genome.fa.s22.2.7.7.80.10.50.1000.66.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr2
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  50190067

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   

This is table  66  of  161  ( 19208 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20438350--20438442	21	4.7	20	84	9	127	34	15	10	39	1.82
20438343--20438445	40	2.7	38	78	14	120	33	16	9	39	1.81
20439276--20439382	20	5.4	19	73	6	88	16	18	24	40	1.91
20439197--20439351	80	1.9	79	83	7	197	18	21	22	36	1.95
20439251--20439393	40	3.6	40	80	2	128	20	18	23	37	1.94
20449485--20449660	46	3.8	46	79	12	216	20	21	29	28	1.98
20449482--20449653	93	1.8	93	96	0	317	20	21	29	27	1.98
20451509--20451539	14	2.2	14	100	0	62	61	0	19	19	1.35
20456413--20456437	10	2.5	10	100	0	50	32	8	0	60	1.26
20458830--20458868	18	2.2	18	90	0	60	30	2	7	58	1.39
20460787--20460960	61	2.9	61	84	0	224	31	17	23	28	1.97
20461235--20461265	10	3.1	10	90	0	53	51	12	9	25	1.70
20464238--20464269	15	2.0	17	88	11	50	15	25	31	28	1.96
20469929--20469960	15	2.0	17	88	11	50	37	12	0	50	1.41
20472000--20472112	29	3.9	28	79	5	102	38	23	14	24	1.92
20472012--20472151	29	4.9	29	77	7	110	37	23	15	23	1.92
20494335--20494368	12	2.9	12	86	4	52	32	0	0	67	0.91
20494482--20494544	30	2.1	30	93	0	108	58	12	1	26	1.43
20497063--20497101	19	2.0	19	85	5	51	35	5	2	56	1.35
20499101--20499212	56	2.0	56	91	0	179	25	5	28	40	1.78
20503358--20503382	12	2.1	12	100	0	50	28	16	8	48	1.74
20505147--20505175	15	1.9	15	100	0	58	37	0	6	55	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20508804--20508833	14	2.1	14	100	0	60	43	13	0	43	1.43
20511500--20511539	6	6.7	6	88	0	62	80	5	0	15	0.88
20524316--20524353	19	1.9	20	89	10	60	52	13	10	23	1.71
20532392--20532430	18	2.1	19	85	4	53	17	2	12	66	1.35
20542374--20542423	19	2.7	19	93	3	84	32	22	24	22	1.98
20556603--20556657	23	2.4	23	87	0	74	38	30	12	18	1.88
20569236--20569428	50	3.8	50	85	0	251	22	29	22	25	1.99
20574008--20574038	15	2.1	15	93	0	53	48	9	19	22	1.78
20574966--20575079	57	2.0	57	87	3	167	29	18	26	25	1.98
20578857--20578892	18	2.1	16	90	10	54	61	2	5	30	1.33
20580845--20580875	15	2.0	16	93	6	55	19	0	12	67	1.22
20584074--20584135	27	2.3	26	82	17	67	54	4	3	37	1.38
20615180--20615217	19	2.0	20	94	5	69	55	10	10	23	1.65
20620561--20620601	20	2.0	20	100	0	82	46	14	9	29	1.77
20620705--20620769	25	2.6	25	75	18	62	36	1	1	60	1.16
20620890--20620927	16	2.4	16	86	8	51	28	13	18	39	1.88
20625470--20625526	26	2.1	27	83	3	71	29	1	3	64	1.20
20628458--20628527	35	2.0	35	100	0	140	40	20	8	31	1.82
20634531--20634578	23	2.0	23	88	4	69	41	0	2	56	1.11
20634673--20634700	9	3.1	9	100	0	56	57	10	0	32	1.33
20634643--20634843	59	3.1	68	84	13	307	45	8	4	40	1.57
20634832--20634873	16	2.6	16	92	0	66	42	7	2	47	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20634847--20634908	23	2.7	23	82	2	72	48	1	1	48	1.21
20635681--20635714	16	2.1	16	89	10	52	79	0	17	2	0.86
20644290--20644431	40	3.6	40	88	2	207	23	22	26	27	1.99
20656535--20656822	123	2.3	123	83	4	332	22	18	26	32	1.97
20656535--20656822	41	7.0	40	78	5	229	22	18	26	32	1.97
20658573--20658639	21	3.1	21	72	8	64	25	0	38	35	1.56
20658577--20658638	7	8.7	7	81	10	54	27	0	33	38	1.57
20658577--20658647	22	3.2	22	74	7	65	26	1	33	38	1.65
20665821--20665918	50	2.0	50	91	0	160	27	21	6	44	1.75
20666299--20666469	45	3.8	45	88	1	236	26	19	18	35	1.95
20666299--20666511	90	2.4	90	79	6	243	25	19	18	36	1.94
20667964--20667990	14	1.9	14	100	0	54	40	7	0	51	1.30
20669023--20669078	27	2.0	29	89	6	89	32	30	17	19	1.95
20670256--20670290	12	2.9	12	100	0	70	22	25	0	51	1.48
20679467--20679608	50	2.8	49	80	4	167	23	26	22	26	2.00
20681461--20681508	24	2.0	24	100	0	96	33	12	29	25	1.92
20694251--20694296	24	1.9	24	90	0	74	47	13	17	21	1.81
20713305--20713406	41	2.5	42	80	4	118	13	17	22	46	1.83
20713342--20713441	42	2.4	42	83	1	112	17	17	23	43	1.88
20715696--20715742	22	2.1	22	84	0	58	17	23	19	40	1.91
20724584--20724639	28	2.0	28	100	0	112	53	7	10	28	1.62
20725807--20725852	23	2.0	23	83	8	58	15	13	34	36	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20726104--20726147	22	2.0	22	86	0	61	56	2	2	38	1.24
20729845--20729903	30	2.0	30	90	3	93	52	10	8	28	1.64
20739069--20739164	49	2.0	49	81	8	115	22	20	17	38	1.93
20760991--20761089	36	2.8	36	87	0	135	42	15	14	28	1.85
20762136--20762173	17	2.2	18	95	4	69	47	5	13	34	1.65
20763060--20763144	43	2.0	43	86	4	118	25	22	1	50	1.56
20764273--20764428	27	5.8	27	75	3	125	30	21	12	35	1.90
20764275--20764418	54	2.7	54	77	0	153	32	20	12	34	1.90
20764275--20764428	81	1.9	81	81	2	184	31	20	11	36	1.89
20764736--20764770	18	1.9	18	88	11	54	45	28	2	22	1.67
20769088--20769137	25	2.0	25	100	0	100	28	16	20	36	1.93
20773549--20773610	31	2.0	31	90	6	99	37	6	16	40	1.74
20783804--20783835	12	2.6	13	85	14	50	37	0	6	56	1.25
20786588--20786685	25	3.9	25	76	14	78	24	24	20	30	1.98
20786588--20786685	50	2.0	50	83	4	126	24	24	20	30	1.98
20800653--20800706	25	2.2	25	86	6	74	57	0	3	38	1.17
20801362--20801423	30	2.1	30	84	6	81	48	12	8	30	1.70
20803114--20803315	27	7.5	27	85	2	253	21	17	18	43	1.89
20803087--20803315	54	4.2	53	84	7	259	21	17	18	41	1.90
20806840--20806893	26	2.0	27	85	7	74	57	0	3	38	1.17
20813941--20814100	43	3.7	43	89	2	225	26	16	26	30	1.96
20813941--20814134	86	2.3	85	83	3	246	28	15	26	29	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20813943--20814129	43	4.4	43	82	4	200	28	16	25	28	1.97
20814812--20815960	571	2.0	573	97	1	2167	28	9	23	38	1.86
20816251--20816355	20	5.2	20	70	13	79	14	18	25	41	1.88
20816251--20816355	41	2.6	41	85	0	147	14	18	25	41	1.88
20816267--20816339	21	3.5	21	74	10	69	16	13	24	45	1.84
20816809--20816887	28	2.8	28	86	1	104	41	12	18	26	1.87
20824384--20824570	41	4.6	41	85	0	230	24	17	25	32	1.97
20824673--20824723	26	2.0	26	88	0	75	60	5	9	23	1.50
20825099--20825291	89	2.3	85	82	6	230	23	2	30	44	1.65
20826388--20826574	41	4.6	41	85	0	230	24	17	25	32	1.97
20826677--20826727	26	2.0	26	88	0	75	60	5	9	23	1.50
20827409--20827442	16	2.1	16	88	5	50	70	2	2	23	1.15
20829062--20830543	741	2.0	741	100	0	2964	27	17	19	35	1.94
20831417--20831466	17	2.9	17	84	0	73	24	22	22	32	1.98
20832498--20832538	2	20.5	2	100	0	82	51	0	48	0	1.00
20833882--20834714	416	2.0	416	100	0	1666	32	8	11	47	1.69
20835117--20835165	17	2.9	17	84	0	71	24	22	22	30	1.99
20839149--20839240	43	2.1	43	87	0	130	27	27	15	30	1.96
20841215--20841322	9	12.2	9	70	14	64	31	3	15	49	1.62
20841258--20841316	20	2.6	23	84	15	79	28	1	18	50	1.56
20841702--20841766	32	2.1	32	97	2	123	30	9	12	47	1.72
20842317--20842350	15	2.3	15	89	0	50	79	2	17	0	0.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20847916--20847980	32	2.1	32	97	2	123	30	9	12	47	1.72
20850018--20850058	13	3.2	13	83	13	57	51	9	4	34	1.56
20852128--20852172	21	2.1	21	84	8	56	35	40	0	24	1.56
20853302--20853450	41	3.7	40	81	11	162	36	28	17	17	1.92
20856839--20856887	19	2.6	19	84	9	57	63	2	2	32	1.17
20862151--20862190	19	2.1	19	86	9	55	57	5	5	32	1.42
20864975--20865054	25	3.2	25	76	3	81	35	12	27	25	1.92
20868057--20868314	128	2.0	128	98	0	498	27	18	22	31	1.97
20877718--20877757	4	10.0	4	100	0	80	50	25	0	25	1.50
20880342--20880370	14	2.1	14	100	0	58	0	41	0	58	0.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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