genome.fa.s22.2.7.7.80.10.50.1000.70.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr2
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  50190067

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   

This is table  70  of  161  ( 19208 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21740205--21740245	19	2.2	19	86	4	57	36	0	4	58	1.20
21740194--21740252	19	3.0	19	75	5	55	33	0	6	59	1.24
21745106--21745182	13	5.9	13	81	0	91	41	22	7	28	1.81
21746013--21746055	21	2.0	21	82	13	52	44	0	2	53	1.13
21747007--21747084	21	3.7	21	76	17	81	38	8	15	37	1.79
21756027--21756089	18	3.6	18	81	10	76	65	3	0	31	1.09
21760599--21760637	21	1.9	20	84	5	51	23	5	2	69	1.21
21763726--21763785	26	2.3	27	88	5	88	38	6	18	36	1.77
21763742--21763795	26	2.1	25	86	10	74	42	7	16	33	1.76
21775343--21775417	28	2.8	28	72	8	66	64	1	0	34	1.02
21778260--21778320	24	2.5	24	74	10	61	62	1	0	36	1.05
21782777--21782862	18	4.8	18	81	4	84	25	10	27	36	1.89
21782777--21782853	9	8.6	9	80	5	75	25	11	28	33	1.91
21782796--21782862	27	2.5	27	85	0	80	25	8	26	38	1.85
21782805--21782862	9	6.4	9	81	0	71	25	8	24	41	1.83
21782886--21782971	18	4.8	18	81	4	84	25	10	27	36	1.89
21782886--21782962	9	8.6	9	80	5	75	25	11	28	33	1.91
21782761--21782999	109	2.2	109	100	0	478	37	10	20	32	1.86
21782905--21782971	27	2.5	27	85	0	80	25	8	26	38	1.85
21782914--21782971	9	6.4	9	81	0	71	25	8	24	41	1.83
21787358--21787395	9	4.0	10	90	10	62	0	57	0	42	0.98
21787358--21787394	14	2.6	14	100	0	74	0	56	0	43	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21787358--21787395	5	8.0	5	88	11	62	0	57	0	42	0.98
21800542--21800579	15	2.4	17	86	8	53	36	0	5	57	1.21
21802200--21802237	17	2.3	17	86	4	51	39	2	0	57	1.12
21808936--21808962	13	2.1	13	100	0	54	14	25	37	22	1.93
21816519--21816882	40	9.1	40	95	0	602	22	27	19	30	1.98
21821036--21821076	21	1.9	22	85	5	57	63	9	2	24	1.37
21828459--21828496	17	2.1	18	85	14	51	78	0	15	5	0.91
21849014--21849226	29	7.3	28	71	14	112	38	11	27	21	1.88
21849123--21849241	59	2.0	59	87	6	170	37	11	27	22	1.89
21849120--21849226	29	3.6	30	79	10	123	39	10	28	22	1.87
21849040--21849231	29	6.6	29	73	10	122	37	11	28	22	1.90
21862397--21862427	10	3.1	10	95	0	53	45	0	0	54	0.99
21862399--21862443	15	3.0	15	81	9	56	53	0	0	46	1.00
21865900--21866077	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
21865901--21866056	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
21865897--21866077	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
21873963--21874140	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
21873964--21874119	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
21873960--21874140	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
21883421--21884235	138	5.9	138	88	1	1168	44	6	9	39	1.62
21890751--21891437	138	5.0	138	86	3	939	45	5	8	40	1.58
21903265--21903312	10	4.5	10	78	21	53	0	20	4	75	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21910263--21910527	30	8.9	30	92	1	419	39	19	10	30	1.85
21915842--21915875	16	2.1	16	88	0	50	32	14	2	50	1.58
21915921--21916542	309	2.0	309	97	0	1163	29	18	20	31	1.96
21928505--21928653	41	3.6	41	83	3	174	25	12	16	45	1.82
21928505--21928658	82	1.9	82	82	2	193	25	13	16	44	1.84
21935946--21935989	23	2.0	23	86	4	63	27	4	34	34	1.77
21941090--21941142	9	5.9	9	86	0	79	26	7	18	47	1.75
21946776--21946809	17	2.0	17	94	0	59	50	11	14	23	1.76
21947293--21947375	23	3.6	23	81	0	76	22	18	15	43	1.87
21948950--21949128	56	3.2	55	87	2	241	33	24	11	30	1.91
21949028--21949117	28	3.2	28	68	4	83	33	26	12	27	1.92
21949130--21949182	27	1.9	28	84	3	72	24	26	22	26	2.00
21951237--21951325	45	1.9	47	84	4	119	22	22	16	38	1.93
21968439--21968691	39	6.5	39	89	1	382	45	21	3	29	1.70
21984188--21984221	17	1.9	17	88	5	50	17	0	14	67	1.23
21990531--21990865	47	7.1	47	92	1	544	31	8	30	28	1.88
21990531--21990865	143	2.4	140	92	1	526	31	8	30	28	1.88
21990984--21991062	38	2.1	37	86	6	106	25	17	30	26	1.97
21994699--21994741	22	2.0	22	86	9	61	51	16	2	30	1.57
21994797--21994833	19	1.9	19	88	0	56	45	8	8	37	1.63
21998483--21998717	33	6.7	33	69	23	140	17	20	28	33	1.96
21998481--21998656	76	2.3	76	98	0	334	18	19	28	33	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21998633--21998729	27	3.3	27	79	18	122	13	23	32	29	1.93
21998635--21998767	61	2.2	59	88	7	189	13	23	31	31	1.93
21999542--21999616	38	2.0	38	97	0	141	30	5	20	44	1.73
22009010--22009042	16	2.1	16	100	0	66	63	6	12	18	1.48
22009534--22009585	13	3.9	13	75	5	59	30	7	25	36	1.84
22011648--22011696	25	1.9	26	91	4	82	14	12	10	63	1.53
22016823--22017084	39	6.7	40	88	7	337	24	27	22	25	2.00
22025369--22025417	25	1.9	26	91	4	82	14	12	10	63	1.53
22028749--22028932	40	4.7	40	79	11	186	25	26	21	26	2.00
22028749--22028932	79	2.3	82	81	11	215	25	26	21	26	2.00
22039068--22039830	390	2.0	391	85	1	1048	33	19	25	21	1.97
22040729--22040771	20	2.2	20	100	0	86	25	25	32	16	1.96
22047085--22048126	42	24.8	42	95	0	1777	28	19	21	31	1.97
22048444--22048514	21	3.4	21	80	7	81	7	43	15	33	1.74
22053959--22054426	9	53.0	9	72	13	357	32	0	20	46	1.57
22053959--22054366	88	4.6	87	89	4	462	32	0	20	45	1.55
22053989--22054386	142	2.8	140	89	3	582	32	0	20	46	1.53
22053950--22054422	88	5.3	86	88	5	452	32	0	20	46	1.57
22053984--22054415	230	1.9	229	96	0	801	32	0	20	46	1.56
22054374--22054420	24	2.0	24	86	0	67	25	4	21	48	1.68
22055409--22055434	3	8.7	3	100	0	52	30	0	0	69	0.89
22057536--22057577	22	2.1	20	83	16	52	61	4	0	33	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22057555--22057629	16	4.5	17	91	6	127	57	9	0	33	1.31
22057555--22057629	33	2.3	33	93	4	125	57	9	0	33	1.31
22057651--22057977	114	2.9	113	76	6	365	26	23	18	31	1.98
22057913--22058066	73	2.1	73	85	1	200	27	24	17	29	1.97
22058085--22058433	187	1.9	186	88	3	531	26	23	18	31	1.97
22057667--22058468	300	2.7	299	88	3	1157	25	23	18	32	1.97
22059451--22059479	7	4.1	7	100	0	58	27	44	13	13	1.82
22069090--22069128	12	3.2	12	96	0	69	23	30	38	7	1.83
22081626--22081724	40	2.5	40	91	0	162	21	28	24	26	1.99
22081659--22081784	40	3.1	40	77	10	96	20	25	26	26	1.99
22082270--22082310	11	3.7	11	80	0	55	19	14	9	56	1.66
22082532--22082566	12	2.8	13	87	12	56	71	0	0	28	0.86
22082729--22082783	27	2.0	27	89	0	83	58	7	0	34	1.26
22084191--22084905	126	5.7	126	93	0	1155	29	16	23	29	1.97
22085501--22085912	21	18.1	22	73	13	224	23	1	33	42	1.64
22085503--22085810	64	4.7	60	73	17	204	24	1	32	42	1.64
22085661--22085960	49	6.1	49	88	2	417	20	1	37	41	1.62
22085688--22085954	98	2.7	98	96	1	482	20	1	35	42	1.61
22085623--22085960	147	2.4	144	86	4	461	20	1	35	42	1.62
22085503--22085961	49	10.0	42	76	16	326	22	1	33	42	1.63
22086194--22086239	21	2.2	21	84	7	58	2	28	39	30	1.69
22086496--22086538	18	2.4	18	84	0	59	46	9	27	16	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22088325--22088424	51	2.0	51	84	4	130	45	3	27	25	1.68
22088384--22088454	11	6.3	11	77	19	67	43	1	29	25	1.63
22088384--22088454	22	3.1	24	82	11	80	43	1	29	25	1.63
22089932--22089978	25	1.9	24	83	12	60	53	2	2	42	1.25
22103285--22103329	15	2.9	16	87	6	67	48	0	4	46	1.22
22103304--22103344	18	2.2	19	86	4	57	43	0	2	53	1.13
22107206--22107230	11	2.3	11	100	0	50	16	12	16	56	1.68
22107242--22107319	27	2.9	28	76	3	79	29	17	12	39	1.87
22114699--22114973	48	5.6	48	70	5	201	21	20	24	33	1.97
22114653--22114985	98	3.4	98	93	0	558	22	19	24	33	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161