genome.fa.s22.2.7.7.80.10.50.1000.21.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr2
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  50190067

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          161   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6821803--6821896	47	2.0	47	91	4	154	30	27	11	29	1.92
6821668--6822021	179	2.0	179	88	0	528	27	24	17	31	1.97
6822243--6822342	47	2.1	47	90	0	155	30	28	13	29	1.94
6822111--6822468	179	2.0	179	91	1	583	28	25	16	29	1.97
6820516--6822732	443	4.9	443	80	7	2235	26	23	19	31	1.98
6821668--6822600	311	3.0	311	83	4	990	26	23	18	31	1.97
6822392--6822708	44	7.2	44	64	9	117	26	22	19	31	1.98
6822919--6824207	44	29.2	44	64	10	214	26	22	18	32	1.97
6823217--6823310	47	2.0	47	89	4	145	28	24	14	31	1.95
6823082--6823439	179	2.0	179	91	0	572	26	24	17	31	1.97
6822818--6823703	443	2.0	443	90	0	1398	26	23	18	31	1.97
6823261--6824759	132	11.4	132	90	0	2228	26	23	18	31	1.97
6824551--6825357	44	18.2	44	63	14	129	27	23	18	30	1.97
6824713--6824809	47	2.1	47	96	0	176	29	26	13	29	1.94
6824581--6824934	179	2.0	179	90	2	559	28	23	16	31	1.96
6824449--6825367	311	3.0	311	92	0	1554	27	23	18	30	1.97
6824758--6825073	132	2.4	132	86	0	443	26	23	17	31	1.97
6824890--6825249	179	2.0	179	90	0	558	27	24	17	29	1.98
6825024--6825117	47	2.0	47	91	4	154	31	24	15	27	1.96
6824181--6825365	443	2.7	441	80	7	1507	27	23	18	30	1.98
6825071--6825367	132	2.2	132	92	1	497	27	23	18	30	1.98
6828740--6829375	132	4.8	132	92	0	993	27	22	18	30	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6828915--6829231	44	7.2	44	66	11	128	27	23	18	30	1.98
6830882--6831066	51	3.6	51	79	3	205	25	16	26	31	1.97
6830990--6831070	26	3.2	26	62	28	64	23	14	28	33	1.94
6834160--6834188	14	2.1	14	100	0	58	13	0	27	58	1.36
6836937--6836984	24	2.0	24	88	8	71	29	2	22	45	1.64
6845222--6845315	45	2.1	45	93	0	161	30	24	19	25	1.98
6845321--6845484	51	3.2	50	71	4	150	32	25	17	25	1.96
6846967--6846999	15	2.3	15	89	5	50	54	6	9	30	1.56
6854478--6854702	29	7.7	30	84	4	271	20	16	23	39	1.92
6854478--6854702	59	3.8	59	81	4	267	20	16	23	39	1.92
6854478--6854709	88	2.6	88	82	6	292	19	17	23	40	1.91
6856856--6857166	30	10.4	30	82	0	291	42	21	16	18	1.89
6856865--6857146	120	2.3	120	95	0	510	41	21	17	19	1.90
6863983--6864099	62	1.9	60	84	5	155	48	3	5	42	1.42
6885681--6885781	49	2.1	49	90	0	157	50	10	16	21	1.76
6891045--6891237	50	3.7	50	80	10	185	27	21	27	23	1.99
6899428--6899467	13	3.2	12	89	7	53	40	0	7	52	1.30
6899886--6899928	21	2.0	22	86	4	61	58	11	2	27	1.46
6902428--6902467	19	2.1	19	85	0	53	57	5	0	37	1.21
6904107--6904144	18	2.2	18	86	9	53	68	0	7	23	1.16
6904679--6904704	10	2.6	10	100	0	52	23	0	0	76	0.78
6906361--6906407	16	3.0	16	81	9	53	40	0	4	55	1.19
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6907332--6907376	17	2.6	18	82	3	65	42	2	40	15	1.59
6908135--6908379	45	5.5	44	83	5	251	23	14	26	35	1.94
6913513--6915545	737	2.8	738	90	1	3204	30	18	14	36	1.91
6916423--6916496	24	3.1	24	70	3	69	45	1	32	20	1.59
6920097--6920122	11	2.4	11	100	0	52	26	38	7	26	1.83
6922022--6922130	53	2.1	53	94	0	191	33	17	9	40	1.81
6924742--6924964	113	2.0	113	96	0	410	33	18	17	31	1.94
6925055--6925293	87	2.7	87	81	1	282	41	15	10	32	1.80
6932877--6933069	99	1.9	99	93	0	332	26	24	21	26	1.99
6959914--6960018	51	2.1	50	85	3	140	50	15	5	28	1.66
6962473--6962514	9	4.7	9	87	0	57	45	19	11	23	1.83
6962624--6962667	18	2.4	18	88	0	61	13	2	43	40	1.57
6968800--6968828	6	4.8	6	100	0	58	0	51	0	48	1.00
6968964--6969199	123	1.9	123	84	5	316	43	10	4	41	1.58
6969123--6969332	114	1.8	116	86	5	309	44	12	3	39	1.59
6970126--6970370	83	2.9	83	90	0	373	33	20	20	24	1.97
6970087--6970370	42	6.9	42	85	2	344	34	22	19	23	1.96
6970370--6970450	38	2.1	39	90	2	128	38	24	17	19	1.93
6976715--6976763	14	3.4	14	79	20	57	0	14	10	75	1.04
6976717--6976846	19	6.4	21	68	20	71	2	14	10	72	1.22
6976716--6976763	15	3.3	14	78	18	53	0	12	10	77	1.00
6976771--6976838	10	6.9	10	69	15	52	1	16	13	69	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6976771--6976873	17	5.4	19	69	18	61	1	12	12	72	1.20
6976802--6976866	29	2.2	30	75	2	69	1	13	13	70	1.24
6976717--6976878	50	3.2	48	85	11	200	2	13	11	72	1.22
6976831--6976874	19	2.3	19	84	7	54	2	6	11	79	1.01
6976780--6976874	9	10.0	9	72	14	68	2	11	12	73	1.18
6976831--6976882	21	2.6	19	80	11	59	1	7	11	78	1.02
6977428--6977523	31	3.1	31	93	3	165	44	13	10	31	1.77
6983739--6983764	3	8.7	3	100	0	52	30	0	0	69	0.89
6983966--6983990	9	2.8	9	100	0	50	56	0	0	44	0.99
6993791--6993949	47	3.4	47	94	0	264	29	31	7	31	1.85
6996855--6996923	16	4.2	16	96	3	129	24	0	37	37	1.56
6996855--6996923	33	2.1	32	97	2	129	24	0	37	37	1.56
6997139--6997180	15	2.7	16	82	14	52	52	2	0	45	1.13
6997148--6997189	15	2.9	15	82	10	52	52	0	0	47	1.00
6997174--6997361	61	3.1	61	71	11	197	49	6	1	42	1.36
6997279--6997313	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
6997142--6997433	59	4.9	58	67	15	184	51	5	1	41	1.34
6997145--6997601	120	3.9	120	87	9	703	50	5	2	41	1.38
6997399--6997433	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
6997414--6997467	24	2.3	24	78	12	58	50	7	1	40	1.41
6997339--6997549	106	2.0	106	97	0	395	52	4	2	40	1.36
6997505--6997539	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7001562--7001591	10	3.0	10	95	0	51	40	26	10	23	1.86
7002017--7002082	26	2.5	26	97	0	123	16	19	27	36	1.93
7002709--7002983	41	6.7	41	88	0	406	23	21	23	31	1.98
7002999--7003035	20	1.9	18	89	10	56	27	8	5	59	1.48
7003390--7003433	7	6.3	7	78	0	52	22	0	50	27	1.50
7003379--7003433	21	2.6	21	88	0	74	23	0	43	32	1.54
7004692--7004747	20	2.7	21	77	5	69	25	50	3	21	1.65
7008187--7008454	43	6.3	43	83	4	317	23	17	32	26	1.97
7008187--7008454	129	2.1	127	85	3	358	23	17	32	26	1.97
7011047--7011071	11	2.3	11	100	0	50	36	24	0	40	1.55
7036485--7036523	19	2.1	19	95	0	69	56	0	15	28	1.40
7040066--7040864	404	2.0	403	99	0	1580	39	17	12	30	1.86
7041892--7041930	19	2.0	20	85	9	55	30	5	2	61	1.31
7046560--7046661	49	2.1	50	92	1	170	32	20	5	41	1.76
7060658--7060697	21	1.9	21	89	0	62	22	5	45	27	1.73
7063632--7063772	61	2.3	61	89	4	216	39	27	12	21	1.89
7063801--7064020	54	4.1	53	76	9	187	18	26	16	38	1.92
7064497--7064536	21	1.9	21	84	0	53	55	30	2	12	1.50
7068433--7068518	43	2.0	43	100	0	172	30	27	9	32	1.88
7073317--7073359	12	3.6	11	82	14	50	67	0	4	27	1.10
7074696--7076365	44	37.0	45	70	11	632	28	22	17	31	1.97
7074891--7075105	89	2.4	89	81	3	245	28	24	17	30	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7074979--7075435	184	2.5	182	85	3	587	28	21	19	30	1.98
7075353--7076329	178	5.4	179	79	6	686	28	22	17	31	1.96
7075450--7076330	89	9.8	94	72	11	388	28	22	17	31	1.96
7075353--7075973	181	3.4	180	80	4	674	29	20	17	32	1.96
7075862--7076107	134	1.8	134	85	1	350	27	22	19	30	1.98
7076024--7076327	133	2.3	133	79	6	328	28	23	17	31	1.96
7077514--7077546	7	4.7	7	92	0	57	0	15	0	84	0.61
7077511--7077549	14	3.0	13	89	10	62	0	15	0	84	0.62
7083324--7083384	30	2.1	29	84	3	77	67	13	3	16	1.36
7083411--7083984	185	3.1	185	98	1	1085	57	5	9	28	1.51

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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