genome.fa.s22.2.7.7.80.10.50.1000.62.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr2
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  50190067

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          161   

This is table  62  of  161  ( 19208 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19572559--19572639	16	5.1	16	96	0	153	37	4	37	20	1.75
19572618--19572708	45	2.0	44	89	6	139	31	5	28	34	1.80
19572974--19573256	91	3.0	93	84	7	317	48	3	3	44	1.35
19573074--19573134	28	2.2	28	85	5	81	50	3	0	45	1.17
19573081--19573224	47	3.1	46	65	23	113	49	4	2	44	1.33
19573049--19573256	91	2.3	90	90	4	326	46	4	3	45	1.39
19573074--19573216	44	3.2	43	68	16	119	48	3	2	46	1.31
19573099--19573237	47	3.0	47	68	17	137	49	4	2	43	1.34
19576303--19576328	13	2.0	13	100	0	52	53	7	0	38	1.30
19578136--19578202	30	2.2	30	97	0	125	56	17	14	10	1.66
19591767--19591794	3	9.3	3	100	0	56	0	32	0	67	0.91
19594684--19594743	9	6.9	9	75	11	54	65	1	0	33	1.03
19594684--19594735	16	3.1	17	83	10	63	67	0	0	32	0.91
19594687--19594752	24	2.6	26	80	4	64	66	1	0	31	1.01
19596404--19596481	36	2.2	36	86	4	106	43	0	14	42	1.45
19596429--19596472	23	1.9	23	90	0	70	40	0	15	43	1.47
19596415--19596470	13	4.5	13	78	13	64	41	0	14	44	1.45
19599689--19599922	27	8.7	27	75	0	137	22	26	17	33	1.96
19599717--19599900	54	3.4	54	76	7	160	22	25	16	34	1.95
19599697--19599845	81	1.8	81	82	2	192	22	26	16	34	1.95
19610078--19610110	13	2.6	13	90	4	50	57	0	3	39	1.14
19612721--19612801	3	26.7	3	92	2	135	0	32	0	67	0.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19626247--19626309	12	4.5	14	74	20	51	4	15	1	77	1.01
19626239--19626309	10	7.1	9	72	19	52	4	15	1	78	0.97
19626239--19626301	8	7.5	8	73	16	56	3	15	1	79	0.94
19626239--19626318	41	1.9	42	85	7	110	5	13	2	78	1.01
19626239--19626299	31	1.9	32	83	9	81	3	16	1	78	0.96
19626242--19626305	24	2.8	24	79	13	71	4	15	1	78	1.00
19626827--19626863	4	9.2	4	87	0	56	0	29	0	70	0.88
19626815--19626863	12	4.2	12	86	5	55	2	30	0	67	1.02
19629800--19630002	46	4.3	48	88	7	265	35	14	21	28	1.92
19629734--19630002	98	2.7	98	93	0	457	34	14	22	28	1.93
19629966--19630111	37	4.0	37	93	1	242	36	16	21	24	1.94
19631407--19631447	21	2.0	21	90	0	64	24	19	26	29	1.98
19632875--19632902	14	2.0	14	100	0	56	21	7	42	28	1.79
19633314--19633355	21	2.0	20	86	4	57	38	2	23	35	1.68
19633810--19633885	25	3.1	25	82	1	73	22	23	19	34	1.97
19636103--19636156	21	2.6	21	90	0	81	46	24	16	12	1.82
19638607--19638675	28	2.5	28	77	17	72	39	1	23	36	1.64
19639154--19639234	25	3.3	25	77	5	76	23	22	22	32	1.98
19641114--19641159	3	15.3	3	100	0	92	67	0	0	32	0.91
19644759--19644961	90	2.3	90	81	8	243	38	19	7	33	1.81
19644998--19645052	29	2.0	29	85	7	78	61	0	1	36	1.06
19645066--19645135	19	3.7	19	79	11	81	67	1	4	27	1.18
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19645492--19645516	7	3.6	7	100	0	50	28	0	0	72	0.86
19645491--19645523	14	2.3	15	85	15	52	30	0	0	69	0.88
19645531--19645711	92	2.0	90	84	4	238	34	7	22	35	1.83
19645802--19645826	13	1.9	13	100	0	50	64	0	0	36	0.94
19647940--19647998	9	6.4	9	81	11	66	22	10	25	42	1.84
19647946--19648001	19	2.9	19	74	15	62	19	8	25	46	1.79
19649025--19649115	44	2.1	44	87	4	130	27	9	14	48	1.75
19650986--19651179	94	2.1	94	99	0	379	32	12	12	41	1.81
19654836--19654864	6	4.8	6	100	0	58	68	0	31	0	0.89
19658753--19658855	24	4.1	24	75	16	93	63	1	3	31	1.24
19658760--19658856	16	5.8	17	73	19	80	64	1	3	30	1.15
19658762--19658821	7	7.7	7	77	17	57	63	0	3	33	1.11
19658761--19658857	26	3.8	26	69	26	66	63	1	3	31	1.16
19658776--19658858	35	2.4	35	84	9	100	65	1	3	30	1.17
19658932--19658984	3	17.7	3	81	14	65	60	1	1	35	1.19
19659547--19659587	17	2.5	16	81	18	57	80	2	12	4	0.97
19662686--19662734	22	2.3	20	75	6	53	40	8	22	28	1.82
19662900--19662963	20	3.2	20	75	16	60	37	3	15	43	1.63
19664147--19664191	13	3.6	12	80	11	54	73	4	8	13	1.23
19664129--19664175	17	2.8	17	83	0	58	72	4	6	17	1.22
19670847--19670885	18	2.2	17	86	4	51	76	2	0	20	0.90
19670848--19670892	23	1.9	24	86	4	65	75	2	0	22	0.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19671085--19671203	59	2.0	59	96	0	220	38	9	12	39	1.75
19672135--19672159	11	2.3	11	100	0	50	8	16	0	76	1.02
19676049--19676092	15	2.8	16	79	6	54	68	0	0	31	0.90
19676043--19676119	30	2.5	31	76	6	84	67	3	0	28	1.08
19686219--19686279	6	10.0	6	89	3	77	75	6	0	18	1.01
19687786--19687848	33	1.9	32	84	9	83	73	3	0	23	0.98
19689205--19689253	25	2.0	25	83	0	62	32	6	6	55	1.49
19689301--19689368	25	2.6	27	69	9	68	38	4	2	54	1.36
19696563--19696879	87	3.6	87	91	0	508	28	21	24	24	1.99
19697097--19697394	44	6.9	42	70	12	158	30	19	21	28	1.97
19698060--19698099	20	2.1	19	95	4	71	70	5	20	5	1.26
19698811--19698864	21	2.8	18	74	17	54	27	5	3	62	1.34
19698835--19698883	25	2.0	25	83	0	62	32	6	6	55	1.49
19698931--19698998	25	2.6	27	69	9	68	38	4	2	54	1.36
19701014--19701330	87	3.6	87	91	0	508	28	21	24	24	1.99
19701548--19701845	44	6.9	42	70	12	158	30	19	21	28	1.97
19702511--19702550	20	2.1	19	95	4	71	70	5	20	5	1.26
19703286--19703334	25	2.0	25	83	0	62	32	6	6	55	1.49
19703382--19703449	25	2.6	27	69	9	68	38	4	2	54	1.36
19705459--19705576	60	2.0	60	89	0	182	37	19	11	31	1.88
19708511--19708571	18	3.2	20	77	9	65	72	0	4	22	1.04
19709325--19709371	19	2.8	17	78	15	53	42	4	2	51	1.33
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19709409--19709445	16	2.3	16	86	13	58	40	0	0	59	0.97
19709431--19709466	18	1.9	18	88	5	54	58	0	0	41	0.98
19709613--19709659	19	2.8	17	78	15	53	42	4	2	51	1.33
19709203--19709779	288	2.0	288	100	0	1154	47	5	6	40	1.53
19709697--19709733	16	2.3	16	86	13	58	40	0	0	59	0.97
19709719--19709754	18	1.9	18	88	5	54	58	0	0	41	0.98
19709748--19709803	12	4.7	12	79	16	71	53	0	0	46	1.00
19710463--19710510	23	2.1	23	92	0	78	31	25	8	35	1.85
19713866--19714005	42	3.3	42	76	5	140	30	26	19	24	1.98
19715025--19715185	43	3.7	43	89	4	227	30	24	19	25	1.98
19715023--19715222	86	2.3	86	83	6	257	33	25	17	24	1.97
19715544--19715588	22	2.0	22	95	0	81	51	13	15	20	1.76
19720001--19720052	7	7.4	7	80	0	59	34	46	0	19	1.50
19719993--19720052	21	2.8	20	73	9	57	33	45	0	21	1.52
19720091--19720136	7	6.7	7	78	14	51	39	43	0	17	1.49
19720007--19720183	81	2.1	82	83	12	214	42	29	0	27	1.56
19720094--19720135	13	3.2	13	86	3	57	38	45	0	16	1.48
19720271--19720303	14	2.3	15	94	5	59	36	33	0	30	1.58
19720692--19720832	41	3.4	41	82	3	176	31	27	19	21	1.98
19728241--19728266	7	3.7	7	100	0	52	30	42	0	26	1.56
19728256--19728307	21	2.5	22	81	12	56	42	46	1	9	1.47
19728311--19728483	81	2.1	80	82	10	208	43	24	2	29	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19728502--19728534	14	2.3	15	94	5	59	36	33	0	30	1.58
19728930--19729040	41	2.7	41	92	2	179	28	29	19	21	1.98
19737551--19737577	14	1.9	14	100	0	54	74	0	3	22	0.98
19738468--19738537	19	3.7	19	74	18	74	60	5	0	34	1.21
19738519--19738563	16	2.6	18	75	10	58	55	4	0	40	1.20
19738505--19738563	19	3.4	17	76	11	57	55	6	0	37	1.26
19741212--19741602	128	3.0	128	88	2	525	25	29	19	25	1.99
19741212--19741548	43	7.9	43	88	1	498	24	29	20	25	1.99
19746204--19746236	16	2.1	16	88	11	50	57	0	0	42	0.98
19746337--19746390	7	7.6	7	77	4	54	48	29	0	22	1.51

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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