genome.fa.s22.2.7.7.80.10.50.1000.6.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr2
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  50190067

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          161   

This is table  6  of  161  ( 19208 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1749934--1749974	20	2.0	20	85	0	55	29	4	17	48	1.67
1749976--1750057	42	1.9	42	90	7	130	40	9	12	37	1.76
1756035--1756325	50	5.9	50	80	4	268	21	27	20	29	1.98
1760019--1760321	40	7.6	40	89	3	380	27	28	20	24	1.99
1776030--1776207	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
1776031--1776186	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
1776027--1776207	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
1784093--1784270	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
1784094--1784249	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
1784090--1784270	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
1786694--1787105	27	15.3	27	85	1	457	41	20	17	20	1.90
1787423--1787480	28	2.1	28	93	0	98	24	27	22	25	2.00
1803930--1804192	40	6.6	40	87	3	325	24	20	27	26	1.99
1803969--1804227	80	3.3	80	86	3	265	25	20	27	25	1.99
1811882--1812104	40	5.6	40	86	3	254	24	21	27	26	1.99
1811957--1812139	79	2.3	80	83	1	235	25	21	27	25	1.99
1814486--1814522	11	3.4	11	88	0	56	21	8	40	29	1.82
1815372--1815428	24	2.4	23	82	11	71	68	3	21	7	1.29
1817879--1817943	30	2.2	30	94	0	112	20	30	30	18	1.96
1818989--1819173	75	2.5	76	80	3	205	28	21	24	25	1.99
1825060--1825115	21	2.8	19	84	10	76	35	12	17	33	1.88
1832816--1834211	88	15.9	88	89	1	1976	25	22	26	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1834143--1834693	44	12.5	44	78	7	481	30	16	23	30	1.96
1834221--1834649	89	4.9	89	86	2	596	30	15	23	30	1.96
1834219--1834649	177	2.4	178	89	1	636	30	15	23	30	1.96
1835066--1835162	40	2.4	41	84	6	126	35	10	16	38	1.83
1835065--1835136	19	3.7	19	87	7	108	34	12	15	37	1.85
1840839--1841034	28	7.0	28	84	4	254	30	22	22	23	1.99
1840834--1841034	84	2.4	84	86	3	287	30	21	22	24	1.99
1841123--1841196	26	2.8	26	76	8	69	35	18	21	24	1.96
1841418--1842047	27	23.5	27	83	3	675	20	15	20	43	1.88
1848796--1848869	26	2.8	26	85	4	96	25	10	13	50	1.74
1853152--1853374	40	5.6	39	85	3	241	26	27	20	24	1.99
1853152--1853374	120	1.9	119	81	6	272	26	27	20	24	1.99
1861062--1861246	40	4.7	40	81	5	178	27	28	20	24	1.99
1861029--1861246	40	5.5	39	77	7	165	25	27	20	25	1.99
1874765--1875227	230	2.0	230	100	0	926	36	17	12	34	1.87
1887481--1887664	95	1.9	95	91	0	296	18	20	36	24	1.94
1897631--1897808	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
1897632--1897787	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
1897628--1897808	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
1900523--1900547	7	3.6	7	100	0	50	28	12	28	32	1.92
1906113--1906703	107	5.5	106	82	2	664	41	21	18	18	1.90
1906113--1906714	134	4.5	134	80	3	667	41	22	18	18	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1906113--1906703	27	22.0	27	80	1	641	41	21	18	18	1.90
1909587--1910073	27	18.1	27	80	2	503	42	22	15	19	1.88
1909590--1910073	135	3.6	133	84	2	574	42	22	15	19	1.88
1910119--1910160	16	2.7	15	79	17	50	23	9	19	47	1.78
1915097--1915127	15	2.1	15	100	0	62	41	19	0	38	1.51
1919107--1919213	16	6.4	16	68	13	63	50	5	12	31	1.63
1919106--1919211	17	6.2	17	72	8	90	51	5	11	31	1.61
1920914--1921012	28	3.5	28	87	4	119	27	15	27	30	1.96
1928885--1929069	79	2.3	81	84	7	236	24	22	27	25	2.00
1928886--1929069	40	4.6	40	83	9	216	24	22	27	25	2.00
1928938--1929102	79	2.1	79	84	6	210	26	21	27	25	1.99
1934292--1934454	86	1.9	87	87	3	238	36	12	7	42	1.73
1936134--1936176	20	2.2	20	86	0	59	44	6	0	48	1.29
1937574--1937688	27	4.3	26	74	12	81	53	1	1	42	1.21
1937604--1937684	26	3.1	26	82	7	85	53	2	0	44	1.14
1937604--1937688	17	4.8	18	69	12	52	52	2	0	44	1.13
1955073--1955105	17	1.9	17	100	0	66	21	18	12	48	1.80
1957836--1957862	13	2.1	13	100	0	54	33	44	22	0	1.53
1963743--1964045	40	7.6	40	89	2	405	27	27	20	24	1.99
1976710--1976759	20	2.5	20	81	12	66	12	24	6	58	1.56
1977032--1977156	50	2.5	50	84	2	144	20	28	23	28	1.99
1977061--1977220	50	3.0	53	80	10	168	23	29	20	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1984795--1984834	14	2.9	14	84	0	53	32	7	17	42	1.77
1984803--1984869	34	1.9	35	84	3	91	32	10	13	43	1.78
1987910--1988001	35	2.7	31	77	19	96	39	3	11	45	1.57
1988060--1988136	40	1.9	40	100	0	154	37	9	10	42	1.71
1993325--1993381	30	1.9	29	85	3	78	28	19	7	45	1.76
2009982--2010019	16	2.4	16	90	0	58	50	5	18	26	1.68
2010202--2010294	21	4.7	21	67	17	63	53	3	0	43	1.16
2010189--2010345	58	2.7	59	85	6	203	53	3	0	42	1.21
2010463--2010497	13	2.8	12	83	8	52	57	0	11	31	1.34
2013850--2013957	50	2.2	51	80	6	114	28	13	25	32	1.94
2020516--2020565	12	4.2	12	79	2	57	18	26	6	50	1.69
2021288--2021346	30	2.0	30	86	0	82	32	23	5	38	1.77
2023258--2023308	26	2.0	25	88	7	77	19	9	21	49	1.77
2025443--2025474	12	2.7	12	95	0	55	46	25	3	25	1.67
2030289--2030339	25	2.1	23	89	7	75	35	1	0	62	1.06
2035000--2035087	42	2.0	44	82	4	108	28	21	4	45	1.71
2036185--2036217	9	3.8	9	84	8	50	0	18	0	81	0.68
2036185--2036218	13	2.6	13	95	0	59	0	17	0	82	0.67
2037397--2037433	18	2.1	18	100	0	74	21	0	40	37	1.54
2050476--2050514	19	2.1	19	100	0	78	28	15	15	41	1.87
2054412--2054462	24	2.1	24	92	0	84	21	43	1	33	1.64
2056409--2056438	11	2.7	11	100	0	60	83	6	0	10	0.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2064917--2064941	2	12.5	2	100	0	50	0	48	0	52	1.00
2071077--2071147	35	2.0	35	86	8	99	61	2	5	29	1.33
2071132--2071182	16	2.8	18	80	14	52	64	3	0	31	1.11
2071132--2071230	28	3.6	28	75	15	75	64	2	2	31	1.16
2073850--2073878	13	2.2	13	100	0	58	34	10	6	48	1.64
2077313--2077340	10	2.8	10	100	0	56	0	10	17	71	1.14
2091086--2091114	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
2100376--2100617	82	2.9	82	83	4	272	27	20	22	29	1.98
2100376--2100524	41	3.6	41	93	0	253	30	22	22	24	1.99
2100498--2100652	42	3.7	43	78	9	124	22	18	25	34	1.96
2100498--2100652	85	1.8	85	83	1	204	22	18	25	34	1.96
2102891--2102915	11	2.3	11	100	0	50	32	0	8	60	1.26
2110978--2111164	51	3.7	51	82	4	236	26	17	25	30	1.97
2111311--2111354	23	1.9	22	82	17	54	38	0	25	36	1.56
2113830--2114079	127	2.0	127	94	1	439	21	11	16	51	1.75
2117354--2117519	55	3.0	55	64	19	137	19	23	31	24	1.98
2119023--2119216	20	9.7	20	69	8	117	35	17	31	15	1.91
2119009--2119216	40	5.2	40	90	0	317	35	17	32	14	1.91
2122003--2122065	27	2.3	27	88	0	99	34	19	14	31	1.91
2127750--2127806	24	2.3	25	85	8	82	35	3	0	61	1.13
2130025--2130096	24	3.0	23	80	13	74	34	2	2	59	1.26
2132955--2133041	18	4.7	18	75	12	86	51	14	4	28	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2132953--2133058	38	2.8	38	83	9	112	52	15	4	27	1.62
2147677--2147781	39	2.6	39	86	5	122	24	22	27	24	2.00
2147637--2147781	40	3.7	40	81	12	165	24	23	27	24	2.00
2147638--2147800	40	4.1	39	79	10	100	25	23	28	23	2.00
2147637--2147787	79	1.9	80	82	6	191	25	23	27	23	2.00
2159412--2159440	9	3.3	9	95	4	51	82	0	6	10	0.83
2163402--2163488	38	2.3	39	85	2	113	35	9	10	44	1.70
2163473--2163555	39	2.1	38	86	4	112	31	10	10	46	1.73
2165791--2166082	40	7.3	40	91	3	403	25	21	28	24	1.99
2165791--2166115	80	4.1	80	86	3	229	26	21	28	23	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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