genome.fa.s22.2.7.7.80.10.50.1000.91.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr2
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  50190067

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          161   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28925989--28926049	24	2.5	23	80	15	61	49	4	0	45	1.23
28925997--28926076	35	2.3	35	85	8	103	50	5	0	45	1.23
28926494--28926524	16	1.9	16	93	0	53	58	3	25	12	1.50
28929658--28929684	12	2.2	12	100	0	54	51	14	7	25	1.68
28944626--28944655	12	2.4	13	94	5	53	20	0	10	70	1.16
28947994--28948299	45	6.8	45	82	5	228	47	16	16	19	1.83
28947993--28948299	90	3.4	90	82	5	309	47	16	16	19	1.83
28948089--28948303	45	4.8	45	83	5	247	47	17	14	19	1.82
28948687--28948828	73	1.9	74	84	1	187	36	4	16	42	1.68
28950872--28950987	62	1.9	62	87	5	175	47	4	5	43	1.45
28952629--28952656	11	2.5	11	100	0	56	25	7	39	28	1.82
28955322--28955521	25	8.1	25	67	14	85	39	23	22	15	1.92
28967612--28967674	5	12.4	5	76	15	58	23	20	14	41	1.89
28974595--28974815	40	5.5	40	81	0	208	28	13	24	33	1.93
28977310--28977356	19	2.5	19	75	6	51	48	0	4	46	1.21
28977455--28977518	33	1.9	33	84	6	85	28	3	1	67	1.15
28977467--28977515	25	2.0	25	87	0	71	26	0	2	71	0.97
28977466--28977499	16	2.0	16	88	11	50	29	0	0	70	0.87
28977466--28977518	9	6.2	9	85	12	60	32	0	1	66	1.03
28978836--28978896	31	2.0	31	86	0	86	50	9	6	32	1.61
28979252--28979324	9	7.5	10	76	14	64	69	2	1	26	1.09
28979273--28979331	9	6.4	9	82	3	64	69	1	0	28	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28979253--28979298	21	2.2	21	88	7	67	76	2	2	19	1.00
28979273--28979331	27	2.1	27	84	3	73	69	1	0	28	0.98
28984158--28984265	17	6.4	17	70	0	81	45	18	9	26	1.80
28984147--28984223	34	2.3	34	77	8	84	46	19	6	27	1.74
28984158--28984265	51	2.1	51	84	0	135	45	18	9	26	1.80
28984200--28984265	34	1.9	34	87	0	96	43	16	10	28	1.81
28985457--28985545	34	2.8	34	80	12	100	50	17	1	30	1.54
28994117--28994157	3	13.7	3	100	0	82	68	0	0	31	0.90
28996053--28996304	45	5.8	45	78	7	250	30	18	16	34	1.93
28996113--28996186	38	2.0	37	83	2	94	36	17	13	32	1.89
28996068--28996234	82	2.0	83	84	1	219	34	18	13	33	1.89
29004677--29004725	18	2.7	18	77	3	53	4	22	6	67	1.30
29004754--29004790	18	2.1	18	90	5	58	5	13	2	78	1.03
29008108--29008212	51	2.1	51	85	3	140	42	17	12	27	1.85
29013241--29013270	14	2.1	14	93	0	51	56	0	3	40	1.16
29013860--29013922	21	3.0	21	86	6	85	50	0	9	39	1.35
29013861--29013922	20	3.0	20	86	9	81	51	0	9	38	1.35
29013866--29013930	27	2.4	26	82	10	78	56	0	12	30	1.36
29013866--29013942	26	3.2	26	80	12	67	54	2	11	31	1.50
29014186--29014243	16	4.1	14	79	16	66	44	1	0	53	1.10
29018095--29018128	8	4.2	8	92	0	59	76	14	0	8	1.01
29018065--29018129	12	5.2	12	70	7	58	67	9	6	16	1.38
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29018320--29018350	13	2.4	13	94	0	53	74	0	3	22	0.96
29019539--29019593	21	2.7	19	81	10	56	0	18	10	70	1.15
29020881--29020910	11	2.7	11	100	0	60	70	0	10	20	1.16
29032613--29032682	27	2.6	27	79	0	68	24	20	12	42	1.86
29044142--29044196	17	3.2	17	86	0	83	18	16	40	25	1.91
29044132--29044196	34	1.9	34	90	0	103	20	21	35	23	1.96
29044923--29044982	11	5.5	11	81	15	72	26	0	0	73	0.84
29044925--29045014	24	3.6	25	81	14	105	23	2	3	71	1.13
29052284--29052326	18	2.3	18	88	4	59	53	0	2	44	1.13
29052341--29052388	22	2.3	21	89	7	71	29	4	6	60	1.40
29052943--29052985	19	2.3	18	84	4	50	9	39	0	51	1.34
29053127--29053248	57	2.1	58	87	4	176	29	18	7	45	1.76
29057336--29057373	15	2.5	15	87	12	51	65	10	2	21	1.35
29058923--29059136	29	7.4	29	79	7	177	35	10	27	26	1.89
29058923--29059136	58	3.7	58	71	9	204	35	10	27	26	1.89
29058974--29059207	87	2.7	85	79	7	263	35	12	26	25	1.91
29059065--29059136	28	2.5	28	93	2	117	36	6	27	29	1.83
29058950--29059166	115	1.9	117	90	3	350	36	10	27	25	1.89
29059003--29059208	29	7.1	29	77	5	132	35	12	26	25	1.92
29058922--29059208	58	4.9	59	72	7	167	35	11	26	25	1.91
29059977--29060220	29	8.4	29	80	6	181	35	12	27	23	1.92
29059999--29060220	58	3.8	58	79	4	223	36	13	27	23	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29060006--29060220	87	2.5	88	86	2	281	35	13	27	23	1.92
29063493--29063683	51	3.8	52	75	7	178	23	16	28	31	1.96
29063505--29063693	102	1.9	101	84	3	254	22	16	29	31	1.96
29063689--29063787	46	2.2	43	81	12	110	24	17	25	33	1.96
29075581--29075718	42	3.2	42	82	7	127	29	27	18	24	1.98
29081065--29081400	124	2.7	124	91	2	541	32	16	20	30	1.95
29084495--29084519	10	2.5	10	100	0	50	48	0	8	44	1.32
29084558--29084584	10	2.7	10	100	0	54	51	0	7	40	1.30
29084606--29084640	18	1.9	18	94	0	61	51	2	8	37	1.47
29084568--29084761	56	3.3	55	75	14	208	48	4	8	38	1.54
29084680--29084706	10	2.7	10	100	0	54	51	0	7	40	1.30
29084503--29084761	122	2.1	121	92	4	425	47	4	8	38	1.56
29084769--29084828	18	3.3	18	92	0	102	30	0	21	48	1.51
29084805--29084900	29	3.3	29	94	0	174	26	0	29	44	1.54
29084817--29084918	29	3.2	32	83	9	111	29	0	25	44	1.61
29084805--29084918	29	3.7	32	85	12	109	27	0	26	45	1.59
29084960--29084994	18	1.9	18	100	0	70	51	2	11	34	1.53
29084923--29085048	55	2.3	54	84	10	150	50	4	10	34	1.58
29085056--29085169	18	6.7	18	76	13	125	28	0	22	48	1.51
29085043--29085169	65	2.0	65	95	0	227	29	0	23	46	1.53
29085165--29085228	25	2.5	26	84	2	94	35	12	1	50	1.50
29085637--29085671	18	1.9	18	88	0	52	31	8	34	25	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29086323--29086347	7	3.6	7	100	0	50	60	12	0	28	1.32
29087492--29087605	51	2.3	51	92	1	194	41	0	30	28	1.56
29094933--29095043	25	4.5	25	75	5	100	22	21	22	33	1.97
29103820--29103888	33	2.1	33	91	0	111	42	2	24	30	1.69
29112579--29112674	31	3.1	31	95	3	174	31	9	13	45	1.75
29113219--29113270	19	2.7	19	82	8	61	78	13	7	0	0.94
29113255--29113313	22	2.6	23	82	12	86	74	10	13	1	1.14
29113275--29113334	29	2.1	29	87	6	88	75	8	13	3	1.16
29114464--29114547	43	2.0	43	95	0	150	29	19	22	28	1.98
29116415--29116500	32	2.7	32	96	1	156	30	10	13	45	1.78
29124191--29124255	20	3.2	20	70	8	60	40	13	29	16	1.88
29124181--29124308	40	3.2	40	87	0	175	37	15	30	16	1.90
29124193--29124322	40	3.2	40	76	10	131	38	16	28	16	1.90
29135374--29135611	39	6.1	39	83	4	302	17	34	17	30	1.93
29135372--29135609	77	3.1	77	80	7	293	18	34	16	30	1.93
29135374--29135611	116	2.0	117	86	5	331	17	34	17	30	1.93
29135551--29135630	19	4.2	19	71	15	65	12	31	18	37	1.88
29142442--29142525	25	3.3	25	69	9	71	23	5	30	39	1.79
29160895--29162758	931	2.0	931	99	0	3719	39	15	13	31	1.86
29164802--29164876	39	1.9	37	84	12	98	48	2	4	45	1.35
29171975--29172147	45	3.9	45	83	1	197	26	16	25	31	1.97
29172672--29172715	22	2.0	22	100	0	88	31	4	36	27	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29172795--29172865	35	2.0	35	100	0	142	33	11	26	28	1.91
29178717--29179622	457	2.0	457	97	0	1713	36	11	17	34	1.87
29182494--29182544	20	2.5	20	82	17	70	45	19	7	27	1.78
29190111--29190234	28	4.4	28	90	2	169	33	27	10	28	1.90
29194693--29194885	50	3.7	50	82	6	190	26	20	29	23	1.99
29201176--29201287	50	2.2	50	82	0	143	28	21	28	21	1.99
29203344--29203444	20	5.1	19	76	13	78	42	18	26	11	1.85
29209762--29209833	20	3.6	20	72	7	56	16	33	16	33	1.92
29217749--29217808	26	2.3	26	85	2	75	18	25	20	36	1.94
29217918--29217978	28	2.2	28	90	0	95	24	21	22	31	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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