genome.fa.s22.2.7.7.80.10.50.1000.5.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr2
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  50190067

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          161   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1414467--1414528	32	1.9	32	96	0	115	32	9	6	51	1.60
1417473--1417504	6	5.2	6	96	3	55	15	0	0	84	0.63
1423131--1423190	19	3.1	20	81	11	63	36	3	1	58	1.25
1423154--1423695	275	1.9	276	82	6	666	41	6	5	46	1.53
1427835--1427871	17	2.2	17	95	0	65	37	32	5	24	1.78
1430762--1430814	23	2.4	22	76	20	56	9	18	1	69	1.25
1439211--1439267	26	2.2	26	90	3	89	36	24	24	14	1.92
1439330--1439406	24	3.2	24	73	14	68	33	20	29	15	1.94
1439719--1439770	21	2.5	20	78	9	59	46	15	0	38	1.46
1441257--1441426	74	2.3	74	84	2	216	25	25	21	27	1.99
1441300--1441550	111	2.3	111	83	3	292	23	25	23	27	2.00
1441255--1441494	37	6.5	38	69	8	120	24	23	22	28	1.99
1441342--1441557	110	2.0	111	83	0	272	22	24	25	28	2.00
1441629--1441677	23	2.2	23	85	7	66	30	22	14	32	1.93
1444230--1444299	27	2.6	27	90	0	113	22	21	15	40	1.91
1444233--1444336	27	3.9	27	84	2	102	25	19	13	41	1.88
1444488--1444559	27	2.6	27	82	8	83	27	26	15	30	1.96
1450682--1450715	9	3.8	9	100	0	68	64	0	11	23	1.26
1459147--1459186	12	3.3	12	100	0	80	37	0	22	40	1.54
1460297--1460338	21	2.0	21	95	0	75	23	26	23	26	2.00
1462946--1463130	101	1.8	102	90	3	302	23	18	26	31	1.97
1462943--1463128	51	3.7	49	81	5	203	23	18	26	31	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1463356--1463387	16	2.0	16	93	0	55	59	0	15	25	1.36
1470515--1470578	21	3.1	21	65	4	58	25	32	12	29	1.92
1470312--1470741	123	3.5	124	79	5	417	23	26	14	35	1.93
1470358--1470741	41	9.4	40	83	3	351	23	26	14	35	1.93
1474293--1474403	19	5.8	19	89	0	177	39	9	13	37	1.76
1474300--1474403	38	2.7	38	98	0	199	40	8	12	38	1.74
1474293--1474429	19	6.9	21	85	4	114	38	8	14	38	1.76
1480021--1480049	14	2.0	15	93	6	51	82	6	10	0	0.83
1481281--1481514	44	5.3	44	71	6	202	26	31	24	18	1.98
1481269--1481592	89	3.6	89	93	3	504	29	27	24	18	1.98
1481580--1482340	132	5.8	132	92	1	1249	29	19	22	27	1.98
1482876--1482919	19	2.1	22	88	12	67	40	9	15	34	1.79
1483050--1483136	44	2.0	43	97	2	165	56	4	25	13	1.57
1488657--1488695	20	2.0	20	90	10	62	15	23	5	56	1.59
1488897--1489082	50	3.8	49	77	10	155	22	27	22	27	1.99
1496359--1496465	50	2.1	51	87	5	164	18	33	23	24	1.97
1526141--1526173	17	1.9	17	100	0	66	57	6	12	24	1.57
1526281--1526314	17	1.9	18	88	5	52	0	38	0	61	0.96
1539230--1539283	13	3.9	13	75	13	54	18	7	14	59	1.58
1539227--1539285	29	2.0	29	100	0	118	20	6	13	59	1.57
1541063--1541102	3	13.3	3	100	0	80	32	0	0	67	0.91
1541882--1541954	36	2.1	35	89	2	110	63	0	0	36	0.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1544307--1544352	22	2.1	22	91	0	74	23	4	6	65	1.35
1545513--1545559	18	2.4	19	86	10	60	65	4	0	29	1.11
1545513--1545559	19	2.4	21	82	13	64	65	4	0	29	1.11
1545518--1545559	18	2.2	20	87	8	61	69	4	0	26	1.08
1546645--1546691	20	2.3	20	85	0	58	51	6	29	12	1.65
1547772--1547837	18	3.7	18	79	0	69	18	6	27	48	1.71
1558447--1558500	21	2.5	21	87	3	81	29	3	33	33	1.75
1558458--1558490	11	3.1	11	82	8	50	33	0	36	30	1.58
1559722--1559756	18	1.9	18	88	0	52	5	48	2	42	1.41
1566940--1566993	21	2.6	21	74	11	56	3	33	14	48	1.62
1574036--1574282	50	4.8	50	83	5	248	22	27	21	28	1.99
1577743--1577870	68	1.9	69	86	4	188	35	20	12	31	1.90
1586854--1586894	3	13.7	3	100	0	82	68	0	0	31	0.90
1597776--1597805	11	2.7	11	94	0	51	43	0	23	33	1.54
1599922--1599970	25	2.0	25	83	0	62	38	2	14	44	1.56
1600367--1600452	43	2.0	43	90	4	138	50	2	23	24	1.61
1601716--1601812	49	2.0	49	93	0	167	44	5	24	25	1.74
1604492--1605444	141	7.0	140	81	7	1015	26	18	22	32	1.97
1605206--1605447	126	1.9	126	90	1	387	26	19	21	32	1.97
1606217--1606241	10	2.5	10	100	0	50	12	8	16	64	1.49
1606312--1606391	39	2.1	39	100	0	160	50	5	10	35	1.58
1606428--1606468	22	1.9	21	85	5	55	34	2	7	56	1.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1609835--1610175	43	8.0	42	77	6	328	27	15	24	32	1.96
1609830--1610201	129	2.9	129	91	0	593	27	16	23	32	1.96
1613772--1614144	43	8.7	43	78	9	381	28	15	23	32	1.95
1613772--1614144	86	4.3	87	79	7	422	28	15	23	32	1.95
1613756--1614140	129	3.0	129	97	0	718	28	15	23	32	1.95
1615768--1615880	44	2.6	44	94	0	190	32	12	30	23	1.92
1619705--1619748	21	2.0	22	86	4	63	43	4	0	52	1.22
1619790--1619852	8	7.4	8	73	19	56	30	1	6	61	1.30
1623988--1624140	75	2.0	75	91	0	243	26	11	19	41	1.86
1624322--1625109	37	21.5	37	78	7	611	26	22	14	37	1.92
1624322--1625109	75	10.8	72	75	9	598	26	22	14	37	1.92
1625986--1626030	20	2.4	19	85	10	58	33	13	11	42	1.79
1626719--1626745	11	2.5	11	100	0	54	25	11	18	44	1.83
1629820--1629848	15	1.9	15	100	0	58	41	0	13	44	1.44
1630614--1630676	29	2.2	29	91	0	99	23	26	30	19	1.98
1631116--1631204	36	2.5	36	94	0	151	19	5	38	37	1.75
1633638--1634372	367	2.0	367	100	0	1470	19	15	18	45	1.85
1647070--1647113	3	14.7	3	100	0	88	68	0	31	0	0.90
1651857--1651893	18	2.1	18	90	10	58	35	0	2	62	1.10
1651926--1651964	20	2.0	19	90	5	60	53	5	2	38	1.37
1654501--1654565	24	2.7	23	73	21	62	30	1	3	64	1.18
1667815--1667999	44	4.2	44	66	5	113	29	18	23	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1666446--1668049	132	12.2	132	94	0	2688	29	19	24	26	1.98
1669665--1669706	22	2.0	20	86	9	57	33	2	4	59	1.31
1684639--1684665	14	1.9	14	100	0	54	48	0	14	37	1.45
1688253--1688414	80	2.0	80	97	0	306	35	17	16	30	1.92
1693515--1693570	22	2.5	22	91	0	85	23	16	33	26	1.95
1695216--1695259	21	2.0	22	86	4	63	54	25	9	11	1.65
1699758--1699832	36	2.1	36	97	0	141	28	26	20	25	1.99
1701313--1701643	130	2.6	127	89	5	490	47	3	4	43	1.43
1701607--1701649	17	2.5	17	81	7	52	48	0	0	51	1.00
1701509--1701652	67	2.1	70	80	8	161	47	2	3	45	1.34
1708698--1708776	25	3.2	25	90	0	122	21	12	46	18	1.82
1710699--1710804	40	2.8	37	83	9	133	41	14	6	37	1.72
1710709--1710790	40	2.0	40	95	0	146	42	13	6	37	1.69
1710782--1710855	34	2.1	35	82	9	89	37	18	9	33	1.84
1711022--1711231	41	5.1	40	90	3	285	23	26	20	29	1.99
1711022--1711261	82	2.9	82	86	3	322	23	26	20	29	1.99
1711598--1711822	78	2.9	76	74	12	199	42	17	3	37	1.65
1711961--1712316	78	4.6	78	95	0	624	43	14	3	38	1.63
1715016--1715069	27	2.0	27	89	7	83	40	24	14	20	1.90
1717714--1717968	41	6.3	40	81	3	262	21	25	16	36	1.93
1717854--1717920	20	3.3	20	66	4	53	16	31	17	34	1.93
1717714--1717968	82	3.1	81	83	3	325	21	25	16	36	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1727059--1727110	21	2.5	21	79	14	54	7	21	1	69	1.24
1731144--1731185	21	2.0	21	95	0	75	61	4	11	21	1.48
1734371--1734400	12	2.5	12	94	0	51	26	20	43	10	1.83
1735675--1735901	42	5.5	42	87	3	300	26	22	20	29	1.98
1736477--1736521	23	2.0	23	86	8	65	48	11	6	33	1.65
1737289--1737342	26	2.1	26	96	0	99	55	16	7	20	1.65
1739492--1739638	50	2.9	50	89	1	213	20	30	22	26	1.98
1739729--1739760	13	2.5	13	94	0	55	56	12	0	31	1.37
1743532--1743563	3	10.7	3	100	0	64	34	0	65	0	0.93
1743911--1744279	114	3.2	118	83	2	460	26	20	22	30	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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