	10	52	52	0	0	47	1.00
8134080--8134132	27	2.1	27	82	10	67	43	0	0	56	0.99
8141953--8141985	5	6.8	5	96	3	59	42	0	0	57	0.98
8141991--8142073	17	4.8	17	75	7	62	77	2	15	4	1.05
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8142010--8142083	4	18.0	4	74	22	57	74	2	21	1	1.02
8142008--8142082	29	2.8	28	75	20	70	76	2	20	1	0.99
8142008--8142071	33	2.0	33	87	9	96	76	3	18	1	1.00
8142938--8143077	40	3.6	39	72	8	115	27	17	23	31	1.97
8143405--8143438	17	1.9	18	88	5	52	29	5	14	50	1.67
8151783--8151912	43	3.0	43	79	14	142	23	20	27	29	1.98
8152073--8152104	16	1.9	17	93	6	57	40	0	21	37	1.54
8157716--8157779	27	2.4	27	84	5	76	23	17	25	34	1.96
8160498--8160729	121	1.9	121	89	0	356	30	25	8	35	1.86
8162313--8162358	21	2.2	21	84	0	56	21	10	34	32	1.88
8165134--8165164	15	2.1	15	100	0	62	25	19	12	41	1.87
8166415--8166449	18	2.1	17	89	10	54	48	2	0	48	1.16
8168382--8168515	29	4.7	29	89	1	180	32	24	5	38	1.78
8168382--8168536	57	2.7	57	85	3	213	31	23	5	39	1.77
8168374--8168567	29	6.7	29	83	2	167	30	22	6	40	1.80
8169081--8169140	17	3.5	17	68	8	50	31	38	25	5	1.77
8169246--8169298	25	2.2	23	90	6	79	84	0	15	0	0.61
8169246--8169298	11	4.5	11	84	15	70	84	0	15	0	0.61
8181593--8183030	74	18.7	73	83	7	1307	26	16	19	36	1.93
8181572--8183030	151	9.5	150	81	9	1274	26	16	19	37	1.93
8181593--8183030	225	6.2	224	82	8	1383	26	16	19	36	1.93
8183221--8183339	29	4.1	29	84	1	157	32	18	5	42	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8183229--8183339	58	1.9	59	92	1	188	34	18	5	41	1.74
8183593--8183638	19	2.3	22	82	17	64	58	0	41	0	0.98
8183691--8183742	3	18.0	3	84	15	58	73	0	26	0	0.84
8183692--8183762	6	12.3	6	78	11	51	76	0	22	1	0.87
8183925--8183984	17	3.5	17	68	8	50	31	38	25	5	1.77
8184075--8184110	20	1.9	20	88	11	58	83	0	16	0	0.65
8184233--8184294	32	1.9	33	90	3	99	19	6	9	64	1.45
8185123--8185169	25	1.9	25	82	4	60	46	6	4	42	1.48
8185224--8185257	12	2.8	12	90	0	59	44	0	0	55	0.99
8193550--8193583	6	5.7	6	92	0	50	0	17	8	73	1.08
8193550--8193583	12	2.8	12	90	0	59	0	17	8	73	1.08
8197033--8197089	15	3.6	15	74	19	53	43	0	1	54	1.10
8197286--8197339	19	2.8	19	86	5	74	37	9	12	40	1.76
8197318--8197365	22	2.2	22	88	7	71	39	4	16	39	1.68
8197286--8197365	19	3.9	21	79	14	71	37	7	13	41	1.73
8197318--8197375	22	2.7	23	81	7	68	37	3	15	43	1.64
8197494--8197533	3	13.3	3	84	10	55	32	0	0	67	0.91
8197478--8197532	15	3.7	15	74	16	53	30	0	1	67	1.01
8197480--8197531	12	4.1	12	80	14	52	28	0	1	69	0.99
8203994--8204310	88	3.6	88	85	0	411	28	28	23	20	1.99
8204311--8204685	44	8.7	44	82	6	444	28	16	26	29	1.97
8204312--8204685	126	2.9	128	86	7	495	28	16	26	29	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8204311--8204647	170	2.0	170	88	1	496	29	15	25	29	1.96
8204992--8205107	44	2.7	44	78	4	110	29	18	22	29	1.98
8205527--8205622	21	4.8	19	91	5	138	38	9	14	37	1.79
8205528--8205611	21	4.1	21	93	3	145	39	9	13	38	1.77
8205540--8205645	19	5.0	22	76	19	75	38	7	15	38	1.75
8205534--8205645	42	2.7	40	85	10	138	38	8	14	39	1.75
8205611--8205655	23	2.0	23	86	4	65	33	4	15	46	1.66
8205814--8205852	19	2.0	21	85	10	55	15	10	5	69	1.34
8206073--8206115	3	14.3	3	85	9	61	32	0	0	67	0.91
8206057--8206114	15	3.7	15	76	13	55	31	0	1	67	1.01
8206074--8206125	21	2.5	21	87	6	70	34	3	0	61	1.14
8206119--8206233	34	3.3	34	63	13	88	36	11	9	42	1.73
8206105--8206250	72	2.0	72	98	0	283	36	10	8	45	1.68
8206143--8206267	31	3.7	31	68	20	79	39	8	5	46	1.59
8210353--8210397	24	1.9	24	90	4	74	31	4	13	51	1.61
8212780--8212811	12	2.7	12	90	0	55	50	0	0	50	1.00
8214664--8214704	19	2.1	20	86	4	57	56	12	9	21	1.65
8215611--8215690	21	3.8	21	81	5	90	46	12	28	12	1.78
8218623--8218668	24	1.9	24	86	0	65	56	21	10	10	1.64
8230637--8230726	44	2.0	44	89	4	137	37	8	4	48	1.55
8236389--8236427	18	2.2	19	86	9	55	35	2	0	61	1.10
8241159--8241214	7	8.8	6	75	16	51	42	0	10	46	1.38
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8241155--8241214	13	4.8	13	71	20	56	45	0	11	43	1.40
8241674--8242023	123	2.8	124	90	2	569	29	16	21	33	1.95
8245147--8245215	17	3.9	17	71	15	59	49	1	5	43	1.35
8245141--8245221	37	2.2	36	76	8	85	48	1	7	43	1.39
8245033--8245276	116	2.1	116	90	1	382	45	6	7	40	1.58
8245270--8248515	23	145.1	22	73	16	1962	25	0	25	48	1.55
8245442--8245572	38	3.2	38	72	15	127	22	0	27	48	1.56
8245465--8245496	15	2.2	15	94	5	57	21	0	21	56	1.43
8245396--8248343	91	33.0	84	68	21	550	25	0	25	48	1.55
8245419--8245546	61	2.1	61	86	2	177	25	0	25	49	1.56
8245506--8248517	68	44.9	67	73	17	1994	25	0	25	47	1.55
8245271--8248518	45	72.6	46	76	14	2275	25	0	25	48	1.55
8245580--8245693	60	1.9	59	90	1	183	30	0	21	47	1.57
8246706--8246730	7	3.6	7	100	0	50	12	0	40	48	1.40
8246763--8246827	34	1.9	34	96	3	123	24	0	29	46	1.53
8247286--8247353	29	2.3	30	89	2	102	25	0	26	48	1.51
8247391--8247420	15	2.0	15	100	0	60	20	0	26	53	1.46
8247368--8247452	38	2.2	38	93	0	143	22	0	28	49	1.50
8248006--8248446	38	10.2	39	69	22	162	24	0	27	47	1.55
8248328--8248517	105	1.8	105	90	2	310	24	0	25	48	1.55
8248144--8248528	113	3.5	105	78	14	304	24	0	27	47	1.54
8248561--8248608	25	1.9	25	100	0	96	39	14	0	45	1.45
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8248552--8248608	25	2.3	26	90	3	82	45	12	0	42	1.41
8250900--8250930	11	2.8	11	90	0	53	51	6	22	19	1.69
8250934--8250973	11	3.6	11	90	6	55	45	0	32	22	1.53
8251088--8251187	51	2.0	51	100	0	200	23	30	31	16	1.96
8252337--8252386	19	2.6	19	81	6	57	74	8	6	12	1.22
8253014--8253315	3	100.7	3	99	0	595	66	0	33	0	0.92
8254763--8254787	12	2.1	12	100	0	50	32	24	28	16	1.96
8259069--8259273	3	68.3	3	100	0	410	66	0	33	0	0.92
8260358--8260426	21	3.5	20	77	13	72	11	13	39	36	1.80
8261069--8261120	9	5.6	9	91	8	86	38	28	9	23	1.86

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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